AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons006_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944251965 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 mraY 117 PHOSPHO-N-ACETYLMURAMOYL-PENTAPEPTIDE-TRANSFERASE #1 bioF 22 8-amino-7-oxononanoate synthase #2 jhp0546 71 methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) #3 jhp0547 166 putative secretion/efflux abc transporter, ATP-binding protein #4 jhp0568 152 AMINOTRANSFERASE #5 jhp0646 171 putative #6 pgpA 146 PHOSPHATIDYLGLYCEROPHOSPHATASE A #7 ddl 76 D-ALANINE--D-ALANINE LIGASE #8 rodA_1 22 putative ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN #9 putative 133 putative #10 jhp0911 129 putative #11 ftsZ 127 GTPase in circumferential ring formation #12 jhp1081 137 putative #13 jhp1385 140 putative #14 jhp1464 155 PENICILLIN-BINDING PROTEIN #15 rodA_2 204 putative ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN #16 dniR 83 putative REGULATORY PROTEIN #17 jhp1481 74 putative #18 wecA 135 putative UNDECAPRENYL-PHOSPHATE-ALPHA-N-ACETYLGLUCOSAMINYLTRANSFERASE Motif 1 TTTGTGGCTCAAATCATTTTTAAAGGGGTTCTA 9 110 1 GCTGTGTTAGAAAGCGTTATTCAAGTTTAGTTAT 16 17 1 AGAAAATTCAAAAGCCTTTTTTTAGGTAAAATAG 7 15 1 ACAATTCCAAAAATCATTATTATAAAATAAAGGA 18 15 0 GCATTTTTAAAAACCATTATTCTACTCAAAACCT 9 24 1 ATCGTCATCAAAACCTTATTCTAATAGTGGCTC 13 9 1 TTGTTTAAGAAAATCGCTTTTTAATGCAAATAAA 6 81 1 CAAAACCCCTTTTTAAACCCTTGCAA 15 2 1 TGTTGTAACTCCTTGTTATAAAAAACCCAA 3 6 1 AACAAAAACAAACCCTCTCTTTAAAAAGGACCAA 14 41 0 TTTTTGAAGGAACGCTCTATTTTAGGATAATAAC 12 14 0 GATCAATTTCAAAGCATGCTTAAAGTTGGAGCGA 15 91 1 ACTCAAACTAAAACCCTTTTCATAAAGACTAAAA 5 33 0 GTTAAAAACTCTCTATAATAAGGATAAT 10 4 1 TTTTAAAAATAAAGCCCTTTAAAATTTCAAACTT 3 77 0 TTATCATACTAAAACGCGCTTAAAATTAAGCCTT 6 46 1 TTTTTATCAAACAACGCTTTTTAAGAGTGGCTCA 13 63 0 GTAAAATCAAATAACCTTATTTTAACCAAAGGTT 10 44 0 ATAAAAATTGAAACCGTAATTATACTATTTTTAA 0 24 1 TTTTAAAAACCTTATTTTTAAAATTTTACT 13 120 0 TTTTAATTTAAATGCTTTGTTGTATAATTTTGAA 12 102 0 TTTGAAATTGATCGCATTCTTTAATGAGAAGCGA 15 70 0 TCAAACTCTTTTTTGCATTTTTAAAAA 9 3 1 TTCCAAAAACCAACCATTTTTGAAGGAACGCTCT 12 30 0 CAAAAGCTAGAAAACATGGTATAATCCCTAGCTA 11 53 1 TCAGGTTTAAACAACCTTATAGTAAAATCAAATA 10 65 0 GGTTACGCTCAAAAGTTTTTTTAATTGATCTTAG 5 84 0 TTTTTGTTGCACCCCATTTTAATAGATTTTACCA 14 67 1 AAGAACTCTAATCCCTTTTAAAAAATCAAAAAT 10 106 0 AAAAAATCCTATTTCATTATTTTAATACGCTATA 9 60 1 *** * ** ** ** MAP Score: 40.4674 Motif 2 AAGAACTCTAATCCCTTTTAAAAAATCAAAA 10 108 0 TCTTTATTATAACCCATTTTCATGCCCCTAAT 3 117 0 ACTCAAACTAAAACCCTTTTCATAAAGACTAA 5 35 0 TTTATCAAACAACGCTTTTTAAGAGTGGCTCA 13 63 0 GGGTATCTTTAAGCCCTTTTTAGTCTTTATGA 5 16 1 CAAAACCCCTTTTTAAACCCTTGCA 15 3 1 AAGATCAACTATTCCATTTTAAATTAAAGTAG 4 126 1 GTTATAATCAAGGCCATTTTAAAAGCTAGATT 16 46 1 TTTTTGTTGCACCCCATTTTAATAGATTTTAC 14 67 1 GATAACTATCAAGCCGTTTTATCGCATAAAGA 11 22 0 ATCCAACGCCACGCCATTTTCAAGTAAGTGCT 14 132 1 GTTTAAGAAAATCGCTTTTTAATGCAAATAAA 6 83 1 TGGACTATCCTTTTTAATTTAAATGCT 12 120 0 AAACTTGAATAACGCTTTCTAACACAGCCCTA 16 13 0 TAGAACCCCTTTAAAAATGATTTGA 9 118 0 TTTAAAAATAAAGCCCTTTAAAATTTCAAACT 3 78 0 ACCTTAAGAGAACGCCTATTCAAAAAACCAAA 15 168 1 GAAAATTCAAAAGCCTTTTTTTAGGTAAAATA 7 16 1 GGGCTTAAAGATACCCTTTTAT 5 0 0 ACCATATAATGAGCCATTTTTATCAAACAACG 13 81 0 ATTATACAACAAAGCATTTAAATTAAAAAGGA 12 108 1 ACCTTAAAAAAATCCTATTTCATTATTTTAAT 9 54 1 CGCACCGATTATAGCGTATTAAAATAATGAAA 9 71 0 ATCGTCATCAAAACCTTATTCTAATAGTGGCT 13 10 1 ATGATCGCTTGGTCCTTTTTAAAGAGAGGGTT 14 33 1 TGAGTAGAATAATGGTTTTTAAAAATGCAAAA 9 20 0 GGTGGCATTCCTTATTTAAATTTGAATC 2 53 0 GAATTTTCCAAATGCCTACTCAATGGTATTGG 5 125 0 TTTTAAAAACCTTATTTTTAAAATTTTA 13 122 0 TTAATTGATCTTAGCTTTTTAAGGTGTGAAAA 5 66 0 TTACAATACTTAAGCATTCTAACATAAGGAAA 17 23 0 TATTTTAACCAAAGGTTATTAAAATTATCCTT 10 29 0 TTATTAAAATTATCCTTATTATAGAGAGTTTT 10 14 0 ** ** ****** MAP Score: 36.9505 Motif 3 GGGTATCTTTAAGCCCTTTTTAGTCTTTATGAAAAGGGTTTT 5 16 1 TCAAACTCTTTTTTGCATTTTTAAAAACCATTAT 9 2 1 AACCAAAAGCAAGGATGCCTTTGGGTTTTTTATAACAAGGAG 3 18 0 CTTCTCTTTAAATGATCGCTTGGTCCTTTTTAAAGAGAGGGT 14 22 1 TTTACCTAAAAAAAGGCTTTTGAATTTTCTCACGA 7 3 0 AACCTTAAAAAAATCCTATTTCATTATTTTAATACGCTATAA 9 53 1 AGGTTGTTTAAACCTGAATTTCACATTTTTGATTTTTTAAAA 10 82 1 TGGCATTCCTTATTTAAATTTGAATCTTTTGAGATTATACCC 2 37 0 ATTTAATTGGTATTTTGTTTTGGGTATTATAGCAAAAGATAG 18 93 0 CTTTATGCGATAAAACGGCTTGATAGTTATCAAAAGCTAGAA 11 23 1 TTATTTTATAATAATGATTTTTGGAATTGTAACATAAAACCC 18 19 1 TGGGATTTCCTTATTTTGGTTTTTTGAATAGGCGTTC 15 177 0 TAAAATTAACCTTTAATTTTTGAGAGAATTTAAAA 6 3 1 CGAGCGCTTAAAATGTTTGGTAATTTTGGGTATAATCTC 2 7 1 TTTTTAAAAATAAAGCCCTTTAAAATTTCAAACTTTAACCGA 3 70 0 CGTATTCAATAATAAAATTTTCTTTATTATAACCCATTTTCA 3 127 0 TTTCCTTATGTTAGAATGCTTAAGTATTGTAACATATTAAAT 17 23 1 TAGAAAGCGTTATTCAAGTTTAGTTATAATCAAGGCCATTTT 16 24 1 GTCCTTTTTAAAGAGAGGGTTTGTTTTTGTTGCACCCCATTT 14 44 1 AGGCATTTGGAAAATTCATCTAAGGGTTTTAAGGGGATTGT 5 140 1 AAAGTTTTTTTAATTGATCTTAGCTTTTTAAGGTGTGAAAAC 5 65 0 ** *** * ** * * MAP Score: 12.8251 Motif 4 TGAAACCGTAATTATACTATTTTTAAGCAAATCAAT 0 32 1 TACCCAAAATTACCAAACATTTTAAGCGCTCG 2 6 0 ATAATCTCAAAAGATTCAAATTTAAATAAGGAATGC 2 41 1 TTATCGGTTAAAGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTAT 3 67 1 TCATGCCCCTAATTTTATTTTTTAAAAATAAAGCCC 3 94 0 TTATGCTCTCTTTCGCTCTTTTTTAACGCTTTCAAT 4 68 1 TTCAATGATAAACGCTTAAATTTTAGGTAAGATCAA 4 98 1 AGGTAAGATCAACTATTCCATTTTAAATTAAAGTAG 4 122 1 AAAGGGTATCTTTAAGCCCTTTTTAGTCTTTATGAA 5 13 1 TTTTTAATTGATCTTAGCTTTTTAAGGTGTGAAAAC 5 65 0 TAAAATTAACCTTTAATTTTTGAGAGAATTTAA 6 7 1 TCTTAAACAATAAGGCTTAATTTTAAGCGCGTTTTA 6 55 0 TATTGTTTAAGAAAATCGCTTTTTAATGCAAATAAA 6 79 1 ATTCTTTCTAAATCATGGCATTTTAGCATTTTATTT 6 108 0 GAGAAAATTCAAAAGCCTTTTTTTAGGTAAAATAGA 7 14 1 ATAGACTTGATTGCAATCGTTTTTAGGGAGTTTGAT 7 49 1 TTTTGAGTAGAATAATGGTTTTTAAAAATGCAAAAA 9 19 0 AAAATAATGAAATAGGATTTTTTTAAGGTTTTGAGT 9 47 0 CATTTTGTGGCTCAAATCATTTTTAAAGGGGTTCTA 9 107 1 AGTAAAATCAAATAACCTTATTTTAACCAAAGGTTA 10 43 0 TTTAAACCTGAATTTCACATTTTTGATTTTTTAAAA 10 88 1 TTTTTGAAGGAACGCTCTATTTTAGGATAATAACAA 12 12 0 GCGTTCCAAAAACCAACCATTTTTGAAGGAACGCTC 12 31 0 CATTTTTATCAAACAACGCTTTTTAAGAGTGGCTCA 13 63 0 TATGGTATCTTAAAGTAAAATTTTAAAAATAAGGTT 13 107 1 TAAAATTTTAAAAATAAGGTTTTTAAAA 13 122 1 TAAAAAGGACCAAGCGATCATTTAAAGAGAAGCCAC 14 18 0 TTTGTTTTTGTTGCACCCCATTTTAATAGATTTTAC 14 63 1 CAAAACCCCTTTTTAAACCCTTGCAA 15 0 1 GGGATTTCCTTATTTTGGTTTTTTGAATAGGCGTTC 15 177 0 TTTAGTTATAATCAAGGCCATTTTAAAAGCTAGATT 16 42 1 CTTTATTTTATAATAATGATTTTTGGAATTGTAACA 18 17 1 ** * ******* MAP Score: 11.2835 Motif 5 TGTTGTAACTCCTTGTTATAAAAAACCCAAAGGC 3 8 1 TTTTAAAGGGCTTTATTTTTAAAAAATAAAATTAGG 3 87 1 AGATCAACTATTCCATTTTAAATTAAAGTAGCCCT 4 127 1 TAAGCCCTTTTTAGTCTTTATGAAAAGGGTTTTAGT 5 25 1 AAATTAACCTTTAATTTTTGAGAGAATTTAAAAGTT 6 12 1 AAATTAAGCCTTATTGTTTAAGAAAATCGCTTTTTA 6 68 1 AATTCAAAAGCCTTTTTTTAGGTAAAATAGATAGAC 7 19 1 GATTAGGGGTTATGAAAAACGC 8 2 1 CAAACTCTTTTTTGCATTTTTAAAAACCATTATTCT 9 11 1 CTTATTTTAACCAAAGGTTATTAAAATTATCCTTAT 10 27 0 AATAAGGTTATTTGATTTTACTATAAGGTTGTTTAA 10 57 1 AATTTCACATTTTTGATTTTTTAAAAGGGATTAGAG 10 98 1 GATATAGCGATTTCTTTATGCGATAAAACGGCTTGA 11 10 1 ATAAAACGGCTTGATAGTTATCAAAAGCTAGAAAAC 11 32 1 TATACAAAGTTTAAGATTTGCAAAAATCGTCTCAAG 11 89 1 TGAAGGAACGCTCTATTTTAGGATAATAACAATA 12 8 0 TTCAATTGTTGCGTATTTTTTCAAAATTATACAACA 12 83 1 ATTCATGCTCCCATGCGTTGTGAAAATCCAACGCCA 14 107 1 GCTTTTATCCTATGGTTTTATTTAATATGTTACAA 17 49 0 GGCTATCCTTTATTTTATAATAATGATTTTTGG 18 7 1 TATCATCAAGCTATCTTTTGCTATAATACCCAAAAC 18 83 1 ** **** **** MAP Score: 9.75911 Motif 6 AAAAGACTCCTAAAATAAAAATTGAAACCG 0 10 1 TCGCCATGCTTGAAATTAGAAAAGGAAAAT 0 78 0 AGATTCAAATTTAAATAAGGAATGCCACC 2 52 1 TTTATTTTTTAAAAATAAAGCCCTTTAAAA 3 87 0 TTTATTTTTAAAAAATAAAATTAGGGGCAT 3 98 1 GAAAATGGGTTATAATAAAGAAAATTTTAT 3 128 1 GTTCGTATTCAATAATAAAATTTTCTTTAT 3 142 0 AAAGAGAGCATAAAAGAAAGGGCATAAAAG 4 51 0 TTGAAAGCGTTAAAAAAGAGCGAAAGAGAG 4 73 0 CTATTCCATTTTAAATTAAAGTAGCCCT 4 134 1 CTAAGATCAATTAAAAAAACTTTTGAGCGT 5 84 1 TAAAATTAACCTTTAATTTT 6 0 1 AAATTCTCTCAAAAATTAAAGGTTAATTTT 6 11 0 AAAACGCGCTTAAAATTAAGCCTTATTGTT 6 56 1 CTATTTTACCTAAAAAAAGGCTTTTGAATT 7 19 0 TATAGCGTATTAAAATAATGAAATAGGATT 9 64 0 AAAAACTCTCTATAATAAGGATAATTTTAA 10 13 1 AACCTTTGGTTAAAATAAGGTTATTTGATT 10 44 1 AACCTTATAGTAAAATCAAATAACCTTATT 10 57 0 ATCCCTTTTAAAAAATCAAAAATGTGAAAT 10 99 0 GTTATTATCCTAAAATAGAGCGTTCCTTCA 12 14 1 AACAAAGCATTTAAATTAAAAAGGATAGTC 12 115 1 GCTAATTGGATAGAATAGAGCCACTATTAG 13 30 0 AGTAAAATTTTAAAAATAAGGTTTTTAAAA 13 120 1 TGGGGTGCAACAAAAACAAACCCTCTCTTT 14 53 0 TAAAATCTATTAAAATGGGGTGCAACAAAA 14 68 0 TAAACCCTTGCAAAATTAAAGCATGCAAAA 15 23 1 TTCAAAAAACCAAAATAAGGAAATCCCA 15 186 1 CAAGTTTAGTTATAATCAAGGCCATTTTAA 16 38 1 TTAAGCATTCTAACATAAGGAAAATAATAA 17 16 0 TTGTAACATATTAAATAAAACCATAGGATA 17 49 1 ATCATTATTATAAAATAAAGGATAGCC 18 7 0 CTATAATACCCAAAACAAAATACCAATTAA 18 103 1 ********** MAP Score: 4.38279 Motif 7 ATTTTACCACAAGGGATTTT 0 107 1 AAGGATGCCTTTGGGTTTTTTATAACAAGG 3 20 0 TGAAATTTTAAAGGGCTTTATTTTTAAAAA 3 82 1 TTTATCATTGAAAGCGTTAAAAAAGAGCGA 4 80 0 ACCTAAAATTTAAGCGTTTATCATTGAAAG 4 96 0 GTCTTTATGAAAAGGGTTTTAGTTTGAGTT 5 38 1 TACCATTGAGTAGGCATTTGGAAAATTCAT 5 129 1 AAAATTCATCTAAGGGTTTTAAGGGGATTG 5 150 1 TAAGGGTTTTAAGGGGATTGT 5 160 1 CTTAAACAATAAGGCTTAATTTTAAGCGCG 6 60 0 TACCTAAAAAAAGGCTTTTGAATTTTCTCA 7 13 0 ACTTGATTGCAATCGTTTTTAGGGAGTTTG 7 53 1 GATTAGGGGTTATGAAAAACGC 8 3 1 TGAGTAGAATAATGGTTTTTAAAAATGCAA 9 22 0 AGGATTTTTTTAAGGTTTTGAGTAGAATAA 9 40 0 AAATAATGAAATAGGATTTTTTTAAGGTTT 9 52 0 ATCATTTTTAAAGGGGTTCTA 9 122 1 TTATTAAAATTATCCTTATTATAGAGAGTT 10 16 0 TATTTTAACCAAAGGTTATTAAAATTATCC 10 31 0 TTGGTTAAAATAAGGTTATTTGATTTTACT 10 49 1 GATTTTACTATAAGGTTGTTTAAACCTGAA 10 70 1 GATTTTTTAAAAGGGATTAGAGTTCTT 10 112 1 GATATAGCGATTTCTTTATGCGAT 11 4 1 GATAACTATCAAGCCGTTTTATCGCATAAA 11 24 0 TATAGATAGCTAGGGATTATACCATGTTTT 11 63 0 TGGACTATCCTTTTTAATTTAAATG 12 122 0 ACTATTAGAATAAGGTTTTGATGACGAT 13 8 0 ATTTTAAAAATAAGGTTTTTAAAA 13 126 1 CTTTTTAAAGAGAGGGTTTGTTTTTGTTGC 14 47 1 AGGGTTTAAAAAGGGGTTTTG 15 1 0 TAAGGTATTTTAGGGGTATTTTACACTATA 15 144 0 GTTTTTTGAATAGGCGTTCTCTTAAGGTAT 15 166 0 GCTGTGTTAGAAAGCGTTATTCAAGTTTAG 16 17 1 ********** MAP Score: 1.83901 Motif 8 TTCAAGCATGGCGATTTTACCACAAGGGAT 0 94 1 TGAATCTTTTGAGATTATACCCAAAATTAC 2 29 0 TTTGGTTGGAACTATTATCGGTTAAAGTTT 3 53 1 ATGAAAATGGGTTATAATAAAGAAAATTTT 3 126 1 ATTCTTATGCGCTATTATACTCTTTTATGC 4 30 1 TAAAATTTAAGCGTTTATCATTGAAAGCGT 4 93 0 AGGGCTACTTTAATTTAAAATGG 4 139 0 GCATTAAAAAGCGATTTTCTTAAACAATAA 6 78 0 GCGTTTTTCATAACCCCTAA 8 12 0 ATTTTAATACGCTATAATCGGTGCGACAAC 9 78 1 TAGATAGCTAGGGATTATACCATGTTTTCT 11 61 0 AGCTACTTTCCCCTTGAGACG 11 116 0 TATTGTTATTATCCTAAAATAGAG 12 4 1 CCAACGCCACGCCATTTTCAAGTAAGTGCT 14 134 1 CCAATTCAGAGCCATTATAGTGTAAAATAC 15 129 1 GTATTTTAGGGGTATTTTACACTATAATGG 15 140 0 GTGTTAGAAAGCGTTATTCAAGTTTAGTTA 16 20 1 TATAATCAAGGCCATTTTAAAAGCTAGATT 16 48 1 GCTTTTATCCTATGGTTTTA 17 64 0 GCTATCTTTTGCTATAATACCCAAAACAAA 18 92 1 ********** MAP Score: 1.38363