AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_fusions008_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944251578
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp1300	300	putative
#1	jhp1302	181	putative
#2	jhp1430	132	putative
#3	jhp1431	32	putative

Motif 1
CTACCCCTTTTTTGAAAAAAAGATGACTTG	0	278	0
GTTTTTGGAATTTGAAAGAAAATTTAGAGT	0	79	1
ATAAGAGTTATTTGAAATGATTGGAAATGA	0	122	1
AAATTTAGAGTTTGAAAGGAATGGATAAGA	0	98	1
ATGGTTTTTGTTGGAAAAAAGAACCCCTAA	2	28	0
GATTTTGAGCTTTGAAAAAGCTTTTGGTGT	1	123	1
TTTGAAATGATTGGAAATGATTGGGGAACT	0	132	1
TAATGATGCGTTTGATTTAATGATGCGTTT	0	200	0
TAATGATGCGTTTGATTTAATGATGCGTTT	0	217	0
AATCAGGGTATTTGACATAAAGGGCTGTCG	1	97	0
TTTTTTTTTTTTTGAAATATTTCTATACAT	2	66	0
GCAATCCAAGTTTGATAATAATAAGACACC	1	148	0
CTTATACCGATTTGTTAAAAAAACCAGACC	1	13	1
ATGCTTAAAGTTTGCTTAAAGTTTTTGGAA	0	59	1
GGGGAACTAATTGGAATGGGGGGCTAAAAA	0	154	1
GTGGTATTTAATTGATTTAATGATGCGTTT	0	234	0
TTTGAAAGGAATGGATAAGAGTTATTTGAA	0	108	1
          **********
MAP Score: 17.4126

Motif 2
  AACTTTTTAAAGCTTGTCTTTAAAAACGAAAT	0	8	1
AACTTTAAGCATTGCATGTCTATAATTACATTTC	0	37	0
TGCAATGCTTAAAGTTTGCTTAAAGTTTTTGGAA	0	55	1
TAGAGTTTGAAAGGAATGGATAAGAGTTATTTGA	0	103	1
AGTTATTTGAAATGATTGGAAATGATTGGGGAAC	0	127	1
TTTAAGATTAAACGCATCATTAAATCAAACGCAT	0	191	1
CATTAAATCAAACGCATCATTAAATCAAACGCAT	0	208	1
CATTAAATCAAACGCATCATTAAATCAATTAAAT	0	225	1
TGGTTTTTTTAACAAATCGGTATAAGACT     	1	5	0
TTAATAAGTAAATGTATCGGTCTGGTTTTTTTAA	1	27	0
ATCTGGAGGGAAGGTATCTTAATAAGTAAATGTA	1	45	0
CATGCGTCTTAATGTATAGAAATATTTCAAAAAA	2	55	1
          ** * ***  ****
MAP Score: 10.412

Motif 3
    AACTTTTTAAAGCTTGTCTTTAAAAA	0	6	1
CATGCAATGCTTAAAGTTTGCTTAAAGTTT	0	53	1
TAAAGTTTGCTTAAAGTTTTTGGAATTTGA	0	64	1
GAAAGAAAATTTAGAGTTTGAAAGGAATGG	0	92	1
AAGGAATGGATAAGAGTTATTTGAAATGAT	0	113	1
GCGTTTAATCTTAAAGCTTTATTTTTTAGC	0	176	0
ATACCCTGATTTTGAGCTTTGAAAAAGCTT	1	116	1
TTGAGCTTTGAAAAAGCTTTTGGTGTCTTA	1	127	1
ATAACATTAAAAAGTGTTTTTTTTTTTTTG	2	82	0
AAAACACTTTTTAATGTTATAATCTATCCT	2	92	1
          **********
MAP Score: 9.83205

Motif 4
TTACATTTCGTTTTTAAAGACAAGCTTTAAAAAGTT  	0	8	0
AATGATGCGTTTGATTTAATGATGCGTTTAATCTTAAA	0	191	0
AATGATGCGTTTGATTTAATGATGCGTTTGATTTAATG	0	208	0
TGGTATTTAATTGATTTAATGATGCGTTTGATTTAATG	0	225	0
TACCCCTTTTTTGAAAAAAAGATGACTTGGGGTATTGT	0	269	0
ATCGGTCTGGTTTTTTTAACAAATCGGTATAAGACT  	1	8	0
ATGGTTTTTGTTGGAAAAAAGAACCCCTAATTTAGGGG	2	20	0
          ***    ** ** **  *
MAP Score: 4.27645

Motif 5
      AACTTTTTAAAGCTTGTCTTTAAAA	0	4	1
CTTTAAGCAAACTTTAAGCATTGCATGTCTA	0	49	0
AATTCCAAAAACTTTAAGCAAACTTTAAGCA	0	60	0
TTGAAAGAAAATTTAGAGTTTGAAAGGAATG	0	90	1
ATGCGTTTAATCTTAAAGCTTTATTTTTTAG	0	177	0
GATGCGTTTGATTTAATGATGCGTTTAATCT	0	195	0
GATGCGTTTGATTTAATGATGCGTTTGATTT	0	212	0
TATTTAATTGATTTAATGATGCGTTTGATTT	0	229	0
AAATACCCTGATTTTGAGCTTTGAAAAAGCT	1	114	1
AAACCATGCGTCTTAATGTATAGAAATATTT	2	51	1
AAAAAAACACTTTTTAATGTTATAATCTATC	2	89	1
          ******** **
MAP Score: 4.06716

Motif 6
TTAAAGCTTGTCTTTAAAAACGAAATGTAAT	0	16	1
TTTCTTTCAAATTCCAAAAACTTTAAGCAAA	0	69	0
ATTTCCAATCATTTCAAATAACTCTTATCCA	0	119	0
AGTCATCTTTTTTTCAAAAAAGGGGTAGGA 	0	280	1
TATACCGATTTGTTAAAAAAACCAGACCGAT	1	15	1
          ACCCCAAAAACCCCTAAATTA	2	0	1
GGGGTTCTTTTTTCCAACAAAAACCATGCGT	2	31	1
GTATAGAAATATTTCAAAAAAAAAAAAACAC	2	68	1
          * *********
MAP Score: 3.82907

Motif 7
TTTAAAGCTTGTCTTTAAAAACGAAATGTAATTATAGACA	0	15	1
TAAAGTTTTTGGAATTTGAAAGAAAATTTAGAGTTTGAAA	0	75	1
ATGGATAAGAGTTATTTGAAATGATTGGAAATGATTGGGG	0	118	1
ATTGGAATGGGGGGCTAAAAAATAAAGCTTTAAGATTAAA	0	163	1
AAGATTAAACGCATCATTAAATCAAACGCATCATTAAATC	0	194	1
TAAATCAAACGCATCATTAAATCAATTAAATACCACTAGA	0	228	1
  TCCTACCCCTTTTTTGAAAAAAAGATGACTTGGGGTAT	0	272	0
GTATCGGTCTGGTTTTTTTAACAAATCGGTATAAGACT  	1	8	0
TCAAAATCAGGGTATTTGACATAAAGGGCTGTCGTTAAGA	1	91	0
TCCTGCAATCCAAGTTTGATAATAATAAGACACCAAAAGC	1	142	0
ATTAGGGGTTCTTTTTTCCAACAAAAACCATGCGTCTTAA	2	27	1
AATGTATAGAAATATTTCAAAAAAAAAAAAACACTTTTTA	2	65	1
          *   *** ***  **    *
MAP Score: 3.78598

Motif 8
        AACTTTTTAAAGCTTGTCTTTAAAA	0	2	1
TAGACATGCAATGCTTAAAGTTTGCTTAAAGTT	0	49	1
TGCTTAAAGTTTGCTTAAAGTTTTTGGAATTTG	0	60	1
AAGTTTTTGGAATTTGAAAGAAAATTTAGAGTT	0	77	1
GAAAATTTAGAGTTTGAAAGGAATGGATAAGAG	0	96	1
GGATAAGAGTTATTTGAAATGATTGGAAATGAT	0	120	1
TGATGCGTTTAATCTTAAAGCTTTATTTTTTAG	0	177	0
GATTAAACGCATCATTAAATCAAACGCATCATT	0	196	1
AATCAAACGCATCATTAAATCAAACGCATCATT	0	213	1
AATCAAACGCATCATTAAATCAATTAAATACCA	0	230	1
AAAAACCATGCGTCTTAATGTATAGAAATATTT	2	49	1
AAAAAAAACACTTTTTAATGTTATAATCTATCC	2	88	1
          * * ****** **
MAP Score: 1.58383