AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons005_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944251900 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 cheV_1 106 putative chemotaxis protein #1 jhp0075 149 methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) #2 jhp0091 193 methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) #3 jhp0095 215 methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) #4 jhp0151 25 putative histidine kinase sensor protein #5 jhp0152 300 putative TRANSCRIPTIONAL REGULATOR #6 jhp0156 69 putative #7 prfB 60 PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR 2 (RF-2) #8 jhp0160 300 putative #9 cheY 293 response regulator #10 jhp0381 300 putative TRANSCRIPTIONAL REGULATOR #11 htrA 44 PROTEASE DO #12 jhp0406 195 amino acid permease #13 jhp0546 71 methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) #14 jhp0547 166 putative secretion/efflux abc transporter, ATP-binding protein #15 cheV_2 70 putative chemotaxis protein #16 rpsA 121 30S RIBOSOMAL PROTEIN S1 #17 jhp0983 28 putative #18 jhp0986 22 putative #19 cheA 56 histidine kinase #20 jhp1282 133 putative histidine kinase sensor protein #21 putative 108 putative TRANSCRIPTIONAL REGULATOR #22 fbp 70 FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE #23 jhp1442 66 TYPE II RESTRICTION ENZYME #24 jhp1443 86 putative TRANSCRIPTIONAL REGULATOR Motif 1 TCAAAGTGCTTTTTAGTTTTCAATATTCCATGAA 5 107 1 ATTTTATCTTTTGATTTGGTGTTAG 8 1 1 ATAAAGAAAATTTTATTATTGAATACGAACACCA 14 142 1 GATAAGAGTATTTTACAATTTTATCAATAAAAA 19 9 0 AAAAACCCTTTTATGATTTGATTAAAGATGCT 22 48 0 TTTCGTATCGTTTTATAATTATATCGTGTTTGTG 0 62 0 AAGGGCTTGATTTTAGCATTTTATTACTAAAGAT 5 213 0 ATATTTGGTCTTTTAGCATTACATGTTATTCCAT 8 165 1 GCACTTCTCCTTTTAAGATTGCATTTAAATTAGG 9 268 0 TCTTTCGTTTTTTTAAAATTTTATTTTCAATATT 12 95 1 GATTTTTTATTTTTATTATTTTATTTTTAAGCCT 3 10 1 TTAAAAACCATTTTAAGGTTGCATTCGCTCTTTT 2 49 0 CCCTAAGGAATTTTATATTTATTTTATAGTAAGG 16 91 1 AACCACCGGATTTTAATTTTATTTAGCGCCACTC 3 107 1 ATGCCCCTAATTTTATTTTTTAAAAATAAAGCCC 14 94 0 CCAAAGAAATTTTTAGTTTTTAAGTGTCGTTGGC 0 22 1 TCTTTTTTTAATTTTGAAGTTTAGCACAT 11 5 1 TTTGAATCCTTTTTAACATTCTTTTCCTTTCCAA 8 46 0 ATTCAAGCTATTTTTATTTTTAATCTAAGGAGGT 12 166 1 TTAAAATAATTTTTAGCGTTCTTTAAAAAACACC 12 14 1 AGTTAATCGTTTTTAAAGTTGTAAAAATCATTGA 5 260 1 TTAAACCCCTTTTTAGCGTTTGAGATAAGAGTAT 19 32 0 TAAAATGATTTTTTTTAATTGAATATTGAAAATA 12 116 0 TATACATTATTTTGAAATTTTAATAAAACAAGAG 1 85 0 TAGGGTAGTATTATAACATTTAATCTTTGATAGG 15 31 1 AATCATTTTATTTTATTTTTGTTATAATTCAAGC 12 140 1 GTGATTAGCGTTTTAGCGTTTAACTATGAAAAAA 20 71 1 GGCATTCCTTATTTAAATTTGAATCTTTTGAGAT 13 44 0 TCATTTTGATTTTTTCGTTTTTTTCATAGTTAAA 20 89 0 ATGTTTTGAATTTTTATTTTTAAGACATCTTTAA 5 176 1 TCGGTTAAAGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTATT 14 70 1 TAAAAAGCACTTTGAGTGTTTTTTACCATCAAAA 5 88 0 ***** *** ** MAP Score: 47.4628 Motif 2 TCCCTTTGCCTTTTTAAAACTATTGATAGAG 1 128 0 ATGCCTTTAAGCGTTTTTTATGGATAATTTTTAA 10 143 0 ATAAAGCGGTGTCTTTTTAAGGGAGCGTTTTTCA 21 36 1 ATAAAGCGGTGTCTTTTTAAGGGAGCGTTTTTCA 24 14 1 ATGATCGATCGTTTTTTTAATTCAGTTTAATTTT 2 88 1 ACAATTAGCGGTTTTTTTAAAGAAAATTTTCAAA 16 15 0 AAGCCTTTTTTAAACTCACTTTTTAA 8 284 0 GTATTCTTTCGTTTTTTTAAAATTTTATTTTCAA 12 91 1 AAGTTTTAAGGTGTTTTTTAAAGAACGCTAAAAA 12 23 0 AGCACTTTGAGTGTTTTTTACCATCAAAAGAGCC 5 83 0 ACGCTTAAAGGCATTTTTTACAACCAACAACCAT 10 163 1 TTTTAAGGGAGCGTTTTTCATGATCGCTTTTGGT 21 50 1 TTTTAAGGGAGCGTTTTTCATGATCGCTTTTGGT 24 28 1 TGATTTTTTCGTTTTTTTCATAGTTAAACGCTAA 20 83 0 CTCCTATCAATCATTTTTAAGTCAAACCCTAATT 3 184 0 AATTTTTGAATCCTTTTTAACATTCTTTTCCTTT 8 50 0 ACAGAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGTAAAAATCA 5 256 1 AATAAAATGATTTTTTTTAATTGAATATTGAAAA 12 118 0 TTTTGAATTTTTATTTTTAAGACATCTTTAAGGT 5 179 1 CAAGCTATTTTTATTTTTAATCTAAGGAGGTGTC 12 169 1 TTAAAGGGCTTTATTTTTAAAAAATAAAATTAGG 14 89 1 TCTTTTTTTAATTTTGAAGTTTAG 11 0 1 TTTTATTATTTTATTTTTAAGCCTAACTTAAAAA 3 20 1 ACTATAAAACGCTTTTTAAACGCATAAGGAACAA 6 43 1 GTCGGTCAAGGTAATTTTAATCAAAACATGCTAT 9 176 1 CAATAAAATGGTGATTTTTAGCAAATGATTTTAA 10 113 1 ATGCCTTTGGGTTTTTTATAACAAGGAGTTACAA 14 12 0 AGAGTGATTTTAAAAGCATGAGAATGG 17 3 1 TCCTTGTCTTTCTTTTTTCAAACCATCCAATGAC 9 22 1 TGAGATAAGAGTATTTTACAATTTTATCAATAAA 19 12 0 GGTTTTCGTATCGTTTTATAATTATATCGTGTTT 0 65 0 AATTTTATATTTATTTTATAGTAAGGCAGTCA 16 99 1 TAAATTAGGCTCTTTTTAAACAGCCAAAGCGTCC 9 243 0 GATTTTTTATTTTTATTATTTTATTTTTA 3 5 1 AGACACCGCTTTATTTTATAAAACCAAAGATCTC 21 16 0 ** ******* * MAP Score: 41.728 Motif 3 GGTTACTATAAAACGCTTTTTAAACGCATAAG 6 39 1 CTTTTTAAGGGAGCGTTTTTCATGATCGCTTT 24 26 1 CTTTTTAAGGGAGCGTTTTTCATGATCGCTTT 21 48 1 AAATGCCTTTAAGCGTTTTTTATGGATAATTT 10 147 0 TAACAGAGTTAATCGTTTTTAAAGTTGTAAAA 5 254 1 TTAAACCCCTTTTTAGCGTTTGAGA 19 41 0 AAGCCTTTTTTAAACTCACTTT 8 288 0 AGAATTTTTGAATCCTTTTTAACATTCTTTTC 8 54 0 TCTTTATTATAACCCATTTTCATGCCCCTAAT 14 117 0 TTCTCATTAAAAACCATTTTAAGGTTGCATTC 2 57 0 AAACAGAACCTTTATGAGTGGGGTTTT 7 43 0 ACCATCCAATGACCCTTTATCACGCTCAAAAG 9 43 1 AAAATCCCTCAAACTCTTTTTAGGGACTTATT 20 13 1 TATTGATAGAGAACGATTATTATACATTATTT 1 107 0 GAGAATGATCGATCGTTTTTTTAATTCAGTTT 2 84 1 ACATAAATTTGATCGTTTTTCTCATATCCATT 23 30 0 AAAACACTCAAAGTGCTTTTTAGTTTTCAATA 5 100 1 AAAGCACTTTGAGTGTTTTTTACCATCAAAAG 5 87 0 CGTTTTTCATGATCGCTTTTGGTATAAAGGCT 21 61 1 CGTTTTTCATGATCGCTTTTGGTATAAAGGCT 24 39 1 AAAAACCCTTTTATGATTTGATTA 22 56 0 TTTAAAAATAAAGCCCTTTAAAATTTCAAACT 14 78 0 TAAAAACCTTTTAAACTAAATTAGG 15 3 1 GTTATAATTCAAGCTATTTTTATTTTTAATCT 12 160 1 GTTAATTTTTAAACGATTTTGTAAGTCAAAAA 16 47 1 AGAGTGATTTTAAAAGCATGAGA 17 1 1 GATTTTTAGCAAATGATTTTAAAAATTATCCA 10 125 1 ATCTTAACTAAAGCTTTTATTAAAATTTTCTT 10 212 1 ATCTCCTATCAATCATTTTTAAGTCAAACCCT 3 188 0 AATCCTTCTTTATGGCTATTCT 18 10 0 CGAGCGCTTAAAATGTTTGGTAA 13 1 1 TGCTAAAATCAAGCCCTTAAAACATTAACAGA 5 229 1 AACCCCTTAACTCCTTATTAGAATA 4 5 0 TATTATTTTTGAACTATTATGATAGCAAACAA 9 87 1 AAAATAAAATGATTTTTTTTAATTGAATATTG 12 122 0 ** ******* * MAP Score: 36.801 Motif 4 CTAAAAAGAGTTTGAGGGATTTTTTT 20 3 0 TAAAAATTTCTTTGGGGGGTTTTGGAA 0 4 0 CTCAAACTCTTTTTAGGGACTTATTTAGGCTCT 20 20 1 CTTTTCACTTTTTCAGCGGTTTTCAAACCACCG 3 82 1 AAAAAATGCCTTTAAGCGTTTTTTATGGATAAT 10 149 0 GAGAGCAAAGTTTTAAGGTGTTTTTTAAAGAAC 12 31 0 AGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTATTTTTAAAA 14 78 1 CTGTTAATGTTTTAAGGGCTTGATTTTAGCATT 5 227 0 GCGGTGTCTTTTTAAGGGAGCGTTTTTCATGAT 24 19 1 GCGGTGTCTTTTTAAGGGAGCGTTTTTCATGAT 21 41 1 ACTATATAAGATTAAGGGACTTTGCGCTTAAAT 8 246 1 AATTTCTTATTTTAGGGGGGTTAAAAGGGGGAG 5 34 0 TTGCCTCTCCTTTGGGGGAGCTTTGGAGAGCTT 1 23 1 AACTCACTTTTTAAGGGGTATTTAAGCGCAAAG 8 265 0 ATAAAATTCCTTAGGGGGATTGTATCCTTTTTT 16 74 0 TTAAAATAATTTTTAGCGTTCTTTAAAAAACAC 12 14 1 GCATTCGCTCTTTTAGGGTATGCTACGGCTAAA 2 30 0 ATTGTTAATTTTTAAACGATTTTGTAAGTCAAA 16 44 1 TGATTTATTATTATAAGGCGTTTAGGACGCTTT 9 219 1 CTAATTTAGTTTAAAAGGTTTTTA 15 1 0 TTAAACCCCTTTTTAGCGTTTGAGATAAGAGTA 19 33 0 TAAAAAGCACTTTGAGTGTTTTTTACCATCAAA 5 89 0 AAAAAATAAAATTAGGGGCATGAAAATGGGTTA 14 107 1 TGTAAAAATCATTGAAGGAGTTAATTGAAGT 5 279 1 TAATCAAATCATAAAAGGGTTTTT 22 56 1 TTAATGGGAATTTAAGGCTTTGTTTTCATGGAA 5 132 0 *** **** *** MAP Score: 33.437 Motif 5 AAACACGATATAATTATAAAACGATACGAAA 0 65 1 AGAAAAAAGCAGAAAATAAAAGAGAGCCAAA 1 54 0 TATTTTGAAATTTTAATAAAACAAGAGAGAA 1 81 0 TCTCTATCAATAGTTTTAAAAAGGCAAAGGG 1 127 1 AAAATTAAACTGAATTAAAAAAACGATCGAT 2 91 0 CATTTGCGGCAAAATTTTAAACCGCATTATA 2 141 0 CTTAAAAATAAAATAATAAAAATAAAAAATC 3 10 0 TTTTTAAGCCTAACTTAAAAAAGGGTGTTCT 3 33 1 TGGCGCTAAATAAAATTAAAATCCGGTGGTT 3 107 0 AATTAGGGTTTGACTTAAAAATGATTGATAG 3 184 1 AGGGGGAGAATGATTTCAAAATACCCCTATC 5 11 0 AAAGATGTCTTAAAAATAAAAATTCAAAACA 5 177 0 TTTTAGCATTTTATTACTAAAGATACCTTAA 5 206 0 TAAATTATGGTTACTATAAAACGCTTTTTAA 6 31 1 GCTATAATGGTGAGTTTAAAACCCCACTCAT 7 26 1 ATTGATAAGCTTACTATATAAGATTAAGGGA 8 234 1 TGCTATCATAATAGTTCAAAAATAATAAGAC 9 83 0 TCAAGGTAATTTTAATCAAAACATGCTATTA 9 181 1 TTTTAGCAAATGATTTTAAAAATTATCCATA 10 128 1 TAACTAAAGCTTTTATTAAAATTTTCTTAAA 10 216 1 AAAATGTGCTAAACTTCAAAATTAAAAAAAG 11 11 0 ACGCTAAAAATTATTTTAAAACA 12 2 0 TATTCTTTCGTTTTTTTAAAATTTTATTTTC 12 92 1 AATTGAATATTGAAAATAAAATTTTAAAAAA 12 103 0 ATAGCTTGAATTATAACAAAAATAAAATAAA 12 146 0 CTCCTTAGATTAAAAATAAAAATAGCTTGAA 12 167 0 TTGTAACTCCTTGTTATAAAAAACCCAAAGG 14 12 1 TTAAAGGGCTTTATTTTTAAAAAATAAAATT 14 89 1 CTACCCTAATTTAGTTTAAAAGGTTTTTA 15 8 0 TTTTGAAAATTTTCTTTAAAAAAACCGCTAA 16 14 1 CGCTAATTGTTAATTTTTAAACGATTTTGTA 16 39 1 TACTATAAAATAAATATAAAATTCCTTAGGG 16 91 0 TGACTGCCTTACTATAAAATAAATATAAA 16 102 0 AGAGTGATTTTAAAAGCATGAGAAT 17 4 1 TTTACAATTTTATCAATAAAAA 19 1 0 AGCGTTTAACTATGAAAAAAACGAAAAAATC 20 85 1 *** ******* MAP Score: 13.7253 Motif 6 TTCCAAAACCCCCCAAAGAAAT 0 1 1 ATTTTGAAATTTTAATAAAACAAGAGAGAAA 1 80 0 AACCTAGAATTATAGAACACCCTTTTTTAAG 3 46 0 TTCAGCGGTTTTCAAACCACCGGATTTTAAT 3 93 1 ATTCTCCCCCTTTTAACCCCCCTAAAATAAG 5 31 1 CTTTTGATGGTAAAAAACACTCAAAGTGCTT 5 87 1 AATAAAATGCTAAAATCAAGCCCTTAAAACA 5 222 1 TAATGGTGAGTTTAAAACCCCACTCATAAAG 7 30 1 GACTTTGCGCTTAAATACCCCTTAAAAAGTG 8 263 1 TCTTTCTTTTTTCAAACCATCCAATGACCCT 9 28 1 AATCATTTGCTAAAAATCACCATTTTATTGT 10 112 0 TAGCGTTCTTTAAAAAACACCTTAAAACTTT 12 27 1 AAAATAAAATTTTAAAAAAACGAAAGAATAC 12 91 0 AACTCCTTGTTATAAAAAACCCAAAGGCATC 14 16 1 AAATTTTCTTTATTATAACCCATTTTCATGC 14 124 0 AAAATTTTCTTTAAAAAAACCGCTAATTGTT 16 19 1 CAAAAAAGGATACAATCCCCCTAAGGAATTT 16 73 1 TTTGGTTTTATAAAATAAAGCGGTGTCTTTT 21 22 1 GAATTAGCGCTACAATACCCCC 21 96 1 AACGCTCCCTTAAAAAGACACCGCTTTATTT 24 12 0 GAATTAGCGCTACAATACCCCC 24 74 1 ** ******** MAP Score: 2.98985 Motif 7 AACGACACTTAAAAACTAAAAATTTCTTTGGGG 0 20 0 ACAAACACGATATAATTATAAAACGATACGAAA 0 63 1 AACAAGAGAGAAAAAAGCAGAAAATAAAAGAGA 1 60 0 TAGCATACCCTAAAAGAGCGAATGCAACCTTAA 2 38 1 ACTGAATTAAAAAAACGATCGATCATTCTCATT 2 81 0 CAAATGGGCAAAAAATTCATCATAGTAAGGTTG 2 166 1 ATAAAATAATAAAAATAAAAAATC 3 1 0 AGTTAGGCTTAAAAATAAAATAATAAAAATAAA 3 15 0 GGTTTGACTTAAAAATGATTGATAGGAGATAAA 3 190 1 TTTTGATGGTAAAAAACACTCAAAGTGCTTTTT 5 88 1 TTCCATGAAAACAAAGCCTTAAATTCCCATTAA 5 132 1 TCTTAAAAATAAAAATTCAAAACATTATCATAG 5 168 0 TCTTTAGTAATAAAATGCTAAAATCAAGCCCTT 5 214 1 TTACAACTTTAAAAACGATTAACTCTGTTAATG 5 251 0 TTAAAGTTGTAAAAATCATTGAAGGAGTTAATT 5 272 1 TTTCCTTTCCAAAAAGAATAAAACTAACACCAA 8 25 0 AAAAGGATTCAAAAATTCTCGATGCAATTATGA 8 67 1 CATGTAATGCTAAAAGACCAAATATAAAGAATA 8 157 0 GATGGTTTGAAAAAAGAAAGACAAGGATTTTAC 9 16 0 ATAATAGTTCAAAAATAATAAGACACCCCTAAC 9 74 0 AAATGATTTTAAAAATTATCCATAAAAAACGCT 10 135 1 ATTATCCATAAAAAACGCTTAAAGGCATTTTTT 10 149 1 AACCATACACAAAAAATCTTGATCTTAACTAAA 10 191 1 TGCTAAACTTCAAAATTAAAAAAAGA 11 3 0 AAAATTTTAAAAAAACGAAAGAATACTAAAGTT 12 84 0 AATATTCAATTAAAAAAAATCATTTTATTTTAT 12 123 1 GAATTATAACAAAAATAAAATAAAATGATTTTT 12 137 0 GGGTATAATCTCAAAAGATTCAAATTTAAATAA 13 37 1 CTCCTTGTTATAAAAAACCCAAAGGCATCCTTG 14 18 1 TAGTTCCAACCAAAAGCAAGGATGCCTTTGGGT 14 34 0 GGCTTTATTTTTAAAAAATAAAATTAGGGGCAT 14 95 1 TTGTAAGTCAAAAAAGGATACAATCCCCCTAAG 16 65 1 AGAGTGATTTTAAAAGCATGAGAATGGC 17 10 1 AAAAAAATCCCTCAAACTCTTTTTA 20 2 1 GAAAAAAACGAAAAAATCAAAATGATACGCATG 20 98 1 CTTTATTTTATAAAACCAAAGATCTCTATTAT 21 9 0 GCATCTTTAATCAAATCATAAAAGGGTTTTT 22 49 1 TGGATATGAGAAAAACGATCAAATTTATGTATT 23 32 1 ***** ** *** MAP Score: 0.735608