AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons008_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944252090
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp0456	214	putative Outer membrane protein
#1	metG	168	METHIONYL-TRNA SYNTHETASE
#2	valS	137	VALYL-TRNA SYNTHETASE
#3	jhp1318	101	putative
#4	jhp1384_jhp1385	140	jhp1384: putative PHOSPHATE PERMEASE, jhp1385: putative
#5	pcrA	248	putative ATP-DEPENDENT HELICASE
#6	nhaA	23	NA(+)/H(+) ANTIPORTER 1
#7	jhp1448	47	putative

Motif 1
TAAGAGATTTAAACAAATTTAAGGTAACACGATT	1	138	1
AAGAGAACCAAAATAACTTTAAGGAGAATTCTC 	5	9	0
       AAATAAAAATTTTAAGGTTGTCT    	6	3	1
GCTTAAGTAAAAAAGGCTTTTAGGTTATAATAAA	5	196	1
TAGGTGTTCTTAAGAAATTTAAGAATCAAATGAG	5	51	0
CTCTATTCTCTAAATTTTTAAAAGCATGTTAAAA	1	103	1
AAGTTATGGCTAAAAACTTAAAGAATAGGGTAAA	3	69	1
TAGTATAACATAAGCCATTAAAGAAAAACGATAC	0	152	0
TTGAGATTAAAACATCTTTTAAGGAAATTTA   	7	26	1
GCGCTAATTATAATGAATTTTAAGCTAAAAACAC	1	45	1
TGCTAAAACTAAAACCCTTATAAGTTATGGCTAA	3	48	1
ATTTTAAAAATAAGGTTTTTAAAA          	4	0	0
        ACAAATTCCTTAAAAAGAGTGGTGGC	3	2	1
TATCTTAAAGTAAAATTTTAAAAATAAGGTTTTT	4	14	0
ATAAAGACAAAACAGAATTTTAGGATAGCTATC 	5	225	1
TTTATCAAACAACGCTTTTTAAGAGTGGCTCAAG	4	65	1
TAGGCGAGATAAACCCGTTTATGGGAAATAACCA	0	61	1
AGCAAAAGATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAAA	5	174	1
AAAAATTGAAAAATGAGTTAAGGAATAGACAG  	1	8	0
AATTTAAGGTAACACGATTATAAAG         	1	153	1
AGAAAAACGATACAAGTTTAAAGCCTAGCCTTGT	0	131	0
          ***    *******
MAP Score: 26.9612

Motif 2
TTTATGGGAAATAACCATGCATCAATAAAAACGCGC	0	78	1
ATACAAGTTTAAAGCCTAGCCTTGTTTTTATAGCTT	0	120	0
GCCATTAAAGAAAAACGATACAAGTTTAAAGCCTAG	0	137	0
CTAAATTTTTAAAAGCATGTTAAAATTAAGAGATTT	1	112	1
TTGAAAGCGTAAAAGCAAAAGGCGTTCCAAAAACCA	2	69	1
AAGGCGTTCCAAAAACCAACCATTTTTGAAGGAACG	2	87	1
TGCTAAAACTAAAACCCTTATAAGTTATGGCTAAAA	3	48	1
AGTTATGGCTAAAAACTTAAAGAATAGGGTAAAATA	3	70	1
     TTTTAAAAACCTTATTTTTAAAATTTTACTT	4	5	1
GCCACTCTTAAAAAGCGTTGTTTGATAAAAATGGCT	4	58	0
 ATCGTCATCAAAACCTTATTCTAATAGTGGCTCTA	4	115	0
ATGGAGGAAGAGAACCAAAATAACTTTAAGGAGAAT	5	14	0
AGAAAATGACAAAACCCTACGATTATAGCAAAAGAT	5	148	1
CTTAAGCTAAAAAACCTTAATCTTTTGCTATAATCG	5	167	0
TTATAACCTAAAAGCCTTTTTTACTTAAGCTAAAAA	5	190	0
AGGTTATAATAAAGACAAAACAGAATTTTAGGATAG	5	217	1
        AGACAACCTTAAAATTTTTATTT     	6	5	0
          ****** **     **
MAP Score: 13.0855

Motif 3
GAGCGCTAATTATAATGAATTTTAAGCTAAAAACAC	1	43	1
AGCATGTTAAAATTAAGAGATTTAAACAAATTTAAG	1	125	1
TTTTTGAAGGAACGCTCTATTTTAGGATAATAACAA	2	109	1
    TTTTAAAAACCTTATTTTTAAAATTTTACTTT	4	6	1
ATTTTTATCAAACAACGCTTTTTAAGAGTGGCTCAA	4	62	1
CACACATGCTAATCCTTGTATTTAGGTGTTCTTAAG	5	71	0
CCTACGATTATAGCAAAAGATTAAGGTTTTTTAGCT	5	163	1
TAGCTTAAGTAAAAAAGGCTTTTAGGTTATAATAAA	5	194	1
TAATAAAGACAAAACAGAATTTTAGGATAGCTATC 	5	223	1
          AAATAAAAATTTTAAGGTTGTCT   	6	0	1
     TGAAAAATGCTATAATTTGAGATTAAAACAT	7	5	1
AATTTGAGATTAAAACATCTTTTAAGGAAATTTA  	7	23	1
          **  *    *******
MAP Score: 11.5943

Motif 4
TAAACTTGTATCGTTTTTCTTTAATGGCTTATGT	0	145	1
ATTCCTTAACTCATTTTTCAATTTTTTGAGCGCT	1	16	1
TAATTATAATGAATTTTAAGCTAAAAACACCCCA	1	49	1
   TGGACTATCCTTTTTAATTTAAATGCTTTGT	2	7	1
TTGTTGCGTATTTTTTCAAAATTATACAACAAAG	2	35	0
GAACGCCTTTTGCTTTTACGCTTTCAATTGTTGC	2	62	0
       TATTGTTATTATCCTAAAATAGAGCGT	2	120	0
TAACTTATAAGGGTTTTAGTTTTAGCATGTTAGC	3	41	0
      GCGTTTATTTTACCCTATTCTTTAAGTT	3	83	0
TTAAAAACCTTATTTTTAAAATTTTACTTTAAGA	4	12	1
TCCTCCATGCTCATTTGATTCTTAAATTTCTTAA	5	42	1
ATAATCGTAGGGTTTTGTCATTTTCTCTATGATT	5	140	0
AAAAGATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAAAAAG	5	177	1
AAGTAAAAAAGGCTTTTAGGTTATAATAAAGACA	5	200	1
CCTAAAATTCTGTTTTGTCTTTATTATAACCTAA	5	215	0
AAAAATGCTATAATTTGAGATTAAAACATCTTTT	7	12	1
          *  *****  ****
MAP Score: 4.32536