AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons009_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944252139 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 jhp0267 56 putative #1 jhp0274 67 putative vacuolating cytotoxin (VacA) paralog #2 lysA 47 DIAMINOPIMELATE DECARBOXYLASE #3 pyrB 72 ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE CATALYTIC CHAIN #4 gatA 58 GLU-TRNA AMIDOTRANSFERASE, SUBUNIT A #5 speE 92 putative spermidine synthase #6 jhp0772 76 putative #7 guaC 201 GMP REDUCTASE #8 carB 99 CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE LARGE CHAIN #9 jhp0854 145 putative #10 jhp0973 179 putative #11 jhp1155 300 putative #12 jhp1157 78 putative #13 trpE 228 ANTHRANILATE SYNTHASE COMPONENT I Motif 1 CTTTTTTATCGCTTCAATTTAATCAAAA 6 4 1 GATTCGTGTTTTTTGTGTTTTCATATTTCTATAA 11 111 1 ATTTCCTTATTTTTGTGATTAGATTATAGAAAGT 7 16 1 ACCCCTACCATTTTTAGCTAAAATAAAACCGATA 3 27 1 AATGAGAGAGTTTTTGGCTACCATCTGGGAAATG 1 27 1 AATTTAGATTTTTTTGGGTAGCATGTTAGCGTTT 5 25 1 CTTTTTTGCTATAATGCTTCGTTCA 2 1 1 TTTTACTACATTTTGCGCTATTATATTGAACCTA 9 69 1 ATTATAGTTATTTAAAGCTTAAATAAGGGTCTGG 6 50 1 GACACGATCCTTTTTTGCTTTGAAACATTATTTT 7 176 0 CTTTTATGCGTTTAGAGCTTAAAAACTTTAATCC 11 219 1 TCGTTCAAATTTTATGGTTAGGTTTTTCC 2 28 1 ATTTTATTTATTTTTAGAGTGTATTTTATCGTTT 12 40 0 ATATTCTTTCTTTAAGGATTGGTT 8 85 1 AAATTGAGCCTTGAGGGATTCAATTTGAATTTAA 13 108 1 AAAAGTTGCATTGATTGATAAAATCATGGTATAA 11 190 0 TTACAAAAAATTTAATGGTAGTTTAACATGCTTA 4 24 0 CAATAAAGATTTTTAGGGTAGTTTAACCTAAAAT 11 263 0 TAGAGTGTATTTTATCGTTTTTTAGATAAAACGC 12 26 0 TAAAAAATATTTTAAAGTATTGATAACGCTTCGT 8 48 1 TAAAACGCTTTTTAAAGAATGGAT 12 0 0 ATTTAAATTGTTTATTGAGTTGAATTTCAAGGAG 9 115 1 CTCGATCAAATTTTGGGCGTCAAAGGCCTTATGA 7 101 0 TTAGGGGGTTTTGTTTGGTATTTTACTACATTTT 9 49 1 GCGTAATCATTTTTTAGGAAGTTTGGAA 0 38 1 CGAGTTTATTTTTAATGTAAAGAAATTG 13 210 1 CCGATTAAATTTTTGAGCGTTTTAAGACCGCTTG 13 27 0 ***** * ** ** MAP Score: 26.8037 Motif 2 TAGAAAGTTTATTGTAGCGTTTTCTTTATAATA 7 42 1 ATTTAATCAAATGAGAGAGTTTTTGGCTACCAT 1 18 1 ATTTAATCGGATTGAAGCGGTTTTTCGCATTCT 13 51 1 AAAGCGACGGATTAAAAGTTTTTCTAACGGTGG 11 33 1 CCGATTAAATTTTTGAGCGTTTTAAGACCGCTT 13 28 0 CTAATTAAGGATTAAAGTTTTTAAGCTCTAAAC 11 228 0 TTAATCCTTAATTAGAGATTTTAGGTTAAACTA 11 246 1 TTAGCTAAAAATGGTAGGGGTTTTAGCAAGGAA 3 15 0 TTATTACGACAATTTAGATTTTTTTGGGTAGCA 5 15 1 TTTACCCATCAATAAAGATTTTTAGGGTAGTTT 11 273 0 TCAGACTTCAATTTCAATTTTTAGGGGGTTTTG 9 29 1 TTATGAGGAAATTAGAAATTTTAATGAGAATGC 13 77 0 TATAGGGTTAATTTAAATTGTTTATTGAGTTGA 9 105 1 TTCAAAAAGGATTCGTGTTTTTTGTGTTTTCAT 11 102 1 TTTAGAGTGTATTTTATCGTTTTTTAGATAAAA 12 29 0 ATCCGTCGCTTTTGAAATTTTTTAGTCTCATTA 11 12 0 TACATGGCGCATTGGAAAGTATTATAATATAAA 10 115 0 AATAAAAAATATTTTAAAGTATTGATAACGCTT 8 46 1 TTTGGGTAGCATGTTAGCGTTTCAAAGGCATGG 5 37 1 CCTAGACCCTTTTTAAAGGGTTTGAATGCCACC 11 61 0 TTCAAATTTTATGGTTAGGTTTTTCC 2 31 1 GGGAAATGAGAAGGTAGCGTTTAA 1 53 1 TTTATCAATCAATGCAACTTTTATGCGTTTAGA 11 202 1 TAAAATATTTTTTATTAGGTTTTTGCGTGGTAT 8 29 0 AGATTACAATATTATAGTTATTTAAAGCTTAAA 6 40 1 *** ** ***** MAP Score: 18.6236 Motif 3 TAACATGCTACCCAAAAAAATCTAAATTGTCGTAA 5 18 0 GGTCTTAAAACGCTCAAAAATTTAATCGGATTGAA 13 32 1 AAGCTCTAAACGCATAAAAGTTGCATTGATTGATA 11 204 0 CAAACAAAACCCCCTAAAAATTGAAATTGAAGTCT 9 31 0 GGGGGGATACCACGCAAAAACCTAATAAAAAATAT 8 23 1 GGTTAAACTACCCTAAAAATCTTTATTGATGGGTA 11 269 1 AGGCCTTTGACGCCCAAAATTTGATCGAGCCTATA 7 106 1 GAAAAACCTAACCATAAAATTTGAACGAAGCATTA 2 21 0 CCCAGATGGTAGCCAAAAACTCTCTCATTTGATTA 1 21 0 ATGCGTTTAGAGCTTAAAAACTTTAATCCTTAATT 11 224 1 AATATGAAAACACAAAAAACACGAATCCTTTTTGA 11 103 0 CCTAATGAGACTAAAAAATTTCAAAAGCGACGG 11 8 1 TTTTCGCATTCTCATTAAAATTTCTAATTTCCTCA 13 72 1 TAGATAAATGAACGCAAAATCTTATAGCCTAGTTG 13 161 0 ATGTTAAACTACCATTAAATTTTTTGTAAGGCTAA 4 29 1 AGCGTCTTTACCCAATAAAGACTTAATAACTAAAG 10 38 1 GGGTAGTTTAACCTAAAATCTCTAATTAAGGATTA 11 247 0 AGCTTTAAATAACTATAATATTGTAATCTAATTTT 6 34 0 CGTTTAAGCCTTAATCTTGGATATAATGGCG 0 6 1 * * **** *** * MAP Score: 17.8096 Motif 4 CGTTTAAGCCTTAATCTTGGATATAATGGCGTAA 0 2 1 GATTTCCTTATTTTTGTGATTAGATTATAGAAAGTTTATTGT 7 15 1 AGAAAGTTTATTGTAGCGTTTTCTTTATAATATTGTAACCCT 7 43 1 ATATCATTTTCTCTTGATTTTTTATTCAAATTAAGGTAAAAA 7 138 1 ATTATCCTATTTTCAGACTTCAATTTCAATTTTTAGGGGGTT 9 17 1 ATTTCAATTTTTAGGGGGTTTTGTTTGGTATTTTACTACATT 9 39 1 TTTACTACATTTTGCGCTATTATATTGAACCTAGCTATAGGG 9 70 1 TTTAAATTGTTTATTGAGTTGAATTTCAAGGAGTAAGAC 9 116 1 CGTGGGCTAATTCTCAATTTTATATTATAATACTTTCCAATG 10 97 1 TTAAAAAGGGTCTAGGAGTTTATTTTCAAAAAGGATTCGTGT 11 78 1 ATTCGTGTTTTTTGTGTTTTCATATTTCTATAAGGAGCTTAA 11 112 1 TAATCCTTAATTAGAGATTTTAGGTTAAACTACCCTAAAAAT 11 247 1 TTGAAGCGGTTTTTCGCATTCTCATTAAAATTTCTAATTTCC 13 62 1 AAATTGAGCCTTGAGGGATTCAATTTGAATTTAAGCTAGATT 13 108 1 ** * ** * ** * * MAP Score: 16.573 Motif 5 TGGCGTAATCATTTTTTAGGAAGTTTGGAA 0 36 1 GTTTATTACGACAATTTAGATTTTTTTGGGTAGCAT 5 13 1 TTAGATTACAATATTATAGTTATTTAAAGCTTAAAT 6 38 1 TTTTGTGATTAGATTATAGAAAGTTTATTGTAGCGT 7 26 1 TTTTCTCTTGATTTTTTATTCAAATTAAGGTAAAAA 7 144 1 ACTTTAAAATATTTTTTATTAGGTTTTTGCGTGGTA 8 30 0 TGATAACGCTTCGTTTTATATTCTTTCTTTAAGGAT 8 68 1 CGTAACTATTATCCTATTTTCAGACTTCA 9 3 1 CTTCAATTTCAATTTTTAGGGGGTTTTGTTTGGTAT 9 34 1 GTTTTGTTTGGTATTTTACTACATTTTGCGCTATTA 9 56 1 CGCTTTTGAAATTTTTTAGTCTCATTAGG 11 3 0 AAAAGGATTCGTGTTTTTTGTGTTTTCATATTTCTA 11 106 1 CAATCAATGCAACTTTTATGCGTTTAGAGCTTAAAA 11 207 1 CATCAATAAAGATTTTTAGGGTAGTTTAACCTAAAA 11 264 0 TTTTTAGAGTGTATTTTATCGTTTTTTAGATAAAAC 12 28 0 TTTTTCTCGCATATTTTATTTATTTTTAGAGTGTAT 12 50 0 CAATCCGATTAAATTTTTGAGCGTTTTAAGACCGCT 13 29 0 TGAACGCAAAATCTTATAGCCTAGTTGGTGCGAGAG 13 152 0 * ****** *** MAP Score: 14.6536 Motif 6 CGTTTAAGCCTTAATCTTGGATATAATGGCGT 0 2 1 CTTTTTTGCTATAATGCTTCGTTCAAATTTTATGGTTAG 2 9 1 ATTATAGTTATTTAAAGCTTAAATAAGGGTCTGGCA 6 50 1 TTTATAATATTGTAACCCTTGCTCATTATGGTTATTCATA 7 66 1 TGATCGAGCCTATATCATTTTCTCTTGATTTTTTATTCAA 7 127 1 ATCAATACTTTAAAATATTTTTTATTAGGTTTTTGCGTGG 8 32 0 CGCTTCGTTTTATATTCTTTCTTTAAGGATTGGTT 8 74 1 ATTATCCTATTTTCAGACTTCAATTTCAATTTTTAGGGGG 9 17 1 GTGGGCTAATTCTCAATTTTATATTATAATACTTTCCAAT 10 98 1 CTTTTAATCCTTGACTTATTATCTGTCGCATA 10 157 0 CCGTCGCTTTTGAAATTTTTTAGTCTCATTAGG 11 3 0 AAGCGACGGATTAAAAGTTTTTCTAACGGTGGCATTCAAA 11 34 1 ACGGTGGCATTCAAACCCTTTAAAAAGGGTCTAGGAGTTT 11 59 1 TTTTTTGTGTTTTCATATTTCTATAAGGAGCTTAAAATGG 11 119 1 GTTTAGAGCTTAAAAACTTTAATCCTTAATTAGAGATTTT 11 228 1 TAAACTACCCTAAAAATCTTTATTGATGGGTAAAAGGC 11 272 1 GTTTTTTAGATAAAACGCTTTTTAAAGAATGGAT 12 4 0 CTCATTAAAATTTCTAATTTCCTCATAAATTGAGCCTTGA 13 82 1 CCAACTAGGCTATAAGATTTTGCGTTCATTTATCTATTTC 13 160 1 CGTTCATTTATCTATTTCTTGTAGAATACGAGTTTATTTT 13 182 1 * *** *** * * * MAP Score: 12.0073 Motif 7 AAAAGCGACGGATTAAAAGTTTTTCTAACGGTGG 11 32 1 TTTAAAAAGGGTCTAGGAGTTTATTTTCAAAAAG 11 77 1 ATTTCTTGTAGAATACGAGTTTATTTTTAATGTA 13 195 1 AAAAACCTAACCATAAAATTTGAACGAAGCATTA 2 21 0 CTTTTTTATCGCTTCAATTTAATCAAAATTAGA 6 9 1 GAGCCTTGAGGGATTCAATTTGAATTTAAGCTAG 13 113 1 CCTATTTTCAGACTTCAATTTCAATTTTTAGGGG 9 22 1 ATTGTTTATTGAGTTGAATTTCAAGGAGTAAGAC 9 121 1 CTCTAATTAAGGATTAAAGTTTTTAAGCTCTAAA 11 229 0 AATGAGCAAGGGTTACAATATTATAAAGAAAACG 7 59 0 ATCAAAATTAGATTACAATATTATAGTTATTTAA 6 31 1 TTCGCATTCTCATTAAAATTTCTAATTTCCTCAT 13 74 1 TGTTAAACTACCATTAAATTTTTTGTAAGGCTAA 4 30 1 TCCCTTTGATTTAATCAAATGAGAG 1 1 1 GCACCAACTAGGCTATAAGATTTTGCGTTCATTT 13 157 1 GGCCTTTGACGCCCAAAATTTGATCGAGCCTATA 7 107 1 GTTATCAATACTTTAAAATATTTTTTATTAGGTT 8 41 0 TATAACAATGCTCTAGGAGTTTTACCTTTTGTTT 11 161 0 AGCTCTAAACGCATAAAAGTTGCATTGATTGATA 11 204 0 TCTTAAAACGCTCAAAAATTTAATCGGATTGAAG 13 34 1 CCTAATGAGACTAAAAAATTTCAAAAGCGACGGA 11 10 1 * ** ***** ** MAP Score: 8.73734 Motif 8 GGCGTAATCATTTTTTAGGAAGTTTGGAA 0 37 1 TTCGTTCAAATTTTATGGTTAGGTTTTTCC 2 27 1 TATCGGTTTTATTTTAGCTAAAAATGGTAGGGGTT 3 26 0 AAAACCCCCTTTTAGTTATAATATCGGTTTTAT 3 49 0 TACCATTAAATTTTTTGTAAGGCTAAACAC 4 38 1 CAATTTAGATTTTTTTGGGTAGCATGTTAGCGTTT 5 24 1 ATTTCCTTATTTTTGTGATTAGATTATAGAAAGTT 7 16 1 TTATAGAAAGTTTATTGTAGCGTTTTCTTTATAAT 7 39 1 TTTCTCTTGATTTTTTATTCAAATTAAGGTAAAAA 7 145 1 GACACGATCCTTTTTTGCTTTGAAACATTATTTTT 7 175 0 CTTTAAAATATTTTTTATTAGGTTTTTGCGTGGTA 8 30 0 TTCAATTTCAATTTTTAGGGGGTTTTGTTTGGTAT 9 35 1 ATTTAAATTGTTTATTGAGTTGAATTTCAAGGAGT 9 115 1 TAATTCTCAATTTTATATTATAATACTTTCCAATG 10 104 1 CTTTTGAAATTTTTTAGTCTCATTAGG 11 2 0 CTCCTAGACCCTTTTTAAAGGGTTTGAATGCCACC 11 61 0 TCAATAAAGATTTTTAGGGTAGTTTAACCTAAAAT 11 263 0 CCTAAAAATCTTTATTGATGGGTAAAAGGC 11 280 1 TATTTTATTTATTTTTAGAGTGTATTTTATCGTTT 12 40 0 TCAAGGCTCAATTTATGAGGAAATTAGAAATTTTA 13 87 0 CGAGTTTATTTTTAATGTAAAGAAATTG 13 210 1 ******* * ** MAP Score: 7.59171 Motif 9 TAATGGCGTAATCATTTTTTAGGAAGTTTGGAA 0 33 1 TGCCAGACCCTTATTTAAGCTTTAAATAA 6 57 0 CTTGTGATTTCCTTATTTTTGTGATTAGATT 7 8 1 TTTCTCTTGATTTTTTATTCAAATTAAGGTAAA 7 145 1 TCGTTTTATATTCTTTCTTTAAGGATTGGTT 8 78 1 GTAACTATTATCCTATTTTCAGACTTCAATTTC 9 11 1 AGACTTCAATTTCAATTTTTAGGGGGTTTTGTT 9 31 1 AAACTCCTAGACCCTTTTTAAAGGGTTTGAATG 11 66 0 AAAAACACGAATCCTTTTTGAAAATAAACTCCT 11 91 0 AAAACTTTAATCCTTAATTAGAGATTTTAGGTT 11 240 1 TACCCTAAAAATCTTTATTGATGGGTAAAAGGC 11 277 1 ATCCATTCTTTAAAAAGCGTTTTA 12 1 1 AGTGTATTTTATCGTTTTTTAGATAAAACGCTT 12 24 0 AGAATACGAGTTTATTTTTAATGTAAAGAAATT 13 204 1 *** ***** * * MAP Score: 2.74326