AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons007_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944252042 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 fabD 300 MALONYL COA-ACYL CARRIER PROTEIN TRANSACYLASE #1 tpi 209 TRIOSE PHOPHATE ISOMERASE #2 metK 65 S-adenosylmethionine synthetase #3 ndk 66 NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE #4 jhp0185 24 putative #5 plsX 77 putative FATTY ACID/PHOSPHOLIPID SYNTHESIS PROTEIN #6 fabH 23 BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE III #7 pyrD 38 DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE #8 ppk 300 polyphosphate kinase #9 fabB 102 BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE I #10 acpP 52 ACYL CARRIER PROTEIN #11 jhp0507 97 putative #12 fabG 38 ACETYL-COENZYME A CARBOXYLASE SUBUNIT A #13 rpsU 100 30S RIBOSOMAL PROTEIN S21 #14 jhp0510 173 putative #15 jhp0599 298 putative #16 jhp0600 82 putative Outer membrane protein #17 jhp0823 181 putative #18 jhp1022 300 putative Outer membrane protein #19 fabZ 181 HYDROXYMYRISTOYL-ACYL CARRIER PROTEIN DEHYDRATASE #20 jhp1291 300 putative Motif 1 CTCCGCAATCAAAAAGGGGTATTGTAGCGCGAGTTT 8 108 0 TCTAACATGAAATAAGCACTATTTTAATATTAAATC 14 57 1 TATCCTAAAAAATAACCGCTATTATACCATAAGAAA 19 103 0 TTTCTAAACTAAAAATCTGTATTATATCAAACAATT 20 193 0 AATTGGTGTTAAAAATGTTTTTTGTAAAAAACATTC 17 27 1 TTTTAGATTTAAGAATGCTTTTTATATATTATATAA 15 230 0 AGGTAACGGAAACAAGAATTTTTATAGCGGTAGGAA 18 72 0 ATAGCATTCAAAAAATGTAAATTTTAAACAATAGCC 1 142 0 CATACTAACTAAAAAAGGAAATTTTA 14 0 0 AAATAATCCTAATAAGTCTAATTTTAGTAACGGGTG 20 28 0 CATTTTGAACACCAACGATTATTTTAATAAGGACAA 2 35 1 TTATCTTGTAACCAATAGGTATTCTAGCACATCTAA 14 108 0 AATCACACCAAACAAACTGATTTTTAAACATGATGA 8 259 1 ATTAAATCTAAAGAAAAATATTTTTAGATGTGCTAG 14 85 1 TCTAAACAAAACTAAGGGCTTTTATATTACAATCTT 0 241 1 GTCCTCATTCACAAAGTAGAATTATAGTAAAAATAA 0 177 1 GTAATATTTTAAGAAATTTTTGTATAATCAACAATT 3 25 1 TTATCGCTAAAAGAACCCTTTGTTTAGGA 11 3 0 TTTTGCCTTTAAAAACTTTTTGTTTAGAATGTATTA 0 49 0 AAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAA 8 70 1 TGAATGATCCTTATTTTATTAGGTGGTA 1 191 0 TATTGGTTACAAGATAAGCTTTTTTATCAAAAATAA 14 127 1 TAAATTGGGAAAAAAATTCAATTCAAGGGGGCTATT 1 113 1 AACTGCTCCTAAAAACTCAAATTTAACCTGAATCGC 1 13 1 TTAGGTGGTAACTATCCCTTATTATAGCATTCAAAA 1 165 0 TCGGTTTATTAAGAAAAATTATTTCAAATGTAGTAA 1 74 0 ** ** **** ** MAP Score: 38.4258 Motif 2 CCTTTTTGCCTTTAAAAACTTTTTGTTTAGAATGT 0 53 0 TTAAGGTTTATTTAACTTATTTTTACTATAATTCT 0 194 0 AGGGTAATATTTTAAGAAATTTTTGTATAATCAAC 3 22 1 GATTTAAGAGCGTTTTAATTAAGC 4 2 1 CATGCGTCCTTAAAAGGCTTGTTGCAATCCGTTG 5 53 0 CTTAAAATTTTTTCAGCGTTTTTTGGGTTGATTTA 8 15 0 TCTTTTAGGGTTAAATGAAGTTTTACAAAAAAGAG 8 53 1 ATGATAGTAATTGGAGCTTTTTTAAAAAGTCATGG 8 214 0 AACATGATGATTTAAAGGATTTTTA 8 285 1 GATTTTAGCTTAAGCTAAATTTTTGACTAAAACCT 9 37 0 TAGCTTAAGCTAAAATCTAGTTTTATTGAATGAAA 9 55 1 CCTCATAATGTTAGCATGATTTTTGCTACTTACAA 11 43 0 TAAATGAGAGTATGAAAATTTTTTAAAATTTACAA 15 72 1 ATAATTCTCATTAAATAGATTTTTATGATAAAATC 15 147 0 TTTTTAGATTTAAGAATGCTTTTTATATATTATAT 15 232 0 AAGATAAACATTGTAGCATTTTTAGATTTAAGAAT 15 250 0 TAATTTTTAGCGTTTTTAAGAATGATTAG 16 4 1 AAATTGGTGTTAAAAATGTTTTTTGTAAAAAACAT 17 26 1 TATATAGTTCTTGGAATGTTTTTTACAAAAAACAT 17 41 0 GCGGTAGGAATTTTAAAGATTTTAGGGACGCCAGT 18 47 0 CTATTGAGTCTTTCAATAATTTTAAGCGTGTTGTT 18 136 1 TTGTCATGGTTTCTAATATTTTTTATAAAGCCTTA 18 229 0 GAATGGAATATATTAGCTTGTTTTGTCATGGTTTC 18 251 0 ACAATTTTGGTAAAATCAATTTTTGCTAGTTTTGG 20 164 0 TTGTTTGATATAATACAGATTTTTAGTTTAGAAAT 20 195 1 ** * * ****** MAP Score: 29.0091 Motif 3 TAACCAACGCTAAAAATGGCGCTTTAGTTGAATCC 19 137 1 AGTTGTTGTTTAAAAACTCTTTTTTGTAAAACTTC 8 69 0 CCTACCGCTATAAAAATTCTTGTTTCCGTTACCTA 18 74 1 AGATTTAATATTAAAATAGTGCTTATTTCATGTTA 14 59 0 TGTCGTAAAAGGAATGCTTAGAAACTATAT 0 5 1 ATTTTTATGATAAAATCTAAGCTTTATCAAGCTAT 15 129 0 ATTTCTAAACTAAAAATCTGTATTATATCAAACAA 20 195 0 ATATAATATATAAAAAGCATTCTTAAATCTAAAAA 15 232 1 TTCCATAGCTTAAAATCATTGCTTAACAATGGCTA 13 59 0 CGCCATAAGTTTAAAGAAACGCTTTACACAGACAC 19 31 0 AAAATTGGTGTTAAAAATGTTTTTTGTAAAAAACA 17 25 1 AGGTTTTAGTCAAAAATTTAGCTTAAGCTAAAATC 9 37 1 ATTAGGGGGTTAAAAGGGGATATTTTTATATAATA 15 205 1 GCGATTCAGGTTAAATTTGAGTTTTTAGGAGCAGT 1 14 0 TTAGCTTAAGCTAAAATCTAGTTTTATTGAATGAA 9 54 1 TAAAATTTCCTTTTTTAGTTAGTAT 14 0 1 TATTACAATCTTAAATTATGGATTAATAAAATTTA 0 265 1 ATATTAAATCTAAAGAAAAATATTTTTAGATGTGC 14 83 1 TAATACATTCTAAACAAAAAGTTTTTAAAGGCAAA 0 49 1 AACTGATTTTTAAACATGATGATTTAAAGGATTTT 8 273 1 TCATTTAACCCTAAAAGATCGCTTAAAATTTTTTC 8 36 0 TAGAAACCATTAAAGTTTAAGGTTTATTTAACTTA 0 210 0 TCCCTATCATTAAAGATAGCTTTTATC 5 2 0 CCAAAACTAGCAAAAATTGATTTTACCAAAATTGT 20 164 1 TGTAGTAAAATTAAGGCAGTGTTTTTGCGTCAAGC 1 47 0 TCTTTTAGGGTTAAATGAAGTTTTACAAAAAAGAG 8 53 1 ATAATTCTCATTAAATAGATTTTTATGATAAAATC 15 147 0 AAAATAAACTCCTTGTTTTGGATTCAACT 19 162 0 ATAATCACACCAAACAAACTGATTTTTAAACATGA 8 257 1 AAAAATATTTTAAGGGTAATATTTTAAGAAATTT 3 9 1 TCCTAAACAAAGGGTTCTTTTAGCGATAAAAG 11 7 1 ****** * *** MAP Score: 26.5362 Motif 4 AAACTTTAATGGTTTCTAAACAAAACTAAGGGCTT 0 227 1 TTCAGTCATTGAATTATACCCAAAACTAGCAAAAA 20 145 1 TTCTTGGAATGTTTTTTACAAAAAACATTTTTAAC 17 34 0 TCACAAAGTAGAATTATAGTAAAAATAAGTTAAAT 0 185 1 TCTCGTTAATACATTCTAAACAAAAAGTTTTTAAA 0 43 1 GTTTGTCTCCAGGTTTTAGTCAAAAATTTAGCTTA 9 27 1 GGGTTAAATGAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAA 8 60 1 CTAAAAATCTGTATTATATCAAACAATTTTGGTAA 20 186 0 TACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAAGCAAA 8 76 1 AGCGCTCAATGATTTCTAAACTAAAAATCTGTATT 20 206 0 TTCCGTTAAGGCTTTATAAAAAATATTAGAAACCA 18 223 1 GATTGGATTTAATTTTTACAAAACAAGGGAGTTTT 10 23 1 TACAAGATAAGCTTTTTTATCAAAAATAATGATGA 14 134 1 TCATTAAATAGATTTTTATGATAAAATCTAAGCTT 15 140 0 CAAAAAATGTAAATTTTAAACAATAGCCCCCTTGA 1 135 0 AAAAAAGCTTATCTTGTAACCAATAGGTATTCTAG 14 117 0 TATTTAATGAGAATTATGTACAAAAAAGGGGTTGG 15 165 1 AATTTTAAGCGTGTTGTTGGAAAAATTGGAGTTTT 18 153 1 TTTAAGATCGGTTTATTAAGAAAAATTATTTCAAA 1 82 0 CCATAATTTAAGATTGTAATATAAAAGCCCTTAGT 0 251 0 TCCAAGAACTATATATTAGTAAAAATTAAGTAATA 17 61 1 TGCTTTTTATATATTATATAAAAATATCCCCTTTT 15 216 0 * ** ** ***** MAP Score: 25.0083 Motif 5 ACGGATTGCAACAAGCCTTTTAAGGACGCATG 5 55 1 TGGTTACAAGATAAGCTTTTTTATCAAAAATAA 14 130 1 GGTAACGGAAACAAGAATTTTTATAGCGGTAGG 18 74 0 AGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACT 8 71 1 GATTTAAGAGCGTTTTAATTAAGC 4 5 1 CATTCTAAACAAAAAGTTTTTAAAGGCAAAAAG 0 54 1 AAAAATATTTTAAGGGTAATATT 3 0 1 AAATCTAAAGAAAAATATTTTTAGATGTGCTAG 14 88 1 GTTTTTTACAAAAAACATTTTTAACACCAATTT 17 26 0 TTTAATGATAGGGAGTATTTTAAAGGATTGCAA 5 23 1 ATGAGAGTATGAAAATTTTTTAAAATTTACAAA 15 75 1 AAAAAACGCTGAAAAAATTTTAAGCGATCTTTT 8 26 1 GTTTTATTGAATGAAAGTTTTAAAATGAGGAGC 9 74 1 TTTAGATTTAAGAATGCTTTTTATATATTATAT 15 232 0 CATGATGATTTAAAGGATTTTTA 8 287 1 CCATTGTTAAGCAATGATTTTAAGCTATGGAAA 13 62 1 TTGAACACCAACGATTATTTTAATAAGGACAAT 2 39 1 TATAGTTCTTGGAATGTTTTTTACAAAAAACAT 17 41 0 TGATAGTAATTGGAGCTTTTTTAAAAAGTCATG 8 215 0 TTTTATAGCGGTAGGAATTTTAAAGATTTTAGG 18 56 0 TTTACAAAACAAGGGAGTTTTAATC 10 37 1 TCAACAATTCACAAGGAGTTTAAA 3 52 1 ATTGAGTCTTTCAATAATTTTAAGCGTGTTGTT 18 138 1 GTTTGATATAATACAGATTTTTAGTTTAGAAAT 20 197 1 CACACCAAACAAACTGATTTTTAAACATGATGA 8 262 1 GGGGTTAAAAGGGGATATTTTTATATAATATAT 15 210 1 AAATCATTGAGCGCTGGTTTTAAGGCGGTCTTT 20 226 1 * *** ****** MAP Score: 24.8291 Motif 6 GATTATCCTTTAAATTTTATTAATCCATAATTT 0 277 0 AGGTTAAATTTGAGTTTTTAGGAGCAGTTTTT 1 8 0 TCAAAAAATGTAAATTTTAAACAATAGCCCCCTT 1 137 0 ATTTTAAGGGTAATATTTTAAGAAATTTTTGTAT 3 16 1 TTTAATCCTTAATATTTGATGATTTGAACGATA 7 15 0 TAGGGTTAAATGAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTT 8 58 1 ACTCCGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTCCAATT 8 207 1 CCAAACAAACTGATTTTTAAACATGATGATTTAA 8 266 1 AGCTTAAGCTAAATTTTTGACTAAAACCTGGAGA 9 32 0 ATGATTGGATTTAATTTTTACAAAACAAGGGAGT 10 21 1 TGAACGAATTTAAAATTTAAGGATTATTGAATG 12 15 1 TATGTCATCATTATTTTTGATAAAAAAGCTTATC 14 139 0 CTCATTTTTGTAAATTTTAAAAAATTTTCATACT 15 80 0 TTGATAAAGCTTAGATTTTATCATAAAAATCTAT 15 134 1 TGTAGCATTTTTAGATTTAAGAATGCTTTTTATA 15 240 0 TTAATATTACTTAATTTTTACTAATATATAGTTC 17 66 0 ATGGTTTCTAATATTTTTTATAAAGCCTTAACGG 18 225 0 ATAATAGCGGTTATTTTTTAGGATAACCAACGCT 19 114 1 CACTCCTTAGTTACATTTTATAATTATTCAGTTA 20 97 1 * * ****** ** MAP Score: 20.4734 Motif 7 GTTTCTAAACAAAACTAAGGGCTTTTATATT 0 238 1 ACCACCTAATAAAATAAGGATCATTCA 1 192 1 ATGAAGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACA 8 67 1 TACTCCGCAATCAAAAAGGGGTATTGTAGCG 8 115 0 TGAAAGTTTTAAAATGAGGAGCTATTG 9 85 1 TAATTTTTACAAAACAAGGGAGTTTTAATC 10 32 1 TCCTAAACAAAGGGTTCTTTTAGC 11 3 1 AGGTTATTCTAAAACAAAGAGGTTATTATCA 11 75 1 ACATACTAACTAAAAAAGGAAATTTTA 14 6 0 ACTTAAACCAACACAAAGGAGATACT 15 5 0 TTTAAAATTTACAAAAATGAGAAAGAACACC 15 93 1 AGAATTATGTACAAAAAAGGGGTTGGCATCA 15 174 1 GGGGTTGGCATCAATTAGGGGGTTAAAAGGG 15 192 1 TTTATCTTTAAAACGAAAGGGCAATTTAACC 15 277 1 ACACCAATTTTAATTAAGGAGAAGCA 17 5 0 GGGTTAGCGTTAAATAATGGGCGTTGGAGAG 17 133 1 AGTTGAATCCAAAACAAGGAGTTTATTTT 19 162 1 TTATAAAATGTAACTAAGGAGTGAGAGATGA 20 89 0 **** ****** MAP Score: 12.9638 Motif 8 AATTCAAGGGGGCTATTGTTTAAAATTTACATTT 1 132 1 GATTTAAGAGCGTTTTAATTAAGC 4 8 1 AAATTTTTTCAGCGTTTTTTGGGTTGATTTATTC 8 12 0 TAGTAATTGGAGCTTTTTTAAAAAGTCATGGTCG 8 211 0 TTTAACTTGGAGCGTTTGTCTCCAGGTTTTAGTC 9 14 1 GCATCATAGTGGCTATTCTAACATGAAATAAGCA 14 41 1 TTACAAGATAAGCTTTTTTATCAAAAATAATGAT 14 133 1 TAATTTTTAGCGTTTTTAAGAATGATTAGTTA 16 8 1 TTAAATAATGGGCGTTGGAGAGAAAGAAGAGAAA 17 142 1 CTTAGCAGTAGGCGATTTAGGTAACGGAAACAAG 18 92 0 GTCTGTGTAAAGCGTTTCTTTAAACTTATGGCGC 19 33 1 GCAATGCATCGGCGTTTTTGCAAATGCAAGCGAG 19 65 1 AATGCAAGCGAGCGGTTTTCTTATGGTATAATAG 19 87 1 CGCTAAAAATGGCGCTTTAGTTGAATCCAAAACA 19 144 1 GAAATCATTGAGCGCTGGTTTTAAGGCGGTCTTT 20 225 1 **** **** ** MAP Score: 10.3512 Motif 9 ATACATTCTAAACAAAAAGTTTTTAAAGGCAAA 0 51 1 GATTCAGGTTAAATTTGAGTTTTTAGGAGCAGT 1 14 0 TAGCCCCCTTGAATTGAATTTTTTTCCCAATTT 1 114 0 AGCATTCAAAAAATGTAAATTTTAAACAATAGC 1 143 0 TTGTTGATTATACAAAAATTTCTTAAAATATTA 3 26 0 GATAAAAGCTATCTTTAATGATAGGG 5 3 1 CTTTTAGGGTTAAATGAAGTTTTACAAAAAAGA 8 54 1 TTGTTGTTTAAAAACTCTTTTTTGTAAAACTTC 8 69 0 TCACACCAAACAAACTGATTTTTAAACATGATG 8 261 1 AGCTTAAGCTAAAATCTAGTTTTATTGAATGAA 9 56 1 TAGTTTTATTGAATGAAAGTTTTAAAATGAGGA 9 72 1 TTTTTACAAAACAAGGGAGTTTTAATC 10 35 1 TAAATCTAAAGAAAAATATTTTTAGATGTGCTA 14 87 1 TAATTCTCATTAAATAGATTTTTATGATAAAAT 15 148 0 TATAATATATAAAAAGCATTCTTAAATCTAAAA 15 233 1 TGTTTTTTACAAAAAACATTTTTAACACCAATT 17 27 0 AGGTAACGGAAACAAGAATTTTTATAGCGGTAG 18 75 0 AGCGCTTCAAAACTCCAATTTTTCCAACAACAC 18 163 0 TTGAATCCAAAACAAGGAGTTTATTTT 19 164 1 CAATTTTGGTAAAATCAATTTTTGCTAGTTTTG 20 165 0 **** ****** MAP Score: 4.48199 Motif 10 CTAAACAAAAAGTTTTTAAAGGCAAAAAGG 0 58 1 TTTATATTACAATCTTAAATTATGGATTAA 0 261 1 GATTATCCTTTAAATTTTATTAAT 0 286 0 AAGGGGGCTATTGTTTAAAATTTACATTTT 1 137 1 TTAAAATATTACCCTTAAAATATTTTT 3 7 0 TATACAAAAATTTCTTAAAATATTACCCTT 3 21 0 TCCGTTGCAATCCTTTAAAATACTCCCTAT 5 30 0 CCCTAAAAGATCGCTTAAAATTTTTTCAGC 8 33 0 GGGTTAAATGAAGTTTTACAAAAAAGAGTT 8 60 1 TGCTTAGTTGTTGTTTAAAAACTCTTTTTT 8 79 0 TCCGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTCCAA 8 209 1 TTAAATCATCATGTTTAAAAATCAGTTTGT 8 270 0 TATTGAATGAAAGTTTTAAAATGAGGAGCT 9 78 1 CATTCAATAATCCTTAAATTTTAAATTCG 12 19 0 CTCTTTTCCATAGCTTAAAATCATTGCTTA 13 69 0 GAGTATGAAAATTTTTTAAAATTTACAAAA 15 79 1 CTACAATGTTTATCTTTAAAACGAAAGGGC 15 269 1 ATAACTAATCATTCTTAAAAACGCTAAAAA 16 13 0 GCGTCCCTAAAATCTTTAAAATTCCTACCG 18 51 1 TTCCAACAACACGCTTAAAATTATTGAAAG 18 145 0 GTTTAAAGAAACGCTTTACACAGACACCAC 19 28 0 AGGATAACCAACGCTAAAAATGGCGCTTTA 19 133 1 GCGATTGCATTCCCTTTAAAAAAGCACAAG 20 278 0 ********** MAP Score: 2.94752 Motif 11 CAAAAAGTTTTTAAAGGCAAAAAGGCTGGCG 0 63 1 CAAAGTAGAATTATAGTAAAAATAAGTTAAA 0 188 1 TTAGAAACCATTAAAGTTTAAGGTTTATTTA 0 215 0 TTAAATTTTATTAATCCATAATTTAAGATTG 0 270 0 TTAATAAAATTTAAAGGATAATC 0 287 1 AAAAATATTTTAAGGGTAATATTTTAAGA 3 8 1 TTTTAAGAAATTTTTGTATAATCAACAATTC 3 31 1 TTTAATCCTTAATATTTGATGA 7 26 0 TAAGCGATCTTTTAGGGTTAAATGAAGTTTT 8 46 1 TAAAAACTCTTTTTTGTAAAACTTCATTTAA 8 63 0 AAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAAGCAAAC 8 81 1 TGTCTCCAGGTTTTAGTCAAAAATTTAGCTT 9 30 1 AAAATTTAGCTTAAGCTAAAATCTAGTTTTA 9 49 1 AAAGGGTTCTTTTAGCGATAAAAGTTTGTAA 11 18 1 AACCTCTTTGTTTTAGAATAACCTCATAATG 11 68 0 TTGAACGAATTTAAAATTTAAGGATTATTGA 12 14 1 TAAGCACTATTTTAATATTAAATCTAAAGAA 14 69 1 AGATAAGCTTTTTTATCAAAAATAATGATGA 14 138 1 TGTCCCATAATTATAGCATAAATGATAATGA 15 36 1 TTAAATAGATTTTTATGATAAAATCTAAGCT 15 141 0 TTTTTATATATTATATAAAAATATCCCCTTT 15 217 0 AAAAGCATTCTTAAATCTAAAAATGCTACAA 15 244 1 CCCTTTCGTTTTAAAGATAAACATTGTAGCA 15 267 0 TTGGAATGTTTTTTACAAAAAACATTTTTAA 17 35 0 ACGCCCATTATTTAACGCTAACCCTCTTATT 17 126 0 AGCGGTTTTCTTATGGTATAATAGCGGTTAT 19 97 1 AGCGGTTATTTTTTAGGATAACCAACGCTAA 19 119 1 CAAAAATTGATTTTACCAAAATTGTTTGATA 20 174 1 GATCTTCTCCTTAAAGAATAAAAGACCGCCT 20 248 0 ****** **** MAP Score: 2.65945