AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons010_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944252213 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 jhp0027 111 putative #1 comB1 125 DNA transformation competancy #2 manC 69 phosphomannose isomerase/GDP-mannose pyrophosphorylase #3 gmd 40 GDP-D-mannose dehydratase #4 glmM 89 phosphoglucosamine mutase #5 jhp0094 31 putative #6 jhp0095 215 methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) #7 cpdB 140 2',3'-CYCLIC-NUCLEOTIDE 2'-PHOSPHODIESTERASE #8 jhp0097 37 putative #9 metB 24 putative CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE #10 cysK 118 CYSTEINE SYNTHASE #11 gltX_2 28 GLUTAMYL-TRNA SYNTHETASE #12 glmU 96 UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE PYROPHOSPHORYLASE #13 jhp0775 300 putative #14 greA 40 TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR (TRANSCRIPT CLEAVAGE FACTOR) #15 hypA 58 Hydrogenase expression/formation protein #16 flgE 208 FLAGELLAR HOOK PROTEIN #17 cdh 276 CDP-DIACYLGLYCEROL PYROPHOSPHATASE #18 accB 129 BIOTIN CARBOXYL CARRIER PROTEIN #19 jhp1012 92 putative TYPE II DNA MODIFICATION ENZYME (METHYLTRANSFERASE) #20 jhp1014 93 putative #21 galE 219 UDP-GLUCOSE 4-EPIMERASE #22 jhp1021 300 putative #23 secG 132 PROTEIN-EXPORT MEMBRANE PROTEIN #24 nuoA 92 NADH oxidoreductase I #25 jhp1418 152 putative #26 jhp1419 44 putative Motif 1 CTGATCGCTTAAAACCCTTAAATCATGCTTA 19 26 0 CTGATTCCTTAAATCCCTAAAATTTAGAAAA 23 106 0 TAGTATTCAAAAAGCCCTTTTTTAAAAATAG 17 125 1 CAAGCCATTAAAATCCCTTTTTTTAAAAAAT 13 110 1 AAAACCCCTTTTGAAATGAAAA 21 207 0 AAAAACCCTTTATGAAAGAAAA 11 16 0 ACGCACAAAGCCTTTAAAGTTTGTTAA 18 6 1 CATTATAGACAAACCCTTAAAAGAAACACCT 25 89 0 ATGCTTAAGAAAATCCTTAAAAC 19 2 0 TTTTCTTAAGAAATCCTTAAATGATGGATGG 21 149 1 AGAATTATAGAACACCCTTTTTTAAGTTAGG 6 41 0 GAAAATCCTTTTTTCGCATCCAT 25 139 0 GGTGTTACAAAACCCCCTATTTATTTGTGAA 16 64 1 ATTTTTAACTCCTTTATTCATAAATTG 8 20 0 CAGGCTCTCAAACTCCTTTAATTATTACTTT 24 71 0 CCTTAAAAGAAACACCTTAATTTTAAGGCTT 25 75 0 TGATAAGTATCAACCCCTTAAGATCGCTTTT 17 79 1 GAGATGAAAAAAAGCCCTTGTACCTTGTATG 1 85 1 TTATACCAAATAAACCCTAATGACCCGCTGA 0 61 0 ATTTTTAAGTCAAACCCTAATTTGAGAGTTC 6 175 0 TTTTTTGCTAAAAACGCTTATAGCTAGTAAG 18 60 1 ACCTGAGCTATAAGCCCTTTAAAGTCAATAA 21 98 1 AATGATATAATACCCCCTAATGAATTCATTT 13 264 1 GCTAAACCTTAATCTCTAAATTA 15 45 0 GCAAGGTTATAAAACGCTTTATTTTGATAAG 17 55 1 TGCCAGTTTAAAAACGCTATAATAACCCTAA 2 18 1 TTTGATTTTTAAACCCATTTTCTTAATAGGA 13 31 0 AATAAATCATAACCCCCTAGATTTTAAATTA 13 178 1 ATCATTCTAAAAAGCCATTTAGGAACAACTT 16 140 1 TCCAACCCTTTTTTGATAAACTC 5 18 0 TAAAATCCTTCAATTTATGGGGT 12 83 0 TCCCTAAAATAACCCCATAAATTGAAGGATT 12 72 1 AAACGCTATAATAACCCTAAAAAACAAAAGA 2 29 1 ATTATGCCTAAACTCGTTAAATGGAGTAAGA 10 55 0 AGTTTAGGCATAATCGCTAAAATTGAGTTAT 10 72 1 *** ******* MAP Score: 41.5216 Motif 2 ACGAATTGACAAAAGAGCCTAAAAACTTAAGCCCC 22 34 1 AATTTGGCATAATTCTATCTAAAAATTGATTAAAA 4 39 1 TGATCCACTCAATTCTATCTAAAAATA 20 2 0 TGGGTTTAAAAATCAAACTTAAAAAATGAGTTTTA 13 45 1 AATTAGGCTTAATCTTATCTAAAATTTGCTAAGAA 23 71 0 AAGGCATGTTAAAATTCCCTAAAATAACCCCATAA 12 57 1 AATCCGCAACCAATCATTCTAAAAAGCCATTTAGG 16 128 1 GAGTGGCGCTAAATAAAATTAAAATCCGGTGGTTT 6 106 0 TTGATCTTTGAATTTTAATTAAAAAGACTTGCGGT 22 183 1 ATGAAATGTGAATGAAGCCTTAAAATTAAGGTGTT 25 61 1 ACCCTTTTTTAAGTTAGGCTTAAAAATAAAATAAT 6 24 0 TAAAATATACAAGGCAAACAAAAATCTAAAAAACT 22 139 1 CCGCATGACAAATCCATTCAAAAATGATATAATAC 13 242 1 GAAAGCGAACAAGAATTTTTAAAATATACAAGGCA 22 120 1 ATTTTTCTACAATAGTGGTTAAAATCTTTAATCAT 17 202 0 ATACTAACTACAAAAAACTTAAAAAGCGATCTTAA 17 96 0 CGAGTTTAGGCATAATCGCTAAAATTGAGTTATCG 10 70 1 AAATTTTCTTAAGAAATCCTTAAATGATGGATGGG 21 146 1 TATAACAATAATTTTTTGCTAAAAACGCTTATAGC 18 49 1 AAAATAAAATAATAAAAATAAAAAATC 6 2 0 AAATTTGCTAAGAATACACTAAAATTTAGTTTTAA 23 50 0 AACCCCCTAGATTTTAAATTAAAAACTCACTAACC 13 188 1 CTCAAAAATGCCAGTTTAAAAACGCTATAATA 2 7 1 GGGCATTTTCCTTAAAAATGAATTCATT 13 282 0 AACGTTTAGTAACCTATTTTTAAAAAAGGGCTTTT 17 134 0 ATTTATGAATAAAGGAGTTAAAAAT 8 22 1 TCTATTCCTTATATTATTTTAAAATATGCCACAAA 18 99 0 ACACAAGTCCCATAATAACAAAAAAAATCCTCATT 1 24 0 AAAATTGATTAAAAATAGTTTAAAAGGTATTTTAT 4 60 1 ATAATAAGCTAATGGATGCGAAAAAAGGATTTTC 25 128 1 GACAAGCAAACTCTATTCCTAAAAACATTTTGATC 20 32 0 CACTAACCTTAAGCTTAGTAAAAATATCCGCATGA 13 215 1 TAAAAATTTTAGGAAAGCCAAAAAATAAATCATAA 13 155 1 ATCATGCTTAAGAAAATCCTTAAAAC 19 1 0 AAAAACGCTATAATAACCCTAAAAAACAAAAGAGA 2 27 1 AATTCTAGCCTTAAATCTTTAATAAA 12 1 1 CTAAACGTTACTAATAAGTTAAAATTCGTGAAAAT 17 160 1 TGATGAAAAGAGTTGTATCAAAAAAGAGGAATACA 22 275 1 AGAGATAACTCAATTTTTTAAAAAAAGGGATTTTA 13 118 0 ATCAGCGTTAATTTTATGTAAAAATAATGCTATGA 7 91 1 AAATTGAGTTATCTCTGTTAAAAATTTTAGGAAAG 13 137 1 AAATAACGAGAGGGTTTGTAAAAATTCCCACCAAA 17 233 1 ** * ******* MAP Score: 32.3021 Motif 3 TGCTTAAGAAAATCCTTAAAAC 19 1 0 AATGTGAATGAAGCCTTAAAATTAAGGTGTT 25 65 1 ATTATAGACAAACCCTTAAAAGAAACACCTT 25 88 0 TGATTCCTTAAATCCCTAAAATTTAGAAAAA 23 105 0 ACGCTATAATAACCCTAAAAAACAAAAGAGA 2 31 1 GATCGCTTAAAACCCTTAAATCATGCTTAAG 19 24 0 TTTCTTAAGAAATCCTTAAATGATGGATGGG 21 150 1 TTTGAGCGATAAGCTTTAAAAAGCGTTATGG 16 28 1 TTTATTGACAAAACTTTAAAATCCGCAACCA 16 109 1 TAACGCCTAAAACGCCTAAAATGGGTAAGGG 7 39 0 GCATGTTAAAATTCCCTAAAATAACCCCATA 12 60 1 ACGCACAAAGCCTTTAAAGTTTGTTAAT 18 7 1 TTTAAAAATCAAACTTAAAAAATGAGTTTTA 13 49 1 TAACTACAAAAAACTTAAAAAGCGATCTTAA 17 96 0 AAATTTTAGGAAAGCCAAAAAATAAATCATA 13 158 1 AAAGTAAGCCAACGCCAAAAAGCTTGCGAAA 22 71 1 AGCAAACTCTATTCCTAAAAACATTTTGATC 20 32 0 GCTAAACCTTAATCTCTAAATTAGCCCCTAT 15 37 0 AGCGAGTTAAACTCTAAATTTGAGCGATA 16 8 1 AATTCTAGCCTTAAATCTTTAATAAA 12 5 1 TCCCTAAAATAACCCCATAAATTGAAGGATT 12 72 1 TTTTTTAAGTTAGGCTTAAAAATAAAATAAT 6 24 0 AAGAACCAACCTTAAATGAAGTTTTGA 0 94 0 GGGCATTTTCCTTAAAAATGAATTCAT 13 283 0 GTTTAGGCATAATCGCTAAAATTGAGTTATC 10 73 1 ** ******** MAP Score: 31.8685 Motif 4 GATTTTTTATTTTTATTATTTTAT 6 4 1 ATTTTTATTATTTTATTTTTAAGCCTAACT 6 18 1 TTTTTATTTTTTCAGCTAACG 24 1 1 AACCACCGGATTTTAATTTTATTTAGCGCC 6 107 1 TAAAATTTAGTTTTAATTTTCAAGGTAGTG 23 36 0 GATTGTAGCGCTTTATCTTTGAGCCTTCAG 0 35 1 CAAACCCTCTCGTTATTTTTCTACAATAGT 17 221 0 CGTTTTGAGATTTTATTTTACGATAAAACT 13 73 0 AGTTATCCTTTAATTTAAAGAAATTCA 16 191 0 GTGATCGCCTTTAATTTAGAATGCTCCA 26 26 0 ACAACTTTTGCTTTATTTTGCATAGATTGA 16 164 1 TTATAAAACGCTTTATTTTGATAAGTATCA 17 61 1 ATCGCATCAGCGTTAATTTTATGTAAAAAT 7 86 1 GTTAGTGAGTTTTTAATTTAAAATCTAGGG 13 192 0 ATTTTTTAAGTTTGATTTTTAAACCCATTT 13 42 0 GGGGGTTATGATTTATTTTTTGGCTTTCCT 13 165 0 ATATTCATAGCATTATTTTTACATAAAATT 7 100 0 TGTCAATTCGTTTGAATTTTCTGTTCTTTT 22 15 0 CAACTTGATCTTTGAATTTTAATTAAAAAG 22 179 1 ATTGAGTTATCGTTATCTTTATTATAGGAG 10 93 1 TTATAATAGCTATTATTTTTTCATTTCAAA 21 190 1 TTTTCACGAATTTTAACTTATTAGTAACGT 17 164 0 TCTTAAGAAAATTTAATTTATAATTTCATC 21 130 0 CTATTCCTTATATTATTTTAAAATATGCCA 18 103 0 TTGTTCCTTTATTGAATTTTATTTATTAAA 3 18 0 ********** MAP Score: 21.1977 Motif 5 ACACAAGTCCCATAATAACAAAAAAAATCCTCAT 1 25 0 AATTATGCCAAATTTTACATTACAAAGGGATTAA 4 19 0 AATTTGGCATAATTCTATCTAAAAATTGATTAAA 4 39 1 AAAATTGATTAAAAATAGTTTAAAAGGTATTTTA 4 60 1 AAAATAAAATAATAAAAATAAAAAATC 6 3 0 GAGTGGCGCTAAATAAAATTAAAATCCGGTGGTT 6 107 0 TTAGGCGTTACATTCTAATCAAAATCATCGCATC 7 60 1 CATCAGCGTTAATTTTATGTAAAAATAATGCTAT 7 90 1 TTTATTCATAAATTGTAATGAAACT 8 1 0 AAATTCAATAAAAAAGGAAAAACT 9 1 1 AATAAGCCAACATTTTACACTAAATCTTACTCCA 10 31 1 ATGGGTTTAAAAATCAAACTTAAAAAATGAGTTT 13 44 1 TTAAAAAATGAGTTTTATCGTAAAATAAAATCTC 13 63 1 ATTAAAATCCCTTTTTTTAAAAAATTGAGTTATC 13 116 1 TAACCCCCTAGATTTTAAATTAAAAACTCACTAA 13 187 1 ATTCAGTAGAGATTATAGTAAAAA 14 0 0 AGCGAGTTAAACTCTAAATTTGAGCGAT 16 4 1 TAAAGAAATTCAATCTATGCAAAATAAAGCAAAA 16 169 0 AATTTCTTTAAATTAAAGGATAACT 16 193 1 TTATAACAATAATTTTTTGCTAAAAACGCTTATA 18 48 1 TAAGTTTTATAATTTTGTAGTAAATTTTTTTC 19 70 1 TGATCCACTCAATTCTATCTAAAAATA 20 3 0 ATAAAGATGAAATTATAAATTAAATTTTCTTAAG 21 125 1 TTGATCTTTGAATTTTAATTAAAAAGACTTGCGG 22 183 1 TGATGAAAAGAGTTGTATCAAAAAAGAGGAATAC 22 275 1 ACTACCTTGAAAATTAAAACTAAATTTTAGTGTA 23 37 1 AATTAGGCTTAATCTTATCTAAAATTTGCTAAGA 23 72 0 TAAATCCCTAAAATTTAGAAAAAATTAGGCTTAA 23 94 0 ATAAAGCAAGCATTATAGACAAACCCTTAAAAGA 25 96 0 TATCATGGAGCATTCTAAATTAAAGGCGATCAC 26 21 1 **** ** **** MAP Score: 15.0005 Motif 6 AGTTTATCAAAAAAGGGTTGGA 5 19 1 AAAATTAAAATCCGGTGGTTTGAAAACCGC 6 97 0 CCACTCATTTTTCGGGGGGGGGGGGGTGCA 6 135 1 CTAAAATGGGTAAGGGGGTAGGGGAGTAAA 7 25 0 ATTTTCTTTCATAAAGGGTTTTT 11 15 1 ATCCTTCAATTTATGGGGTTATTTTAGGGA 12 72 0 TCTTAATAGGATAGGGGGTATTTTGAAAAA 13 12 0 AATTTAAAATCTAGGGGGTTATGATTTATT 13 178 0 AATGAATTCATTAGGGGGTATTATATCATT 13 264 0 TTAAAAAGCGTTATGGGGGGTGGTGTTACA 16 43 1 TCACAAATAAATAGGGGGTTTTGTAACACC 16 64 0 AAAAGCGATCTTAAGGGGTTGATACTTATC 17 80 0 TAAGCATGATTTAAGGGTTTTAAGCGATCA 19 26 1 GATGGTGGGCTTAGGAGGAGTTGAACCTCC 21 36 1 CCTCACCCTTATCAGGGGTGCGCTCTAACC 21 68 1 TTTTCATTTCAAAAGGGGTTTT 21 207 1 TTGGCTTACTTTAGGGGGCTTAAGTTTTTA 22 53 0 TGTAGTGCGTTAAGGCGGTGGTG 23 3 0 TATAGCGTGAATAAGTGGTGAATGAAAAAG 25 18 1 AGCCTTAAAATTAAGGTGTTTCTTTTAAGG 25 76 1 AGGTGTTTCTTTTAAGGGTTTGTCTATAAT 25 89 1 ********** MAP Score: 0.74456