AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons009_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944252167 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 jhp0267 56 putative #1 jhp0274 67 putative vacuolating cytotoxin (VacA) paralog #2 lysA 47 DIAMINOPIMELATE DECARBOXYLASE #3 pyrB 72 ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE CATALYTIC CHAIN #4 gatA 58 GLU-TRNA AMIDOTRANSFERASE, SUBUNIT A #5 speE 92 putative spermidine synthase #6 jhp0772 76 putative #7 guaC 201 GMP REDUCTASE #8 carB 99 CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE LARGE CHAIN #9 jhp0854 145 putative #10 jhp0973 179 putative #11 jhp0974 103 putative S/N-oxide reductase #12 jhp0975 25 putative #13 jhp0977 81 HIT FAMILY PROTEIN #14 jhp1155 300 putative #15 jhp1157 78 putative #16 trpE 228 ANTHRANILATE SYNTHASE COMPONENT I #17 jhp1204 67 putative #18 jhp1205 122 putative Motif 1 CTTTTTTGCTATAATGCTTCGTTCA 2 2 1 CCCCTACCATTTTTAGCTAAAATAAAACCGATA 3 28 1 TTTAGGGTAGTTTAACCTAAAATCTCTAATTAA 14 253 0 TTAAAAAGCGTTTTATCTAAAAAACGATAAAAT 15 19 1 AAAACCCCCTTTTAGTTATAATATCGGTTTTA 3 50 0 TATTGTAGCGTTTTCTTTATAATATTGTAACCC 7 51 1 ATTTTTCCTTAAAAATAGTTTTAG 12 11 0 AATTCTCAATTTTATATTATAATACTTTCCAAT 10 105 1 TGAAACATTATTTTTACCTTAATTTGAATAAAA 7 157 0 ATGAGAGAGTTTTTGGCTACCATCTGGGAAATG 1 28 1 ATAAGAACGATTTTTGCTAACATGACAAAAAAT 17 24 1 CAGACCCTTATTTAAGCTTTAAATAACTATAAT 6 50 0 CGTTTAAGCCTTAATCTTGGATATA 0 2 1 GCTTAAAAACTTTAATCCTTAATTAGAGATTTT 14 235 1 TCAATTTGAATTTAAGCTAGATTAGCTCTCGCA 16 127 1 GCCTATATCATTTTCTCTTGATTTTTTATTCAA 7 134 1 CACGATCCTTTTTTGCTTTGAAACATTATTTTT 7 175 0 GATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAAT 13 14 1 CAATTTCTTTACATTAAAAATAAACTCGTA 16 208 0 TAATCGTCGTTTTATTTCATAATACAAAAAATC 18 79 1 AGTTGGCGTTTTTAATTCAAAATGAAGCGAGGA 18 14 0 TGTAATCTAATTTTGATTAAATTGAAGCGATAA 6 15 0 CCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTAT 13 45 0 GCCTTTTACCCATCAATAAAGATTTT 14 284 0 GTGTTTAGCCTTACAAAAAATTTAAT 4 42 0 TTTTGAAATTTTTTAGTCTCATTAGG 14 3 0 **** *** *** MAP Score: 30.8613 Motif 2 TAGAAAGTTTATTGTAGCGTTTTCTTTATAATA 7 42 1 TTCAAAAAGGATTCGTGTTTTTTGTGTTTTCAT 14 102 1 TTAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAA 13 24 0 ATTTAATCAAATGAGAGAGTTTTTGGCTACCAT 1 18 1 AATTTCAATTTTTAGGGGGTTTTGTTTGGTATT 9 38 1 CCGATTAAATTTTTGAGCGTTTTAAGACCGCTT 16 28 0 CATGTTAGAATTTGGGGTGTTTTAACAGAATGC 11 63 1 ACACCTACCTAATGGGGATTTTTTGTATTATGA 18 95 0 TTATTACGACAATTTAGATTTTTTTGGGTAGCA 5 15 1 TAGAGTGTATTTTATCGTTTTTTAGATAAAACG 15 27 0 TTAATCCTTAATTAGAGATTTTAGGTTAAACTA 14 246 1 TTTTACTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAA 13 53 0 TTTACCCATCAATAAAGATTTTTAGGGTAGTTT 14 273 0 CTAATTAAGGATTAAAGTTTTTAAGCTCTAAAC 14 228 0 AGATTACAATATTATAGTTATTTAAAGCTTAAA 6 40 1 TTTTAGTTATAATATCGGTTTTATTTTAGCTAA 3 40 0 ATTTAATCGGATTGAAGCGGTTTTTCGCATTCT 16 51 1 TTAGCTAAAAATGGTAGGGGTTTTAGCAAGGAA 3 15 0 TTCAAATTTTATGGTTAGGTTTTTCC 2 31 1 TCCATCGCATAAGAACGATTTTTGCTAACATGA 17 16 1 ATTTGTTGTATAGTTGGCGTTTTTAATTCAAAA 18 25 0 AAAGCGACGGATTAAAAGTTTTTCTAACGGTGG 14 33 1 TAAAATATTTTTTATTAGGTTTTTGCGTGGTAT 8 29 0 AATCCGTCGCTTTTGAAATTTTTTAGTCTCATT 14 13 0 TAACATTCCTTAGCTTGCTTTTTAACAATATCC 5 68 0 TCAATGCAACTTTTATGCGTTTAGAGCTTAAAA 14 210 1 AATTAATCTCAATAGTGGGATTTTATTAGCGAT 11 15 1 GGGAAATGAGAAGGTAGCGTTTAA 1 53 1 TTATGAGGAAATTAGAAATTTTAATGAGAATGC 16 77 0 GCGTGGGCTAATTCTCAATTTTATATTATAATA 10 96 1 TGATTTCCTTATTTTTGTGATTAGATTATAGAA 7 14 1 TAAAACGACGATTAGGAGTATTTTACCATTAAC 18 60 0 TATAGGGTTAATTTAAATTGTTTATTGAGTTGA 9 105 1 TTTTACTACATTTTGCGCTATTATATTGAACCT 9 69 1 *** * * ***** MAP Score: 25.8461 Motif 3 CGTTTAAGCCTTAATCTTGGATATAATGGCGTAA 0 2 1 CTTTTTTATCGCTTCAATTTAATCAAAATTAGATTA 6 4 1 CAAAATTAGATTACAATATTATAGTTATTTAAAGCTTAAATA 6 33 1 GATTTCCTTATTTTTGTGATTAGATTATAGAAAGTTTATTGT 7 15 1 AGAAAGTTTATTGTAGCGTTTTCTTTATAATATTGTAACCCT 7 43 1 ATTATCCTATTTTCAGACTTCAATTTCAATTTTTAGGGGGTT 9 17 1 ATTTCAATTTTTAGGGGGTTTTGTTTGGTATTTTACTACATT 9 39 1 TTTACTACATTTTGCGCTATTATATTGAACCTAGCTATAGGG 9 70 1 TTTAAATTGTTTATTGAGTTGAATTTCAAGGAGTAAGAC 9 116 1 CGTGGGCTAATTCTCAATTTTATATTATAATACTTTCCAATG 10 97 1 TAACGATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATA 13 6 1 TTTACTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTA 13 43 0 TTAAAAAGGGTCTAGGAGTTTATTTTCAAAAAGGATTCGTGT 14 78 1 ATTCGTGTTTTTTGTGTTTTCATATTTCTATAAGGAGCTTAA 14 112 1 TAATCCTTAATTAGAGATTTTAGGTTAAACTACCCTAAAAAT 14 247 1 TTGAAGCGGTTTTTCGCATTCTCATTAAAATTTCTAATTTCC 16 62 1 AAATTGAGCCTTGAGGGATTCAATTTGAATTTAAGCTAGATT 16 108 1 TGTTTCCTCGCTTCATTTTGAATTAAAAACGCCAA 18 3 1 ** * ** * ** * * MAP Score: 19.3839 Motif 4 AGCGTTTTATCTAAAAAACGATAAAATACACTCTAA 15 25 1 AAAATACACTCTAAAAATAAATAAAATATGCGAGAA 15 47 1 AAGAAAAACCTTAAAAGGGAGTAAAAAGAGC 13 60 1 AGATTTTAGGTTAAACTACCCTAAAAATCTTTATTG 14 261 1 GCAAGCGGTCTTAAAACGCTCAAAAATTTAATCGGA 16 26 1 CCTAAGCATGTTAAACTACCATTAAATTTTTTGTAA 4 22 1 GGATACCACGCAAAAACCTAATAAAAAATATTTTAA 8 27 1 TAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATA 13 20 0 CCTAATGAGACTAAAAAATTTCAAAAG 14 1 1 CCTAAAATCTCTAATTAAGGATTAAAGTTTTTAAGC 14 235 0 ACGATTTTTGCTAACATGACAAAAAATTTGATCTCT 17 30 1 TTTCATATTTCTATAAGGAGCTTAAAATGGATAAAC 14 129 1 AACGGTGGCATTCAAACCCTTTAAAAAGGGTCTAGG 14 58 1 TATTTTTACCTTAATTTGAATAAAAAATCAAGAGAA 7 146 0 AAATACCAAACAAAACCCCCTAAAAATTGAAATTGA 9 36 0 CCAAAAAAATCTAAATTGTCGTAATAAACGCC 5 6 0 CTAAAAATCTTTATTGATGGGTAAAAGGC 14 281 1 ATTAAAATTTCTAATTTCCTCATAAATTGAGCCTTG 16 85 1 GTTTTTTAGATAAAACGCTTTTTAAAGAATGGAT 15 8 0 TATTTAAGCTTTAAATAACTATAATATTGTAATCTA 6 39 0 TTAAAATGGATAAACAAAAGGTAAAACTCCTAGAGC 14 150 1 AGTTTTTAAGCTCTAAACGCATAAAAGTTGCATTGA 14 210 0 TTCCAAACTTCCTAAAAAATGATTACGCC 0 37 0 AATATCGGTTTTATTTTAGCTAAAAATGGTAGGGGT 3 27 0 AAATTCAACTCAATAAACAATTTAAATTAACCCTAT 9 106 0 AAACGAAGCGTTATCAATACTTTAAAATATTTTTTA 8 48 0 AAAGCTATAATACAACTTTAATAAAAGAAAAACCTT 13 36 1 GTTTCCTCGCTTCATTTTGAATTAAAAACGCCAACT 18 11 1 GTCGTTTTATTTCATAATACAAAAAATCCCCATTAG 18 84 1 AACCAATCCTTAAAGAAAGAATATAAAACGAAGCG 8 74 0 GCCAAAAACTCTCTCATTTGATTAAATCAAAGGGA 1 9 0 CGTCTTTACCCAATAAAGACTTAATAACTAAAGACT 10 40 1 CAATTTCTTTACATTAAAAATAAACTCGTA 16 208 0 ***** ***** MAP Score: 18.8109 Motif 5 ATAATGGCGTAATCATTTTTTAGGAAGTTTGGAA 0 32 1 ACTACCATTAAATTTTTTGTAAGGCTAAACAC 4 36 1 TACGACAATTTAGATTTTTTTGGGTAGCATGTTA 5 19 1 GGTAGCATGTTAGCGTTTCAAAGGCATGGATATT 5 41 1 AAGGTAAAAATAATGTTTCAAAGCAAAAAAGGAT 7 170 1 TACTTTAAAATATTTTTTATTAGGTTTTTGCGTG 8 33 0 TCGTTTTATATTCTTTCTTTAAGGATTGGTT 8 78 1 AGACTTCAATTTCAATTTTTAGGGGGTTTTGTTT 9 31 1 GGTTAATTTAAATTGTTTATTGAGTTGAATTTCA 9 110 1 TTTAGTTATTAAGTCTTTATTGGGTAAAGACGCT 10 38 0 GCTAAAACTATTTTTAAGGAAAAAT 12 5 1 TCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATACA 13 16 1 AATGAGACTAAAAAATTTCAAAAGCGACGGATTA 14 13 1 GACGGATTAAAAGTTTTTCTAACGGTGGCATTCA 14 38 1 GTGGCATTCAAACCCTTTAAAAAGGGTCTAGGAG 14 62 1 TTGTGTTTTCATATTTCTATAAGGAGCTTAAAAT 14 123 1 AATTAAGGATTAAAGTTTTTAAGCTCTAAACGCA 14 225 0 ACCCATCAATAAAGATTTTTAGGGTAGTTTAACC 14 269 0 TTTTAGATAAAACGCTTTTTAAAGAATGGAT 15 7 0 CGCATATTTTATTTATTTTTAGAGTGTATTTTAT 15 45 0 ACCGCTTGCGTAATGTTTGTTGCGG 16 1 0 TGACAAAAAATTTGATCTCTTAGGCGGAGTC 17 46 1 ** *** ***** MAP Score: 18.8072 Motif 6 AGCCAAAAACTCTCTCATTTGATTAAATCAAAGGGA 1 6 0 CTTTTTTATCGCTTCAATTTAATCAAAATTAGATT 6 5 1 TAGATTACAATATTATAGTTATTTAAAGCTTAAATAAGGG 6 39 1 ATCGAGCCTATATCATTTTCTCTTGATTTTTTATTCAAAT 7 129 1 GAAACATTATTTTTACCTTAATTTGAATAAAAAATCAAGA 7 149 0 TGACACGATCCTTTTTTGCTTTGAAACATTATTTTTAC 7 173 0 TACTACATTTTGCGCTATTATATTGAACCTAGCTATAGGG 9 72 1 TTAATTTAAATTGTTTATTGAGTTGAATTTCAAGGAGTAA 9 112 1 TCTCCTTCAAACTTGCATTCTGTTAAAACACCCCAAATTC 11 70 0 TAACGATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATAC 13 9 1 TACTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTA 13 43 0 AAAAAGGGTCTAGGAGTTTATTTTCAAAAAGGATTCGTGT 14 80 1 GCTCTAGGAGTTTTACCTTTTGTTTATCCATTTTAAGCTC 14 146 0 ATCCTTAATTAGAGATTTTAGGTTAAACTACCCTAAAAAT 14 249 1 GATTTTTCTCGCATATTTTATTTATTTTTAGAGTGTAT 15 50 0 GCGAGAGCTAATCTAGCTTAAATTCAAATTGAATCCCTCA 16 119 0 AACTAGGCTATAAGATTTTGCGTTCATTTATCTATTTCTT 16 162 1 TCTTGTAGAATACGAGTTTATTTTTAATGTAAAGAAATTG 16 198 1 GTTGTATAGTTGGCGTTTTTAATTCAAAATGAAGCGAGGA 18 14 0 ATACTCCTAATCGTCGTTTTATTTCATAATACAAAAAATC 18 72 1 * * * ** ** ** * MAP Score: 13.5608 Motif 7 AAGGGTCTAGGAGTTTATTTTCAAAAAGGATTCG 14 83 1 CTTAATTAGAGATTTTAGGTTAAACTACCCTAAA 14 252 1 TGTAGAATACGAGTTTATTTTTAATGTAAAGAAA 16 201 1 ACGATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAA 13 12 1 CCTATTTTCAGACTTCAATTTCAATTTTTAGGGG 9 22 1 CGATTAGGAGTATTTTACCATTAACCAATTTGTT 18 51 0 GTGCGAGAGCTAATCTAGCTTAAATTCAAATTGA 16 127 0 ATTTTCTCTTGATTTTTTATTCAAATTAAGGTAA 7 143 1 TATTGTAATCTAATTTTGATTAAATTGAAGCGAT 6 17 0 GCCAGACCCTTATTTAAGCTTTAAATAACTATAA 6 51 0 ATTGTTTATTGAGTTGAATTTCAAGGAGTAAGAC 9 121 1 TTGGCGTTTTTAATTCAAAATGAAGCGAGGAAAC 18 11 0 ATATCGGTTTTATTTTAGCTAAAAATGGTAGGGG 3 28 0 TAAAAAGCTATAATACAACTTTAATAAAAGAAAA 13 33 1 TCCCACTATTGAGATTAATTTGAAA 11 1 0 CATTGGAAAGTATTATAATATAAAATTGAGAATT 10 105 0 GAGCCTTGAGGGATTCAATTTGAATTTAAGCTAG 16 113 1 CTAAAATCTCTAATTAAGGATTAAAGTTTTTAAG 14 236 0 CTTCGTTTTATATTCTTTCTTTAAGGATTGGTT 8 76 1 ATAAAACCGATATTATAACTAAAAGGGGGTTTT 3 49 1 TTCATTTATCTATTTCTTGTAGAATACGAGTTTA 16 184 1 ** **** ** ** MAP Score: 13.3328 Motif 8 AACCCCTACCATTTTTAGCTAAAATAAAACCGATA 3 26 1 TTATTACGACAATTTAGATTTTTTTGGGTAGCATG 5 15 1 ATTGTAATCTAATTTTGATTAAATTGAAGCGATAA 6 15 0 AGCCTATATCATTTTCTCTTGATTTTTTATTCAAA 7 133 1 AATAAAAAATATTTTAAAGTATTGATAACGCTTCG 8 46 1 TTCAGACTTCAATTTCAATTTTTAGGGGGTTTTGT 9 28 1 ATTTTACTACATTTTGCGCTATTATATTGAACCTA 9 68 1 CTATAGGGTTAATTTAAATTGTTTATTGAGTTGAA 9 104 1 TATTAGCGATAATTTTAGGTGAATACATGTTAGAA 11 38 1 TACATGTTAGAATTTGGGGTGTTTTAACAGAATGC 11 61 1 ATTTTTCCTTAAAAATAGTTTTAGC 12 10 0 CGATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATA 13 13 1 AGGGTCTAGGAGTTTATTTTCAAAAAGGATTCGTG 14 84 1 TTAATTAGAGATTTTAGGTTAAACTACCCTAAAAA 14 253 1 CTACCCTAAAAATCTTTATTGATGGGTAAAAGGC 14 276 1 TTTAGAGTGTATTTTATCGTTTTTTAGATAAAACG 15 27 0 TTTTTCTCGCATATTTTATTTATTTTTAGAGTGTA 15 51 0 TGAGGGATTCAATTTGAATTTAAGCTAGATTAGCT 16 119 1 AGGCTATAAGATTTTGCGTTCATTTATCTATTTCT 16 166 1 TAAGAGATCAAATTTTTTGTCATGTTAGCAAAAAT 17 33 0 TCCTCGCTTCATTTTGAATTAAAAACGCCAACTAT 18 14 1 ACCATTAACCAATTTGTTGTATAGTTGGCGTTTTT 18 34 0 CCTAATGGGGATTTTTTGTATTATGAAATAAAACG 18 86 0 ***** ** ** * MAP Score: 2.57127 Motif 9 GGCGTAATCATTTTTTAGGAAGTTTGGAA 0 37 1 AATGAGAGAGTTTTTGGCTACCATCTGGGAAAT 1 27 1 CTTTTTTGCTATAATGCTTCGTTC 2 1 1 AATGGTAGGGGTTTTAGCAAGGAATGGGC 3 6 0 ACCCCTACCATTTTTAGCTAAAATAAAACCGAT 3 27 1 TAAAACCGATATTATAACTAAAAGGGGGTTTT 3 50 1 GGCGTTTATTACGACAATTTAGATTTT 5 4 1 AATTTAGATTTTTTTGGGTAGCATGTTAGCGTT 5 25 1 CTTTTTTATCGCTTCAATTTAATCAAA 6 4 1 CCAGACCCTTATTTAAGCTTTAAATAACTATAA 6 51 0 TGATTTCCTTATTTTTGTGATTAGATTATAGAA 7 14 1 CTCGATCAAATTTTGGGCGTCAAAGGCCTTATG 7 102 0 GACACGATCCTTTTTTGCTTTGAAACATTATTT 7 177 0 TAAAATATTTTTTATTAGGTTTTTGCGTGGTAT 8 29 0 AATTTCAATTTTTAGGGGGTTTTGTTTGGTATT 9 38 1 TTTTACTACATTTTGCGCTATTATATTGAACCT 9 69 1 ATTTAAATTGTTTATTGAGTTGAATTTCAAGGA 9 115 1 TTATTAAGTCTTTATTGGGTAAAGACGCTTTCA 10 34 0 TTCACCTAAAATTATCGCTAATAAAATCCCACT 11 28 0 GCTAAAACTATTTTTAAGGAAAAAT 12 10 1 TTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATACAAC 13 19 1 TTTTACTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAA 13 53 0 GATTCGTGTTTTTTGTGTTTTCATATTTCTATA 14 111 1 TCAATGCAACTTTTATGCGTTTAGAGCTTAAAA 14 210 1 CTAATTAAGGATTAAAGTTTTTAAGCTCTAAAC 14 228 0 TCAATAAAGATTTTTAGGGTAGTTTAACCTAAA 14 265 0 ATTTTATCGTTTTTTAGATAAAACGCTTTTTAA 15 19 0 TTTATTTATTTTTAGAGTGTATTTTATCGTTTT 15 39 0 CCGATTAAATTTTTGAGCGTTTTAAGACCGCTT 16 28 0 TTCAATTTGAATTTAAGCTAGATTAGCTCTCGC 16 126 1 CATAAGAACGATTTTTGCTAACATGACAAAAAA 17 23 1 ***** **** * MAP Score: 0.673958 Motif 10 TAATGGCGTAATCATTTTTTAGGAAGTTTGG 0 33 1 TAAAACCCCTACCATTTTTAGCTAAAATAAA 3 23 1 ATTCCTTAGCTTGCTTTTTAACAATATCCAT 5 66 0 TGATTTTTTATTCAAATTAAGGTAAAAATAA 7 152 1 TGACACGATCCTTTTTTGCTTTGAAACA 7 183 0 ATTTTCAGACTTCAATTTCAATTTTTAGGGG 9 25 1 GTTTATTGAGTTGAATTTCAAGGAGTAAGAC 9 124 1 CACTATTGAGATTAATTTGAAA 11 1 0 GCTAAAACTATTTTTAAGGAAAAAT 12 6 1 ATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAA 13 15 1 CTCTTTTTACTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTT 13 59 0 TTTTAATCCGTCGCTTTTGAAATTTTTTAGT 14 19 0 TGGCATTCAAACCCTTTAAAAAGGGTCTAGG 14 63 1 GGTCTAGGAGTTTATTTTCAAAAAGGATTCG 14 86 1 CTTTTGTTTATCCATTTTAAGCTCCTTATAG 14 139 0 TTTAGATAAAACGCTTTTTAAAGAATGGAT 15 9 0 GCATATTTTATTTATTTTTAGAGTGTATTTT 15 47 0 CCTTGAGGGATTCAATTTGAATTTAAGCTAG 16 116 1 AGAATACGAGTTTATTTTTAATGTAAAGAAA 16 204 1 GCGTTTTTAATTCAAAATGAAGCGAGGAAAC 18 11 0 ******** ** MAP Score: 0.112864