AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_fusions008_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944251587
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp1300	300	putative
#1	jhp1302	181	putative
#2	ald	203	L-ALANINE DEHYDROGENASE
#3	jhp1429	247	ZINC-DEPENDENT ALCOHOL DEHYDROGENASE
#4	jhp1430	132	putative
#5	jhp1431	32	putative

Motif 1
CCCCTAATTTAGGGGTTTTTGGGGT     	4	5	0
AAATTATACAAGGGGTTTTT          	4	122	1
         CAAGGGTTTTAAAGGCCGCTT	3	1	1
TGATGTTTTAAGGAGTTTTT          	3	237	1
GCTTTAGGGTAAAGGTTTTTCTTTAGCTTA	3	27	1
CCCCTAAATTAGGGGTTCTTTTTTCCAACA	4	20	1
TTTAGCCTTTAATAGTTTTTGTTAAATTTT	3	96	1
TAACATTAAAAAGTGTTTTTTTTTTTTTGA	4	81	0
CAAAAACTTGAATGGTTTTACTCTTTTACA	2	112	0
AGGAATGGATAAGAGTTATTTGAAATGATT	0	114	1
AGCTCAAAATCAGGGTATTTGACATAAAGG	1	104	0
CATTAAGACGCATGGTTTTTGTTGGAAAAA	4	39	0
GGTTCAAAAGAAGAGTGTTTGTGTGTTTCT	3	136	0
TATTGTATCTAGTGGTATTTAATTGATTTA	0	245	0
GAAGGATTTTAAGGGATTTATGCTTAAAGC	3	62	0
TAAGACACCAAAAGCTTTTTCAAAGCTCAA	1	127	0
TTCGCTCAATAAGACTATTTGGGCGTTTTT	2	146	0
GGGGATTTAAAGGAGTTATAAA        	2	2	0
          **********
MAP Score: 22.7725

Motif 2
    AACTTTTTAAAGCTTGTCTTTAAAAA	0	6	1
CATGCAATGCTTAAAGTTTGCTTAAAGTTT	0	53	1
TAAAGTTTGCTTAAAGTTTTTGGAATTTGA	0	64	1
GAAAGAAAATTTAGAGTTTGAAAGGAATGG	0	92	1
GCGTTTAATCTTAAAGCTTTATTTTTTAGC	0	176	0
ATGCGTTTGATTTAATGATGCGTTTAATCT	0	195	0
ATGCGTTTGATTTAATGATGCGTTTGATTT	0	212	0
ATTTAATTGATTTAATGATGCGTTTGATTT	0	229	0
ATACCCTGATTTTGAGCTTTGAAAAAGCTT	1	116	1
GAGTGGGGATTTAAAGGAGTTATAAA    	2	6	0
AGTAAAACCATTCAAGTTTTTGACAGAAAA	2	120	1
ACACTACTATTTAAAGGATTAAC       	2	190	1
CCGCTTTAGGGTAAAGGTTTTTCTTTAGCT	3	25	1
GGATTTATGCTTAAAGCTTTCTTAAGCTAA	3	49	0
TGGAAGGATTTTAAGGGATTTATGCTTAAA	3	64	0
ATAGTTTTTGTTAAATTTTTGACGGTTACA	3	107	1
TGAATGATACTTTGATGTTTTAAGGAGTTT	3	225	1
AACCCCTAATTTAGGGGTTTTTGGGGT   	4	7	0
          **********
MAP Score: 17.0836

Motif 3
ACATTTCGTTTTTAAAGACAAGCTTTAAAAA	0	13	0
GTTTTTGGAATTTGAAAGAAAATTTAGAGTT	0	79	1
AAATTTAGAGTTTGAAAGGAATGGATAAGAG	0	98	1
CTACCCCTTTTTTGAAAAAAAGATGACTTGG	0	277	0
CTTATACCGATTTGTTAAAAAAACCAGACCG	1	13	1
AATCAGGGTATTTGACATAAAGGGCTGTCGT	1	96	0
GCAATCCAAGTTTGATAATAATAAGACACCA	1	147	0
CATTCAAGTTTTTGACAGAAAAACGCCCAAA	2	128	1
CCGTCAAAAATTTAACAAAAACTATTAAAGG	3	101	0
TTGTTAAATTTTTGACGGTTACAGAAACACA	3	114	1
TTTGAACCTGTTTGACGGTTACAGAAACACT	3	158	1
TATTTGTAGTTTTAACAACAAGGAAAAAAGG	3	190	0
ACGCATGGTTTTTGTTGGAAAAAAGAACCCC	4	31	0
TATAGAAATATTTCAAAAAAAAAAAAACACT	4	69	1
          ******** **
MAP Score: 16.3543

Motif 4
TTTAAGATTAAACGCATCATTAAATCAAACGCATCA	0	191	1
CATTAAATCAAACGCATCATTAAATCAAACGCATCA	0	208	1
CATTAAATCAAACGCATCATTAAATCAATTAAATAC	0	225	1
ACAATACCCCAAGTCATCTTTTTTTCAAAAAAGGGG	0	269	1
       TTTATAACTCCTTTAAATCCCCACTCATA	2	3	1
CGGTTACAGAAACACTCCCTTTTTTCCTTGTTGTTA	3	173	1
TTAAAACATCAAAGTATCATTCAGTCTTATTTGTAG	3	212	0
          **  **** **   **
MAP Score: 9.62066