AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_fusions004_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944251487
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	recA	98	RECA PROTEIN.
#1	jhp0267	56	putative
#2	pheS	81	PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE ALPHA CHAIN
#3	trpS	71	TRYPTOPHANYL-TRNA SYNTHETASE
#4	jhp1175	132	putative

Motif 1
AAATCCTAGCCTAAAATCTATTATAATAAAAGGACT	0	35	0
AGATTTTAGGCTAGGATTTGATAGAATAAACAAATC	0	52	1
CGTTTAAGCCTTAATCTTGGATATAATGGCGTAATC	1	10	1
        TTCCAAACTTCCTAAAAAATGATTACGC	1	38	0
AAGAAAAACCTTAAAAGGGAGTAAAAAGAGC     	2	5	0
AAAGCTATAATACAACTTTAATAAAAGAAAAACCTT	2	29	0
TATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGATCGTTA 	2	56	1
       AAACCAAGATAAATTAAAATATTAAAATT	3	3	1
CCTTAAATCCCTAAAATTTAGAAAAAATTAGGCTTA	4	21	1
AAAATTAGGCTTAATCTTATCTAAAATTTGCTAAGA	4	44	1
TAAAATTTGCTAAGAATACACTAAAATTTAGTTTTA	4	65	1
CGCACTACCTTGAAAATTAAAACTAAATTTTAGTGT	4	82	0
          * *****    ** **
MAP Score: 13.6505

Motif 2
CTTAAATCCCTAAAATTTAGAAAAAATTAG	4	22	1
AAGAATACACTAAAATTTAGTTTTAATTTT	4	76	1
GTATTCTTAGCAAATTTTAGATAAGATTAA	4	54	0
AAATTTTAGATAAGATTAAGCCTAATTTTT	4	43	0
CCATTATATCCAAGATTAAGGCTTAAACG 	1	9	0
TAAAATTTAGAAAAAATTAGGCTTAATCTT	4	32	1
TTTATTATAATAGATTTTAGGCTAGGATTT	0	41	1
AATTAAAATATTAAAATTAGGTGGTTACAA	3	21	1
TTTTAAAAATAAAATATAAGGATCGTTA  	2	63	1
TTGTTTCTCGTTGGTTTTAGTTAGTGTTAT	3	50	0
          **********
MAP Score: 11.8331