AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons002_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944251726 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 jhp0324 260 putative #1 fliF 43 FLAGELLAR M-RING PROTEIN #2 jhp0368 150 putative #3 jhp0374 21 putative #4 thrB 53 HOMOSERINE KINASE #5 jhp0429 117 putative Outer membrane protein #6 jhp0432 45 putative #7 cheV_2 70 putative chemotaxis protein #8 aspS 34 ASPARTYL-TRNA SYNTHETASE #9 nrdB 300 RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 BETA CHAIN #10 jhp1018 21 putative #11 rpsL 87 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12 #12 rpoB 221 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE, BETA SUBUNIT #13 rplL 42 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12 #14 rplJ 108 50S RIBOSOMAL PROTEIN L10 #15 rplA 44 50S RIBOSOMAL PROTEIN L1 #16 nusG 300 TRANSCRIPTION ANTITERMINATION PROTEIN #17 rpmG 46 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33 #18 tufA 300 ELONGATION FACTOR TU (EF-TU) #19 rpsK 22 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11 #20 rpmJ 78 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36 #21 secY 34 PREPROTEIN TRANSLOCASE SUBUNIT #22 rplD 34 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4 #23 rplC 36 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3 #24 rpsJ 165 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10 #25 jhp1402 105 putative #26 frpB_3 168 putative IRON-REGULATED OUTER MEMBRANE PROTEIN #27 selA 225 L-SERYL-TRNA(SER) SELENIUM TRANSFERASE #28 nusA 95 N-UTILIZATION SUBSTANCE PROTEIN A Motif 1 TTCAATTATACTAAAATAATTAAAATGACCGGTTA 2 87 0 ATCGTAAGAGCTAAAAAGCTTAAAATTTCTTTTTT 14 39 1 CTAAAAAGCCCTAAAAATAGCAAAAGTTATTGACT 24 47 1 TTAAAACCCCCTAAAAGCCAAAAAAAACTTCAAAT 9 214 0 GCGAACGGCTTAAAAGAATGAAAATTTTATCAAG 1 9 1 AAATTGTAGTCTAAAAAGGGTTAAAAAGCTTTAAA 0 43 1 TTAGAATACCTTAAAAGAATTTAAAACCCCCTAAA 9 234 0 TATTAAAACCTTGATAAAATTTTCATT 1 26 0 AATGAACTGACTAAAAGGGTTTTAAATA 0 242 1 CAATAAAATGCTAAAACTTTTTTAATCACATTTTT 26 19 1 TTTCTTAATCCTAAAACAAATTTAAGGTATTATTA 26 62 1 AAAGCGGTTTCAAAAAAAAAAAAAAAAACAATTTC 0 92 1 AAAAAGGAAGTAAAAATCTCTAAAAAGCCCTAAAA 24 28 1 TTTAATCCTTTAAAAATACTGAAAAATTGAAGTTT 9 173 1 GGCGATAAGACAAAAATGTCTTAAATTTTGTGGTA 18 201 1 TTATTGTATTCAAAAATGGCTTAAAAATGGTTTCA 5 37 1 ATTCGTCACTCAAAAACAGAATAAAACAATAAAAT 24 115 0 AATGACCGGTTAAAAATGGAGTAAAATTTTTACCC 2 64 0 TAAAAACCTTTTAAACTAAATTAGG 7 0 1 GCCTAATTTTTTCAAAGGAGAAAAATC 20 61 1 TATTTCCATGTTCAAAATTCAAAAAGAAATCCTAA 27 23 0 CAAAAAAAACTTCAAATTTTAAAAAACTTCAATTT 9 196 0 TTAGGCACTACTAAAAACTTTTATACTAACATATT 20 32 0 CTTCCTTATTCTAAAAATTTAAAACTAAAAGTTCT 11 58 0 ATAGCTTAAACTAAAATTAAAAAACAACC 16 4 0 CAGCCTAAGATTAAAAACTCCTAACG 14 1 0 CTTCATTGTCTTAAAACTTTTAAGAGCAATTTTAA 0 179 1 AACTACTTTTTTAAAATCCTTAAGAGCGTCTTAAT 27 124 0 AAAAAAGTAAATAAAAAGGCTAAAAGAA 26 150 1 TTAAAAAGCTTTAAAAGAGGGCAAAAATTAAAGCG 0 63 1 CTCACCACCACTAAAACAGAAACAAGTGCATTGCG 16 182 0 TGGATAAAATTAAAAATTCTTTTAATTAAATGTAT 16 41 1 TTTGTTTTAATTTAAAGGGATAAAAC 8 18 1 GACAATGAAGTTTAAACGCATAAAAGCTTTTTATT 0 154 0 CCTTTCATTTTTAAAACTAGCATTATACA 4 4 0 TCCCTTTAAATTAAAACAAAAATTAAAT 8 3 0 GTTAAGATTTTTAAAAGAAAAATTAGGGTAAAATG 11 21 1 ACGGCTTAATTTAAAAAAATTTGAAGGATTGGATT 13 17 1 AGCGGCGCGTTTAAAAGAAATTTTATTATAGCGAA 28 13 0 TTTAAAGGATTAAAAAGCTAGAATACTGCTTCTTT 9 152 0 AACCTTAGGTTTAAAACTTGACTAAATTTTTTAGA 26 116 1 TATAAAAATCGGTTAAGATTTTTAAA 11 1 1 AAACAATAAAATAAAAACTGAAATACTACTCAAAA 24 92 0 AGAACATCAATTTAAAGGAACTTAAGA 28 78 1 TCTCAATATCCTAAAATTTTTAAGCCACTATACCC 25 10 1 TGATCCTAATTAAAAATAATCTCAATGATACACTA 5 89 0 CCATACCATGATAAAAATACCAAACCCACCTGCAA 12 113 0 ****** **** MAP Score: 43.2001 Motif 2 TAGACTACAATTTTAAGAAGTAAAAATCAAAGGAA 0 21 0 ATTAAAGCGGTTTCAAAAAAAAAAAAAAAAACAAT 0 89 1 GGTTGGTGGCTTTAAATAAGGAGAATA 16 283 1 TGAAAGAAATTTTTAAGGATTAGAATC 15 27 1 TTTCAGTATTTTTAAAGGATTAAAAAGCTAGAATA 9 162 0 TATCAGATAGTTTTAAGGAAAATAAGGAACAGA 9 277 1 CTAAAATCCATTTCAATAAAATTAAGGAGAAATAC 18 273 1 AACTTCAAATTTTAAAAAACTTCAATTTTTCAGTA 9 189 0 CTAATTTTTCTTTTAAAAATCTTAACCGATTTTTA 11 12 0 AGAACATCAATTTAAAGGAACTTAAGA 28 78 1 ATAATGCTAGTTTTAAAAATGAAAGGGTATCAACA 4 13 1 GACAATGAAGTTTAAACGCATAAAAGCTTTTTATT 0 154 0 CTCTTAAAAGTTTTAAGACAATGAAGTTTAAACGC 0 170 0 GTTTTATCCCTTTAAATTAAAACAAAAATTAAAT 8 9 0 GCGAACGGCTTAAAAGAATGAAAATTTTATCAAG 1 9 1 ACTAAATTTTTTAGAAAAAAGTAAATAAAAAGGCT 26 136 1 TTAGAATACCTTAAAAGAATTTAAAACCCCCTAAA 9 234 0 ACGGCTTAATTTAAAAAAATTTGAAGGATTGGATT 13 17 1 TTAAGCCATTTTTGAATACAATAAGAACATTTTAT 5 26 0 GATACACTAATTTTAATAGAAAAAAGTGAAACCAT 5 63 0 TTTCAACGCATTGAGATAATAAAAT 23 0 1 TGCCTAATTTTTTCAAAGGAGAAAAATC 20 60 1 TAAAAATTTCTTTCAATTCCAACAAAACCCAA 15 7 0 AAATACCCTTTCAAATAAAATAGCGATCATTAT 25 82 0 TATATAGGCGTCTCAAAAACTAAAATGTTGTCCTA 18 82 0 TAAAAACCTTTTAAACTAAATTAGGGTAGTATTA 7 9 1 TAACCGGTCATTTTAATTATTTTAGTATAATTGAA 2 87 1 ATTAAGACGCTCTTAAGGATTTTAAAAAAGTAGTT 27 124 1 AAGATTATCTTTTTAAAAAAGAAATTTTAAGCTTT 14 53 0 TTAAGAGTTATTTCAATGAAAATATGTTAGTATAA 20 12 1 CTAAAAAGGGTTAAAAAGCTTTAAAAGAGGGCAAA 0 53 1 *** ** ** * ** MAP Score: 37.2103 Motif 3 GTTGATACCCTTTCATTTTTAAAACTAGCAT 4 16 0 ATGGGAGAACTTTTAGTTTTAAATTTTTAGA 11 53 1 GGTTGTTTTTTAATTTTAGTTTAAGCTA 16 7 1 TTAAAAGAATTTTTAATTTTATCCAAAATAG 16 35 0 TTAAAAATGGTTTCACTTTTTTCTATTAAAA 5 57 1 TTGAGTAGTATTTCAGTTTTTATTTTATTGT 24 94 1 AAGCTTAAAATTTCTTTTTTAAAAAGATAAT 14 54 1 AATGCACTTGTTTCTGTTTTAGTGGTGGTGA 16 185 1 TAGGACAACATTTTAGTTTTTGAGACGCCTA 18 82 1 GCATAAAAGCTTTTTATTTTAATCAAACCTA 0 141 0 ATTTAATTTTTGTTTTAATTTAAAGGG 8 6 1 TTTACCCTAATTTTTCTTTTAAAAATCTTAA 11 22 0 CGTTAGGAGTTTTTAATCTTAGGCTGAAGAT 14 10 1 TATAGGGCTTTTTCATGTTTATTTCCATGTT 27 46 0 ATACTTCTAATTTCAATTTTGCTTGTTAGGA 6 19 1 ATTGCGTTCCTTTGATTTTTACTTCTTAAAA 0 15 1 TTGATAAAATTTTCATTCTTTTAAGCCGTTC 1 12 0 AATAAGAACATTTTATTATTAAGGTTAGAAT 5 11 0 ACTGAAATTGTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAA 0 99 0 ATTTAAGACATTTTTGTCTTATCGCCATTCA 18 196 0 AACTTCAATTTTTCAGTATTTTTAAAGGATT 9 176 0 TAAAAGTTTCTTTCAATTATACTAAAATAAT 2 102 0 AGGATTTCTTTTTGAATTTTGAACATGGAAA 27 25 1 CTTAAATTTGTTTTAGGATTAAGAAAATATG 26 57 0 AAAAAAGAAATTTTAAGCTTTTTAGCTCTTA 14 43 0 TTTTTTCTATTTCCTTATAAAA 24 1 1 TTTTTTAAAATTTGAAGTTTTTTTTGGCTTT 9 205 1 TAACCGGTCATTTTAATTATTTTAGTATAAT 2 87 1 TATCACGCTATTTTTAGCTTTGTTGGATTTT 16 220 1 ***** ***** MAP Score: 30.802 Motif 4 AAAAGAGGGCAAAAATTAAAGCGGTTTCAAAAAAAAA 0 75 1 AAAAATACTGAAAAATTGAAGTTTTTTAAAATTTGAA 9 184 1 AGCCGCTCAATAAAATGCTAAAACTTTTTTAATCACA 26 12 1 AAAATTAGGGTAAAATGGGAGAACTTTTAGTTTTAAA 11 39 1 TAGGTTTGATTAAAATAAAAAGCTTTTATGCGTTTAA 0 141 1 TAGTTTTATCAAAAATTTAGCGGGTTTAGATTAAAAT 27 154 1 ATAGTGGCTTAAAAATTTTAGGATATTGAGA 25 4 0 TGGGGTGGGTAAAAATTTTACTCCATTTTTAACCGGT 2 58 1 TTTTTCTTTTAAAAATCTTAACCGATTTTTATA 11 6 0 GGGTTTAGATTAAAATAACGCTTATTTTAGCTCTCAA 27 175 1 AAAATGGCTTAAAAATGGTTTCACTTTTTTCTATTAA 5 49 1 GCGATAAGACAAAAATGTCTTAAATTTTGTGGTAGCA 18 202 1 AAACCTTGATAAAATTTTCATTCTTTTAAGCCGTTCG 1 11 0 GAAGTTTTTTAAAATTTGAAGTTTTTTTTGGCTTTTA 9 201 1 TATTTTGGATAAAATTAAAAATTCTTTTAATTAAATG 16 36 1 ACTTTTAACAAACAATTCAAGGGATTTGGCGATT 2 126 1 GCCTTTGATCAAAAATTTTGAGTTATTAATGCATTAA 12 187 0 AAAAAGCCCTAAAAATAGCAAAAGTTATTGACTAAAT 24 49 1 TGAAAAATCCTAAGTGTTAAATATAGTGG 2 2 1 CATTTTTGAATACAATAAGAACATTTTATTATTAAGG 5 18 0 TCTAATCCTTAAAAATTTCTTTCAATTCCAACAAAAC 15 14 0 TTTCAAAAAAAAAAAAAAAAACAATTTCAGTTTCTTA 0 99 1 ATACATTGAATATAATATAAAGGGTTTGAT 22 14 1 AAATTCGCTATAATAAAATTTCTTTTAAACGCGCC 28 8 1 TTTTTTCTAAAAAATTTAGTCAAGTTTTAAACCTAAG 26 119 0 CCCTTTCAAATAAAATAGCGATCATTATAACATGTTG 25 73 0 AAAGTCATGCTACAATGCCACTATATTTAACACTTAG 2 19 0 TTTTTCTATTAAAATTAGTGTATCATTGAGATTATTT 5 74 1 CCTTTTAAACTAAATTAGGGTAGTATTATAACATTTA 7 16 1 TATTCTATTTAATAATACCTTAAATTTGTTTTAGGAT 26 69 0 ****** * *** MAP Score: 29.6398 Motif 5 CCATTTTGAATGAACTGACTAAAAGGGTTTTAAATA 0 234 1 ACGGCTTAATTTAAAAAAATTTGAAGGATTGGATT 13 17 1 CTTAAAAGAATGAAAATTTTATCAAGGTTTTAATA 1 18 1 AACCATACATTGAATATAATATAAAGGGTTTGAT 22 10 1 AACAAACTCATTAAGACGCTCTTAAGGATTTTAAAAAAGT 27 115 1 AGTTAAAGAAATCTTAGGATTTCTTTTTGAAT 27 2 1 TTAGGGGGTTTTAAATTCTTTTAAGGTATTCTAACGAGAC 9 235 1 TTCTTAATCCTAAAACAAATTTAAGGTATTATTAAATAGA 26 63 1 AATTGTAGTCTAAAAAGGGTTAAAAAGCTTTAAAAGAGGG 0 44 1 AGAATTATACTAAACAAAATCCTAAGTATTCCTAAATGCT 18 235 0 ACTTCAATTTTTCAGTATTTTTAAAGGATTAAAAAGCTAG 9 166 0 TATTATAACATTTAATCTTTGATAGGGCTTAGGGGAAATA 7 39 1 TTCATTGTCTTAAAACTTTTAAGAGCAATTTTAAAGTTCG 0 180 1 AAAAATGTCTTAAATTTTGTGGTAGCATTTAGGAATACTT 18 212 1 AAAAATGTGATTAAAAAAGTTTTAGCATTTTATTGAGCGG 26 14 0 AAGCCATTTTTGAATACAATAAGAACATTTTATTATTAAG 5 19 0 AATACTACCCTAATTTAGTTTAAAAGGTTTTTA 7 3 0 TGTTGGAATTGAAAGAAATTTTTAAGGATTAGAATC 15 18 1 CCAAATCCCTTGAATTGTTTGTTAAAAGTTTCTTTCAATT 2 115 0 ACAATGAAGTTTAAACGCATAAAAGCTTTTTATTTTAATC 0 148 0 TTAAACTTAATACATTTAATTAAAAGAATTTTTAATTTTA 16 45 0 TTTTGCTATTTTTAGGGCTTTTTAGAGATTTTTACTTCCT 24 32 0 CATTTTTGTCTTATCGCCATTCAAGAGATTATAAACTGGA 18 179 0 GGTTGTTTTTTAATTTTAGTTTAAGCTATTTTGGATAAAA 16 10 1 * ** * **** ** MAP Score: 28.6256 Motif 6 TGTAGTCTAAAAAGGGTTAAAAAGCTTTAAAA 0 47 1 AAGCGGTTTCAAAAAAAAAAAAAAAAACAATT 0 93 1 AATGAAGTTTAAACGCATAAAAGCTTTTTATT 0 154 0 GCGAACGGCTTAAAAGAATGAAAAT 1 3 1 TGAAAAATCCTAAGTGTTAAATATA 2 3 1 TGTATTCAAAAATGGCTTAAAAATGGTTTCAC 5 41 1 GAATGTCCTAACAAGCAAAATTG 6 32 0 GTTTTAATTTAAAGGGATAAAAC 8 21 1 CAGTATTTTTAAAGGATTAAAAAGCTAGAATA 9 162 0 TAATCCTTTAAAAATACTGAAAAATTGAAGTT 9 175 1 AAACCCCCTAAAAGCCAAAAAAAACTTCAAAT 9 214 0 GTCTCGTTAGAATACCTTAAAAGAATTTAAAA 9 243 0 TAGAGCAGAGAAAGGCACAAAAGGCCTTTCTA 12 21 0 ATTTTTGATCAAAGGCTTGAAAT 12 208 1 TCTTAGGCTGAAGATCGTAAGAGCTAAAAAGC 14 26 1 GTAAGAGCTAAAAAGCTTAAAATTTCTTTTTT 14 42 1 CAAAGCTAAAAATAGCGTGATAGCACTCACCA 16 210 0 AATCTCTTGAATGGCGATAAGACAAAAATGTC 18 189 1 ATAAGACAAAAATGTCTTAAATTTTGTGGTAG 18 205 1 TATACTAAACAAAATCCTAAGTATTCCTAAAT 18 238 0 TTATTATCTCAATGCGTTGAAA 23 0 0 TCAACGCATTGAGATAATAAAATAAGGGTTAG 23 12 1 TCCTTATAAAAAGGAAGTAAAAATCTCTAAAA 24 21 1 AAATCTCTAAAAAGCCCTAAAAATAGCAAAAG 24 41 1 AGAATAAAACAATAAAATAAAAACTGAAATAC 24 101 0 GTCACTCAAAAACAGAATAAAACAATAAAATA 24 114 0 TCTCAATATCCTAAAATTTTTAAGCC 25 4 1 GTTAGGGTATAGTGGCTTAAAAATTTTAGGAT 25 17 0 GCCGCTCAATAAAATGCTAAAACTTTTTTAAT 26 13 1 TCTATTTAATAATACCTTAAATTTGTTTTAGG 26 71 0 TAAATAGAATAATGTAATAATAACCTTAGGTT 26 95 1 AATTTTTTAGAAAAAAGTAAATAAAAAGGCTA 26 140 1 AAAGTAAATAAAAAGGCTAAAAGAA 26 153 1 TTTTAATCTAAACCCGCTAAATTTTTGATAAA 27 158 0 CACAATAGAGAATGACAGAAAACGATAGAACA 28 52 1 ** *** ***** MAP Score: 5.53695 Motif 7 TTTTAAAGCTTTTTAACCCTTTTTAGACTACAATT 0 44 0 GAGGGCAAAAATTAAAGCGGTTTCAAAAAAAAAAA 0 79 1 GTTTAAACGCATAAAAGCTTTTTATTTTAATCAAA 0 145 0 AACTTCATTGTCTTAAAACTTTTAAGAGCAATTTT 0 177 1 GAATGAACTGACTAAAAGGGTTTTAAATA 0 241 1 TTTCAATTATACTAAAATAATTAAAATGACCGGTT 2 88 0 TTAACAAACAATTCAAGGGATTTGGCGATT 2 130 1 CTTATTGTATTCAAAAATGGCTTAAAAATGGTTTC 5 36 1 CCTAATTTAGTTTAAAAGGTTTTTA 7 0 0 AAGAAGCAGTATTCTAGCTTTTTAATCCTTTAAAA 9 153 1 TTTTTTAAAATTTGAAGTTTTTTTTGGCTTTTAGG 9 205 1 TTTTTTTGGCTTTTAGGGGGTTTTAAATTCTTTTA 9 223 1 ATAAAAATCGGTTAAGATTTTTAAAAGAAAAATTA 11 11 1 GAACTTTTAGTTTTAAATTTTTAGAATAAGGAAGA 11 59 1 TGCATTAATAACTCAAAATTTTTGATCAAAGGCTT 12 191 1 TACGGCTTAATTTAAAAAAATTTGAAGGATTGGAT 13 16 1 GATCGTAAGAGCTAAAAAGCTTAAAATTTCTTTTT 14 38 1 TTTAATTTTAGTTTAAGCTATTTTGGATAAAATTA 16 18 1 TTGGATAAAATTAAAAATTCTTTTAATTAAATGTA 16 40 1 TCTTATCGCCATTCAAGAGATTATAAACTGGAGCC 18 176 0 TACCACAAAATTTAAGACATTTTTGTCTTATCGCC 18 201 0 AAATATGTTAGTATAAAAGTTTTTAGTAGTGCCTA 20 31 1 ATTTTTCTCCTTTGAAAAAATTAGGCACTACTAAA 20 52 0 ATTGAATATAATATAAAGGGTTTGAT 22 18 1 TTTTAGGGCTTTTTAGAGATTTTTACTTCCTTTTT 24 28 0 TCAATAAAATGCTAAAACTTTTTTAATCACATTTT 26 18 1 ATTAAGACGCTCTTAAGGATTTTAAAAAAGTAGTT 27 124 1 AGCGGCGCGTTTAAAAGAAATTTTATTATAGCGAA 28 13 0 TCTTAAGTTCCTTTAAATTGATGTT 28 80 0 *** *** *** * MAP Score: 3.77142