AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons002_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944251697 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 jhp0324 260 putative #1 fliF 43 FLAGELLAR M-RING PROTEIN #2 jhp0368 150 putative #3 jhp0374 21 putative #4 thrB 53 HOMOSERINE KINASE #5 jhp0429 117 putative Outer membrane protein #6 jhp0432 45 putative #7 cheV_2 70 putative chemotaxis protein #8 aspS 34 ASPARTYL-TRNA SYNTHETASE #9 nrdB 300 RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 BETA CHAIN #10 jhp1018 21 putative #11 rpsL 87 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12 #12 rpoB 221 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE, BETA SUBUNIT #13 rplL 42 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12 #14 rplJ 108 50S RIBOSOMAL PROTEIN L10 #15 rplA 44 50S RIBOSOMAL PROTEIN L1 #16 nusG 300 TRANSCRIPTION ANTITERMINATION PROTEIN #17 rpmG 46 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33 #18 tufA 300 ELONGATION FACTOR TU (EF-TU) #19 rpsK 22 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11 #20 rpmJ 78 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36 #21 secY 34 PREPROTEIN TRANSLOCASE SUBUNIT #22 rplD 34 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4 #23 rplC 36 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3 #24 rpsJ 165 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10 #25 selA 225 L-SERYL-TRNA(SER) SELENIUM TRANSFERASE #26 nusA 95 N-UTILIZATION SUBSTANCE PROTEIN A Motif 1 TTTCAGTATTTTTAAAGGATTAAAAAGCTAGAATA 9 162 0 GCCTAATTTTTTCAAAGGAGAAAAATC 20 61 1 AGAACATCAATTTAAAGGAACTTAAGA 26 78 1 AGAAGTAAAAATCAAAGGAACGCAATAACTT 0 6 0 GTTAAAAAGCTTTAAAAGAGGGCAAAAATTAAAGC 0 62 1 TGAAAGAAATTTTTAAGGATTAGAATC 15 27 1 TATCAGATAGTTTTAAGGAAAATAAGGAACAGA 9 277 1 GCGAACGGCTTAAAAGAATGAAAATTTTATCAAG 1 9 1 TTAGAATACCTTAAAAGAATTTAAAACCCCCTAAA 9 234 0 TTTGTTTTAATTTAAAGGGATAAAAC 8 18 1 AGGTCTAGTCTAGAAAGGAGGAAAAG 14 92 1 TATTTCCTTATAAAAAGGAAGTAAAAATCTCTAAA 24 17 1 AAAATTTTTGATCAAAGGCTTGAAAT 12 205 1 TTAAAGCGGTTTCAAAAAAAAAAAAAAAAACAATT 0 90 1 AACTTCAAATTTTAAAAAACTTCAATTTTTCAGTA 9 189 0 ACGGCTTAATTTAAAAAAATTTGAAGGATTGGATT 13 17 1 AGTTTTAAAAATGAAAGGGTATCAACAATAGGGGT 4 21 1 TAGACTACAATTTTAAGAAGTAAAAATCAAAGGAA 0 21 0 AATGAACTGACTAAAAGGGTTTTAAATA 0 242 1 TTTAGCTCTCAACAAAGGAACCAAACGCTTTCATC 25 200 1 AATGGTGCGGAAGAAAGGAATCGAACCTTCATGCC 9 28 1 AGAATGAAAAAAGATTAAGGC 10 3 1 CTAATTTTTCTTTTAAAAATCTTAACCGATTTTTA 11 12 0 TTCTTCCTTATTCTAAAAATTTAAAACTAAAAGTT 11 60 0 GTAAAAATCTCTAAAAAGCCCTAAAAATAGCAAAA 24 37 1 ATCGTAAGAGCTAAAAAGCTTAAAATTTCTTTTTT 14 39 1 AATTGTAGTCTAAAAAGGGTTAAAAAGCTTTAAAA 0 44 1 CTCTTAAAAGTTTTAAGACAATGAAGTTTAAACGC 0 170 0 TATTCTCCTTATTTAAAGCCACCAACCTATAGAAC 16 275 0 CTAATTTTAATAGAAAAAAGTGAAACCATTTTTAA 5 57 0 TCAGCCTAAGATTAAAAACTCCTAACG 14 2 0 CAAACCTAACTAATAAGAAACTGAAATTGTTTTTT 0 114 0 TATCAGCTTGATTTAAGAGGAATAAGTT 21 16 1 ** ****** ** MAP Score: 46.1901 Motif 2 GTTGATACCCTTTCATTTTTAAAACTAGCAT 4 16 0 ATGGGAGAACTTTTAGTTTTAAATTTTTAGA 11 53 1 GGTTGTTTTTTAATTTTAGTTTAAGCTA 16 7 1 TTAAAAGAATTTTTAATTTTATCCAAAATAG 16 35 0 TTAAAAATGGTTTCACTTTTTTCTATTAAAA 5 57 1 TTGAGTAGTATTTCAGTTTTTATTTTATTGT 24 94 1 TAGGACAACATTTTAGTTTTTGAGACGCCTA 18 82 1 AAGCTTAAAATTTCTTTTTTAAAAAGATAAT 14 54 1 AATGCACTTGTTTCTGTTTTAGTGGTGGTGA 16 185 1 GCATAAAAGCTTTTTATTTTAATCAAACCTA 0 141 0 ATTTAATTTTTGTTTTAATTTAAAGGG 8 6 1 TTTACCCTAATTTTTCTTTTAAAAATCTTAA 11 22 0 CGTTAGGAGTTTTTAATCTTAGGCTGAAGAT 14 10 1 ATTGCGTTCCTTTGATTTTTACTTCTTAAAA 0 15 1 TTGATAAAATTTTCATTCTTTTAAGCCGTTC 1 12 0 AAATTGTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAACCGC 0 95 0 TATAGGGCTTTTTCATGTTTATTTCCATGTT 25 46 0 ATACTTCTAATTTCAATTTTGCTTGTTAGGA 6 19 1 ATTTAAGACATTTTTGTCTTATCGCCATTCA 18 196 0 AATAAGAACATTTTATTATTAAGGTTAGAAT 5 11 0 AACTTCAATTTTTCAGTATTTTTAAAGGATT 9 176 0 AAAAAAGAAATTTTAAGCTTTTTAGCTCTTA 14 43 0 AGGATTTCTTTTTGAATTTTGAACATGGAAA 25 25 1 TTTTTTAAAATTTGAAGTTTTTTTTGGCTTT 9 205 1 TTTTTTCTATTTCCTTATAAAA 24 1 1 TAAAAGTTTCTTTCAATTATACTAAAATAAT 2 102 0 TATCACGCTATTTTTAGCTTTGTTGGATTTT 16 220 1 TAACCGGTCATTTTAATTATTTTAGTATAAT 2 87 1 GATCAAAAATTTTGAGTTATTAATGCATTAA 12 187 0 ***** ***** MAP Score: 32.6958 Motif 3 TTATTGTATTCAAAAATGGCTTAAAAATGGTTTCA 5 37 1 CCCTAAAAGCCAAAAAAAACTTCAAATTTTAAAAA 9 206 0 TTAATTTTATCCAAAATAGCTTAAACTAAAATTAA 16 19 0 GGCGATAAGACAAAAATGTCTTAAATTTTGTGGTA 18 201 1 AATGAACTGACTAAAAGGGTTTTAAATA 0 242 1 TAAAAACCTTTTAAACTAAATTAGG 7 0 1 CTAAAAAGGGTTAAAAAGCTTTAAAAGAGGGCAAA 0 53 1 TTAGAATACCTTAAAAGAATTTAAAACCCCCTAAA 9 234 0 ACGGCTTAATTTAAAAAAATTTGAAGGATTGGATT 13 17 1 TGGATAAAATTAAAAATTCTTTTAATTAAATGTAT 16 41 1 TTAGGCACTACTAAAAACTTTTATACTAACATATT 20 32 0 GTAAAAATCTCTAAAAAGCCCTAAAAATAGCAAAA 24 37 1 AACTTCAAATTTTAAAAAACTTCAATTTTTCAGTA 9 189 0 AGGGCAAAAATTAAAGCGGTTTCAAAAAAAAAAAA 0 80 1 TCTTAAGTTCCTTTAAATTGATGTTC 26 79 0 GAGAAAGGCACAAAAGGCCTTTCTATTGTTTAAGT 12 11 0 AAAAGAAATCCTAAGATTTCTTTAACT 25 2 0 TTAGTATAATTGAAAGAAACTTTTAACAAACAATT 2 108 1 TTCAATTATACTAAAATAATTAAAATGACCGGTTA 2 87 0 ATCGTAAGAGCTAAAAAGCTTAAAATTTCTTTTTT 14 39 1 AGTTTAAACGCATAAAAGCTTTTTATTTTAATCAA 0 146 0 TTAAGACGCTCTTAAGGATTTTAAAAAAGTAGTTT 25 125 1 TTCTAATCCTTAAAAATTTCTTTCAATTCCAACAA 15 17 0 TTTTAATCCTTTAAAAATACTGAAAAATTGAAGTT 9 172 1 TGATCCTAATTAAAAATAATCTCAATGATACACTA 5 89 0 GAAATAAACATGAAAAAGCCCTATAGAAACCGCCA 25 52 1 GTAAGCATTGCAAAAGGATTTCCAAACTTCATAAC 12 147 0 CCAACGAACTTTAAAATTGCTCTTAAAAGTTTTAA 0 189 0 AGCGTGTGGCCTAAAGTGGTTAGTATTGCAGGTGG 12 88 1 AAATTTAAAACTAAAAGTTCTCCCATTTTACCCTA 11 44 0 AACTTTTAGTTTTAAATTTTTAGAATAAGGAAGAA 11 60 1 TATTAGCAAAAAGAGTTACCATAAAGGTCGC 17 6 1 * **** *** ** MAP Score: 31.0485 Motif 4 AAGTTATTGCGTTCCTTTGATTTTTACTTC 0 4 1 TTTTAAAGCTTTTTAACCCTTTTTAGACTACAATTT 0 43 0 CCGCTTTAATTTTTGCCCTCTTTTAAAGCTTTTTAA 0 63 0 TTTTTTTTTTTTTGAAACCGCTTTAATTTTTGCCCT 0 80 0 AAAAAAACAATTTCAGTTTCTTATTAGTTAGGTTTG 0 113 1 TCTTAAAACTTTTAAGAGCAATTTTAAAGTTCGTTG 0 187 1 TATTTAAAACCCTTTTAGTCAGTTCATT 0 242 0 CCTTGATAAAATTTTCATTCTTTTAAGCCGTTCGC 1 9 0 TGGGTAAAAATTTTACTCCATTTTTAACCGGTCATT 2 63 1 GTGAAACCATTTTTAAGCCATTTTTGAATACAATAA 5 37 0 TTAGTGTATCATTGAGATTATTTTTAATTAGGATCA 5 88 1 ATTTAATTTTTGTTTTAATTTAAAGGG 8 1 1 AAAACTTCAATTTTTCAGTATTTTTAAAGGATTAAA 9 173 0 TTTTTTAAAATTTGAAGTTTTTTTTGGCTTTTAGGG 9 205 1 TTTTAGGGGGTTTTAAATTCTTTTAAGGTATTCTAA 9 233 1 TGCAGGTGGGTTTGGTATTTTTATCATGGTATGGTT 12 114 1 GAGCCTTACGGCTTAATTTAAAAAAATTTGA 13 5 1 CTAAAAAGCTTAAAATTTCTTTTTTAAAAAGATAAT 14 49 1 ATTCTAATCCTTAAAAATTTCTTTCAATTCCAACAA 15 17 0 GGTTGTTTTTTAATTTTAGTTTAAGCTATTTTGG 16 8 1 TTTGGATAAAATTAAAAATTCTTTTAATTAAATGTA 16 39 1 TACGCAATGCACTTGTTTCTGTTTTAGTGGTGGTGA 16 180 1 TGGTGAGTGCTATCACGCTATTTTTAGCTTTGTTGG 16 210 1 TTAGTATAATTCTAAAATCCATTTCAATAAAATTAA 18 262 1 TTGTATTTCTCCTTAATTTTATTGAAATGGA 18 279 0 ATTTAAGAGTTATTTCAATGAAAATAT 20 1 1 TGCCCCTATCAGCTTGATTTAAGAGGAATAAG 21 6 1 ATCTAACCCTTATTTTATTATCTCAAT 23 19 0 TTTTAGAGATTTTTACTTCCTTTTTATAAGGAAATA 24 17 0 TATTTTATTGTTTTATTCTGTTTTTGAGTGACGAAT 24 114 1 TATAGGGCTTTTTCATGTTTATTTCCATGTTCAAAA 25 41 0 TTAAGGATTTTAAAAAAGTAGTTTTATCAAAAATTT 25 136 1 TTTAGATTAAAATAACGCTTATTTTAGCTCTCAACA 25 178 1 ATTCGCTATAATAAAATTTCTTTTAAACGCGCCGCT 26 12 1 TCTTAAGTTCCTTTAAATTGATGTTC 26 79 0 *** * ** *** * MAP Score: 20.9044 Motif 5 ATTAAAGCGGTTTCAAAAAAAAAAAAAAAAACAA 0 89 1 AGCTTTTTATTTTAATCAAACCTAACTAATAAGA 0 131 0 CTCTTAAAAGTTTTAAGACAATGAAGTTTAAACG 0 171 0 TCTTAAAACTTTTAAGAGCAATTTTAAAGTTCGT 0 187 1 TAATATCCATTTTGAATGAACTGACTAAAAGGGT 0 228 1 TTTCTTTCAATTATACTAAAATAATTAAAATGAC 2 93 0 TGAAAGAAACTTTTAACAAACAATTCAAGGGATT 2 118 1 TTAAGCCATTTTTGAATACAATAAGAACATTTTA 5 27 0 ATACACTAATTTTAATAGAAAAAAGTGAAACCAT 5 63 0 TTTTATCCCTTTAAATTAAAACAAAAATTAAAT 8 9 0 TTTTCAGTATTTTTAAAGGATTAAAAAGCTAGAA 9 164 0 TATCAGATAGTTTTAAGGAAAATAAGGAACAGA 9 277 1 CGGTTAAGATTTTTAAAAGAAAAATTAGGGTAAA 11 19 1 ATTTCAAGCCTTTGATCAAAAATTTTGAGTTATT 12 197 0 AAGATTATCTTTTTAAAAAAGAAATTTTAAGCTT 14 54 0 CCAAAATAGCTTAAACTAAAATTAAAAAACAACC 16 10 0 ACTTAATACATTTAATTAAAAGAATTTTTAATTT 16 47 0 GTATCTGCTCTTTAATGGGAAATATCACTTTAGA 16 149 0 GATTTTAGAATTATACTAAACAAAATCCTAAGTA 18 247 0 CTAAAATCCATTTCAATAAAATTAAGGAGAAATA 18 273 1 ACTAACATATTTTCATTGAAATAACTCTTAAAT 20 9 0 TGCCTAATTTTTTCAAAGGAGAAAAATC 20 60 1 ATCAGCTTGATTTAAGAGGAATAAGTT 21 17 1 TTTACTTCCTTTTTATAAGGAAATAGAAAAAA 24 8 0 AAACGAGTTCTTTTAGGAGAGTTT 24 151 1 AAAAAAGTAGTTTTATCAAAAATTTAGCGGGTTT 25 147 1 TTTAGCGGGTTTAGATTAAAATAACGCTTATTTT 25 169 1 GAGCGGCGCGTTTAAAAGAAATTTTATTATAGCG 26 15 0 AGAACATCAATTTAAAGGAACTTAAGA 26 78 1 *** * **** ** MAP Score: 17.6453 Motif 6 TTCCTTTGATTTTTACTTCTTAAAATTGTAGTC 0 21 1 TTAAAGCTTTTTAACCCTTTTTAGACTACAATT 0 44 0 TTTAAACGCATAAAAGCTTTTTATTTTAATCAA 0 146 0 GTTTTAAGACAATGAAGTTTAAACGCATAAAAG 0 163 0 AAAATTGCTCTTAAAAGTTTTAAGACAATGAAG 0 179 0 ATTATACGCCAACGAACTTTAAAATTGCTCTTA 0 199 0 TGAACTGACTAAAAGGGTTTTAAATA 0 244 1 TGAAAATTTTATCAAGGTTTTAATA 1 28 1 TTAAAAATGGAGTAAAATTTTTACCCACCCCAA 2 57 0 GTATAATTGAAAGAAACTTTTAACAAACAATTC 2 111 1 GGTATCAACAATAGGGGTTTAAAAT 4 38 1 TAATTTAGTTTAAAAGGTTTTTA 7 0 0 AGAAGCAGTATTCTAGCTTTTTAATCCTTTAAA 9 154 1 ACTTCAATTTTTCAGTATTTTTAAAGGATTAAA 9 173 0 CAAAAAAAACTTCAAATTTTAAAAAACTTCAAT 9 198 0 TTTTGGCTTTTAGGGGGTTTTAAATTCTTTTAA 9 226 1 AAAAATCTTAACCGATTTTTATA 11 0 0 AAAAATCGGTTAAGATTTTTAAAAGAAAAATTA 11 13 1 GAACTTTTAGTTTTAAATTTTTAGAATAAGGAA 11 59 1 TGCAGGTGGGTTTGGTATTTTTATCATGGTATG 12 114 1 CATTAATAACTCAAAATTTTTGATCAAAGGCTT 12 193 1 ATCCAATCCTTCAAATTTTTTTAAATTAAGCCG 13 18 0 AAAAAGAAATTTTAAGCTTTTTAGCTCTTACGA 14 40 0 GTTGGAATTGAAAGAAATTTTTAAGGATTAGAA 15 19 1 CATTTAATTAAAAGAATTTTTAATTTTATCCAA 16 40 0 TAGGACAACATTTTAGTTTTTGAGACGCCTATA 18 82 1 GCGATAAGACAAAAATGTCTTAAATTTTGTGGT 18 202 1 ATATGTTAGTATAAAAGTTTTTAGTAGTGCCTA 20 33 1 TTAGGGCTTTTTAGAGATTTTTACTTCCTTTTT 24 28 0 AAAGAAATCCTAAGATTTCTTTAACT 25 3 0 TAAGACGCTCTTAAGGATTTTAAAAAAGTAGTT 25 126 1 ** ** ****** MAP Score: 2.22