AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons011_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944252256 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 jhp0027 111 putative #1 jhp0169 235 putative #2 jhp0246 76 putative #3 clpB 72 HEAT SHOCK PROTEIN #4 jhp0267 56 putative #5 cheY 293 response regulator #6 aroD 112 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE #7 cheV_2 70 putative chemotaxis protein #8 aspS 34 ASPARTYL-TRNA SYNTHETASE #9 jhp0665 35 putative #10 jhp0667 115 putative #11 hisS 61 HISTIDYL-TRNA SYNTHETASE #12 mutT 160 putative DGTP PYROPHOSPHOHYDROLASE Motif 1 ATTAAAATATAGCTATAATACACTAAAACA 1 34 0 AAAATTCTTAAATTAAAATATAGCTATAAT 1 45 0 AAAAAAATCAATCTAAAATTCTTAAATTAA 1 59 0 GTTTGAAACAAGCTATAATA 2 0 0 AAATCCATCAAATTATAATACAAAACTTTT 2 44 0 AACCTTTGAGGGTTAAAATAGTGTAAAATA 3 20 1 AGTGTAAAATAGTAAAAATTTTAAAACCCA 3 39 1 ATCATAATAGTTCAAAAATAATAAGACACC 5 80 0 CGTTCTCATTTGTAAAAATTCAGTTTGTTT 5 113 0 AGCATGTTTTGATTAAAATTACCTTGACCG 5 178 0 CTAAACGCCTTATAATAATAAATCATTCCA 5 214 0 AAAGATTAAATGTTATAATACTACCCTAAT 7 29 0 TTTAAATTAAAACAAAAATTAAAT 8 4 0 GAATGAACTAAAATTGTGTTAAAAT 10 5 1 ACTAAAATTGTGTTAAAATTTCAAAAACGC 10 16 1 AAAGATTTTAAGCTAAAATTTTAGCATACA 11 25 1 CAAATAACGCTACTAAAATTAAGGGAGT 12 8 0 ATTTGGGCGCTATTAAAATTAGTCTCAAAC 12 33 1 CGCCATTAAAATCAAAAATTAAGAAAAAAG 12 64 0 AACAAGAAAGAGCTAAAATAAAGACCT 12 143 1 ********** MAP Score: 20.303 Motif 2 TTAAATGAAGTTTTGATATTATACCAAATAAACCCT 0 74 0 GGCTAGATTTTGAAACCTTGAGATTGTTTTAGT 1 7 1 AAAAAAATCAATCTAAAATTCTTAAATTAAAATATA 1 53 0 AGGGTAGTTTTTTTGAAGTTGTGTTATTATTTTCGA 1 90 1 ACACCCATCATTCTTAAATCATGCCAATTCACGCTC 1 140 0 TGGGTGTTTGTTTTAAAACGCTACGACTATCCTTAT 1 169 1 TTGTATTATAATTTGATGGATTTCTATGGATTGAG 2 51 1 GCGTTTTAAAAACCTTTGAGGGTTAAAAT 3 3 1 AATTTTTACTATTTTACACTATTTTAACCCTCAAAG 3 23 0 AATAGTAAAAATTTTAAAACCCAAAAAGGATTGATA 3 46 1 TGTCTTTCTTTTTTCAAACCATCCAATGACCCTTTA 5 26 1 GTCTTATTATTTTTGAACTATTATGATAGCAAACAA 5 83 1 AATTAGGCTCTTTTTAAACAGCCAAAGCGTCCTAAA 5 239 0 CCCTAATTTAGTTTAAAAGGTTTTTA 7 0 0 TTTTGTTTTAATTTAAAGGGATAAAAC 8 17 1 TTTGATGCGTTTTTGAAATTTTAACACAATTTTAGT 10 16 0 AACAAGCGGCATTTTAAATATTTCAATAAGGAAAGG 10 87 1 CAATAGCCCTTTTTTAAAGATTTTAAGCTAAAATTT 11 10 1 TTGAGACTAATTTTAATAGCGCCCAAATAACGCTAC 12 25 0 TCAAACCCTTTTTTCTTAATTTTTGATTTTAATGGC 12 57 1 **** *** * * * MAP Score: 17.2939 Motif 3 GAATTTTAGATTGATTTTTTTAAGGGTAGTTTT 1 68 1 TTTTTAAGGGTAGTTTTTTTGAAGTTGTGTTAT 1 84 1 AGGATAGTCGTAGCGTTTTAAAACAAACACCCA 1 169 0 TATTATAGCTTGTTTCAAACGCCAGCCA 2 5 1 TTAACCCTCAAAGGTTTTTAAAACGC 3 3 0 TCAATCCTTTTTGGGTTTTAAAATTTTTACTAT 3 47 0 AAAGAAAGACAAGGATTTTACAAGCAA 5 4 0 AATCCTTGTCTTTCTTTTTTCAAACCATCCAAT 5 20 1 AGGGGTGTCTTATTATTTTTGAACTATTATGAT 5 77 1 TTCCAAATAATAGCATGTTTTGATTAAAATTAC 5 186 0 TTAGGACGCTTTGGCTGTTTAAAAAGAGCCTAA 5 240 1 ATTTAATTTTTGTTTTAATTTAAAGGGA 8 5 1 AATGAACTAAAATTGTGTTAAAATTTCAAAAAC 10 11 1 AGCCTTTTTGATGCGTTTTTGAAATTTTAACAC 10 25 0 CTTGTTGGATTAGTCCGTTTCAAGCCTAGCCAA 10 60 0 TTCCTTGTATTTGTATGCTAAAATTTTAGCTTA 11 33 0 *** ***** ** MAP Score: 16.7792 Motif 4 TTAGGGTTTATTTGGTATAATATCAAAACTTCA 0 72 1 GTATTATAGCTATATTTTAATTTAAGAATTTTA 1 43 1 ATTTAAGAATTTTAGATTGATTTTTTTAAGGGT 1 62 1 TTTTTGAAGTTGTGTTATTATTTTCGAATTTCA 1 99 1 AAAAAAGTTTTGTATTATAATTTGATGGATTTC 2 42 1 CCTTTTTGGGTTTTAAAATTTTTACTATTTTAC 3 42 0 AAGTTAGGGGTGTCTTATTATTTTTGAACTATT 5 72 1 AGCGTTCTCATTTGTAAAAATTCAGTTTGTTTG 5 112 0 CATGCTATTATTTGGAATGATTTATTATTATAA 5 202 1 ATTAGGGTAGTATTATAACATTTAATCTTTGAT 7 29 1 ATTTAATTTTTGTTTTAATTTAAAGGGATAA 8 8 1 GAACTAAAATTGTGTTAAAATTTCAAAAACGCA 10 14 1 CGCCTTTCCTTATTGAAATATTTAAAATGCCGC 10 92 0 CAATAGCCCTTTTTTAAAGATTTTAAGCTAAAA 11 10 1 CTTGTATTTGTATGCTAAAATTTTAGCTTAAAA 11 30 0 CAAACCCTTTTTTCTTAATTTTTGATTTTAATG 12 58 1 *** *** **** MAP Score: 13.4763 Motif 5 AAATCTTTAAAAAAGGGCTATTG 11 3 0 TGTTTTAATTTAAAGGGATAAAAC 8 20 1 GGCTCAAAGATAAAGCGCTACAATCTCGCT 0 30 0 AAAACGCATCAAAAAGGCTTTTTGGCTAGG 10 39 1 TTTAATCTTTGATAGGGCTTAGGGGAAATA 7 49 1 GTGTTTGTTTTAAAACGCTACGACTATCCT 1 172 1 AATCAAACAAGAAAGAGCTAAAATAAAGAC 12 138 1 TTTAAAACCCAAAAAGGATTGATA 3 58 1 CTCTATCTCATATAAGGATAGTCGTAGCGT 1 186 0 GATTTATTATTATAAGGCGTTTAGGACGCT 5 220 1 AATGCAATCTTAAAAGGAGAAGTGCT 5 277 1 AAATTAAGAAAAAAGGGTTTGAGACTAATT 12 49 0 TAATTTAGTTTAAAAGGTTTTTA 7 3 0 ATTTCAAGCCTAAAGAGCGTGAATTGGCAT 1 126 1 ATAGCGCCCAAATAACGCTACTAAAATTAA 12 16 0 CCTTATATGAGATAGAGATAATGAGAGAAA 1 199 1 CAGCCATTATAAAAAAGTTTTGTATTATAA 2 32 1 ********** MAP Score: 9.96627 Motif 6 CCAAAAAGCCTTTTTGATGCGTTTTTGAAATTTTAACAC 10 25 0 AATTTAAGAATTTTAGATTGATTTTTTTAAGGGTAGTTT 1 61 1 TTTTTTGAAGTTGTGTTATTATTTTCGAATTTCAAGCCT 1 98 1 TGTAAAATCCTTGTCTTTCTTTTTTCAAACCATCCAATG 5 15 1 TTTTAGTGTATTATAGCTATATTTTAATTTAAGAATTTT 1 36 1 TGAAACCGCATTATAGCATAAGTTTTTATCTTACCCCTT 6 55 0 TCTCAAACCCTTTTTTCTTAATTTTTGATTTTAATGGCG 12 55 1 GGCGTAATCATTTTTTAGGAAGTTTGGAA 4 37 1 TCAAAAAGGCTTTTTGGCTAGGCTTGAAACGGACTAATC 10 47 1 CATATAAGGATAGTCGTAGCGTTTTAAAACAAACACCCA 1 169 0 GAAAAAAGGGTTTGAGACTAATTTTAATAGCGCCCAAAT 12 33 0 AGGTCTTTATTTTAGCTCTTTCTTGTTTGATTAAGATG 12 132 0 ACGCCAGCCATTATAAAAAAGTTTTGTATTATAATTTGA 2 28 1 TATCAATCCTTTTTGGGTTTTAAAATTTTTACTAT 3 47 0 CGCCTTTCCTTATTGAAATATTTAAAATGCCGCTTGTT 10 87 0 GTTTTTGAAATTTTAACACAATTTTAGTTCATTC 10 5 0 TGTCTTATTATTTTTGAACTATTATGATAGCAAACAAAC 5 82 1 TGCTAAAATTTTAGCTTAAAATCTTTAAAAAAGGGCTAT 11 12 0 TATTATAGCTTGTTTCAAACGCCAGCCAT 2 0 1 CTTTCTCTCATTATCTCTATCTCATATAAGGATAGTCGT 1 191 0 ** * * **** ** MAP Score: 9.20839 Motif 7 AGGCTCAAAGATAAAGCGCTACAATCTCGCT 0 30 0 TATTATACCAAATAAACCCTAATGACCCGCT 0 63 0 AAATCATGCCAATTCACGCTCTTTAGGCTTG 1 130 0 GGTGTTTGTTTTAAAACGCTACGACTATCCT 1 171 1 TATAGCTTGTTTCAAACGCCAGCCATTATAA 2 13 1 TTTTACACTATTTTAACCCTCAAAGGTTTTT 3 17 0 AGTAAAAATTTTAAAACCCAAAAAGGATTGA 3 49 1 CAATGACCCTTTATCACGCTCAAAAGTTAGG 5 49 1 TTTTTACAAATGAGAACGCTCATTGAACGCT 5 125 1 GAGAACGCTCATTGAACGCTCCATTTAGTCA 5 136 1 TTAAATCCCCTAAGAACGCACCGCAAGAAAC 6 26 0 AATAGCGCCCAAATAACGCTACTAAAATTAA 12 16 0 AGACTAATTTTAATAGCGCCCAAATAACGCT 12 27 0 TAAGTAGGGTTAAGAACGCCATTAAAATCAA 12 79 0 *** ******* MAP Score: 8.05375 Motif 8 TATCGTGTCCTTTTGCTTTAAGCGAGATTGT 0 10 1 TAAATTAAAATATAGCTATAATACACTAAAA 1 36 0 TATAGCTATATTTTAATTTAAGAATTTTAGA 1 47 1 ATTTTAGATTGATTTTTTTAAGGGTAGTTTT 1 70 1 GTTATTATTTTCGAATTTCAAGCCTAAAGAG 1 112 1 AATGATGGGTGTTTGTTTTAAAACGCTACGA 1 164 1 TATTATAGCTTGTTTCAAACGCCAGCCA 2 7 1 TAAAAAAGTTTTGTATTATAATTTGATGGAT 2 41 1 AAAAACCTTTGAGGGTTAAAATAGTGTAAAA 3 17 1 TCAATCCTTTTTGGGTTTTAAAATTTTTACT 3 49 0 TATCCAAGATTAAGGCTTAAACG 4 2 0 TGGAATGATTTATTATTATAAGGCGTTTAGG 5 214 1 TTTAAATTAGGCTCTTTTTAAACAGCCAAAG 5 248 0 CCTTTTAAGATTGCATTTAAATTAGGCTCTT 5 263 0 AGCACTTCTCCTTTTAAGATTGCATTT 5 276 0 AGATAAAAACTTATGCTATAATGCGGTTTCA 6 63 1 ACTACCCTAATTTAGTTTAAAAGGTTTTTA 7 9 0 ATTTAATTTTTGTTTTAATTTAAAGGGA 8 7 1 GTTTTATCCCTTTAAATTAAAACAA 8 19 0 TGAACTAAAATTGTGTTAAAATTTCAAAAAC 10 13 1 ATGCTAAAATTTTAGCTTAAAATCTTTAAAA 11 21 0 TTTCTTAATTTTTGATTTTAATGGCGTTCTT 12 68 1 TATAGTGTATGCTGGCTTTAAGTAGGGTTAA 12 97 0 *** ******* MAP Score: 2.1742 Motif 9 AAAGCGCTACAATCTCGCTTAAAGCAAAAGGAC 0 16 0 TAATGACCCGCTGAAGGCTCAAAGATAAAGCGC 0 42 0 AAGAACCAACCTTAAATGAAGTTTTG 0 95 0 AAAATCAATCTAAAATTCTTAAATTAAAATATA 1 53 0 ACTTCAAAAAAACTACCCTTAAAAAAATCAATC 1 76 0 CGAAAATAATAACACAACTTCAAAAAAACTACC 1 92 0 AACAAACACCCATCATTCTTAAATCATGCCAAT 1 148 0 AAATCCATCAAATTATAATACAAAACTTTTTTA 2 41 0 TTTACACTATTTTAACCCTCAAAGGTTTTTAAA 3 14 0 TGTAAAATAGTAAAAATTTTAAAACCCAAAAAG 3 41 1 TATATCCAAGATTAAGGCTTAAACG 4 2 0 TTCCAAACTTCCTAAAAAATGATTACG 4 39 0 AATGACCCTTTATCACGCTCAAAAGTTAGGGGT 5 50 1 CAAAGCGTCCTAAACGCCTTATAATAATAAATC 5 220 0 CCTAATTTAAATGCAATCTTAAAAGGAGAAGTG 5 268 1 AAGTTTTTATCTTACCCCTTAAATCCCCTAAGA 6 42 0 TAAAAACCTTTTAAACTAAATTAGG 7 2 1 TATTTCCCCTAAGCCCTATCAAAGATTAAATGT 7 46 0 TTTAAATTAAAACAAAAATTAAAT 8 1 0 GTTTTATCCCTTTAAATTAAAACAAAA 8 17 0 TAAAATTGTGTTAAAATTTCAAAAACGCATCAA 10 18 1 AATTTTAGCTTAAAATCTTTAAAAAAGGGCTAT 11 12 0 GCGCTATTAAAATTAGTCTCAAACCCTTTTTTC 12 39 1 TGGCGTTCTTAACCCTACTTAAAGCCAGCATAC 12 89 1 ATACACTATAATACCATCTTAATCAAACAAGAA 12 118 1 ** ** ****** MAP Score: 2.01092 Motif 10 GTCCTTTTGCTTTAAGCGAGATTGTAGCGCTTTATC 0 16 1 TTAAATGAAGTTTTGATATTATACCAAATAAACCCT 0 74 0 CAAAACTTCATTTAAGGTTGGTTCTT 0 95 1 GGCTAGATTTTGAAACCTTGAGATTGTTTTAG 1 6 1 CTTGAGATTGTTTTAGTGTATTATAGCTATATTTTA 1 26 1 TATATTTTAATTTAAGAATTTTAGATTGATTTTTTT 1 53 1 GATTGATTTTTTTAAGGGTAGTTTTTTTGAAGTTGT 1 76 1 TGGGTGTTTGTTTTAAAACGCTACGACTATCCTTAT 1 169 1 TATTATAGCTTGTTTCAAACGCCAGCCA 2 2 1 ACGCCAGCCATTATAAAAAAGTTTTGTATTATAATT 2 28 1 GCGTTTTAAAAACCTTTGAGGGTTAAAAT 3 3 1 CCTTTTTGGGTTTTAAAATTTTTACTATTTTACACT 3 39 0 GCGTAATCATTTTTTAGGAAGTTTGGAA 4 38 1 TGTCTTATTATTTTTGAACTATTATGATAGCAAACA 5 82 1 TGATTTATTATTATAAGGCGTTTAGGACGCTTTGGC 5 219 1 TGCGGTGCGTTCTTAGGGGATTTAAGGGGTAAGATA 6 32 1 TAAAAACCTTTTAAACTAAATTAGGGTAGTATTAT 7 9 1 GTTTTTGAAATTTTAACACAATTTTAGTTCATTC 10 8 0 CAAAAAGCCTTTTTGATGCGTTTTTGAAATTTTAAC 10 27 0 CGCCTTTCCTTATTGAAATATTTAAAATGCCGCTT 10 90 0 CAATAGCCCTTTTTTAAAGATTTTAAGCTAAAATTT 11 10 1 ACTCCCTTAATTTTAGTAGCGTTATTTGGGCGCTAT 12 10 1 CTCAAACCCTTTTTTCTTAATTTTTGATTTTAATGG 12 56 1 TAATTTTTGATTTTAATGGCGTTCTTAACCCTACTT 12 73 1 ****** * ** * MAP Score: 1.10481