AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_fusions005_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944251498 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 jhp0954 43 putative #1 jhp0955 53 putative #2 jhp0956 108 putative #3 jhp0958 147 putative #4 jhp0959 85 putative #5 jhp1300 300 putative #6 jhp1302 181 putative #7 jhp1303 45 putative #8 jhp1304 67 putative #9 jhp1305 186 putative #10 jhp1306 133 putative #11 jhp1307 34 putative Motif 1 GGATTGTGGGTTTTTAACCCATAAACCCAT 1 11 1 TTTAGAGAGGTTTTTAAAGCATTTC 2 93 1 GGGTAGGCGTTTTTTAACGCCCCCTTATTT 3 22 0 CGACAAGTTCTTAAAGTGGTTCAATAA 4 7 1 AACTTTTTAAAGCTTGTCTTTAA 5 3 1 TTACATTTCGTTTTTAAAGACAAGCTTTAA 5 16 0 AGACATGCAATGCTTAAAGTTTGCTTAAAG 5 50 1 GCTTAAAGTTTGCTTAAAGTTTTTGGAATT 5 61 1 GATGCGTTTAATCTTAAAGCTTTATTTTTT 5 179 0 AGTCATCTTTTTTTCAAAAAAGGGGTAGGA 5 280 1 CGGTCTGGTTTTTTTAACAAATCGGTATAA 6 14 0 TTGGGCCAGTATCTTAACGACAGCCCTTTA 6 80 1 ACCAAAAGCTTTTTCAAAGCTCAAAATCAG 6 121 0 CAAGTCCTTTTTTTTAAAATTCATCATTAG 8 45 0 AGACATCAAATTCTCAACGCCCAATCAATT 9 31 1 TTAGAACAATCTCTCAACGCTCTTAAAAAT 9 59 1 AGCCGCATTCTTTTCAAAACACCCTGATAA 9 94 1 GGGTGAATTTTGCTTAAAATTTTCATGT 10 8 0 CGACAAGTTCTTAAAGTGGTTCAATAA 11 7 1 ********** MAP Score: 24.4957 Motif 2 GAAATGCTTTAAAAACCTCTCTAAATCATCATCT 2 84 0 TAAAATTTGTTTTAAATTCCGCTATAATCGGTCGTTC 3 106 0 CGACAAGTTCTTAAAGTGGTTCAATAAAGTTCCATTG 4 10 1 AACTTTTTAAAGCTTGTCTTTAAAAACGAAATG 5 6 1 AATTTAGAGTTTGAAAGGAATGGATAAGAGTTATTTG 5 99 1 AAGCTTTAAGATTAAACGCATCATTAAATCAAACGCA 5 187 1 GCATCATTAAATCAAACGCATCATTAAATCAAACGCA 5 204 1 GCATCATTAAATCAAACGCATCATTAAATCAATTAAA 5 221 1 TTGAAAATTACCCATAAGGGCTAGAAA 7 0 1 GTCCTTTTTTTTAAAATTCATCATTAGCGTTATTTGA 8 35 0 CGGCATAGAGTTTAATGAAATCGTTAAGACTCAAATA 9 130 1 TAAAATTTGTTTTAAATTCCGCTATAATCGGTCGTTC 10 92 0 CGACAAGTTCTTAAAGTGGTTCAATAAAGTTCCA 11 10 1 ** *** ** *** MAP Score: 23.4489 Motif 3 ATTAAATCAATTAAATACCACTAGATACAAT 5 243 1 GAAATGCTTTAAAAACCTCTCTAAATCAT 2 89 0 TAAGGGGGCGTTAAAAAACGCCTACCCCACA 3 25 1 TCCAATCATTTCAAATAACTCTTATCCATTC 5 116 0 CCTTATAAAGTCAAATAACGCTAATGATGAA 8 25 1 AAAATTTGTTTTAAATTCCGCTATAATCGGT 3 111 0 AAAATTTGTTTTAAATTCCGCTATAATCGGT 10 97 0 TACCGATTTGTTAAAAAAACCAGACCGATAC 6 17 1 GTTTATGGGTTAAAAACCCACAATCCT 1 6 0 TACCACTAGATACAATACCCCAAGTCATCTT 5 258 1 CGCATTCTTTTCAAAACACCCTGATAAACAT 9 97 1 AAACGCATCATTAAATCAAACGCATCATTAA 5 200 1 AAACGCATCATTAAATCAAACGCATCATTAA 5 217 1 GCCCTTTATGTCAAATACCCTGATTTTGAGC 6 102 1 TGCCAAAAAAATAAAAAACACTAAAAAACAT 3 74 1 TGCCAAAAAAATAAAAAACACTAAAAAACAT 10 60 1 TCCTTTTTTTTAAAATTCATCATTAGCGTTA 8 40 0 TCAACGCTCTTAAAAATAAGCTAGCCGCATT 9 72 1 TAAAAAACACTAAAAAACATTGAACGACCGA 10 71 1 TAAAAAACACTAAAAAACATTGAACGACCGA 3 85 1 GCTTACAGAGTTAAATTCAATACAAGGAGAA 0 18 1 TGGGGGGCTAAAAAATAAAGCTTTAAGATTA 5 170 1 ********* * MAP Score: 21.9896 Motif 4 CAAAAATTAGAAACGCTTCAACAAGAAATCAATGACA 2 10 1 GAAATGCTTTAAAAACCTCTCTAAATCATCATCTTTA 2 81 0 CTACCCCACAACAAGGAGGAACAAGCCATGCCAAAAA 3 46 1 AAGCCATGCCAAAAAAATAAAAAACACTAAAAAACAT 3 68 1 GGAATTTAAAACAAATTTTACCAAGGAGTATTTT 3 123 1 GTTTTTAAAGACAAGCTTTAAAAAGTT 5 0 0 TTCAAATTCCAAAAACTTTAAGCAAACTTTAAGCATT 5 58 0 CTTTAAGATTAAACGCATCATTAAATCAAACGCATCA 5 190 1 TCATTAAATCAAACGCATCATTAAATCAAACGCATCA 5 207 1 TCATTAAATCAAACGCATCATTAAATCAATTAAATAC 5 224 1 GGTTTTTTTAACAAATCGGTATAAGACT 6 1 0 ATAAGACACCAAAAGCTTTTTCAAAGCTCAAAATCAG 6 121 0 TGAAAAGCTTACAAGCCTTATAAAGTCAAATAACGCT 8 10 1 TCACCCCACAACAAGGAGGAACAAGCCATGCCAAAAA 10 32 1 AAGCCATGCCAAAAAAATAAAAAACACTAAAAAACAT 10 54 1 GGAATTTAAAACAAATTTTACCAAGGAGTATTTT 10 109 1 ***** * * ** * MAP Score: 21.2521 Motif 5 AGTGGGGCTTACAGAGTTAAATTCAATACAAGGAGA 0 12 1 AGGATTGTGGGTTTTTAACCCATAAACCC 1 3 1 TTTATGACGATTTGAGATCCTTTAAAGATGATGATT 2 59 1 ATGATGATTTAGAGAGGTTTTTAAAGCATTTC 2 86 1 TCACTCAAAATAAGGGGGCGTTAAAAAACGCCTACC 3 15 1 ACGACCGATTATAGCGGAATTTAAAACAAATTTTAC 3 108 1 ACAAGTTCTTAAAGTGGTTCAATAAAGTTCCATTGA 4 12 1 AACTTTTTAAAGCTTGTCTTTAAAAACGAAATGT 5 8 1 TTGCTTAAAGTTTTTGGAATTTGAAAGAAAATTTAG 5 70 1 AAGGAATGGATAAGAGTTATTTGAAATGATTGGAAA 5 113 1 AACTAATTGGAATGGGGGGCTAAAAAATAAAGCTTT 5 158 1 TTCTAGCCCTTATGGGTAATTTTCAA 7 0 0 AAATAACGCTAATGATGAATTTTAAAAAAAAGGACT 8 37 1 GTTATGTTTATCAGGGTGTTTTGAAAAGAATGCGGC 9 95 0 ACATAACGGCATAGAGTTTAATGAAATCGTTAAGAC 9 124 1 CGCTAGATTGTGGCATATAAAAGCGCTTCTAT 9 164 0 ACGACCGATTATAGCGGAATTTAAAACAAATTTTAC 10 94 1 ACAAGTTCTTAAAGTGGTTCAATAAAGTTCCA 11 12 1 * ** ** ** *** MAP Score: 20.5661 Motif 6 CAGAGTTAAATTCAATACAAGGAGAAGACG 0 23 1 GAAATGCTTTAAAAACCTCTCTAAATCATCATC 2 85 0 GTAGGCGTTTTTTAACGCCCCCTTATTTTGAGTGA 3 15 0 CTAAAAAACATTGAACGACCGATTATAGCGGAATT 3 94 1 ATAGCGGAATTTAAAACAAATTTTACCAAGGAGTA 3 118 1 CATTTCGTTTTTAAAGACAAGCTTTAAAAAGTT 5 8 0 TTCCAAAAACTTTAAGCAAACTTTAAGCATTGCAT 5 54 0 TTTTTGGAATTTGAAAGAAAATTTAGAGTTTGAAA 5 80 1 TTCCAATCATTTCAAATAACTCTTATCCATTCCTT 5 113 0 AGCTTTAAGATTAAACGCATCATTAAATCAAACGC 5 188 1 CATCATTAAATCAAACGCATCATTAAATCAAACGC 5 205 1 CATCATTAAATCAAACGCATCATTAAATCAATTAA 5 222 1 ATTAAATCAATTAAATACCACTAGATACAATACCC 5 243 1 TACCCCTTTTTTGAAAAAAAGATGACTTGGGGTAT 5 272 0 GTCTGGTTTTTTTAACAAATCGGTATAAGACT 6 7 0 TCCTTTTTTTTAAAATTCATCATTAGCGTTATTTG 8 36 0 CCGCATTCTTTTCAAAACACCCTGATAAACATAAC 9 96 1 GGCATAGAGTTTAATGAAATCGTTAAGACTCAAAT 9 131 1 CTAAAAAACATTGAACGACCGATTATAGCGGAATT 10 80 1 ATAGCGGAATTTAAAACAAATTTTACCAAGGAGTA 10 104 1 ** ** ** * *** MAP Score: 20.2219 Motif 7 ATGATGATTTAGAGAGGTTTTTAAAGCATTTC 2 86 1 CACTCAAAATAAGGGGGCGTTAAAAAACGCCTACCCCA 3 16 1 AACAAGGAGGAACAAGCCATGCCAAAAAAATAAAAAAC 3 55 1 CCAAAAAAATAAAAAACACTAAAAAACATTGAACGACC 3 76 1 ACGACCGATTATAGCGGAATTTAAAACAAATTTTACCA 3 108 1 ACTAATTGGAATGGGGGGCTAAAAAATAAAGCTTTAAG 5 159 1 ATACCCTGATTTTGAGCTTTGAAAAAGCTTTTGGTGTC 6 116 1 GAAAATTACCCATAAGGGCTAGAAAACAACAAAGGGAT 7 12 1 TGAAAAGCTTACAAGCCTTATAAAGTCAAATAACGCT 8 9 1 AATAACGCTAATGATGAATTTTAAAAAAAAGGACTTGA 8 38 1 GAACAATCTCTCAACGCTCTTAAAAATAAGCTAGCCGC 9 62 1 TATGTTTATCAGGGTGTTTTGAAAAGAATGCGGCTAGC 9 91 0 CGCTAGATTGTGGCATATAAAAGCGCTTCTATTT 9 162 0 AACAAGGAGGAACAAGCCATGCCAAAAAAATAAAAAAC 10 41 1 CCAAAAAAATAAAAAACACTAAAAAACATTGAACGACC 10 62 1 ACGACCGATTATAGCGGAATTTAAAACAAATTTTACCA 10 94 1 * * ** * **** * MAP Score: 17.0649 Motif 8 AAAAACGCCTACCCCACAACAAGGAGGAACAAGCCATGCC 3 38 1 GGAACAAGCCATGCCAAAAAAATAAAAAACACTAAAAAAC 3 63 1 AAAAATAAAAAACACTAAAAAACATTGAACGACCGATTAT 3 80 1 TCAAATTCTCAACGCCCAATCAATTAGAACAATCTCTCAA 9 36 1 AGCAAAATTCACCCCACAACAAGGAGGAACAAGCCATGCC 10 24 1 GGAACAAGCCATGCCAAAAAAATAAAAAACACTAAAAAAC 10 49 1 AAAAATAAAAAACACTAAAAAACATTGAACGACCGATTAT 10 66 1 * * ** ** **** MAP Score: 12.5319 Motif 9 CAAAAATTAGAAACGCTTCAACAAGAAATCAATGACA 2 4 1 GGGCGTTAAAAAACGCCTACCCCACAACAAGGAGGAACAAGCC 3 30 1 AACAAGGAGGAACAAGCCATGCCAAAAAAATAAAAAACACTAA 3 55 1 AACACTAAAAAACATTGAACGACCGATTATAGCGGAATTTAAA 3 90 1 ATAAAGCTTTAAGATTAAACGCATCATTAAATCAAACGCATCA 5 184 1 AACGCATCATTAAATCAAACGCATCATTAAATCAAACGCATCA 5 201 1 AACGCATCATTAAATCAAACGCATCATTAAATCAATTAAATAC 5 218 1 TGAAAAGCTTACAAGCCTTATAAAGTCAAATAACGCT 8 4 1 TCAGACATCAAATTCTCAACGCCCAATCAATTAGAACAATCTC 9 29 1 AATTAGAACAATCTCTCAACGCTCTTAAAAATAAGCTAGCCGC 9 57 1 ACATGAAAATTTTAAGCAAAATTCACCCCACAACAAGG 10 5 1 AACAAGGAGGAACAAGCCATGCCAAAAAAATAAAAAACACTAA 10 41 1 AACACTAAAAAACATTGAACGACCGATTATAGCGGAATTTAAA 10 76 1 ** **** * ** * MAP Score: 12.3713 Motif 10 GGGGCTTACAGAGTTAAATTCAATACAAGGAGA 0 15 1 CCATGCCAAAAAAATAAAAAACACTAAAAAACA 3 71 1 GATTATAGCGGAATTTAAAACAAATTTTACCAA 3 114 1 ATTACATTTCGTTTTTAAAGACAAGCTTTAAAA 5 14 0 AAGTTTTTGGAATTTGAAAGAAAATTTAGAGTT 5 77 1 GATTAAACGCATCATTAAATCAAACGCATCATT 5 196 1 AATCAAACGCATCATTAAATCAAACGCATCATT 5 213 1 AATCAAACGCATCATTAAATCAATTAAATACCA 5 230 1 CGCTAATGATGAATTTTAAAAAAAAGGACTTGA 8 43 1 TAACGGCATAGAGTTTAATGAAATCGTTAAGAC 9 127 1 ACATGAAAATTTTAAGCAAAATTCACCCC 10 6 1 CCATGCCAAAAAAATAAAAAACACTAAAAAACA 10 57 1 GATTATAGCGGAATTTAAAACAAATTTTACCAA 10 100 1 ** ** *** *** MAP Score: 5.71757 Motif 11 TATGGGTTAAAAACCCACAATCCT 1 3 0 TTTAACCCATAAACCCATTCATTATTAAGAA 1 23 1 TAAAATCCTTTCTTAATAATGAA 1 40 0 CAAAAATTAGAAACGCTTCAACAAGAAATCA 2 10 1 GAAATGCTTTAAAAACCTCTCT 2 96 0 GTTTTTAAAGACAAGCTTTAAAAAGTT 5 6 0 TATAGACATGCAATGCTTAAAGTTTGCTTAA 5 47 1 CGTTTAATCTTAAAGCTTTATTTTTTAGCCC 5 174 0 CTTTAAGATTAAACGCATCATTAAATCAAAC 5 190 1 TCATTAAATCAAACGCATCATTAAATCAAAC 5 207 1 TCATTAAATCAAACGCATCATTAAATCAATT 5 224 1 ATCTTAACGACAGCCCTTTATGTCAAATACC 6 90 1 ATAAGACACCAAAAGCTTTTTCAAAGCTCAA 6 127 0 TGAAAAGCTTACAAGCCTTATAA 8 2 1 AACAATCTCTCAACGCTCTTAAAAATAAGCT 9 63 1 TGGCATATAAAAGCGCTTCTATTTGAGTCTT 9 155 0 ******** ** MAP Score: 5.44061 Motif 12 GGGTTAAAAACCCACAATCCT 1 1 0 GGGTTTTTAACCCATAAACCCATTCATTAT 1 18 1 TGCGATCACTCAAAATAAGGGGGCGTTA 3 8 1 AAAACGCCTACCCCACAACAAGGAGGAACA 3 39 1 TCTTTCAAATTCCAAAAACTTTAAGCAAAC 5 68 0 TCCAATTAGTTCCCCAATCATTTCCAATCA 5 139 0 ATTTTTTAGCCCCCCATTCCAATTAGTTCC 5 156 0 AGATACAATACCCCAAGTCATCTTTTTTTC 5 265 1 AAGATACTGGCCCAAAATCTGGAGGGAAGG 6 65 0 TTTTTCAAAGCTCAAAATCAGGGTATTTGA 6 112 0 AAATTCTCAACGCCCAATCAATTAGAACAA 9 38 1 GCTTTTATATGCCACAATCTAGCG 9 172 1 GCAAAATTCACCCCACAACAAGGAGGAACA 10 25 1 ********** MAP Score: 4.69398 Motif 13 ATGGGTTTATGGGTTAAAAACCCACAATCC 1 11 0 AATAAGGGGGCGTTAAAAAACGCCTACCCC 3 23 1 GAACAAGCCATGCCAAAAAAATAAAAAACA 3 64 1 GCTTAAAGTTTGCTTAAAGTTTTTGGAATT 5 61 1 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