AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons004_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944251819 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 jhp0303 71 putative #1 jhp0305 141 putative #2 jhp0449 231 putative transporter #3 dnaN 57 DNA POLYMERASE III, BETA CHAIN #4 jhp0462 137 putative #5 rplI 62 50S RIBOSOMAL PROTEIN L9 #6 folD 85 METHYLENETETRAHYDROFOLATE DEHYDROGENASE/METHENYLTETRAHYDROFOLATE CYCLOHYDROLASE #7 fliN 81 putative FLAGELLAR MOTOR SWITCH PROTEIN #8 jhp0599 298 putative #9 jhp0600 82 putative Outer membrane protein #10 feoB 120 FERROUS IRON TRANSPORT PROTEIN B #11 jhp0639 264 putative #12 jhp0773 76 putative #13 jhp0774 140 DNA-BINDING PROTEIN HU #14 ksgA 252 DIMETHYLADENOSINE TRANSFERASE #15 ppiA 123 PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE #16 rpmH 71 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34 #17 jhp1383 129 putative #18 dnaA 152 CHROMOSOMAL REPLICATION INITIATOR PROTEIN #19 dniR 83 putative REGULATORY PROTEIN #20 jhp1481 74 putative Motif 1 TATTTTTTAAAAAAGCTATAATTCAAACAAAA 0 21 1 AAGCGTTCTTTTATGCTATAATTAAGACCAAA 3 12 1 TTTACCCCATAAATGCTATAATCACCCCTATC 4 45 0 AAACCCAACTTGTTAAAATAAAGAGTATA 5 7 1 AACGCATGATTTTTGCTACAATAATAGGATTT 6 40 1 TCATTATCATTTATGCTATAATTATGGGACAA 8 35 0 AAATAGATTTTTATGATAAAATCTAAGCTTTA 8 138 0 TTAAATCTAAAAATGCTACAATGTTTATCTTT 8 254 1 TTTAAGAATGATTAGTTATAATATCGCTACTA 9 24 1 CTAACAACACTCAAGCTAAAATCCATTAAGGA 9 53 1 AATAATCATTGAATGCTAAAATAATATTTTTG 11 133 0 TTAAGCGCGATTATGCTACAATTAGGGACATT 11 220 1 TATAGTTATTTAAAGCTTAAATAAGGGTCTGG 12 12 0 GGCTAGGATTTCATTCTATAATGCAAAATCTA 14 47 1 TTTGAATGAAAAAAGCTATAATAAAGAAGTTG 14 165 1 AATCCCCTTTTTAAGGTATAATATGAGGAATT 14 215 1 TGTTTTAATTTATTGCTATAATAGAGCATTTG 15 71 1 TTTAGCATTCTTTAGCTAAAATCTACTCTTAT 16 22 1 GCTTAATCTTTTATGTTAAAATTCTAGGATTT 17 40 1 AAATATAAAATAAAGATAAAATCCTAGAATTT 17 58 0 CACCACTTATTCACGCTATAATAACGCC 18 134 1 GTTATTCAAGTTTAGTTATAATCAAGGCCATT 19 32 1 ATTATTTTCCTTATGTTAGAATGCTTAAGTAT 20 18 1 GTTTTATTTAATATGTTACAATACTTAAGCAT 20 38 0 * ****** *** MAP Score: 43.6297 Motif 2 GGACATAGCTCCTTAATTTTAATCATTGACA 2 190 1 AAAAGAAACACCTTAATTTTAAGGCTTCATT 18 70 1 TCTTGTCTCGCTTTTATTATATAACAATTAG 10 18 1 TTTTTTAAATCTTTTATTATAATCAAAAATC 1 63 0 AAACACCCTTTATTGAAAGCATAATGT 11 247 0 GTAATTATACTCTTTATTTTAACAAGTTGGG 5 13 0 TAATGCAACTTCTTTATTATAGCTTTTTTCA 14 171 0 TAGGATTTTATCTTTATTTTATATTTATCGT 17 64 1 GATTATAAAATCTTAATTTTACTATAAATTT 7 27 0 GAATTTTTGGTCTTAATTATAGCATAAAAGA 3 18 0 TTTAAAATGGCCTTGATTATAACTAAACTTG 19 38 0 ACTTTACTCCTTAATCTTATTGGTTGGTT 0 52 0 TAGGCTTAATCTTTTATGTTAAAATTCTAGG 17 37 1 AGCATAATGTCCCTAATTGTAGCATAATCGC 11 226 0 GCTTTTATCCTATGGTTTTATT 20 62 0 GATGACTCCTTTAATTGAAATTTAATTCT 14 8 1 TAAAGCGTTCTTTTAATTTTAAGCGCGATTA 11 202 1 AATGATTTGACTTTGATTATAAAATCTTAAT 7 41 0 TTAAGTTGTCCCATAATTATAGCATAAATGA 8 30 1 AACGGATCGCCCTTAATCCAAAACAAAACCT 11 91 0 TGCCAGACCCTTATTTAAGCTTTAAATA 12 7 1 CAAATGATCCTTATTTTAAATTACACTC 1 7 1 ATTAAATAGATTTTTATGATAAAATCTAAGC 8 142 0 CATTAAAATCCTATTATTGTAGCAAAAATCA 6 46 0 AATGAGTCCCCTTTAATGGAATGATAAAAGA 11 171 0 TGGTTGGTTGTTTTTATCATAGAGTGTAATT 1 28 0 ACCGCATGCGTCTTAATCAAACTTGATACAA 4 87 0 ATTATTATTTTCCTTATGTTAGAATGCTTAA 20 15 1 GATGCCAACCCCTTTTTTGTACATAATTCTC 8 173 0 TGTCTTTCCTTTTTAATGCAACTTCTTTATT 14 184 0 TAAGAAAATTTCATTATTTAAGTAAGGGGAA 2 13 0 TTTAAAAAAGCTATAATTCAAACAAAAACCA 0 26 1 TGTAATCTAATTTTGATTAAATTGAAGCGAT 12 48 1 ******** ** MAP Score: 37.1987 Motif 3 TGCACGATCTTTTATCATTCCATTAAAGGGGACTCAT 11 164 1 GTTGGTTGTTTTTATCATAGAGTGTAATTTAAAATAA 1 20 0 TAAATAGATTTTTATGATAAAATCTAAGCTTTATCAA 8 134 0 AAAGCGTTCTTTTATGCTATAATTAAGACCAAAAATT 3 11 1 TGTTATAAAATTTATAGTAAAATTAAGATTTTATAAT 7 20 1 ATTCTAGGATTTTATCTTTATTTTATATTTATCGTTA 17 60 1 TTATTTTATATTTATCGTTAGGTTTTAGGTTTAAAGT 17 77 1 GGCTTAATCTTTTATGTTAAAATTCTAGGATTTTATC 17 39 1 GCTTTTATCCTATGGTTTTATTTAATATGT 20 54 0 TTCATTATCATTTATGCTATAATTATGGGACAACTTA 8 31 0 TAATGCTTGCTTTATAATAAGCTAATGGATGCGAAAA 18 20 0 TGCTACAATGTTTATCTTTAAAACGAAAGGGCAATTT 8 267 1 GGGCGATCCGTTTATTTTTTTCACAAAAATATTATTT 11 110 1 TTTTAAATCTTTTATTATAATCAAAAATCCACTTGGT 1 55 0 GGGGCGTTGCTTTATAATTTTTAGGTACTTTTGAAAG 2 82 1 TTTTGCTTGATTTATCTTTAGGATTTGATTATAATTA 13 43 1 AATTATACTCTTTATTTTAACAAGTTGGGTTT 5 5 0 TAAAGGGAATTTTTTAATTCCATTAAACGCATGATTT 6 15 1 AGATTACAATATTATAGTTATTTAAAGCTTAAATAAG 12 19 0 TCACAAAAATATTATTTTAGCATTCAATGATTATTGC 11 130 1 ACGCCCCTAGATTATACTATAGTTAAGTTACATATTG 2 52 0 TATTGGTTGGTTTTTGTTTGAATTATAGCTTTTTTAA 0 27 0 TGAAAGTGGGTTTTTTCTTAAATCTTAAGATCTTTAG 2 113 1 AAACGCATGATTTTTGCTACAATAATAGGATTTTAAT 6 39 1 AATTAGGGACATTATGCTTTCAATAAAGGGTGTTT 11 239 1 AACCTATCAATTATTTTTTAAAAAAGCTATAATTCA 0 9 1 TATTATAGCTTTTTTCATTCAAAGATGTTGGTAGTTT 14 151 0 TATTAAAATCTTTTTCGTTAATAATTGGTTAGATTTT 14 71 0 TTGTAATCTAATTTTGATTAAATTGAAGCGATAAAAA 12 47 1 GTTCTTTCTCATTTTTGTAAATTTTAAAAAATTTTCA 8 84 0 AAATAATGAAATTTTCTTAAAATTATACAATATGTAA 2 25 1 ***** ** * ** MAP Score: 35.3578 Motif 4 TAGTGCCAACTTTTAAAAACTATATAACCAAA 10 62 1 ATCAAGGCCATTTTAAAAGCTAGATTAATTAT 19 52 1 TAGATTTTTATGATAAAATCTAAGCTTTATCA 8 135 0 ATAAAAAGCATTCTTAAATCTAAAAATGCTAC 8 241 1 CAATTATTTTTTAAAAAAGCTATAATTCAAAC 0 17 1 CTTTAGGGATTTCAAAAAACTAATACAGCAAT 2 144 1 CATCTTTGAATGAAAAAAGCTATAATAAAGAA 14 161 1 TATGAAAATTTTTTAAAATTTACAAAAATGAG 8 82 1 GCTTTATTTGTTATAAAATTTATAGTAAAATT 7 12 1 TTGGCACTCGTGTTAAAAATTAGTATTAAAAT 14 99 0 AAAACTCCCTTGATAAAAATTAAACATAAGAG 16 47 0 TTACACTCTATGATAAAAACAACCAACCAAGT 1 30 1 TTGACTTTGATTATAAAATCTTAATTTTACTA 7 34 0 TAATGAAATTTTCTTAAAATTATACAATATGT 2 28 1 GAAGGCTTGATTTTTAAAGTTAGGCTTAATCT 17 17 1 TCCTTGTCAATGATTAAAATTAAGGAGCTATG 2 193 0 AGCGCTCCTATTGTCAAAACTACCAACATCTT 14 135 1 TTTATCGCTTTTTTTAAATCTTTTATTATAAT 1 71 0 AGTGGGTTTTTTCTTAAATCTTAAGATCTTTA 2 117 1 TAACCAAAAATTAAAAAAACTTTAATGCGGAG 10 86 1 AGCATTCTTTAGCTAAAATCTACTCTTATGTT 16 25 1 TACCATGATTTGGATAAATCAACTTAAAGGCA 11 15 0 AAACCCAACTTGTTAAAATAAAGAGTATAAT 5 9 1 AATATTTTTGTGAAAAAAATAAACGGATCGCC 11 111 0 ** ***** *** MAP Score: 29.9424 Motif 5 GTGTAATTTAAAATAAGGATCATTTG 1 6 0 CGTTTCTTGTAAATAAGGAGTCCCTAAA 1 123 1 TTCATTATTTAAGTAAGGGGAATTA 2 5 0 ACTATAGTATAATCTAGGGGCGTTGCTTTA 2 66 1 CAATGATTAAAATTAAGGAGCTATGTCCTT 2 188 0 TTTTAATCATTGACAAGGAGTTTGGTAGTT 2 206 1 AAGACCAAAAATTCAAGGGGATTATTTTAG 3 35 1 ATTCATAACAATTAAAGGTGGTTA 4 4 0 TGATTATAGCATTTATGGGGTAAAAAAGTA 4 53 1 AAATCCGCTAAATCAAGGAGTGTTATTT 4 119 1 TTACTTACAACTTAAAGGGGATATG 5 47 1 AATTATGTACAAAAAAGGGGTTGGCATCAA 8 176 1 GGTTGGCATCAATTAGGGGGTTAAAAGGGG 8 194 1 AATTAGGGGGTTAAAAGGGGATATTTTTAT 8 204 1 TTATCATTCCATTAAAGGGGACTCATTTAA 11 175 1 TTATGCTTTCAATAAAGGGTGTTT 11 250 1 TTTAAAGCTTAAATAAGGGTCTGGCA 12 6 0 AAAAACGCTTTTTCAAGGGGGTTTAATGCA 13 17 0 GGCATCCATTAGAAAAGGGGTTATCCAC 13 122 1 TTAAATTTCAATTAAAGGAGTCATC 14 5 0 TATTATACCTTAAAAAGGGGATTTGTCTTT 14 208 0 TGCTTTTGAAATTTAAGCGGTAAGTTGGAT 15 11 0 TTAGGTTTAAAGTCATGGGGAGGAATCAAG 17 101 1 CATGGGGAGGAATCAAGGAGCTTAT 17 114 1 AATGGATGCGAAAAAAGGATTTTC 18 4 0 AAGGTGTTTCTTTTAAGGGTTTGTCTATAA 18 54 0 GAAGCCTTAAAATTAAGGTGTTTCTTTTAA 18 68 0 ********** MAP Score: 26.1168 Motif 6 TTATAATCAAAAATCCACTTGGTTGGTTGT 1 48 0 TAATTCCCCTTACTTAAATAA 2 1 1 ATTTAAGAAAAAACCCACTTTCAAAAGTAC 2 106 0 AGCTAAAATAATCCCCTTGAATTTTTGG 3 39 0 TAACCACCTTTAATTGTTAT 4 0 1 CATATCCCCTTTAAGTTGTAAG 5 50 0 GGAATTAAAAAATTCCCTTTAGCTTG 6 6 0 AGTATCTCCTTTGTGTTGGTTT 8 2 1 TAATTGATGCCAACCCCTTTTTTGTACATA 8 179 0 TATCCCCTTTTAACCCCCTAATTGATGCCA 8 197 0 TATATAAAAATATCCCCTTTTAACCCCCTA 8 207 0 GGTTAAATTGCCCTTTCGTTTTAAA 8 283 0 GCTTTAAATGAGTCCCCTTTAATGGAATGA 11 178 0 AAACACCCTTTATTGAAAGC 11 254 0 TTTATGCATTAAACCCCCTTGAAAAAGCGT 13 13 1 GTGGATAACCCCTTTTCTAATGGAT 13 125 0 AAGGAAAGACAAATCCCCTTTTTAAGGTAT 14 204 1 TTAAAACTCCCTTGATAAAAATT 16 58 0 GAAAATCCTTTTTTCGCATCCA 18 2 1 ATTCACATGCTATTCCTTTTTCATTCACCA 18 109 1 ********** MAP Score: 23.9541 Motif 7 AAAAGCGTTCTTTTATGCTATA 3 2 1 GACTCATTTAAAGCGTTCTTTTAATTTTAA 11 194 1 CCCCTTGAAAAAGCGTTTTTGCTTGATTTA 13 27 1 TAATTTTTAGCGTTTTTAAGAATGATT 9 7 1 AATATATAAAAAGCATTCTTAAATCTAAAA 8 236 1 AGTCAATTTTTAGCATTCTTTAGCTAAAAT 16 14 1 ATAAACATTGTAGCATTTTTAGATTTAAGA 8 252 0 AGGCTTAAAGAAGCGTTTCTTGTAAATAAG 1 110 1 GTGCCAATTCAAGCGCTCCTATTGTCAAAA 14 124 1 AAGAAGCGCTTCTAAAATTCCTC 14 239 0 TTCTTTATTATAGCTTTTTTCATTCAAAGA 14 163 0 GTTTGAATTATAGCTTTTTTAAAAAATAAT 0 19 0 ATCAAAGTCAAATCATTCTTGAAAGAGTAG 7 55 1 TATTATAACTAATCATTCTTAAAAACGCTA 9 17 0 CTGTGTTAGAAAGCGTTATTCAAGTTTAGT 19 18 1 TATCCATTTTTATCGCTTTTTTTAAATCTT 1 81 0 GGGGTGATTATAGCATTTATGGGGTAAAAA 4 49 1 CAAATCATGGTATCACTTTTAAGTGATTGA 11 35 1 ********** MAP Score: 23.6007 Motif 8 GTTTGAATTATAGCTTTTTTAAAAAATAATTGATAGG 0 12 0 CCCCTTGAAAAAGCGTTTTTGCTTGATTTATCTTTAG 13 27 1 AGGCTTAAAGAAGCGTTTCTTGTAAATAAGGAGTCCC 1 110 1 GGGGTGATTATAGCATTTATGGGGTAAAAAAGTAAAA 4 49 1 TTCTTTATTATAGCTTTTTTCATTCAAAGATGTTGGT 14 156 0 CCTTTGCGATAAGCTTTTGTCATTCAAATGCTCTATT 15 90 0 TATTCTGTTTTAGGTTTTGTTTTGGATTAAGGGCGAT 11 80 1 TGTTTCTTTTAAGGGTTTGTCTATAATGCTTGCTTTA 18 43 0 GATTTATCTTTAGGATTTGATTATAATTACCGCTCAA 13 51 1 GTTAAAATTCTAGGATTTTATCTTTATTTTATATTTA 17 54 1 ATAAACATTGTAGCATTTTTAGATTTAAGAATGCTTT 8 245 0 AATATTATTTTAGCATTCAATGATTATTGCACGATCT 11 137 1 ACCCTTATTTAAGCTTTAAATAACTATAATATTGTAA 12 16 1 TAAAACTTATTAGGGTTTCAATCACTTAAAAGTGATA 11 45 0 AGTCAATTTTTAGCATTCTTTAGCTAAAATCTACTCT 16 14 1 CTTTTATCCTATGGTTTTATTTAATATGTTACAATAC 20 46 0 GTGCTGTAGGATGCTTTTGAAATTTAAGCGGTAAGTT 15 15 0 GTCTTTGCCTTTAAGTTGATTTATCCAAATC 11 4 1 AGCAAAAATCATGCGTTTAATGGAATTAAAAAATTCC 6 20 0 TTTTTAAAGTTAGGCTTAATCTTTTATGTTAAAATTC 17 27 1 GACTCATTTAAAGCGTTCTTTTAATTTTAAGCGCGAT 11 194 1 CTGTGTTAGAAAGCGTTATTCAAGTTTAGTTATAATC 19 18 1 GCTACAATAATAGGATTTTAATGGATAAAGGACAAAT 6 54 1 GCTCACTGGCTAGGATTTCATTCTATAATGCAAAATC 14 40 1 AGATTTAAGAATGCTTTTTATATATTATATAAAAATA 8 225 0 CCTTAATTTTAAGGCTTCATTCACATTTCATTCACAT 18 80 1 AATAAAGAAGTTGCATTAAAAAGGAAAGACAAATCCC 14 184 1 TTTTTTATGCATTAAACCCCCTTGAAAAAGCGT 13 6 1 TCTAGGGGCGTTGCTTTATAATTTTTAGGTACTTTTG 2 78 1 **** *** * ** MAP Score: 23.2541 Motif 9 AATTATAGCTTTTTTAAAAAATAATTGATAGGT 0 11 0 CAAATGATCCTTATTTTAAATTACACTCTATGA 1 10 1 CTTGGTTGGTTGTTTTTATCATAGAGTGTAATT 1 28 0 CTTTTTTTAAATCTTTTATTATAATCAAAAATC 1 63 0 CAAGAAACGCTTCTTTAAGCCTATCCATTTTTA 1 99 0 TCTAGGGGCGTTGCTTTATAATTTTTAGGTACT 2 78 1 AGTGGGTTTTTTCTTAAATCTTAAGATCTTTAG 2 117 1 AAAAGCGTTCTTTTATGCTATAATTAAGAC 3 7 1 TTGATAGGGGTGATTATAGCATTTATGGGGTAA 4 43 1 TGGCTTTATTTGTTATAAAATTTATAGTAAAA 7 9 1 GAGTATGAAAATTTTTTAAAATTTACAAAAATG 8 79 1 GATAAAGCTTAGATTTTATCATAAAAATCTATT 8 136 1 AAAGGGGATATTTTTATATAATATATAAAAAGC 8 217 1 ATAAGACTAATTGTTATATAATAAAAGCGAGAC 10 22 0 GCATTAAAGTTTTTTTAATTTTTGGTTATATAG 10 81 0 AAGTTTTATTCTGTTTTAGGTTTTGTTTTGGAT 11 74 1 CACAAAAATATTATTTTAGCATTCAATGATTAT 11 131 1 TTATTGCACGATCTTTTATCATTCCATTAAAGG 11 160 1 ATTTAAAGCGTTCTTTTAATTTTAAGCGCGATT 11 199 1 TGCCAGACCCTTATTTAAGCTTTAAATAACTAT 12 10 1 TGCAACTTCTTTATTATAGCTTTTTTCATTCAA 14 166 0 AAAATTCCTCATATTATACCTTAAAAAGGGGAT 14 216 0 AAAATACCAATTGTTTTAATTTATTGCTATAAT 15 60 1 TGAAGGCTTGATTTTTAAAGTTAGGCTTAATCT 17 16 1 GTTAGGCTTAATCTTTTATGTTAAAATTCTAGG 17 35 1 GATTTTATCTTTATTTTATATTTATCGTTAGGT 17 67 1 ATTTATCGTTAGGTTTTAGGTTTAAAGTCATGG 17 86 1 TCTATAATGCTTGCTTTATAATAAGCTAATGGA 18 28 0 ATATGTTACAATACTTAAGCATTCTAACATAAG 20 27 0 ** ***** *** MAP Score: 19.307 Motif 10 AAAGCGTTCTTTTATGCTATAATTAAGACCAAA 3 11 1 ATAGGGGTGATTATAGCATTTATGGGGTAAAAA 4 46 1 AAACGCATGATTTTTGCTACAATAATAGGATTT 6 39 1 TTCATTATCATTTATGCTATAATTATGGGACAA 8 35 0 TAATTTTTAGCGTTTTTAAGAATGATT 9 4 1 GTTTTTTTAATTTTTGGTTATATAGTTTTTAAA 10 73 0 AAAAATATTATTTTAGCATTCAATGATTATTGC 11 134 1 TGAGTCCCCTTTAATGGAATGATAAAAGATCGT 11 167 0 GGGGACTCATTTAAAGCGTTCTTTTAATTTTAA 11 191 1 CAGACCCTTATTTAAGCTTTAAATAACTATAAT 12 13 1 TTTTTTATGCATTAAACCCCCTTGAA 13 3 1 TTGATTTATCTTTAGGATTTGATTATAATTACC 13 49 1 AATCGCTTGGTTTTGGCATCCATTAGAAAAGGG 13 108 1 TTATTATAGCTTTTTTCATTCAAAGATGTTGGT 14 156 0 AAATCCCCTTTTTAAGGTATAATATGAGGAATT 14 214 1 TTGTTTTAATTTATTGCTATAATAGAGCATTTG 15 70 1 TTTAGTCAATTTTTAGCATTCTTTAGCTAAAAT 16 11 1 TATCGTTAGGTTTTAGGTTTAAAGTCATGGGGA 17 89 1 GAAAATCCTTTTTTCGCATCCATTAGCTTATTA 18 10 1 ACACCTTAATTTTAAGGCTTCATTCACATTTCA 18 77 1 **** ** ** ** MAP Score: 14.3072