AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons008_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944252111
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp0449	231	putative transporter
#1	dnaN	57	DNA POLYMERASE III, BETA CHAIN
#2	jhp0456	214	putative Outer membrane protein
#3	metG	168	METHIONYL-TRNA SYNTHETASE
#4	valS	137	VALYL-TRNA SYNTHETASE
#5	jhp1318	101	putative
#6	jhp1384_jhp1385	140	jhp1384: putative PHOSPHATE PERMEASE, jhp1385: putative
#7	pcrA	248	putative ATP-DEPENDENT HELICASE
#8	nhaA	23	NA(+)/H(+) ANTIPORTER 1
#9	jhp1448	47	putative

Motif 1
TACATATTGTATAATTTTAAGAAAATTTCATT	0	29	0
AAAGTACCTAAAAATTATAAAGCAACGCCCCT	0	81	0
GGTTTTTTCTTAAATCTTAAGATCTTTAGGGA	0	121	1
TTGTCAATGATTAAAATTAAGGAGCTATGTCC	0	190	0
AATTAAGACCAAAAATTCAAGGGGATTATTTT	1	31	1
TCATAAAGCTATAAAAACAAGGCTAGGCTTTA	2	115	1
GAAAAACGATACAAGTTTAAAGCCTAGCCTTG	2	132	0
CTAATTATAATGAATTTTAAGCTAAAAACACC	3	48	1
ACATGCTTTTAAAAATTTAGAGAATAGAGGTT	3	100	0
TAAAAGCATGTTAAAATTAAGAGATTTAAACA	3	121	1
AGAGATTTAAACAAATTTAAGGTAACACGATT	3	140	1
AGTTATGGCTAAAAACTTAAAGAATAGGGTAA	5	70	1
ATCTTAAAGTAAAATTTTAAAAATAAGGTTTT	6	15	0
GAGAACCAAAATAACTTTAAGGAGAATTCTC 	7	9	0
GGTGTTCTTAAGAAATTTAAGAATCAAATGAG	7	51	0
CGATTATAGCAAAAGATTAAGGTTTTTTAGCT	7	167	1
AAGACAAAACAGAATTTTAGGATAGCTATC  	7	228	1
     AAATAAAAATTTTAAGGTTGTCT    	8	5	1
          * ** *******
MAP Score: 28.2653

Motif 2
CCACCACTCTTTTTAAGGAATTTGT     	5	5	0
TTAAAACATCTTTTAAGGAAATTTA     	9	32	1
GGAACGCTCTATTTTAGGATAATAACAATA	4	117	1
ACAAAACAGAATTTTAGGATAGCTATC   	7	231	1
TCATGGGGTGTTTTTAGCTTAAAATTCATT	3	56	0
AGATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAAAAA	7	180	1
TTTGGTCTTAATTATAGCATAAAAGAACGC	1	14	0
TTAATCTCAAATTATAGCATTTTTCA    	9	6	0
AAACCCTACGATTATAGCAAAAGATTAAGG	7	159	1
TATTGTATAATTTTAAGAAAATTTCATTAT	0	27	0
TTCTTAAGAAATTTAAGAATCAAATGAGCA	7	49	0
AGATCTTAAGATTTAAGAAAAAACCCACTT	0	116	0
ATTCATTCTCTTTTTAACAATTCGTATCGT	2	13	0
AAATCTCTTAATTTTAACATGCTTTTAAAA	3	118	0
ATTCTTTAAGTTTTTAGCCATAACTTATAA	5	65	0
 AAATAAAAATTTTAAGGTTGTCT      	8	9	1
AAATTAAGAGATTTAAACAAATTTAAGGTA	3	134	1
TGCTTTATAATTTTTAGGTACTTTTGAAAG	0	89	1
AAGGGTTTTAGTTTTAGCATGTTAGCATTC	5	37	0
TAGCCTTGTTTTTATAGCTTTATGAAGCGC	2	110	0
ATTTAAACAAATTTAAGGTAACACGATTAT	3	144	1
AGCTCCTTAATTTTAATCATTGACAAGGAG	0	196	1
AACATAAGCCATTAAAGAAAAACGATACAA	2	150	0
TAATGAGCCATTTTTATCAAACAACGCTTT	6	53	1
ACGATACAAGTTTAAAGCCTAGCCTTGTTT	2	129	0
ATAATTTGAGATTAAAACATCTTTTAAGGA	9	21	1
AAAAACCTTATTTTTAAAATTTTACTTTAA	6	14	1
TTTAACATGCTTTTAAAAATTTAGAGAATA	3	106	0
          **********
MAP Score: 26.4826

Motif 3
TTCTTTTATGCTATAATTAAGACCAAAAATTCAAGGGGA	1	17	1
 TGAAAAATGCTATAATTTGAGATTAAAACATCTTTTAA	9	9	1
ACTAAAACCCTTATAAGTTATGGCTAAAAACTTAAAGAA	5	55	1
GATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAAAAAGGCTTTTAGG	7	181	1
TTAAAATTCATTATAATTAGCGCTCAAAAAATTGAAAAA	3	29	0
AAATGCTTTGTTGTATAATTTTGAAAAAATACGCAACAA	4	30	1
AATCTCTTAATTTTAACATGCTTTTAAAAATTTAGAGAA	3	108	0
AAGTTACATATTGTATAATTTTAAGAAAATTTCATTATT	0	26	0
CCCTAAAGATCTTAAGATTTAAGAAAAAACCCACTTTCA	0	113	0
CCTTTGATCCCTATAAATCATAGAGAAAATGACAAAACC	7	125	1
ATCTTAAGATCTTTAGGGATTTCAAAAAACTAATACAGC	0	134	1
TGGCTAAAAACTTAAAGAATAGGGTAAAATAAACGC   	5	75	1
TCTGTTTTGTCTTTATTATAACCTAAAAGCCTTTTTTAC	7	202	0
TGAAGGAACGCTCTATTTTAGGATAATAACAATA     	4	113	1
TCAATCAAATCTGTATTTTATTAGTATAACATAAGCCAT	2	168	0
TAAAAACGCGCTTCATAAAGCTATAAAAACAAGGCTAGG	2	103	1
GCTTTATAATTTTTAGGTACTTTTGAAAGTGGGTTTTTT	0	90	1
      CTAACGATACGAATTGTTAAAAAGAGAATGAAT	2	4	1
ATATGGTATCTTAAAGTAAAATTTTAAAAATAAGGTTTT	6	15	0
AATGACAAAACCCTACGATTATAGCAAAAGATTAAGGTT	7	152	1
          ** **  **      ****
MAP Score: 18.9547

Motif 4
AAAAGTACCTAAAAATTATAAAGCAACGCCCCT	0	81	0
TGAAATCCCTAAAGATCTTAAGATTTAAGAAAA	0	125	0
AGAAAAACGATACAAGTTTAAAGCCTAGCCTTG	2	132	0
TAGTATAACATAAGCCATTAAAGAAAAACGATA	2	153	0
CGCTAATTATAATGAATTTTAAGCTAAAAACAC	3	46	1
CTCTATTCTCTAAATTTTTAAAAGCATGTTAAA	3	103	1
ATGTTAAAATTAAGAGATTTAAACAAATTTAAG	3	128	1
ATTATACAACAAAGCATTTAAATTAAAAAGGAT	4	16	0
        ACAAATTCCTTAAAAAGAGTGGTGG	5	2	1
TGCTAAAACTAAAACCCTTATAAGTTATGGCTA	5	48	1
AAGTTATGGCTAAAAACTTAAAGAATAGGGTAA	5	69	1
ATTTTAAAAATAAGGTTTTTAAAA         	6	1	0
TATCTTAAAGTAAAATTTTAAAAATAAGGTTTT	6	15	0
TTTATCAAACAACGCTTTTTAAGAGTGGCTCAA	6	65	1
AAGAGAACCAAAATAACTTTAAGGAGAATTCTC	7	10	0
TAGGTGTTCTTAAGAAATTTAAGAATCAAATGA	7	52	0
AGCAAAAGATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAA	7	174	1
GCTTAAGTAAAAAAGGCTTTTAGGTTATAATAA	7	196	1
ATAAAGACAAAACAGAATTTTAGGATAGCTATC	7	225	1
       AAATAAAAATTTTAAGGTTGTCT   	8	3	1
TTGAGATTAAAACATCTTTTAAGGAAATTTA  	9	26	1
          ****   ******
MAP Score: 16.7804

Motif 5
GTACTTTTGAAAGTGGGTTTTTTCTTAAATCT	0	106	1
          AAAAGCGTTCTTTTATGCTATA	1	0	1
CCAAAAATTCAAGGGGATTATTTTAGCT    	1	39	1
TATTTCCCATAAACGGGTTTATCTCGCCTAGA	2	59	0
TAGCTTTATGAAGCGCGTTTTTATTGATGCAT	2	94	0
TTTTTAATTTAAATGCTTTGTTGTATAATTTT	4	20	1
      TTTTAAAAACCTTATTTTTAAAATTT	6	4	1
TGTTTGATAAAAATGGCTCATTATATGGTATC	6	44	0
GCCACTCTTAAAAAGCGTTGTTTGATAAAAAT	6	62	0
  ATCGTCATCAAAACCTTATTCTAATAGTGG	6	120	0
ACTTAAGCTAAAAAACCTTAATCTTTTGCTAT	7	172	0
ATTATAACCTAAAAGCCTTTTTTACTTAAGCT	7	195	0
          *** ***** **
MAP Score: 12.9008

Motif 6
GGCGAGATAAACCCGTTTATGGGAAATAACCATGCA	2	63	1
CGCTAATTATAATGAATTTTAAGCTAAAAACACCCC	3	46	1
TTTTAATTTAAATGCTTTGTTGTATAATTTTGAAAA	4	21	1
GCTAAAACTAAAACCCTTATAAGTTATGGCTAAAAA	5	49	1
AGAGTGGCTCAAGGGCTAATTGGATAGAATAGAGCC	6	86	1
AATTCTCCTTAAAGTTATTTTGGTTCTCTTCCTCCA	7	13	1
GCAAAAGATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAAAAAG	7	175	1
CTTAAGTAAAAAAGGCTTTTAGGTTATAATAAAGAC	7	197	1
TAAAGACAAAACAGAATTTTAGGATAGCTATC    	7	226	1
          ** *  ** * ** **
MAP Score: 1.40076