AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons003_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944251761
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp0236	300	ABC transporter, permease
#1	dppA	118	PERIPLASMIC DIPEPTIDE TRANSPORT SUBSTRATE-BINDING PROTEIN
#2	jhp0290	265	putative
#3	jhp0294	83	putative
#4	jhp0296	45	putative
#5	trpS	71	TRYPTOPHANYL-TRNA SYNTHETASE
#6	jhp1175_secG	132	jhp1175: putative, secG: PROTEIN-EXPORT MEMBRANE PROTEIN
#7	nuoA	92	NADH oxidoreductase I

Motif 1
AACGGGTTTGATCAATAAAGAAAAAGGATAAGCG	0	209	0
AGTATTACCCATAATTAATTATAATCTTAGGAAT	0	251	1
GTAACCTTTAAAGGTTAATTAAACCTTTGGGTGT	1	11	1
ATTGGAGTGCATGACTTAAGAAAAGAGAACAACC	2	41	0
AACATTCTCAATCAGTAAAAAAAATATTTTTATT	2	72	0
TTCAGTCAGCATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAA	2	109	1
TTAGAGTGCAAATGATTATCAAAATGAATCATTT	2	171	1
ATTGTATAGGATTGAAAATTAAAAGAGGGTTAAA	3	36	0
AATCCTATACAATAAAAACAAAAATGGGAGTGGA	3	57	1
     AAACCAAGATAAATTAAAATATTAAAATT	5	5	1
TGGTTACAATAACACTAACTAAAACCAACGAGAA	5	42	1
TTAAATCCCTAAAATTTAGAAAAAATTAGGCTTA	6	23	1
AACGCACTACCTTGAAAATTAAAACTAAATTTTA	6	86	0
TAATCGTTAGCTGAAAAAATAAAAA         	7	1	0
TTTTTCAGCTAACGATTAGCAAAAACATGGTTTA	7	17	1
          ** * ***  ****
MAP Score: 17.9334

Motif 2
ACTGAGCTAACACCCCAAATAAAATTAAGCG	0	108	0
CAGGGGTTCGAACCCCCTACACTCCACCATT	0	170	1
GATGAAAAACAATTCCTAAGATTATAATTAA	0	265	0
     GCTCAAACTCCCTTGATGAAAAACAA	0	284	0
GTGTTTGTTAAACGCCTATAAACACCATAAA	1	41	1
TTAAGTCATGCACTCCAATAAAAATATTTTT	2	56	1
TCTTATCAATAACGCCTATTATTTTAGTGTA	2	225	0
TAAGGATTTTAACCCCTTTAACCCTCTTTTA	3	20	1
      CGATAACGCCAAAAAGATTTTTGGC	4	4	1
TCCCAAATCAAACGCCAAAAATCTTTTTGGC	4	17	0
TGATTCCTTAAATCCCTAAAATTTAGAAAAA	6	16	1
CAGGCTCTCAAACTCCTTTAATTATTACTTT	7	71	0
          ********* *
MAP Score: 16.9696

Motif 3
  AGAAACTCTCTAATTTTAAGATAATCAT	0	8	1
GATAATCATTCTTAATTTGCTATTAAGTGT	0	29	1
ATAATGCTCGCTTAATTTTATTTGGGGTGT	0	100	1
GAGTAGAGATCTAAATTATAAATATTTTAT	1	67	0
TTAACCCTCTTTTAATTTTCAATCCTATAC	3	37	1
ATTGTAACCACCTAATTTTAATATTTTAAT	5	22	0
CTAATTTTTTCTAAATTTTAGGGATTTAAG	6	22	0
TAAGATTAAGCCTAATTTTTTCTAAATTTT	6	33	0
AAAAATTAGGCTTAATCTTATCTAAAATTT	6	43	1
TGTATTCTTAGCAAATTTTAGATAAGATTA	6	55	0
AAAATTAAAACTAAATTTTAGTGTATTCTT	6	76	0
AAAATTTAGTTTTAATTTTCAAGGTAGTGC	6	87	1
          **********
MAP Score: 13.813

Motif 4
        AGAAACTCTCTAATTTTAAGATAATCA	0	2	1
ATTTTAAGATAATCATTCTTAATTTGCTATTAAGT	0	22	1
AAATGTTATAATGCTCGCTTAATTTTATTTGGGGT	0	93	1
ACCCCCTACACTCCACCATTATTTATTACGCTTAT	0	181	1
TGCTAGTATTACCCATAATTAATTATAATCTTAGG	0	247	1
AAACGCCTATAAACACCATAAAATATTTATAATTT	1	50	1
TGTTTGGTTCAGTCAGCATTATTTACAAAAAGAGT	2	102	1
TTTTAGTTGTAAGCATGCTTATTTACACTAAAATA	2	202	1
AACCCCTTTAACCCTCTTTTAATTTTCAATCCTAT	3	30	1
         AAACCAAGATAAATTAAAATATTAAA	5	1	1
ATACACTAAAATTTAGTTTTAATTTTCAAGGTAGT	6	80	1
 CAGGCTCTCAAACTCCTTTAATTATTACTTTTAG	7	68	0
          *  **   *******
MAP Score: 11.5767

Motif 5
ACTCTCTAATTTTAAGATAATCATTCTTAATTTG	0	14	1
ATTTGATGCTTTTTTGAAACACTTAATAGCAAAT	0	43	0
ATTGACATCTTTTAAGCAAAATGTTATAATGCTC	0	75	1
CAAACCCGTTTTCTTGCTAGTATTACCCATAATT	0	233	1
TTAATTATAATCTTAGGAATTGTTTTTCATCAAG	0	265	1
CACCCAAAGGTTTAATTAACCTTTAAAGGTTACC	1	10	0
TTATAAATATTTTATGGTGTTTATAGGCGTTTAA	1	48	0
AATAAAAATATTTTTTTTACTGATTGAGAATGTT	2	72	1
TTTTAAACTCTTTTTGTAAATAATGCTGACTGAA	2	109	0
TAAATACGACTTAAAGATACAATTGCGTTTATTT	2	140	0
AAAATGATTCATTTTGATAATCATTTGCACTCTA	2	172	0
TCCACTCCCATTTTTGTTTTTATTGTATAGGATT	3	57	0
TTCTCGTTGGTTTTAGTTAGTGTTATTGTAACCA	5	42	0
ATTTTAGGGATTTAAGGAATCAGTGTTT      	6	4	0
TTAAGCCTAATTTTTTCTAAATTTTAGGGATTTA	6	24	0
TCTTAGCAAATTTTAGATAAGATTAAGCCTAATT	6	46	0
TTAAACCATGTTTTTGCTAATCGTTAGCTGAAAA	7	18	0
TAATTATTACTTTTAGCAAACGATGGAAGCAATT	7	50	0
          ****** **   **
MAP Score: 9.32063

Motif 6
GAACCCCTGACCTCAACGCTGCCAGCGTTG	0	149	0
GGGTTCGAACCCCCTACACTCCACCATTAT	0	173	1
AAACTAGTCTCCACAACACATATTCTACAA	1	98	0
AAGAGAACAACCTCTACGCTATGATCTTGA	2	23	0
GTGGTCTTATCAATAACGCCTATTATTTTA	2	230	0
          CACAAACGCATAAGGATTTT	3	0	1
          CGATAACGCCAAAAAGATTT	4	0	1
TAGGTGGTTACAATAACACTAACTAAAACC	5	38	1
CCTTAACGCACTACAACGCACTACCTTGAA	6	104	0
  CACCACCGCCTTAACGCACTACAACGCA	6	114	0
          **********
MAP Score: 6.6077

Motif 7
   AGAAACTCTCTAATTTTAAGATAATCA	0	7	1
ATAATGCTCGCTTAATTTTATTTGGGGTGT	0	100	1
CATAAAATATTTATAATTTAGATCTCTACT	1	66	1
TCAATAACGCCTATTATTTTAGTGTAAATA	2	221	0
TTTAACCCTCTTTTAATTTTCAATCCTATA	3	36	1
AATTTTAATATTTTAATTTATCTTGGTTT 	5	9	0
ATTGTAACCACCTAATTTTAATATTTTAAT	5	22	0
CCTTAAATCCCTAAAATTTAGAAAAAATTA	6	21	1
AAGATTAAGCCTAATTTTTTCTAAATTTTA	6	32	0
TAAGAATACACTAAAATTTAGTTTTAATTT	6	75	1
TAAAATTTAGTTTTAATTTTCAAGGTAGTG	6	86	1
         TTTTTATTTTTTCAGCTAACG	7	1	1
          **********
MAP Score: 4.2247

Motif 8
        AGAAACTCTCTAATTTTAAGATAATCATT	0	2	1
AAATGTTATAATGCTCGCTTAATTTTATTTGGGGTGT	0	93	1
TCAGGGGTTCGAACCCCCTACACTCCACCATTATTTA	0	169	1
CCATTATTTATTACGCTTATCCTTTTTCTTTATTGAT	0	196	1
TTTATTGATCAAACCCGTTTTCTTGCTAGTATTACCC	0	224	1
AAACGCCTATAAACACCATAAAATATTTATAATTTAG	1	50	1
AGTTTAAAATAAACGCAATTGTATCTTTAAGTCGTAT	2	134	1
GTCTTATCAATAACGCCTATTATTTTAGTGTAAATAA	2	220	0
       CACAAACGCATAAGGATTTTAACCCCTTTA	3	3	1
CTCCCAAATCAAACGCCAAAAATCTTTTTGGCGTTAT	4	12	0
GTGTTATTGTAACCACCTAATTTTAATATTTTAATTT	5	20	0
          AAACACTGATTCCTTAAATCCCTAAAA	6	0	1
AGATAAGATTAAGCCTAATTTTTTCTAAATTTTAGGG	6	29	0
TTTGCTAAGAATACACTAAAATTTAGTTTTAATTTTC	6	70	1
 CAGGCTCTCAAACTCCTTTAATTATTACTTTTAGCA	7	66	0
          **** *  **  **  *
MAP Score: 0.616086