AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_fusions006_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944251522
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	modA	224	Molybdate ABC transporter, periplasmic-binding protein
#1	modB	21	Molybdate ABC transporter, permease
#2	jhp0757	295	putative osmoprotection binding protein
#3	ribC	74	RIBOFLAVIN SYNTHASE ALPHA CHAIN

Motif 1
TAAAAAATTAAATCTTTTAGAAAAATAACCGATC	0	47	0
TAAAAGATTTAATTTTTTATCAAAGATGAGGGTT	0	62	1
CCCACTTATCAGTATTTAACCAATATTTCCACTC	0	99	0
AAACCGCCTCAAACTTTTAAAATACAAATTTTTA	0	147	1
TTTAAAATACAAATTTTTAAGATACAAATAGGTA	0	162	1
AATAACTTCAATCATTTAATCAAAGGGAGTTCT 	0	201	1
    ACTATGAGCCTTTTAGCAAAATTGCACCAT	2	6	1
GCAAAATTGCACCATTCTAACATATAAATATTTA	2	25	1
AGGTAGGATTATATTTTTACAAATTTTTCACAAA	2	74	1
AAAATCGCAAAAATTTTTGTGAAAAATTTGTAAA	2	89	0
GGTTTTTGGCTTTGTTTTAAAAAAGTTTGCGCTT	2	199	1
GGTTTAAATCAAATTTTTATCATTAACAATAAGC	2	229	0
AGAATGCTTAAGTATTGTAACATATTAAATAAAA	3	25	0
ACAATACTTAAGCATTCTAACATAAGGAAAATAA	3	41	1
          *   ***** ****
MAP Score: 20.9445

Motif 2
ATAAAAAATTAAATCTTTTAGAAAAATAACCGATCT	0	46	0
TAAAAGATTTAATTTTTTATCAAAGATGAGGGTTTT	0	62	1
TCCCACTTATCAGTATTTAACCAATATTTCCACTCT	0	98	0
AAACCGCCTCAAACTTTTAAAATACAAATTTTTAAG	0	147	1
TATTGATTATACCTATTTGTATCTTAAAAATTTGTA	0	169	0
CAATAACTTCAATCATTTAATCAAAGGGAGTTCT  	0	200	1
     ACTATGAGCCTTTTAGCAAAATTGCACCATT	2	5	1
TCTACATTTTAAATATTTATATGTTAGAATGGTGCA	2	32	0
ATATAATCCTACCTATTTTTTCTACATTTTAAATAT	2	52	0
ATATTTTTACAAATTTTTCACAAAAATTTTTGCGAT	2	84	1
AAATTTTTGCGATTTTTTATGCGAAAACCAGCCGCT	2	107	1
TTAGGCAAACGCACCTTTCAGTTTTAATTTGATTGG	2	165	1
ATAAGCGCAAACTTTTTTAAAACAAAGCCAAAAACC	2	199	0
GGTTTAAATCAAATTTTTATCATTAACAATAAGCGC	2	227	0
TTTGATTTAAACCCAATTAAGAAAAACCTTTTTATA	2	250	1
 TATAACCAAACTTATTTGATATAAAAAGGTTTTTC	2	270	0
          ** * *** * * * *
MAP Score: 13.0189

Motif 3
CACCCTAAGATCGGTTATTTTTCTAAAAGATTTAATT	0	39	1
TTCTAAAAGATTTAATTTTTTATCAAAGATGAGGGTT	0	59	1
ACTTTTAAAATACAAATTTTTAAGATACAAATAGGTA	0	159	1
ATCAATAACTTCAATCATTTAATCAAAGGGAGTTCT 	0	198	1
      ACTATGAGCCTTTTAGCAAAATTGCACCATT	2	4	1
ATTATATTTTTACAAATTTTTCACAAAAATTTTTGCG	2	81	1
TTGATTGGTTTTTGGCTTTGTTTTAAAAAAGTTTGCG	2	193	1
TTGTTAATGATAAAAATTTGATTTAAACCCAATTAAG	2	234	1
GCTTTTATCCTATGGTTTTATTTAATATGTTACAATA	3	10	1
          *  *  *****   ***
MAP Score: 4.79996

Motif 4
AAGATCGGTTATTTTTCTAAAAGATTTAATTT	0	45	1
AACCCTCATCTTTGATAAAAAATTAAATCTTT	0	64	0
CTTAAAAATTTGTATTTTAAAAGTTTGAGGCG	0	151	0
ATTTTTACAAATTTTTCACAAAAATTTTTGCG	2	86	1
GGTTTTTGGCTTTGTTTTAAAAAAGTTTGCGC	2	199	1
ATGATAAAAATTTGATTTAAACCCAATTAAGA	2	240	1
ACCAAACTTATTTGATATAAAAAGGTTTTTCT	2	269	0
TATCCTATGGTTTTATTTAATATGTTACAATA	3	15	1
          *** ** *****
MAP Score: 3.51206

Motif 5
AGATCGGTTATTTTTCTAAAAGATTTAATTTTTT	0	46	1
AAGATTTAATTTTTTATCAAAGATGAGGGTTTTA	0	65	1
GCCTCAAACTTTTAAAATACAAATTTTTAAGATA	0	152	1
AATACAAATTTTTAAGATACAAATAGGTATAATC	0	167	1
ATTTTAAATATTTATATGTTAGAATGGTGCAATT	2	29	0
TTTTTACAAATTTTTCACAAAAATTTTTGCGATT	2	87	1
GGTTTTTGGCTTTGTTTTAAAAAAGTTTGCGCTT	2	199	1
TTAAATCAAATTTTTATCATTAACAATAAGCGCA	2	226	0
AAGAAAAACCTTTTTATATCAAATAAGTTTGGTT	2	268	1
          *** * * * ****
MAP Score: 3.50537