AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons011_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944252281 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 jhp0027 111 putative #1 jhp0169 235 putative #2 jhp0246 76 putative #3 clpB 72 HEAT SHOCK PROTEIN #4 jhp0267 56 putative #5 cheY 293 response regulator #6 rpsO 135 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15 #7 jhp0385 55 putative #8 aroD 112 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE #9 cheV_2 70 putative chemotaxis protein #10 aspS 34 ASPARTYL-TRNA SYNTHETASE #11 jhp0665 35 putative #12 jhp0667 115 putative #13 jhp0669 56 putative #14 jhp0670 102 putative #15 jhp0673 146 putative aminotransferase #16 hisS 61 HISTIDYL-TRNA SYNTHETASE #17 jhp1148 95 PERIPLASMIC CYTOCHROME C-553 #18 mutT 160 putative DGTP PYROPHOSPHOHYDROLASE Motif 1 CAAAACTTCATTTAAGGTTGGTTCTT 0 95 1 CTTGAGATTGTTTTAGTGTATTATAGCTATATTTT 1 26 1 AATTTAAGAATTTTAGATTGATTTTTTTAAGGGTA 1 61 1 GATTGATTTTTTTAAGGGTAGTTTTTTTGAAGTTG 1 76 1 CTTTTTGGGTTTTAAAATTTTTACTATTTTACACT 3 39 0 CGTTTAAGCCTTAATCTTGGATATAAT 4 2 1 CACTTCTCCTTTTAAGATTGCATTTAAATTAGGCT 5 266 0 GCGCCATACTTTTAAACTTTATATTATAATAAGAG 6 50 0 TTTCTATCGCTTTTAGGGGATTTTAAATCATGGCG 7 10 1 CCTAATTTAGTTTAAAAGGTTTTTA 9 0 0 ATTTAATTTTTGTTTTAATTTAAAGG 10 1 1 GTTTTTGAAATTTTAACACAATTTTAGTTCATTC 12 9 0 CCAAAAAGCCTTTTTGATGCGTTTTTGAAATTTTA 12 29 0 ATTTAAAATTTTTAAACTTTCTTTTTCGCTTTCAT 13 25 0 AGCGTGGGGGTTTGCGTTTTTTTTTTTTTTTTTTG 14 52 1 GTCGAATTTTTCTGACGCATTTTAACAAAAAAA 14 79 0 AATCATGGCATTTTAGCATTTTATTTGCATTAAAA 15 32 1 TAAGGCTTAATTTTAAGCGCGTTTTAGTATGATAA 15 85 1 CTCTCAAAAATTAAAGGTTAATTTTA 15 130 1 TTTTTAAAGATTTTAAGCTAAAATTTTAGCATACA 16 20 1 ATTTCTCCCATTTTCATTTCATTTTTTAAGCAAAG 17 14 1 AATTGTATCATTTTAGGATCATTTTGATAAGTAAG 17 60 1 ACTCCCTTAATTTTAGTAGCGTTATTTGGGCGCTA 18 10 1 GAAAAAAGGGTTTGAGACTAATTTTAATAGCGCCC 18 37 0 TCTCAAACCCTTTTTTCTTAATTTTTGATTTTAAT 18 55 1 TAATTTTTGATTTTAATGGCGTTCTTAACCCTACT 18 73 1 *** ** * **** MAP Score: 29.2584 Motif 2 GATTGTAGCGCTTTATCTTTGAGCCTTCAGCGG 0 35 1 AATATCAAAACTTCATTTAAGGTTGGTTCTT 0 90 1 ATAGCTATATTTTAATTTAAGAATTTTAGATTG 1 48 1 GAAGTTGTGTTATTATTTTCGAATTTCAAGCCT 1 104 1 CGTGAATTGGCATGATTTAAGAATGATGGGTGT 1 143 1 CGTTTAAGCCTTAATCTTGGATATAATGGCGT 4 9 1 ATGGCGTAATCATTTTTTAGGAAGTTTGGAA 4 35 1 AGGGGTGTCTTATTATTTTTGAACTATTATGAT 5 77 1 AGCACTTCTCCTTTTAAGATTGCATTTAAA 5 273 0 ACATTAAGGCATTGATTTTAGATT 6 1 0 AAATCAATGCCTTAATGTTGGTAGGTGTGTTTG 6 16 1 CGCAAAAAAGCTTATTTTACGCTATAATGCGAT 6 82 1 TATTATAACATTTAATCTTTGATAGGGCTTAGG 9 39 1 ATTTAATTTTTGTTTTAATTTAAA 10 1 1 GAAATTTTAACACAATTTTAGTTCATTC 12 5 0 ATTTTTAAACTTTCTTTTTCGCTTTCATTAACA 13 20 0 CGTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTAAAATGCGTC 14 66 1 AAAATTAACCTTTAATTTTTGAGAGAATTTAAA 15 122 0 ATTTTCATTTCATTTTTTAAGCAAAGCTTAAAC 17 23 1 CTTGTAATTGTATCATTTTAGGATCATTTTGAT 17 55 1 ACTCCCTTAATTTTAGTAGCGTTATTTG 18 5 1 ACCCTTTTTTCTTAATTTTTGATTTTAATGGCG 18 61 1 ATTTTAGCTCTTTCTTGTTTGATTAAGATGGTA 18 129 0 AGGTCTTTATTTTAGCTCTTTCTTGTT 18 143 0 *** ***** * * MAP Score: 26.6527 Motif 3 TGTATTTGTATGCTAAAATTTTAGCTTAAA 16 31 0 GCAAATAAAATGCTAAAATGCCATGATTTA 15 30 0 ACTAAAATTGTGTTAAAATTTCAAAAACGC 12 16 1 TTTTTTTTTTTGTTAAAATGCGTCAGAAAA 14 75 1 AACAAGAAAGAGCTAAAATAAAGACCT 18 143 1 TAAAAACTTATGCTATAATGCGGTTTCATT 8 66 1 CAAATAACGCTACTAAAATTAAGGGAGT 18 8 0 GTTTGAAACAAGCTATAATA 2 0 0 ATTAAAATATAGCTATAATACACTAAAACA 1 34 0 GAATGAACTAAAATTGTGTTAAAAT 12 5 1 AAAGATTAAATGTTATAATACTACCCTAAT 9 29 0 ATTTGGGCGCTATTAAAATTAGTCTCAAAC 18 33 1 ATCAAAATGATCCTAAAATGATACAATTAC 17 58 0 AAAAAAATCAATCTAAAATTCTTAAATTAA 1 59 0 AACCTTTGAGGGTTAAAATAGTGTAAAATA 3 20 1 CGTTCTCATTTGTAAAAATTCAGTTTGTTT 5 113 0 CCTTTTTGGGTTTTAAAATTTTTACTATTT 3 45 0 AAAAGTTTTGTATTATAATTTGATGGATTT 2 44 1 AAAATTCTTAAATTAAAATATAGCTATAAT 1 45 0 CTCTTTATTTAAAATTTTTAAACTTT 13 40 0 GTTTGTCTCTTATTATAATATAAAGTTTAA 6 44 1 AGCATGTTTTGATTAAAATTACCTTGACCG 5 178 0 TTATTGAAATATTTAAAATGCCGCTTGTTG 12 86 0 TACAAAACTTTTTTATAATGGCTGGCGTTT 2 26 0 ********** MAP Score: 21.4809 Motif 4 ACAAGCGGCATTTTAAATATTTCAATAAGGAAAGG 12 88 1 CTCTTTATTTAAAATTTTTAAACTTTCTTTTT 13 34 0 TTGATGCGTTTTTGAAATTTTAACACAATTTTAGT 12 16 0 GTATGATAACTTTTAAATTCTCTCAAAAATTAAAG 15 111 1 GTCTTTCTTTTTTCAAACCATCCAATGACCCTTTA 5 27 1 ATCGCCATGATTTAAAATCCCCTAAAAGCGATAGA 7 12 0 AAAAAATCAATCTAAAATTCTTAAATTAAAATATA 1 53 0 CACCCATCATTCTTAAATCATGCCAATTCACGCTC 1 140 0 ATTAGGCTCTTTTTAAACAGCCAAAGCGTCCTAAA 5 239 0 TAATAAATCATTCCAAATAATAGCATGTTTTGATT 5 194 0 CTTAAATTCTTTCTAAATCATGGCATTTTAGCATT 15 17 1 GGGTGTTTGTTTTAAAACGCTACGACTATCCTTAT 1 170 1 GGCTAGATTTTGAAACCTTGAGATTGTTTTAGT 1 8 1 AAAATTTTAGCTTAAAATCTTTAAAAAAGGGCTAT 16 12 0 ACCTTTGAGGGTTAAAATAGTGTAAAATAGTAAAA 3 21 1 CTTTTTGGGTTTTAAAATTTTTACTATTTTACACT 3 39 0 TGCGCCATACTTTTAAACTTTATATTATAATAAGA 6 51 0 TTCCAAACTTCCTAAAAAATGATTA 4 41 0 TCAAAATGATCCTAAAATGATACAATTACAAGTTT 17 52 0 TTATCTTACCCCTTAAATCCCCTAAGAACGCACCG 8 34 0 TAAATGAAGTTTTGATATTATACCAAATAAACCCT 0 74 0 *** **** * ** MAP Score: 21.1428 Motif 5 AGCGTAAAATAAGCTTTTTTGCGCCATACTT 6 74 0 CCTAGCCAAAAAGCCTTTTTGATGCGTTTTT 12 38 0 GCGTGGGGGTTTGCGTTTTTTTTTTTTTTTT 14 53 1 AGCCTTTTTGATGCGTTTTTGAAATTTTAAC 12 27 0 TATCAATCCTTTTTGGGTTTTAAAA 3 57 0 CCCATTTTCATTTCATTTTTTAAGCAAAGCT 17 20 1 CTTGTAATTGTATCATTTTAGGATCATTTTG 17 55 1 ATAATGGCGTAATCATTTTTTAGGAAGTTTG 4 32 1 CATGGCATTTTAGCATTTTATTTGCATTAAA 15 35 1 CAATAGCCCTTTTTTAAAGATTTT 16 3 1 TTCCAAATAATAGCATGTTTTGATTAAAATT 5 188 0 TTTTTAAGGGTAGTTTTTTTGAAGTTGTGTT 1 84 1 TTAATTTTAGTAGCGTTATTTGGGCGCTATT 18 16 1 GCTTAAAATTAAGCCTTATTGTTTAAGAAAA 15 72 0 ATTTTAGCTCTTTCTTGTTTGATTAAGATGG 18 131 0 CGCCTTTCCTTATTGAAATATTTAA 12 100 0 AGGGGTGTCTTATTATTTTTGAACTATTATG 5 77 1 AATCCTTGTCTTTCTTTTTTCAAACCATCCA 5 20 1 AAAATTAACCTTTAATTTTTGAGAGAATTTA 15 124 0 ATTTAATTTTTGTTTTAATTTA 10 1 1 GAATTTTAGATTGATTTTTTTAAGGGTAGTT 1 68 1 CGTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTAAAATGCG 14 66 1 TATTATAGCTTGTTTCAAACGCCAGC 2 5 1 TGTTTAAGAAAATCGCTTTTTAATGCAAATA 15 53 0 AGCGAGATTGTAGCGCTTTATCTTTGAGCCT 0 30 1 ATTTTAATTTAAGAATTTTAGATTGATTTTT 1 56 1 ACGCTACGACTATCCTTATATGAGATAGAGA 1 186 1 GCTTAATTTTAAGCGCGTTTTAGTATGATAA 15 89 1 **** ****** MAP Score: 19.8693 Motif 6 ATCGTGTCCTTTTGCTTTAAGCGAGATTGTAGCGC 0 11 1 TTTCGAATTTCAAGCCTAAAGAGCGTGAATTGGCA 1 120 1 TGATGGGTGTTTGTTTTAAAACGCTACGACTATCC 1 166 1 AATACAAAACTTTTTTATAATGGCTGGCGTTTGAA 2 23 0 AGCCTTAATCTTGGATATAATGGCGTAATCATTTT 4 16 1 TGGAATGATTTATTATTATAAGGCGTTTAGGACGC 5 214 1 AATTTAAATGCAATCTTAAAAGGAGAAGTGCT 5 271 1 AAAGCTTATTTTACGCTATAATGCGATCTTTATTA 6 88 1 AGATAAAAACTTATGCTATAATGCGGTTTCATTCC 8 63 1 AATTTTTGTTTTAATTTAAAGGGATAAAAC 10 14 1 ACGCTCCAGCCACGCTATAACCGCGCTTTCAGCCT 14 22 0 TTTTTTTTTTTTTTGTTAAAATGCGTCAGAAAAAT 14 72 1 AGCATTTTATTTGCATTAAAAAGCGATTTTCTTAA 15 46 1 ACAATAAGGCTTAATTTTAAGCGCGTTTTAGTATG 15 81 1 ACTCCCTTAATTTTAGTAGCGTTATTTGGGC 18 6 1 GGGTTTGAGACTAATTTTAATAGCGCCCAAATAAC 18 30 0 TTCTTAATTTTTGATTTTAATGGCGTTCTTAACCC 18 69 1 ** ***** *** MAP Score: 18.1827 Motif 7 CGTTTAAGCCTTAATCTTGGATATA 4 4 1 CAATAGCCCTTTTTTAAAGATTTT 16 3 1 CGCTTAAAATTAAGCCTTATTGTTTAAGAAA 15 73 0 GTTTTATCCCTTTAAATTAAAACAA 10 19 0 GTTTTTATCTTACCCCTTAAATCCCCTAAGA 8 42 0 GCCTAGCCAAAAAGCCTTTTTGATGCGTTTT 12 39 0 ATCTAAAATCAATGCCTTAATGTTGGTAGGT 6 11 1 AATTAGTCTCAAACCCTTTTTTCTTAATTTT 18 49 1 AGCGAGATTGTAGCGCTTTATCTTTGAGCCT 0 30 1 AAAAAATGATTACGCCATTATATCCAAGATT 4 22 0 TAAAATTAACCTTTAATTTTTGAGAGA 15 129 0 TAGCGTAAAATAAGCTTTTTTGCGCCATACT 6 75 0 AAGCGTCCTAAACGCCTTATAATAATAAATC 5 220 0 TGTTTAAGAAAATCGCTTTTTAATGCAAATA 15 53 0 TTTCTATCGCTTTTAGGGGATTTTA 7 4 1 AACCATCCAATGACCCTTTATCACGCTCAAA 5 42 1 TAAAAACCTTTTAAACTAAATTAG 9 3 1 TAGGGTTAAGAACGCCATTAAAATCAAAAAT 18 75 0 AAGCTTATTTTACGCTATAATGCGATCTTTA 6 89 1 GATAAAAACTTATGCTATAATGCGGTTTCAT 8 64 1 AGCGGGTCATTAGGGTTTATTTGGTATAATA 0 63 1 AGGATAGTCGTAGCGTTTTAAAACAAACACC 1 171 0 TTTAACCCTCAAAGGTTTTTAAAACGC 3 6 0 ** ******** MAP Score: 17.9358 Motif 8 GTCCTTTTGCTTTAAGCGAGATTGTAGCGCTTT 0 16 1 TCAGCGGGTCATTAGGGTTTATTTGGTATAATA 0 61 1 CAAAACTTCATTTAAGGTTGGTTCTT 0 95 1 TTTTAGTGTATTATAGCTATATTTTAATTTAAG 1 36 1 GATTGATTTTTTTAAGGGTAGTTTTTTTGAAGT 1 76 1 AAAGAGCGTGAATTGGCATGATTTAAGAATGAT 1 137 1 TATTATAGCTTGTTTCAAACGCCAG 2 2 1 CGTTTAAGCCTTAATCTTGGATATA 4 2 1 AATCTTGGATATAATGGCGTAATCATTTTTTAG 4 22 1 CGTAATCATTTTTTAGGAAGTTTGGAA 4 39 1 TCATTCCAAATAATAGCATGTTTTGATTAAAAT 5 189 0 TTGCATTTAAATTAGGCTCTTTTTAAACAGCCA 5 251 0 CCTACCAACATTAAGGCATTGATTTTAGATT 6 8 0 TATAGCGTAAAATAAGCTTTTTTGCGCCATACT 6 75 0 ATTTTACGCTATAATGCGATCTTTATTAAATTA 6 95 1 TTCTATCGCTTTTAGGGGATTTTAAATCATGGC 7 11 1 AAGCCTAGCCAAAAAGCCTTTTTGATGCGTTTT 12 39 0 GTCATAAGGCTGAAAGCGCGGTTATAGCGTGGC 14 16 1 ATAAAATGCTAAAATGCCATGATTTAGAAAGAA 15 23 0 TATTTGCATTAAAAAGCGATTTTCTTAAACAAT 15 53 1 CGCGCTTAAAATTAAGCCTTATTGTTTAAGAAA 15 73 0 AAGGCTTAATTTTAAGCGCGTTTTAGTATGATA 15 86 1 TTTTAAAGATTTTAAGCTAAAATTTTAGCATAC 16 21 1 CATTTCATTTTTTAAGCAAAGCTTAAACTTGTA 17 28 1 TTTTTGATTTTAATGGCGTTCTTAACCCTACTT 18 76 1 TTAACCCTACTTAAAGCCAGCATACACTATAAT 18 97 1 TTCTTGTTTGATTAAGATGGTATTATAGTGTAT 18 118 0 ******* * ** MAP Score: 7.0554 Motif 9 AGCGCTACAATCTCGCTTAAAGCAAAAGGA 0 17 0 TTATACCAAATAAACCCTAATGACCCGCTG 0 62 0 TTTTCGAATTTCAAGCCTAAAGAGCGTGAA 1 119 1 TAAAAATTTTAAAACCCAAAAAGGATTGAT 3 51 1 TGACCCTTTATCACGCTCAAAAGTTAGGGG 5 52 1 AAATAATAAGACACCCCTAACTTTTGAGCG 5 65 0 AAAGCGTCCTAAACGCCTTATAATAATAAA 5 222 0 ATCTAAAATCAATGCCTTAATGTTGGTAGG 6 11 1 CATGATTTAAAATCCCCTAAAAGCGATAGA 7 12 0 TTACCCCTTAAATCCCCTAAGAACGCACCG 8 34 0 ATGTTATAATACTACCCTAATTTAGTTTAA 9 20 0 CTATTTCCCCTAAGCCCTATCAA 9 57 0 GTTTTATCCCTTTAAATTAAAACA 10 20 0 TTAGTCCGTTTCAAGCCTAGCCAAAAAGCC 12 54 0 TCATTGCCTTAAATTCTTTCTA 15 2 1 TCTTAAACAATAAGGCTTAATTTTAAGCGC 15 75 1 TAAAATTAACCTTTAATTTTTGAGA 15 131 0 ATGCTAAAATTTTAGCTTAAAATCTTTAAA 16 22 0 ACTCCCTTAATTTTAGTAGC 18 0 1 ********** MAP Score: 4.01268 Motif 10 TAAAATATAGCTATAATACACTAAAACAATCTCAAGG 1 25 0 AAAAATCAATCTAAAATTCTTAAATTAAAATATAGCT 1 50 0 AATTCGAAAATAATAACACAACTTCAAAAAAACTACC 1 92 0 GGTGTTTGTTTTAAAACGCTACGACTATCCTTATATG 1 171 1 CGCCTTATAATAATAAATCATTCCAAATAATAGCATG 5 202 0 AAGAGCCTAATTTAAATGCAATCTTAAAAGGAGAAGT 5 263 1 AAGTATGGCGCAAAAAAGCTTATTTTACGCTATAATG 6 74 1 TATCTTACCCCTTAAATCCCCTAAGAACGCACCGCAA 8 31 0 AGATTAAATGTTATAATACTACCCTAATTTAGTTTAA 9 20 0 TCCCTTTAAATTAAAACAAAAATTAAAT 10 1 0 GTTAAAATTTCAAAAACGCATCAAAAAGGCTTTTTGG 12 27 1 AAAAAGAAAGTTTAAAAATTTTAAATAAAGAG 13 34 1 TTTTTTTTTGTTAAAATGCGTCAGAAAAATTCGAC 14 77 1 TCATTGCCTTAAATTCTTTCTAAATCATGGCATT 15 7 1 GAAAATCGCTTTTTAATGCAAATAAAATGCTAAAATG 15 40 0 AGTTATCATACTAAAACGCGCTTAAAATTAAGCCTTA 15 85 0 TATGATAACTTTTAAATTCTCTCAAAAATTAAAGGTT 15 112 1 AAAATTTTAGCTTAAAATCTTTAAAAAAGGGCTATTG 16 10 0 TAAGCTTTGCTTAAAAAATGAAATGAAAATGGGAGAA 17 16 0 CAAAATGATCCTAAAATGATACAATTACAAGTTTAAG 17 49 0 TTTGGGCGCTATTAAAATTAGTCTCAAACCCTTTTTT 18 34 1 AAGAACGCCATTAAAATCAAAAATTAAGAAAAAAGGG 18 62 0 CTTAACCCTACTTAAAGCCAGCATACACTATAATACC 18 96 1 ****** * * ** MAP Score: 1.07937