AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons007_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944251997 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 fabD 300 MALONYL COA-ACYL CARRIER PROTEIN TRANSACYLASE #1 tpi 209 TRIOSE PHOPHATE ISOMERASE #2 metK 65 S-adenosylmethionine synthetase #3 ndk 66 NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE #4 jhp0185 24 putative #5 plsX 77 putative FATTY ACID/PHOSPHOLIPID SYNTHESIS PROTEIN #6 fabH 23 BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE III #7 pyrD 38 DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE #8 ppk 300 polyphosphate kinase #9 fabB 102 BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE I #10 acpP 52 ACYL CARRIER PROTEIN #11 jhp0507 97 putative #12 fabG 38 ACETYL-COENZYME A CARBOXYLASE SUBUNIT A #13 rpsU 100 30S RIBOSOMAL PROTEIN S21 #14 jhp0599 298 putative #15 jhp0600 82 putative Outer membrane protein #16 jhp0823 181 putative #17 jhp1022 300 putative Outer membrane protein #18 fabZ 181 HYDROXYMYRISTOYL-ACYL CARRIER PROTEIN DEHYDRATASE Motif 1 TCTTTTTTGTAAAACTTCATTTAACCCTAAAAGA 8 53 0 ATTTTATCATAAAAATCTATTTAATGAGAATTAT 14 148 1 CACACCAAACAAACTGATTTTTAAACATGATGAT 8 262 1 CTTTAAAACGAAAGGGCAATTTAACC 14 282 1 GTTTTAGTCAAAAATTTAGCTTAAGCTAAAATCT 9 39 1 CATTCTAAACAAAAAGTTTTTAAAGGCAAAAAGG 0 54 1 GCTTAATTAAAACGCTCTTAAATC 4 2 0 AACGGATTGCAACAAGCCTTTTAAGGACGCATG 5 54 1 GATAAAAGCTATCTTTAATGATAGGGAG 5 4 1 GTTTTTTACAAAAAACATTTTTAACACCAATTTT 16 25 0 AAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACT 8 70 1 GAATTATAGTAAAAATAAGTTAAATAAACCTTAA 0 195 1 TTGATTATACAAAAATTTCTTAAAATATTACCCT 3 22 0 TAAAAATCCTTTAAATCATCATGTT 8 285 0 TTTTCTTAATAAACCGATCTTAAATTGGGAAAAA 1 93 1 TTCATTCAATAAAACTAGATTTTAGCTTAAGCTA 9 55 0 ATAATATATAAAAAGCATTCTTAAATCTAAAAAT 14 234 1 AATTGGGAAAAAAATTCAATTCAAGGGGGCTATT 1 115 1 GTTTATTAAGAAAAATTATTTCAAATGTAGTAAA 1 73 0 CTGCTCCTAAAAACTCAAATTTAACCTGAATCGC 1 15 1 ACCAACGCTAAAAATGGCGCTTTAGTTGAATCCA 18 139 1 TCCTAAACAAAGGGTTCTTTTAGCGATAAAAG 11 8 1 TTTAACCCTAAAAGATCGCTTAAAATTTTTTCAG 8 34 0 TTTGAACACCAACGATTATTTTAATAAGGACAAT 2 38 1 AGGTAACGGAAACAAGAATTTTTATAGCGGTAGG 17 74 0 CTTGACGCAAAAACACTGCCTTAATTTTACTACA 1 48 1 CCTCATTTTAAAACTTTCATTCAATAAAACTAGA 9 70 0 GTGTCTGTGTAAAGCGTTTCTTTAAACTTATGGC 18 31 1 CAATTTTTCCAACAACACGCTTAAAATTATTGAA 17 147 0 AAGTTAAATAAACCTTAAACTTTAATGGTTTCTA 0 211 1 **** * ***** MAP Score: 31.9929 Motif 2 CTTAAAATTTTTTCAGCGTTTTTTGGGTTGATT 8 17 0 TAATTTTTAGCGTTTTTAAGAATGATT 15 4 1 TATATAGTTCTTGGAATGTTTTTTACAAAAAAC 16 43 0 ACATGATGATTTAAAGGATTTTTA 8 286 1 AAGATAAACATTGTAGCATTTTTAGATTTAAGA 14 252 0 AATATTACCCTTAAAATATTTTT 3 0 0 TTGTCATGGTTTCTAATATTTTTTATAAAGCCT 17 231 0 GCGGTAGGAATTTTAAAGATTTTAGGGACGCCA 17 49 0 CCTTTTTGCCTTTAAAAACTTTTTGTTTAGAAT 0 55 0 AGGGTAATATTTTAAGAAATTTTTGTATAATCA 3 22 1 TTTTGTAAATTTTAAAAAATTTTCATACTCTCA 14 76 0 TTTACTACATTTGAAATAATTTTTCTTAATAAA 1 73 1 CTATTGAGTCTTTCAATAATTTTAAGCGTGTTG 17 136 1 GCTTAATTAAAACGCTCTTAAATC 4 5 0 CTGAAAAAATTTTAAGCGATCTTTTAGGGTTAA 8 34 1 TTAGTTGTTGTTTAAAAACTCTTTTTTGTAAAA 8 73 0 TCTTTTTAACTTGGAGCGTTTGTCTCCAGGTTT 9 10 1 AAATTGGTGTTAAAAATGTTTTTTGTAAAAAAC 16 26 1 CATGCGTCCTTAAAAGGCTTGTTGCAATCCGT 5 55 0 TTTTTAGATTTAAGAATGCTTTTTATATATTAT 14 234 0 ATGATAGTAATTGGAGCTTTTTTAAAAAGTCAT 8 216 0 GAATTTAAAATTTAAGGATTATTGAATG 12 20 1 TTCCTACCGCTATAAAAATTCTTGTTTCCGTTA 17 72 1 ATTGTCCTTATTAAAATAATCGTTGGTGTTCAA 2 39 0 ** ** ****** MAP Score: 27.4343 Motif 3 TTCCAACAACACGCTTAAAATTATTGAAAG 17 145 0 CCCTAAAAGATCGCTTAAAATTTTTTCAGC 8 33 0 TTAAATCATCATGTTTAAAAATCAGTTTGT 8 270 0 TTAAAATATTACCCTTAAAATATTTTT 3 7 0 AAGGGGGCTATTGTTTAAAATTTACATTTT 1 137 1 TGCTTAGTTGTTGTTTAAAAACTCTTTTTT 8 79 0 TACAATGTTTATCTTTAAAACGAAAGGGCA 14 270 1 CGTCCCTAAAATCTTTAAAATTCCTACCGC 17 52 1 TCCGTTGCAATCCTTTAAAATACTCCCTAT 5 30 0 CATGCGTCCTTAAAAGGCTTGTTGC 5 62 0 ATAACTAATCATTCTTAAAAACGCTAAAAA 15 13 0 ATTCTTAAAAACGCTAAAAATTA 15 3 0 AGGATAACCAACGCTAAAAATGGCGCTTTA 18 133 1 TATACAAAAATTTCTTAAAATATTACCCTT 3 21 0 AGCGTTGGTTATCCTAAAAAATAACCGCTA 18 118 0 CGTAAAAGGAATGCTTAGAAACTATATGTC 0 13 1 CAGCCTTTTTGCCTTTAAAAACTTTTTGTT 0 61 0 TAATTGGAGCTTTTTTAAAAAGTCATGGTC 8 212 0 AGTATGAAAATTTTTTAAAATTTACAAAAA 14 80 1 CATTCAATAATCCTTAAATTTTAAATTCG 12 19 0 TAAAAACTTTTTGTTTAGAATGTATTAACG 0 46 0 GCCCTTAGTTTTGTTTAGAAACCATTAAAG 0 230 0 CTCTTTTCCATAGCTTAAAATCATTGCTTA 13 69 0 ATTAAAATTGGTGTTAAAAATGTTTTTTGT 16 22 1 GATTATCCTTTAAATTTTATTAATC 0 285 0 TAAAAATCCTTTAAATCATCATGTTT 8 284 0 TATAAAAAGCATTCTTAAATCTAAAAATGC 14 240 1 ********** MAP Score: 26.7489 Motif 4 TTTACAAAACAAGGGAGTTTTAATC 10 37 1 ATGATGATTTAAAGGATTTTTA 8 288 1 TTTAGGGTTAAATGAAGTTTTACAAAAAAGA 8 56 1 TGTTGGAAAAATTGGAGTTTTGAAGCGCTCA 17 167 1 AGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAA 8 71 1 TGATTTCCTTAATGGATTTTAGCTTGAGTGT 15 59 0 ACACCAAACAAACTGATTTTTAAACATGATG 8 263 1 ATTCTCATTAAATAGATTTTTATGATAAAAT 14 148 0 GGCGCAATGCATCGGCGTTTTTGCAAATGCA 18 62 1 GAATCCAAAACAAGGAGTTTATTTT 18 166 1 CAACAATTCACAAGGAGTTTAAA 3 53 1 TTCAGGTTAAATTTGAGTTTTTAGGAGCAGT 1 14 0 GCCCCCTTGAATTGAATTTTTTTCCCAATTT 1 114 0 GTAACGGAAACAAGAATTTTTATAGCGGTAG 17 75 0 GATTTAAGAGCGTTTTAATTAAGC 4 5 1 ACTACATTTGAAATAATTTTTCTTAATAAAC 1 76 1 GTAATATTTTAAGAAATTTTTGTATAATCAA 3 25 1 GTTTTATTGAATGAAAGTTTTAAAATGAGGA 9 74 1 ACATTCTAAACAAAAAGTTTTTAAAGGCAAA 0 53 1 AATGATAGTAATTGGAGCTTTTTTAAAAAGT 8 219 0 AAACAAAACTAAGGGCTTTTATATTACAATC 0 244 1 CAACGCTAAAAATGGCGCTTTAGTTGAATCC 18 141 1 CTACTCCGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTC 8 205 1 TGATGATTGGATTTAATTTTTACAAAACAAG 10 19 1 AAAAACGCTGAAAAAATTTTAAGCGATCTTT 8 27 1 CATTGTTAAGCAATGATTTTAAGCTATGGAA 13 63 1 TTTAGAAACCATTAAAGTTTAAGGTTTATTT 0 216 0 TCATACTCTCATTTACTTTTTCATTATCATT 14 56 0 TTGAGTCTTTCAATAATTTTAAGCGTGTTGT 17 139 1 CTTGATAAAGCTTAGATTTTATCATAAAAAT 14 133 1 TTCAATAATCCTTAAATTTTAAATTCGTTCA 12 15 0 ** ******** MAP Score: 25.0206 Motif 5 TTTCTAAACAAAACTAAGGGCTTTTATATTACAAT 0 239 1 TCCTAAACAAAGGGTTCTTTTAGCGATAA 11 4 1 ATATTAGTAAAAATTAAGTAATATTAAGTGAATAT 16 73 1 GAAAGTTTTAAAATGAGGAGCTATTG 9 86 1 ACGAATTTAAAATTTAAGGATTATTGAATG 12 18 1 TATATAATATATAAAAAGCATTCTTAAATCTAAAA 14 231 1 AATTTTTACAAAACAAGGGAGTTTTAATC 10 33 1 CGCTGAAAAAATTTTAAGCGATCTTTTAGGGTTAA 8 32 1 GTTATCCTAAAAAATAACCGCTATTATACCATAAG 18 106 0 TAATCACACCAAACAAACTGATTTTTAAACATGAT 8 258 1 GGTTATTCTAAAACAAAGAGGTTATTATCAA 11 76 1 AATACATTCTAAACAAAAAGTTTTTAAAGGCAAAA 0 50 1 AAACATGATGATTTAAAGGATTTTTA 8 284 1 TAAGGGTAATATTTTAAGAAATTTTTGTATAATCA 3 20 1 TGAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAAC 8 68 1 AATGTAGTAAAATTAAGGCAGTGTTTTTGCGTCAA 1 49 0 GCTTAATTAAAACGCTCTTAAATC 4 5 0 TTAGGTAACGGAAACAAGAATTTTTATAGCGGTAG 17 75 0 ACCACCTAATAAAATAAGGATCATTCA 1 192 1 GTTGAATCCAAAACAAGGAGTTTATTTT 18 163 1 TTTGAATGCTATAATAAGGGATAGTTACCACCTAA 1 166 1 ATTTTTGTAAATTTTAAAAAATTTTCATACTCTCA 14 76 0 ATTTTACTACATTTGAAATAATTTTTCTTAATAAA 1 71 1 GGATTAATAAAATTTAAAGGATAATC 0 284 1 CAATGGCTACAAATGAAATAGCATTATATAAGACG 13 33 0 *** *** * * ** MAP Score: 21.311 Motif 6 ACCTTAAACTTTAATGGTTTCTAAACAAAACTAAGGGCTT 0 222 1 AATGAGAGTATGAAAATTTTTTAAAATTTACAAAAATGAG 14 74 1 AAACCTTCCGTTAAGGCTTTATAAAAAATATTAGAAACCA 17 218 1 ATGTCTCTCGTTAATACATTCTAAACAAAAAGTTTTTAAA 0 38 1 CTGGCGTCCCTAAAATCTTTAAAATTCCTACCGCTATAAA 17 48 1 TTTTATTGAATGAAAGTTTTAAAATGAGGAGCTATTG 9 75 1 TTTGAAGCGCTCAATTCTTTATTATCTCAATTCAAACCTT 17 185 1 GTTTTTTACAAAAAACATTTTTAACACCAATTTTAATTAA 16 19 0 AGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAAGCAAA 8 71 1 TCTTTTAGCGATAAAAGTTTGTAAGTAGCAAAAATCATGC 11 25 1 GAACTTGAACGAATTTAAAATTTAAGGATTATTGA 12 5 1 ACAACACGCTTAAAATTATTGAAAGACTCAATAGTGGCGT 17 130 0 TAATTCTCATTAAATAGATTTTTATGATAAAATCTAAGCT 14 141 0 TAAGGTTTATTTAACTTATTTTTACTATAATTCTACTTTG 0 188 0 GATTATCCTTTAAATTTTATTAATCCATAATTTAAGATT 0 271 0 TTAATATTACTTAATTTTTACTAATATATAGTTCTTGGAA 16 60 0 TATATTCCATTCAATTTATTTCAAGGACAAACAAAC 17 274 1 AAACTCCTTGTGAATTGTTGATTATACAAAAATTTCTTAA 3 33 0 TAATTTTTAGCGTTTTTAAGAATGATTAGTTATAA 15 5 1 TATAATATATAAAAAGCATTCTTAAATCTAAAAATGCTAC 14 233 1 ATTATAGCATTCAAAAAATGTAAATTTTAAACAATAGCCC 1 141 0 GCTAACATTATGAGGTTATTCTAAAACAAAGAGGTTATTA 11 63 1 CAAAAAACGCTGAAAAAATTTTAAGCGATCTTTTAGGGTT 8 25 1 * ** *** *** * MAP Score: 20.4813 Motif 7 CGTTAATACATTCTAAACAAAAAGTTTTTAAAGGCAAAAAGGC 0 46 1 CAATCTTAAATTATGGATTAATAAAATTTAAAGGATAATC 0 270 1 TAAGATCGGTTTATTAAGAAAAATTATTTCAAATGTAGTAAAA 1 72 0 AAAAATTCAATTCAAGGGGGCTATTGTTTAAAATTTACATTTT 1 124 1 AAAAATATTTTAAGGGTAATATTTTAAGAAATTTTTGT 3 5 1 AAAGCTATCTTTAATGATAGGGAGTATTTTAAAGGATTGCAAC 5 14 1 TTAAATGAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAA 8 63 1 TGAATCCCGCTACTCCGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTCCAA 8 196 1 AACAAACTGATTTTTAAACATGATGATTTAAAGGATTTTTA 8 269 1 TAAAATCTAGTTTTATTGAATGAAAGTTTTAAAATGAGGAGCT 9 65 1 GATTAAAACTCCCTTGTTTTGTAAAAATTAAATCC 10 27 0 CAAAGGGTTCTTTTAGCGATAAAAGTTTGTAAGTAGCAAAAAT 11 17 1 CATTCAATAATCCTTAAATTTTAAATTCGTTCAAG 12 13 0 CTGGTGTTCTTTCTCATTTTTGTAAATTTTAAAAAATTTTCAT 14 83 0 AGCTTAGATTTTATCATAAAAATCTATTTAATGAGAATTATGT 14 141 1 GGTTAAATTGCCCTTTCGTTTTAAAGATAAACATT 14 273 0 TCTTGGAATGTTTTTTACAAAAAACATTTTTAACACCAATTTT 16 25 0 ACAAGAATTTTTATAGCGGTAGGAATTTTAAAGATTTTAGGGA 17 54 0 TACGCCACTATTGAGTCTTTCAATAATTTTAAGCGTGTTGTTG 17 129 1 AAGCGTGTTGTTGGAAAAATTGGAGTTTTGAAGCGCTCAATTC 17 159 1 CAAGCTAATATATTCCATTCAATTTATTTCAAGGACAAACAAA 17 266 1 TTGTTTTGGATTCAACTAAAGCGCCATTTTTAGCGTTGGTTAT 18 136 0 ** * **** *** MAP Score: 18.5583 Motif 8 ATTTTTGTAAATTTTAAAAAATTTTCATACT 14 80 0 CGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTCCAATTA 8 211 1 AAAAATGTTTTTTGTAAAAAACATTCCAAGA 16 37 1 CCGTTAAGGCTTTATAAAAAATATTAGAAAC 17 225 1 TCGTTAATACATTCTAAACAAAAAGTTTTTA 0 45 1 AAAAATGTAAATTTTAAACAATAGCCCCCTT 1 137 0 CAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAAGCA 8 78 1 ACTTTAATGGTTTCTAAACAAAACTAAGGGC 0 229 1 ATAACTAATCATTCTTAAAAACGCTAAAAAT 15 12 0 TGAATTGTTGATTATACAAAAATTTCTTAAA 3 32 0 TTGGATTTAATTTTTACAAAACAAGGGAGTT 10 25 1 TTATGAGGTTATTCTAAAACAAAGAGGTTAT 11 70 1 AGAACTATATATTAGTAAAAATTAAGTAATA 16 65 1 AAACAAACTGATTTTTAAACATGATGATTTA 8 268 1 GTTAAATGAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTT 8 62 1 GTCTCCAGGTTTTAGTCAAAAATTTAGCTTA 9 31 1 TATAAAAAATATTAGAAACCATGACAAAACA 17 237 1 TGAAATAATTTTTCTTAATAAACCGATCTTA 1 84 1 ATTTTACTACATTTGAAATAATTTTTCTTAA 1 71 1 CAACCCCTTTTTTGTACATAATTCTCATTAA 14 168 0 CTTTTTATATATTATATAAAAATATCCCCTT 14 218 0 *** ******* MAP Score: 17.3633 Motif 9 CTTTTTGCCTTTAAAAACTTTTTGTTTAGAATGTATTAACG 0 46 0 TTAAGGTTTATTTAACTTATTTTTACTATAATTCTACTTTG 0 188 0 TTAAATAAACCTTAAACTTTAATGGTTTCTAAACAAAACTA 0 214 1 TATTACAATCTTAAATTATGGATTAATAAAATTTAAAGGAT 0 265 1 GAAAAATTATTTCAAATGTAGTAAAATTAAGGCAGTGTTTT 1 57 0 TATTATAGCATTCAAAAAATGTAAATTTTAAACAATAGCCC 1 141 0 AAGGGTAATATTTTAAGAAATTTTTGTATAATCAACAATTC 3 21 1 GATTTAAGAGCGTTTTAATTAAGC 4 2 1 TTTAATCCTTAATATTTGATGATTTGAACGATAGCCTT 7 10 0 AGTTGTTGTTTAAAAACTCTTTTTTGTAAAACTTCATTTAA 8 63 0 TAAAAATCCTTTAAATCATCATGTTTAAAAATCAGTTTGT 8 270 0 AAAACTTTCATTCAATAAAACTAGATTTTAGCTTAAGCTAA 9 54 0 ACGCTCCAATGATGATTGGATTTAATTTTTACAAA 10 4 1 GATTAAAACTCCCTTGTTTTGTAAAAATTAAAT 10 29 0 TTTTGCTACTTACAAACTTTTATCGCTAAAAGAACCCTTTG 11 17 0 GAACTTGAACGAATTTAAAATTTAAGGATTATTGA 12 4 1 ATTCGTCTTATATAATGCTATTTCATTTGTAGCCATTGTTA 13 30 1 TAAAAATCTATTTAATGAGAATTATGTACAAAAAAGGGGTT 14 157 1 AAAAGCATTCTTAAATCTAAAAATGCTACAATGTTTATCTT 14 244 1 GGTTAAATTGCCCTTTCGTTTTAAAGATAAACA 14 275 0 TTTTAGCGTTTTTAAGAATGATTAGTTATAATATCGCTACT 15 14 1 ACTGATTTCCTTAATGGATTTTAGCTTGAGTGTTGTTAGT 15 52 0 AAAAAACATTTTTAACACCAATTTTAATTAAGGAGAAGCA 16 9 0 TATATATTAGTAAAAATTAAGTAATATTAAGTGAATATTAG 16 70 1 TTTCTTATGGTATAATAGCGGTTATTTTTTAGGATAACCAA 18 103 1 AACCAACGCTAAAAATGGCGCTTTAGTTGAATCCAAAACAA 18 138 1 ** ** ** ** ** MAP Score: 9.77481 Motif 10 ATTCTAAACAAAAAGTTTTTAAAGGCAAAAA 0 55 1 TATGGATTAATAAAATTTAAAGGATAATC 0 281 1 GGCTATTGTTTAAAATTTACATTTTTTGAAT 1 142 1 ATTTTAAGGGTAATATTTTAAGAAATTTTTG 3 16 1 AAAAACGCTGAAAAAATTTTAAGCGATCTTT 8 27 1 TTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACT 8 73 1 TAGCTTAAGCTAAATTTTTGACTAAAACCTG 9 36 0 CTCCTCATTTTAAAACTTTCATTCAATAAAA 9 75 0 CCTTGTTTTGTAAAAATTAAATCCAATCATC 10 20 0 TTTTAGCGATAAAAGTTTGTAAGTAGCAAAA 11 27 1 TCAATAATCCTTAAATTTTAAATTCGTTCAA 12 14 0 GTAAATTTTAAAAAATTTTCATACTCTCATT 14 74 0 GAAAATTTTTTAAAATTTACAAAAATGAGAA 14 85 1 TTTTTACAAAAAACATTTTTAACACCAATTT 16 26 0 GTAGGAATTTTAAAGATTTTAGGGACGCCAG 17 48 0 TAACGGAAACAAGAATTTTTATAGCGGTAGG 17 74 0 ATTGAGATAATAAAGAATTGAGCGCTTCAAA 17 185 0 GCATTGCGCCATAAGTTTAAAGAAACGCTTT 18 41 0 ********* * MAP Score: 0.0833802