AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_fusions007_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944251550
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	thiM	92	HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE
#1	hsdR_2	300	TYPE I RESTRICTION ENZYME (RESTRICTION SUBUNIT)
#2	jhp1207	300	putative TRANSCRIPTIONAL REGULATOR

Motif 1
TTAAAAGACAATTTAAAAGAGCAGTTAGAA	1	88	1
CTCACAAATCTTTTAAAAACAAATTTTATA	2	222	1
AACGAAAAAGAATTAAAAGACAATTTAAAA	1	76	1
AGCCTTGTTTTTGTAAAAGCGCGATAAACT	1	26	0
ATTAATCGCCATTCAAAATCACAGATATTT	2	158	1
AAACTTCTAAAAATAAAAACCTACAGAGTG	2	49	1
AAAAGAGCAGTTAGAAAAGCTTAACGATCA	1	102	1
TTTTCTTGTAAAATAAAAGAAAGTTTAAGG	0	63	1
AAGGCTATGAATTTAAAAAAATCCACAACG	1	50	1
AATTCATCGCTAATAAAAACGAAGATTACA	1	170	1
CAAGTTCCCATAATAAAAACTTCTAAAAAT	2	33	1
AAACCAAAAACATTAAAATCATTGATAAGA	1	260	1
TTGCATCAAATTTCAAAAACAGCGCCGCTC	0	27	1
TTGAAATTTGATGCAAAAGCGTTCAACAAC	0	13	0
TTGAACGCTGTATTAAAATATCTGTGATTT	2	173	0
TTAGCGATGAATTGAAAATAAAGAGTGTCC	1	153	0
CAAGCGCGAGATTAAAAATCGGATCTTCTT	1	221	0
TTTTATTTTACAAGAAAATCCATTGAGCGG	0	51	0
          **********
MAP Score: 13.4756

Motif 2
TTTGAAATTTGATGCAAAAGCGTTCAACAACAAA  	0	8	0
TTCTTGTAAAATAAAAGAAAGTTTAAGGAGGTTCGT	0	65	1
CAAGGCTATGAATTTAAAAAAATCCACAACGAAAAA	1	49	1
AAAAATCCACAACGAAAAAGAATTAAAAGACAATTT	1	66	1
CATCGCTAATAAAAACGAAGATTACAAGGCTAAAAC	1	174	1
TACAAGGCTAAAACAAGAAAGATCCAAGAAGATCCG	1	196	1
GAGAACGGGAAAACCAAAAACATTAAAATCATTGAT	1	250	1
AAAATCATTGATAAGAAAAATATCCATAGAAACGCC	1	274	1
ACAAGTTCCCATAATAAAAACTTCTAAAAATAAAAA	2	32	1
AAAACTTCTAAAAATAAAAACCTACAGAGTGAGATG	2	48	1
ATCCTTTGTAATCATAAAAAGGTTAATTCCATCTCA	2	77	0
GCCATTCAAAATCACAGATATTTTAATACAGCGTTC	2	165	1
          **   *****  * **
MAP Score: 12.1406

Motif 3
GCTCAATGGATTTTCTTGTAAAATAAAAGA	0	53	1
CCTCCTTAAACTTTCTTTTATTTTACAAGA	0	66	0
AAATTCATAGCCTTGTTTTTGTAAAAGCGC	1	34	0
TTTTAATTCTTTTTCGTTGTGGATTTTTTT	1	64	0
CTCTTTTAAATTGTCTTTTAATTCTTTTTC	1	79	0
AGCCTTGTAATCTTCGTTTTTATTAGCGAT	1	175	0
CTTCTTGGATCTTTCTTGTTTTAGCCTTGT	1	197	0
AAAAATCGGATCTTCTTGGATCTTTCTTGT	1	208	0
ATTTTAATGTTTTTGGTTTTCCCGTTCTCA	1	249	0
         CCTATCTTGTAAGTGCCATAC	2	1	1
CTCTGTAGGTTTTTATTTTTAGAAGTTTTT	2	47	0
TGTATTGCCTTTGTGTTGTTTAAGACTGGC	2	114	0
ATGGTATAAAATTTGTTTTTAAAAGATTTG	2	226	0
ATATTGTGAGCTTTCGTGTTAGAATGCGTG	2	254	1
          **********
MAP Score: 10.9429

Motif 4
GGCTATGAATTTAAAAAAATCCACAACGAAAAAGAATTAAA	1	52	1
AATTCATCGCTAATAAAAACGAAGATTACAAGGCTAAAACA	1	170	1
AAATCATTGATAAGAAAAATATCCATAGAAACGCC      	1	275	1
TCCTTTGTAATCATAAAAAGGTTAATTCCATCTCACTCTGT	2	71	0
TAATCGCCATTCAAAATCACAGATATTTTAATACAGCGTTC	2	160	1
ACAAATCTTTTAAAAACAAATTTTATACCATATTGTGAGCT	2	225	1
TATCGCGCTTTTACAAAAACAAGGCTATGAATTTAAAAAAA	1	30	1
GGATTTTCTTGTAAAATAAAAGAAAGTTTAAGGAGGTTCGT	0	60	1
GCATCAAATTTCAAAAACAGCGCCGCTCAATGGATTTTCTT	0	29	1
CAAGTTCCCATAATAAAAACTTCTAAAAATAAAAACCTACA	2	33	1
CTTGAGAACGGGAAAACCAAAAACATTAAAATCATTGATAA	1	247	1
GGATAGCCAGTCTTAAACAACACAAAGGCAATACAAGCCCT	2	109	1
AGCGATGAATTGAAAATAAAGAGTGTCCCATTCTTTGGGCG	1	140	0
AGATTACAAGGCTAAAACAAGAAAGATCCAAGAAGATCCGA	1	192	1
          * * *****     *    **
MAP Score: 9.00943

Motif 5
   TTTGTTGTTGAACGCTTTTGCATCAAATTTCAAAAAC	0	7	1
AGAAAGGGAGTTTATCGCGCTTTTACAAAAACAAGGCTAT	1	18	1
GGCTATGAATTTAAAAAAATCCACAACGAAAAAGAATTAA	1	52	1
AAAAGACAATTTAAAAGAGCAGTTAGAAAAGCTTAACGAT	1	90	1
ACTCTTTATTTTCAATTCATCGCTAATAAAAACGAAGATT	1	157	1
AAACGAAGATTACAAGGCTAAAACAAGAAAGATCCAAGAA	1	186	1
AATCTCGCGCTTGAGAACGGGAAAACCAAAAACATTAAAA	1	238	1
ACCAAAAACATTAAAATCATTGATAAGAAAAATATCCATA	1	262	1
GAATTAACCTTTTTATGATTACAAAGGATAGCCAGTCTTA	2	84	1
ATCTGTGATTTTGAATGGCGATTAATGATATTATAGGGCT	2	144	0
GTTTCAAAAATTGAACGCTGTATTAAAATATCTGTGATTT	2	173	0
AAATTTGTTTTTAAAAGATTTGTGAGTGAACTCTTGTTTC	2	208	0
          ** ** **      *  ***
MAP Score: 8.3792