AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons003_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944251778 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 jhp0236 300 ABC transporter, permease #1 rplU 242 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21 #2 dppA 118 PERIPLASMIC DIPEPTIDE TRANSPORT SUBSTRATE-BINDING PROTEIN #3 dppD 300 DIPEPTIDE TRANSPORT SYSTEM DIPEPTIDE TRANSPORT SYSTEM ATP-BINDING PROTEIN #4 jhp0289 195 putative #5 jhp0290 265 putative #6 jhp0294 83 putative #7 jhp0296 45 putative #8 trpS 71 TRYPTOPHANYL-TRNA SYNTHETASE #9 jhp1175_secG 132 jhp1175: putative, secG: PROTEIN-EXPORT MEMBRANE PROTEIN #10 nuoA 92 NADH oxidoreductase I Motif 1 AGAAACTCTCTAATTTTAAGATAA 0 3 1 ACTGAGCTAACACCCCAAATAAAATTAAGCG 0 108 0 CAGGGGTTCGAACCCCCTACACTCCACCATT 0 170 1 GCTCAAACTCCCTTGATGAAAAACAA 0 284 0 TACTTAAAAACACCCCATTTAACCCGCCATT 1 110 0 TTTTAAAATAAACGCTTATTATAGTGAGTAT 1 194 0 TTAAAAATTGAACGCTCTTTTTAAAATAAAC 1 212 0 GTGTTTGTTAAACGCCTATAAACACCATAAA 2 41 1 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TTGCTAAGAATACACTAAAATTTAGTTTTAATTTTCAAGG 9 71 1 ACGAATTTTTTTACTTAAAAACACCCCATTTAACCCGCCA 1 112 0 AAACCAAGATAAATTAAAATATTAAAATTAGGTGGTTAC 8 9 1 CATGCTTATTTACACTAAAATAATAGGCGTTATTGATAAG 5 215 1 TGTATCTGGCTTGATTAAACTATTTTCAAATACAACAGGG 4 12 0 TACAATAACACTAACTAAAACCAACGAGAAACAAC 8 46 1 CCTTTAAAGGTTAATTAAACCTTTGGGTGTTTGTTAAACG 2 15 1 TAAGAATGATTATCTTAAAATTAGAGAGTTTCT 0 3 0 ATTGAACGCTCTTTTTAAAATAAACGCTTATTATAGTGAG 1 197 0 CAATTGCGTTTATTTTAAACTCTTTTTGTAAATAATGCTG 5 115 0 TTTTAACAAACAAGCTAAAAGTATTCCAAAACAAGTTAAT 1 30 1 CAGCTAACGATTAGCAAAAACATGGTTTAATTGCTTCCAT 10 22 1 AAGCCTAATTTTTTCTAAATTTTAGGGATTTAAGGAATCA 9 16 0 ACTTTAAATTTAGATTAAATTCATATTAAACGAATTTTTT 1 141 0 ** ****** * * MAP Score: 15.0198 Motif 3 GCAAAATGTTATAATGCTCGCTTAATTTTATTTGGGGT 0 90 1 ATGTGGAGGAATAATGGCGGGTTAAATGGGGTGTTTTT 1 98 1 TTTTTAAGTAAAAAAATTCGTTTAATATGAATTTAATC 1 131 1 AAATTTAACTTTAAATTTAGATTAAATTCATATTAAAC 1 150 0 CGCTCTTTTTAAAATAAACGCTTATTATAGTGAGTATT 1 193 0 CGTTTATTTTAAAAAGAGCGTTCAATTTTTAAGGAATA 1 211 1 GAATTGATTAAAAAATAGCGTTTTAGGGCAACGCTTTT 4 152 0 AGCATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAATT 5 116 1 GGATTGAAAATTAAAAGAGGGTTAAAGGGGTTAAAATC 6 24 0 AAAATTTAGAAAAAATTAGGCTTAATCTTATCTAAAAT 9 33 1 AAGAATACACTAAAATTTAGTTTTAATTTTCAAGGTAG 9 76 1 AACGATTAGCAAAAACATGGTTTAATTGCTTCCATCGT 10 27 1 * *** * **** * MAP Score: 12.225 Motif 4 CAAATTAAGAATGATTATCTTAAAATTAGAGAGTTTC 0 11 0 TTAAGTGTTTCAAAAAAGCATCAAATTGACATCTTTT 0 51 1 TTTTTAAGTAAAAAAATTCGTTTAATATGAATTTAAT 1 131 1 CTCTTTTTAAAATAAACGCTTATTATAGTGAGTATTT 1 192 0 CGTTTATTTTAAAAAGAGCGTTCAATTTTTAAGGAAT 1 211 1 TTAAACGCCTATAAACACCATAAAATATTTATAATTT 2 48 1 AGCGATGCTGATGAATTCCATGCAATACATCGCTACC 3 151 1 GCACGCATAGTATAATGGCGTGAAATTTCTGTTGTTA 4 116 1 TCAATCAGTAAAAAAAATATTTTTATTGGAGTGCATG 5 62 0 CATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAATTG 5 118 1 ACCAAGATAAATTAAAATATTAAAATTAGGTGGTTAC 8 12 1 ACACTGATTCCTTAAATCCCTAAAATTTAGAAAAAAT 9 12 1 AAAATTTGCTAAGAATACACTAAAATTTAGTTTTAAT 9 66 1 AACGATTAGCAAAAACATGGTTTAATTGCTTCCATCG 10 27 1 CAGGCTCTCAAACTCCTTTAATTATTACTTTTA 10 69 0 ** ** * * **** MAP Score: 8.08436 Motif 5 TAATAAATAATGGTGGAGTGTAGGGGGTTCGAACCCCTGACCT 0 166 0 TGTGGAGGAATAATGGCGGGTTAAATGGGGTGTTTTTAAGTAA 1 99 1 TAAACGCTTATTATAGTGAGTATTTGCTAAAATTTAACTTTAA 1 174 0 TATAAATATTTTATGGTGTTTATAGGCGTTTAACAAACACCCA 2 38 0 CGCTATAATTTAGTGGAGTGTATCTGGCTTGATTAAACTATTT 4 27 0 CTCCACTAAATTATAGCGTGTGGGGTGGGGATTATAGAGGGTG 4 52 1 ACGCATAGTATAATGGCGTGAAATTTCTGTTGTTAAAAGCGTT 4 118 1 ATTGATTAAAAAATAGCGTTTTAGGGCAACGCTTTTAACAACA 4 145 0 GTATTCAAGATCATAGCGTAGAGGTTGTTCTCTTTTCTTAAGT 5 19 1 TTTTTTTTACTGATTGAGAATGTTTGGTTCAGTCAGCATTATT 5 82 1 ACGCCTATTATTTTAGTGTAAATAAGCATGCTTACAACTAAAA 5 202 0 CCAAAAAGATTTTTGGCGTTTGATTTGGGAGATTAAG 7 18 1 TTTTTCTAAATTTTAGGGATTTAAGGAATCAGTGTTT 9 4 0 TAAAACTAAATTTTAGTGTATTCTTAGCAAATTTTAGATAAGA 9 58 0 AGGTAGTGCGTTGTAGTGCGTTAAGGCGGTGGTG 9 108 1 * *** * * *** * MAP Score: 7.27852 Motif 6 TAATTTTATTTGGGGTGTTAGCTCAGTTGGGAG 0 112 1 GTTAGCTCAGTTGGGAGAGCGCAACGCTGGCAG 0 128 1 CGTTGAGGTCAGGGGTTCGAACCCCCTACACTC 0 161 1 GCGGGTTAAATGGGGTGTTTTTAAGTAAAAAAA 1 114 1 AATTAAACCTTTGGGTGTTTGTTAAACGCCTAT 2 27 1 CAAGTTACAATGGGGTTTGCTTCCACGGTTTTA 3 59 1 TTTTAGGTCTTGGGGCGCAACCTCCTAAACCCG 3 111 1 TAAACCCGAATGGGGAGCGATGCTGATGAATTC 3 136 1 TCGTTTTCCCTGGGGTGATGATTTTTTTAACGG 3 201 1 TTAATCTGGTAGGCGATGGCATCATGGACGCTT 3 243 1 TTATAGCGTGTGGGGTGGGGATTATAGAGGGTG 4 62 1 CCATTATACTATGCGTGCATCTTTGCGCATCTT 4 101 0 CATAGTATAATGGCGTGAAATTTCTGTTGTTAA 4 121 1 AGAGGGTTAAAGGGGTTAAAATCCTTATGCGTT 6 14 0 AAAAACAAAAATGGGAGTGGATC 6 70 1 AAAAGATTTTTGGCGTTTGATTTGGGAGATTAA 7 21 1 ******* * ** MAP Score: 7.17708 Motif 7 TTTAAGATAATCATTCTTAATTTGCTATTAAGTGTTTCAAAAAAGC 0 24 1 AACAAGTTAATAATAATCATGAATGGTTTGAGTGGGGCAATGTGGA 1 59 1 GGGGCAATGTGGAGGAATAATGGCGGGTTAAATGGGGTGTTTTTAA 1 92 1 TGGGGTGTTTTTAAGTAAAAAAATTCGTTTAATATGAATTTAATCT 1 124 1 TAATATGAATTTAATCTAAATTTAAAGTTAAATTTTAGCAAATACT 1 153 1 TAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGAGCGTTCAATTTTTAAGGAATAG 1 204 1 GGTAACCTTTAAAGGTTAATTAAACCTTTGGGTGTTTG 2 2 1 TTTTTTTTACTGATTGAGAATGTTTGGTTCAGTCAGCATTATTTAC 5 82 1 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