AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons010_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944252202
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	comB1	125	DNA transformation competancy
#1	manC	69	phosphomannose isomerase/GDP-mannose pyrophosphorylase
#2	gmd	40	GDP-D-mannose dehydratase
#3	glmM	89	phosphoglucosamine mutase
#4	jhp0094	31	putative
#5	jhp0095	215	methyl-accepting chemotaxis protein (MCP)
#6	gltX_2	28	GLUTAMYL-TRNA SYNTHETASE
#7	glmU	96	UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE PYROPHOSPHORYLASE
#8	jhp0775	300	putative
#9	greA	40	TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR (TRANSCRIPT CLEAVAGE FACTOR)
#10	hypA	58	Hydrogenase expression/formation protein
#11	flgE	208	FLAGELLAR HOOK PROTEIN
#12	accB	129	BIOTIN CARBOXYL CARRIER PROTEIN
#13	jhp1012	92	putative TYPE II DNA MODIFICATION ENZYME (METHYLTRANSFERASE)
#14	jhp1014	93	putative
#15	galE	219	UDP-GLUCOSE 4-EPIMERASE
#16	secG	132	PROTEIN-EXPORT MEMBRANE PROTEIN
#17	nuoA	92	NADH oxidoreductase I
#18	jhp1418	152	putative
#19	jhp1419	44	putative

Motif 1
TTAAGCATGATTTAAGGGTTTTAAGCGATCAG	13	25	1
ATTTTCTTTCATAAAGGGTTTTT         	6	15	1
AGGTGTTTCTTTTAAGGGTTTGTCTATAATGC	18	89	1
ACCCCATAAATTGAAGGATTTTA         	7	83	1
        GTTTTAAGGATTTTCTTAAGCATG	13	2	1
AAAGTAATAATTAAAGGAGTTTGAGAGCCTG 	17	71	1
TCATACAAGGTACAAGGGCTTTTTTTCATCTC	0	85	0
AATTTTTTAAAAAAAGGGATTTTAATGGCTTG	8	110	0
TTTTTCTAAATTTTAGGGATTTAAGGAATCAG	16	105	1
ATGGATGCGAAAAAAGGATTTTC         	18	139	1
ATGGGGTTATTTTAGGGAATTTTAACATGCCT	7	58	0
AAGCCTTAAAATTAAGGTGTTTCTTTTAAGGG	18	75	1
TTCACAAATAAATAGGGGGTTTTGTAACACCA	11	63	0
TTTTCATTTCAAAAGGGGTTTT          	15	207	1
AAAAATAGTTTAAAAGGTATTTTATAACG   	3	70	1
GCCTAACTTAAAAAAGGGTGTTCTATAATTCT	5	40	1
TGAACTCTCAAATTAGGGTTTGACTTAAAAAT	5	174	1
        ATAAATAGGAATTTAATGAGGATT	0	2	1
TTAATTTAAAATCTAGGGGGTTATGATTTATT	8	178	0
CTCTTTTGTTTTTTAGGGTTATTATAGCGTTT	1	29	0
AAATGAATTCATTAGGGGGTATTATATCATTT	8	263	0
TTAACAAACTTTAAAGGCTTTGTGCGT     	12	5	0
TTTTTTGTTATTATGGGACTTGTGTTGTTTGG	0	34	1
CCATCCATCATTTAAGGATTTCTTAAGAAAAT	15	148	0
AGTTTTAATTTTCAAGGTAGTGCGTTGTAGTG	16	26	0
TTTAAAATAATATAAGGAATAGATCATT    	12	111	1
ATCCTTCAATTTATGGGGTTATTTTAGGGAAT	7	70	0
GTGGTGAATGAAAAAGGAATAGCATGTGAATG	18	32	1
ATCAAAATGTTTTTAGGAATAGAGTTTGCTTG	14	33	1
TAATTTAGAGATTAAGGTTTAGC         	10	45	1
TTAAAAAGCGTTATGGGGGGTGGTGTTACAAA	11	43	1
TGTTCTATAATTCTAGGTTGTTGGCTTTTCAC	5	58	1
TTTATTGACTTTAAAGGGCTTATAGCTCAGGT	15	98	0
          ** ***** ***
MAP Score: 40.5293

Motif 2
AACGCTATAATAACCCTAAAAAACAAAAGAG	1	30	1
CGTTATAAAATACCTTTTAAACTATTTTTAA	3	68	0
TTTTTAAGCCTAACTTAAAAAAGGGTGTTCT	5	33	1
     AATTCTAGCCTTAAATCTTTAATAAA	7	5	1
TAACATGCCTTATCTTATAATTTGACCTTGT	7	37	0
GCATGTTAAAATTCCCTAAAATAACCCCATA	7	60	1
TCCCTAAAATAACCCCATAAATTGAAGGATT	7	72	1
TTTAAAAATCAAACTTAAAAAATGAGTTTTA	8	49	1
ATTTTTTGGCTTTCCTAAAATTTTTAACAGA	8	150	0
    GGGCATTTTCCTTAAAAATGAATTCAT	8	283	0
GCTAAACCTTAATCTCTAAATTAGCCCCTAT	10	37	0
  AGCGAGTTAAACTCTAAATTTGAGCGATA	11	8	1
TTTGAGCGATAAGCTTTAAAAAGCGTTATGG	11	28	1
TTTATTGACAAAACTTTAAAATCCGCAACCA	11	109	1
ATAGATTGAATTTCTTTAAATTAAAGGATAA	11	185	1
   ACGCACAAAGCCTTTAAAGTTTGTTAAT	12	7	1
TGCTTAAGAAAATCCTTAAAAC         	13	1	0
GATCGCTTAAAACCCTTAAATCATGCTTAAG	13	24	0
AGCAAACTCTATTCCTAAAAACATTTTGATC	14	32	0
TTTCTTAAGAAATCCTTAAATGATGGATGGG	15	150	1
TGATTCCTTAAATCCCTAAAATTTAGAAAAA	16	105	0
AATGTGAATGAAGCCTTAAAATTAAGGTGTT	18	65	1
ATTATAGACAAACCCTTAAAAGAAACACCTT	18	88	0
          ** ********
MAP Score: 34.1848

Motif 3
AAGCCATTAAAATCCCTTTTTTTAAAAAATT	8	111	1
TTTACGATAAAACTCATTTTTTAAGTTTGAT	8	56	0
CCCCCTAATGAATTCATTTTTAAGGAAAATG	8	276	1
        GAAAATCCTTTTTTCGCATCCAT	18	139	0
        TCCAACCCTTTTTTGATAAACTC	4	18	0
TATCTCCTATCAATCATTTTTAAGTCAAACC	5	190	0
TATTTAGCGCCACTCATTTTTCGGGGGGGGG	5	126	1
TTGATTTTTAAACCCATTTTCTTAATAGGAT	8	30	0
        AAAACCCCTTTTGAAATGAAAAA	15	206	0
          AAATCATTTTCTTTCATAAAG	6	0	1
AATTATAGAACACCCTTTTTTAAGTTAGGCT	5	39	0
GGAAGCAATTAAACCATGTTTTTGCTAATCG	17	29	0
        AAAAACCCTTTATGAAAGAAAAT	6	15	0
GCCTTGTTTTAATCCCTTTGTAATGTAAAAT	3	11	1
AACTATTTTTAATCAATTTTTAGATAGAATT	3	49	0
AATACCTTTTAAACTATTTTTAATCAATTTT	3	60	0
AGGGGGTATTATATCATTTTTGAATGGATTT	8	251	0
TAACAGAGATAACTCAATTTTTTAAAAAAAG	8	126	0
ATTCACATGCTATTCCTTTTTCATTCACCAC	18	32	0
ATCCTCATTAAATTCCTATTTAT        	0	2	0
TCATTCTAAAAAGCCATTTAGGAACAACTTT	11	141	1
GTTATTATAACAATAATTTTTTGCTAAAAAC	12	44	1
          ** ********
MAP Score: 21.8645

Motif 4
          CTCAAAAATGCCAGTTTAAAAACGCTAT	1	0	1
CTATAATAACCCTAAAAAACAAAAGAGAGCCTAGCAAG	1	34	1
CATAATTCTATCTAAAAATTGATTAAAAATAGTTTAAA	3	46	1
TTAAGTTAGGCTTAAAAATAAAATAATAAAAATAAAAA	5	13	0
TAGGGTTTGACTTAAAAATGATTGATAGGAGATAAATG	5	187	1
TGTTAAAATTCCCTAAAATAACCCCATAAATTGAAGGA	7	63	1
AGAAAATGGGTTTAAAAATCAAACTTAAAAAATGAGTT	8	39	1
ATGAGTTTTATCGTAAAATAAAATCTCAAAACGATACA	8	70	1
AAATCCCTTTTTTTAAAAAATTGAGTTATCTCTGTTAA	8	120	1
TTTTGGCTTTCCTAAAATTTTTAACAGAGATAACTCAA	8	140	0
ACCCCCTAGATTTTAAATTAAAAACTCACTAACCTTAA	8	189	1
GACAAATCCATTCAAAAATGATATAATACCCCCTAATG	8	248	1
GGGCATTTTCCTTAAAAATGAATTCATTAGGGGGTATT	8	272	0
AAACCTTAATCTCTAAATTAGCCCCTATTATATTGTAT	10	27	0
GCGAGTTAAACTCTAAATTTGAGCGATAAGCTTTAAAA	11	11	1
ATTGACAAAACTTTAAAATCCGCAACCAATCATTCTAA	11	112	1
GATTGAATTTCTTTAAATTAAAGGATAACT        	11	188	1
CGCACAAAGCCTTTAAAGTTTGTTAATAATTATGTTAT	12	11	1
CCTTATATTATTTTAAAATATGCCACAAACACATAATC	12	90	0
GCTATAAGCCCTTTAAAGTCAATAAAGATGAAATTATA	15	104	1
AACGCACTACCTTGAAAATTAAAACTAAATTTTAGTGT	16	32	1
CTTAATCTTATCTAAAATTTGCTAAGAATACACTAAAA	16	61	0
TCCTTAAATCCCTAAAATTTAGAAAAAATTAGGCTTAA	16	94	0
GTGAATGAAGCCTTAAAATTAAGGTGTTTCTTTTAAGG	18	68	1
TCATGGAGCATTCTAAATTAAAGGCGATCAC       	19	23	1
          *********        *
MAP Score: 14.7525

Motif 5
GCATGAGATGAAAAAAAGCCCTTGTACCTTGT	0	81	1
TTAAAAACGCTATAATAACCCTAAAAAACAAA	1	25	1
ACCCTTTTTTGATAAACTCCCCCCTGA     	4	5	0
TTTCAGCGGTTTTCAAACCACCGGATTTTAAT	5	92	1
GAGTTCAGCTTCTAAATGCACCCCCCCCCCCC	5	149	0
TAAAATTCCCTAAAATAACCCCATAAATTGAA	7	66	1
    GATTTTTCAAAATACCCCCTATCCTATT	8	6	1
CCAAAAAATAAATCATAACCCCCTAGATTTTA	8	172	1
TCAAAAATGATATAATACCCCCTAATGAATTC	8	259	1
GGGGGTGGTGTTACAAAACCCCCTATTTATTT	11	58	1
TTGACAAAACTTTAAAATCCGCAACCAATCAT	11	113	1
          * ***** ****
MAP Score: 1.185