AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_fusions006_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944251533
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	modA	224	Molybdate ABC transporter, periplasmic-binding protein
#1	modB	21	Molybdate ABC transporter, permease
#2	jhp0757	295	putative osmoprotection binding protein
#3	ribC	74	RIBOFLAVIN SYNTHASE ALPHA CHAIN

Motif 1
AGATTTAATTTTTTATCAAAGATGAGGGTT	0	66	1
ACTATGAGCCTTTTAGCAAAATTGCACCAT	2	10	1
TTTTACAAATTTTTCACAAAAATTTTTGCG	2	88	1
TACTTAAGCATTCTAACATAAGGAAAATAA	3	45	1
AATTGCACCATTCTAACATATAAATATTTA	2	29	1
TTTGGCTTTGTTTTAAAAAAGTTTGCGCTT	2	203	1
        GCTTTTATCCTATGGTTTTATT	3	2	1
AAAAACCTTTTTATATCAAATAAGTTTGGT	2	271	1
TGCTTAAGTATTGTAACATATTAAATAAAA	3	25	0
CGCCTCAAACTTTTAAAATACAAATTTTTA	0	151	1
TAGCGGCTGGTTTTCGCATAAAAAATCGCA	2	114	0
ACTTCAATCATTTAATCAAAGGGAGTTCT 	0	205	1
TAGGATTATATTTTTACAAATTTTTCACAA	2	77	1
AAATTAAATCTTTTAGAAAAATAACCGATC	0	47	0
AAATACAAATTTTTAAGATACAAATAGGTA	0	166	1
TAAATCAAATTTTTATCATTAACAATAAGC	2	229	0
TTAATTGGGTTTAAATCAAATTTTTATCAT	2	240	0
          **********
MAP Score: 23.3495

Motif 2
CTAAGATCGGTTATTTTTCTAAAAGATTTAATT	0	43	1
AAAAGATTTAATTTTTTATCAAAGATGAGGGTT	0	63	1
ATCTTAAAAATTTGTATTTTAAAAGTTTGAGGC	0	152	0
ATTATACCTATTTGTATCTTAAAAATTTGTATT	0	167	0
AGGTAGGATTATATTTTTACAAATTTTTCACAA	2	74	1
ATCGCAAAAATTTTTGTGAAAAATTTGTAAAAA	2	87	0
TTTTTGCGATTTTTTATGCGAAAACCAGCCGCT	2	110	1
AGCGCAAACTTTTTTAAAACAAAGCCAAAAACC	2	199	0
TTAAATCAAATTTTTATCATTAACAATAAGCGC	2	227	0
AAGAAAAACCTTTTTATATCAAATAAGTTTGGT	2	268	1
GTATTGTAACATATTAAATAAAACCATAGGATA	3	15	0
          *******   ***
MAP Score: 13.6265

Motif 3
CTAAGATCGGTTATTTTTCTAAAAGATTTAATTTTTTAT	0	43	1
AAGATGAGGGTTTTAGAGTGGAAATATTGGTTAAATACT	0	84	1
ATCTTAAAAATTTGTATTTTAAAAGTTTGAGGCGGTTTG	0	146	0
TATTTATATGTTAGAATGGTGCAATTTTGCTAAAAGGCT	2	16	0
TACCTATTTTTTCTACATTTTAAATATTTATATGTTAGA	2	40	0
ATAGGTAGGATTATATTTTTACAAATTTTTCACAAAAAT	2	72	1
TGGTTTTTGGCTTTGTTTTAAAAAAGTTTGCGCTTATTG	2	198	1
TTTGCGCTTATTGTTAATGATAAAAATTTGATTTAAACC	2	224	1
ACCAAACTTATTTGATATAAAAAGGTTTTTCTTAATTGG	2	262	0
TTTCCTTATGTTAGAATGCTTAAGTATTGTAACATATTA	3	32	0
          **    **   ***  ***
MAP Score: 7.96854