AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_fusions005_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944251493
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp0958	147	putative
#1	jhp0959	85	putative
#2	jhp1306	133	putative
#3	jhp1307	34	putative

Motif 1
AAAATAAGGGGGCGTTAAAAAACGCCTACCCCACAACAAG	0	21	1
AAAAACGCCTACCCCACAACAAGGAGGAACAAGCCATGCC	0	38	1
GGAACAAGCCATGCCAAAAAAATAAAAAACACTAAAAAAC	0	63	1
AAAAATAAAAAACACTAAAAAACATTGAACGACCGATTAT	0	80	1
ATTATAGCGGAATTTAAAACAAATTTTACCAAGGAGTATT	0	115	1
   ACATGAAAATTTTAAGCAAAATTCACCCCACAACAAG	2	7	1
AGCAAAATTCACCCCACAACAAGGAGGAACAAGCCATGCC	2	24	1
GGAACAAGCCATGCCAAAAAAATAAAAAACACTAAAAAAC	2	49	1
AAAAATAAAAAACACTAAAAAACATTGAACGACCGATTAT	2	66	1
ATTATAGCGGAATTTAAAACAAATTTTACCAAGGAGTATT	2	101	1
          *   * *** **     ***
MAP Score: 26.0149

Motif 2
 TGCGATCACTCAAAATAAGGGGGCGTTAAAA	0	9	1
AACGCCTACCCCACAACAAGGAGGAACAAGCC	0	41	1
ACAAGCCATGCCAAAAAAATAAAAAACACTAA	0	66	1
GTTTTAAATTCCGCTATAATCGGTCGTTCAAT	0	103	0
CTTTATTGAACCACTTTAAGAACTTGTCG   	1	7	0
AAAATTCACCCCACAACAAGGAGGAACAAGCC	2	27	1
ACAAGCCATGCCAAAAAAATAAAAAACACTAA	2	52	1
GTTTTAAATTCCGCTATAATCGGTCGTTCAAT	2	89	0
CTTTATTGAACCACTTTAAGAACTTGTCG   	3	7	0
          ****** *** *
MAP Score: 16.3036

Motif 3
   TGCGATCACTCAAAATAAGGGGGCGTTAAAA	0	7	1
AAAAACGCCTACCCCACAACAAGGAGGAACAAGC	0	38	1
AATAAAAAACACTAAAAAACATTGAACGACCGAT	0	83	1
ACATTGAACGACCGATTATAGCGGAATTTAAAAC	0	101	1
     CGACAAGTTCTTAAAGTGGTTCAATAAAG	1	5	1
TCACGCTGAAAATGAAAAAAGCGGAGAGGAT   	1	64	1
AGCAAAATTCACCCCACAACAAGGAGGAACAAGC	2	24	1
AATAAAAAACACTAAAAAACATTGAACGACCGAT	2	69	1
ACATTGAACGACCGATTATAGCGGAATTTAAAAC	2	87	1
     CGACAAGTTCTTAAAGTGGTTCAATAAAG	3	5	1
          *** *  **** **
MAP Score: 15.3825

Motif 4
ACCCCACAACAAGGAGGAACAAGCCATGCCAAAAAAATAAAAAAC	0	48	1
ATGCCAAAAAAATAAAAAACACTAAAAAACATTGAACGACCGATT	0	73	1
ATTATAGCGGAATTTAAAACAAATTTTACCAAGGAGTATTTT   	0	115	1
   ACATGAAAATTTTAAGCAAAATTCACCCCACAACAAGGAGGA	2	7	1
ACCCCACAACAAGGAGGAACAAGCCATGCCAAAAAAATAAAAAAC	2	34	1
ATGCCAAAAAAATAAAAAACACTAAAAAACATTGAACGACCGATT	2	59	1
ATTATAGCGGAATTTAAAACAAATTTTACCAAGGAGTATTTT   	2	101	1
          **     ****      * **   *
MAP Score: 15.2656

Motif 5
AAAAAACACTAAAAAACATTGAACGACCGATTATAGCGGAATTTAAA	0	86	1
ACGACCGATTATAGCGGAATTTAAAACAAATTTTACCAAGGAGTATT	0	108	1
          ACATGAAAATTTTAAGCAAAATTCACCCCACAACAAG	2	0	1
AAAAAACACTAAAAAACATTGAACGACCGATTATAGCGGAATTTAAA	2	72	1
ACGACCGATTATAGCGGAATTTAAAACAAATTTTACCAAGGAGTATT	2	94	1
          * *    * *      *  * *  ***
MAP Score: 6.23278

Motif 6
AACGCCCCCTTATTTTGAGTGATCGCA        	0	2	0
GTTTTTTATTTTTTTGGCATGGCTTGTTCCTCCTT	0	58	0
TGAACGACCGATTATAGCGGAATTTAAAACAAATT	0	105	1
TTTAAAACAAATTTTACCAAGGAGTATTTT     	0	127	1
GCTTTTTTCATTTTCAGCGTGAAGTCTCATATGCT	1	51	0
TTGTGGGGTGAATTTTGCTTAAAATTTTCATGT  	2	8	0
GTTTTTTATTTTTTTGGCATGGCTTGTTCCTCCTT	2	44	0
TGAACGACCGATTATAGCGGAATTTAAAACAAATT	2	91	1
TTTAAAACAAATTTTACCAAGGAGTATTTT     	2	113	1
          ***** **  **  *
MAP Score: 5.4565