AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons006_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944251984 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 mraY 117 PHOSPHO-N-ACETYLMURAMOYL-PENTAPEPTIDE-TRANSFERASE #1 bioF 22 8-amino-7-oxononanoate synthase #2 jhp0546 71 methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) #3 jhp0547 166 putative secretion/efflux abc transporter, ATP-binding protein #4 jhp0568 152 AMINOTRANSFERASE #5 hopE 173 Outer membrane protein/porin #6 jhp0646 171 putative #7 pgpA 146 PHOSPHATIDYLGLYCEROPHOSPHATASE A #8 ddl 76 D-ALANINE--D-ALANINE LIGASE #9 rodA_1 22 putative ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN #10 putative 133 putative #11 jhp0911 129 putative #12 ftsZ 127 GTPase in circumferential ring formation #13 jhp1081 137 putative #14 jhp1385 140 putative #15 jhp1464 155 PENICILLIN-BINDING PROTEIN #16 fliE 127 FLAGELLAR HOOK-BASAL BODY COMPLEX PROTEIN #17 flgB_rodA_2 204 flgB: FLAGELLAR BASAL-BODY ROD PROTEIN, rodA_2: putative ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN #18 dniR 83 putative REGULATORY PROTEIN #19 jhp1481 74 putative #20 wecA 135 putative UNDECAPRENYL-PHOSPHATE-ALPHA-N-ACETYLGLUCOSAMINYLTRANSFERASE Motif 1 TTTGTGGCTCAAATCATTTTTAAAGGGGTTCTA 10 110 1 GCTGTGTTAGAAAGCGTTATTCAAGTTTAGTTAT 18 17 1 AGAAAATTCAAAAGCCTTTTTTTAGGTAAAATAG 8 15 1 ACAATTCCAAAAATCATTATTATAAAATAAAGGA 20 15 0 GCATTTTTAAAAACCATTATTCTACTCAAAACCT 10 24 1 ATCGTCATCAAAACCTTATTCTAATAGTGGCTC 14 9 1 CAAAACCCCTTTTTAAACCCTTGCAAA 17 187 0 TTGTTTAAGAAAATCGCTTTTTAATGCAAATAAA 7 81 1 TGTTGTAACTCCTTGTTATAAAAAACCCAA 3 6 1 AACAAAAACAAACCCTCTCTTTAAAAAGGACCAA 15 41 0 TTTTAATTTAAATGCTTTGTTGTATAATTTTGAA 13 102 0 TTCCAAAAACCAACCATTTTTGAAGGAACGCTCT 13 30 0 TTTTTGAAGGAACGCTCTATTTTAGGATAATAAC 13 14 0 GATCAATTTCAAAGCATGCTTAAAGTTGGAGCGA 17 99 0 GTAAAATCAAATAACCTTATTTTAACCAAAGGTT 11 44 0 CCACTCTTAAAAAGCGTTGTTTGATAAAAATGGC 14 67 1 GGTTACGCTCAAAAGTTTTTTTAATTGATCTTAG 6 84 0 TTTGAAATTGATCGCATTCTTTAATGAGAAGCGA 17 120 1 ATAAAAATTGAAACCGTAATTATACTATTTTTAA 0 24 1 TTTTAAAAACCTTATTTTTAAAATTTTACT 14 120 0 TCAAACTCTTTTTTGCATTTTTAAAAA 10 3 1 TTATCATACTAAAACGCGCTTAAAATTAAGCCTT 7 46 1 ACTCAAACTAAAACCCTTTTCATAAAGACTAAAA 6 33 0 ATAATAAAACCATTCTTTTTTGAAGTATAATAGC 5 45 0 GGTGGCATTCCTTATTTAAATTTGAATCT 2 52 0 TTTTAAAAATAAAGCCCTTTAAAATTTCAAACTT 3 77 0 GTTAAAAACTCTCTATAATAAGGATAAT 11 4 1 AAGAACTCTAATCCCTTTTAAAAAATCAAAAAT 11 106 0 AAAAAATCCTATTTCATTATTTTAATACGCTATA 10 60 1 TTATTTTAACCAAAGGTTATTAAAATTATCCTTA 11 28 0 TGATTTTACTATAAGGTTGTTTAAACCTGAATTT 11 69 1 CAAAAGCTAGAAAACATGGTATAATCCCTAGCTA 12 53 1 *** * ** ** ** MAP Score: 39.0741 Motif 2 CTACTTTAATTTAAAATGGAATAGTTGATCTTACC 4 123 0 TTTATTTGCATTAAAAAGCGATTTTCTTAAACAAT 7 80 0 TGAGCCACTCTTAAAAAGCGTTGTTTGATAAAAAT 14 63 1 TTGCAAGGGTTTAAAAAGGGGTTTTG 17 188 1 TTTTGATTTTTTAAAAGGGATTAGAGTTCTT 11 108 1 GTAAAATCTATTAAAATGGGGTGCAACAAAAACAA 15 64 0 AATCTAGCTTTTAAAATGGCCTTGATTATAACTAA 18 43 0 AAATAAAATGCTAAAATGCCATGATTTAGAAAGAA 7 108 1 AGTTATCATACTAAAACGCGCTTAAAATTAAGCCT 7 44 1 TTCATAAAGACTAAAAAGGGCTTAAAGATACCCTT 6 14 0 TTTTGCATTTTTAAAAACCATTATTCTACTCAAAA 10 20 1 AGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTATTTTTAAAAAA 3 78 1 TCCTTTTTAATTTAAATGCTTTGTTGTATAATTTT 13 105 0 TCAAATCATTTTTAAAGGGGTTCTA 10 118 1 TCTTTATGCGATAAAACGGCTTGATAGTTATCAAA 12 22 1 ATTCCTATCTTTAAAATTGTCTCATAGAATAATAG 5 131 0 TTTTCACACCTTAAAAAGCTAAGATCAATTAAAAA 6 66 1 CGTGAGAAAATTCAAAAGCCTTTTTTTAGGTAAAA 8 11 1 TAGGGCTGTGTTAGAAAGCGTTATTCAAGTTTAGT 18 13 1 AGAAAGTGGATTAAAAGGAGCTATTATACTTCAAA 5 26 1 ATCAAACTCCCTAAAAACGATTGCAATCAAGTCTA 8 50 0 AAAACTCAAACTAAAACCCTTTTCATAAAGACTAA 6 35 0 TTTCATTATTTTAATACGCTATAATCGGTGCGACA 10 71 1 ATTAGGGGCATGAAAATGGGTTATAATAAAGAAAA 3 117 1 ACAATCCCCTTAAAACCCTTAGATGAATTTTCCA 6 147 0 TTTTAAAAACCTTATTTTTAAAATTTT 14 123 0 TATGATAACTTTTAAATTCTCTCAAAAATTAAAGG 7 19 0 GCGTTGTTTGATAAAAATGGCTCATTATATGGTAT 14 80 1 AAGGATAATTTTAATAACCTTTGGTTAAAATAAGG 11 29 1 CGAGCGCTTAAAATGTTTGGTAATTTTGGGT 2 6 1 TTTCCTTATGTTAGAATGCTTAAGTATTGTAACAT 19 23 1 TTCATAAGAGTTAAAAATATTTGCTTGATTAAGGA 5 88 1 TCATTGCCTTAAATTCTTTCTAAATCATGGCA 7 124 0 ****** ** * * MAP Score: 36.8758 Motif 3 AAAAGATTCAAATTTAAATAAGGAATGCCA 2 49 1 TAAAGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTATTT 3 75 1 AAAGGGCTTTATTTTTAAAAAATAAAATTA 3 91 1 TCTATGAGACAATTTTAAAGATAGGAATGT 5 138 1 TTTTTGAGAGAATTTAAAAGTTATCATACT 7 26 1 AAGAAAATCGCTTTTTAATGCAAATAAAAT 7 87 1 TCTTTTTTGCATTTTTAAAAACCATTATTC 10 16 1 CCTATTTCATTATTTTAATACGCTATAATC 10 67 1 GGCTCAAATCATTTTTAAAGGGGTTCTA 10 115 1 TAATAAGGATAATTTTAATAACCTTTGGTT 11 25 1 ACATTTTTGATTTTTTAAAAGGGATTAGAG 11 104 1 TTGTTGTATAATTTTGAAAAAATACGCAAC 13 90 0 TATCCTTTTTAATTTAAATGCTTTGTTGTA 13 112 0 CTTAAAGTAAAATTTTAAAAATAAGGTTTT 14 115 1 TCGCTTGGTCCTTTTTAAAGAGAGGGTTTG 15 37 1 TGTTGCACCCCATTTTAATAGATTTTACCA 15 71 1 ATAGAGTTAAATTTTTAAAAAAGAGCTTAA 16 98 1 TAATCAAGGCCATTTTAAAAGCTAGATTAA 18 50 1 ********** MAP Score: 19.8675 Motif 4 AATTGAAACCGTAATTATACTATTTTTAAGC 0 29 1 AATTTGCGCTACAATTTTCCTTTTCTAATTT 0 65 1 TTCAAGCATGGCGATTTTACCACAAGGGATT 0 94 1 TTTCATGCCCCTAATTTTATTTTTTAAAAAT 3 101 0 TTTATTATAACCCATTTTCATGCCCCTAATT 3 116 0 ATTCTTATGCGCTATTATACTCTTTTATGCC 4 30 1 TAAAATTTAAGCGTTTATCATTGAAAGCGTT 4 92 0 ATTAAAAGGAGCTATTATACTTCAAAAAAGA 5 35 1 GGATAAACATGCTATTATTCTATGAGACAAT 5 120 1 ATTCTATGAGACAATTTTAAAGATAGGAATG 5 136 1 ACGCTCAAAAGTTTTTTTAATTGATCTTAGC 6 83 0 GCATTAAAAAGCGATTTTCTTAAACAATAAG 7 77 0 GCGTTTTTCATAACCCCTAAT 9 11 0 ACTCTTTTTTGCATTTTTAAAAACCATTATT 10 14 1 ATTTTTAAAAACCATTATTCTACTCAAAACC 10 26 1 ATCCTATTTCATTATTTTAATACGCTATAAT 10 65 1 TGTGGCTCAAATCATTTTTAAAGGGGTTCTA 10 112 1 TATTGTTATTATCCTAAAATAGAGC 13 4 1 CATATAATGAGCCATTTTTATCAAACAACGC 14 80 0 TTTGTTGCACCCCATTTTAATAGATTTTACC 15 69 1 ACGATTTTCAACAATTTATGG 16 0 1 CCAATTCAGAGCCATTATAGTGTAAAATACC 17 64 0 TATAATCAAGGCCATTTTAAAAGCTAGATTA 18 48 1 AGTTAATTATTATTTTCCTTATGTTAGAA 19 8 1 GCTTTTATCCTATGGTTTTAT 19 63 0 ** ******** MAP Score: 6.01663 Motif 5 TGCTTGAAATTAGAAAAGGAAAATTGTAGCGCA 0 69 0 TAATTTTGGGTATAATCTCAAAAGATTCAAATT 2 30 1 GCATTCCTTATTTAAATTTGAATCTTTTGAGAT 2 44 0 CTCCTTGTTATAAAAAACCCAAAGGCATCCTTG 3 18 1 ATAAAGCCCTTTAAAATTTCAAACTTTAACCGA 3 70 0 GGGCTTTATTTTTAAAAAATAAAATTAGGGGCA 3 94 1 GAAAATGGGTTATAATAAAGAAAATTTTATTAT 3 128 1 GGTGTTCGTATTCAATAATAAAATTTTCTTTAT 3 142 0 GCTACTTTAATTTAAAATGGAATAGTTGATCTT 4 126 0 GAGTTTCCTTAAAATAAGAAAGTGGATTAAA 5 8 1 GCTATTATACTTCAAAAAAGAATGGTTTTATTA 5 45 1 AAAAGCTAAGATCAATTAAAAAAACTTTTGAGC 6 79 1 TTTAAATTCTCTCAAAAATTAAAGGTTAATTTT 7 11 0 TTTTTTTAGGTAAAATAGATAGACTTGATTGCA 8 31 1 TAATGGTTTTTAAAAATGCAAAAAAGAGTTTGA 10 10 0 TATAGCGTATTAAAATAATGAAATAGGATTTTT 10 61 0 AAAAACTCTCTATAATAAGGATAATTTTAATAA 11 13 1 TATAAGGTTGTTTAAACCTGAATTTCACATTTT 11 78 1 TAATCCCTTTTAAAAAATCAAAAATGTGAAATT 11 98 0 TGCTTTGTTGTATAATTTTGAAAAAATACGCAA 13 91 0 CAACAAAGCATTTAAATTAAAAAGGATAGTCCA 13 114 1 TATCTTAAAGTAAAATTTTAAAAATAAGGTTTT 14 112 1 CAAAGATCAGTAGAATACAGAAATGAATAAGAT 16 60 1 TTTAATAGAGTTAAATTTTTAAAAAAGAGCTTA 16 94 1 TTCAAAAAACCAAAATAAGGAAATCCCA 17 5 0 TTTTGCATGCTTTAATTTTGCAAGGGTTTAAAA 17 171 1 TTAAGCATTCTAACATAAGGAAAATAATAATTA 19 13 0 GGTTTTATGTTACAATTCCAAAAATCATTATTA 20 27 0 TATCTTTTGCTATAATACCCAAAACAAAATACC 20 94 1 ** **** **** MAP Score: 5.88008 Motif 6 GGTTGGAACTATTATCGGTTAAAGTTTGAAATTTTA 3 56 1 TTGAAATTTTAAAGGGCTTTATTTTTAAAAAATAAA 3 81 1 TAGGGGCATGAAAATGGGTTATAATAAAGAAAATTT 3 119 1 GCTTTCAATGATAAACGCTTAAATTTTAGGTAAGAT 4 95 1 ACTTCAAAAAAGAATGGTTTTATTATCATTTCTTAT 5 53 1 AGTCTTTATGAAAAGGGTTTTAGTTTGAGTTTTCAC 6 37 1 TAAAATTAACCTTTAATTTTTGAGAGAATT 7 4 1 CGCGCTTAAAATTAAGCCTTATTGTTTAAGAAAATC 7 60 1 GATTAGGGGTTATGAAAAACGC 9 1 1 AACTCTCTATAATAAGGATAATTTTAATAACCTTTG 11 16 1 CTTTGGTTAAAATAAGGTTATTTGATTTTACTATAA 11 47 1 TTGATTTTTTAAAAGGGATTAGAGTTCTT 11 110 1 AAATTATACAACAAAGCATTTAAATTAAAAAGGATA 13 106 1 TTGTTTGATAAAAATGGCTCATTATATGGTATCTTA 14 83 1 AAATTTTAAAAATAAGGTTTTTAAAA 14 124 1 ATTTTACACTATAATGGCTCTGAATTGGCTTATCGC 17 67 1 GGGCTGTGTTAGAAAGCGTTATTCAAGTTTAGTTAT 18 15 1 * ** ** *** ** MAP Score: 1.20331 Motif 7 AAATTTTAAAGGGCTTTATTTTTAAAAAATAA 3 84 1 TCAAAAAAGAATGGTTTTATTATCATTTCTTA 5 56 1 ATAAAAGGGTATCTTTAAGCCCTTTTT 6 5 1 CTTTATGAAAAGGGTTTTAGTTTGAGTTTTCA 6 40 1 TTAAACAATAAGGCTTAATTTTAAGCGCGTTT 7 57 0 ATGGCATTTTAGCATTTTATTTGCATTAAAAA 7 98 0 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