AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons012_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944252301
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp0046	300	putative TYPE II restriction enzyme
#1	jhp0245_jhp0246	76	jhp0245: putative, jhp0246: putative
#2	jhp0628	120	putative
#3	jhp0629	52	putative TYPE II DNA MODIFICATION ENZYME (METHYLTRANSFERASE)
#4	jhp1271	128	TYPE II DNA MODIFICATION ENZYME (METHYLTRANSFERASE)
#5	jhp1284	108	TYPE II DNA MODIFICATION ENZYME (METHYLTRANSFERASE)
#6	res_1	300	putative TYPE III RESTRICTION ENZYME
#7	mod_2	51	TYPE III DNA MODIFICATION ENZYME (METHYLTRANSFERASE)
#8	recG	76	ATP-DEPENDENT DNA HELICASE

Motif 1
TAACCTTTCATTTTTTAAAAATTGATTATCTC	0	51	0
ATGGTCGTCTTTATTTGATAAAATAGCGAACT	0	162	1
CTTTAACAACTTATTTTTCAATCAAAAACACT	0	192	1
AAAACACTTCTTATCCTAAAATTGTTTTTAGA	0	216	1
TAAGCAATATTTTTGTTACAATCCATGCAGTG	0	252	1
 CAATTTAACCTTTTTGAAAATAGTTTCACTG	0	279	0
TAAAAAAGTTTTGTATTATAATTTGATGGATT	1	23	0
TAATACAAAACTTTTTTATAATGGCTGGCGTT	1	37	1
CTCGCTTTTATTATATAACAATTAGTCTTATA	2	84	0
        AATTCTATGATAATAGAAACAATA	3	2	1
  AAAAAACTCTTTATTAAAATATTAGATATA	3	32	0
CTTAAAACGCTTGTGTTAAAATGGCCAGAGTA	4	82	1
AGACACCGCTTTATTTTATAAAACCAAAGATC	5	78	1
    ACTTTGTTTGATTTTAATTCAATTGTTC	6	6	1
TCTCTAAGCTCTTTTTTTAAATTACTGGTGAT	6	211	0
  CTCTATCCTTTTATTTTAAATGATTTAAAT	7	31	0
CCTTAATCGTTTTTATGATAAAATAAACAAAT	8	38	0
          ** * *******
MAP Score: 17.2393

Motif 2
GCAGTGAAACTATTTTCAAAAAGGTTAAATTG	0	278	1
ACATCACCAGTAATTTAAAAAAAGAGCTTAGA	6	209	1
TTTGGTTATATAGTTTTTAAAAGTTGGCACTA	2	46	1
GACACCGCTTTATTTTATAAAACCAAAGATCT	5	79	1
TGAGATAATCAATTTTTAAAAAATGAAAGGTT	0	50	1
AATATTGCTTAAATTTCTAAAAACAATTTTAG	0	231	0
GATAGATAGTTATTTAGAAAAACGCCAATTTA	6	258	1
TGGTCGTCTTTATTTGATAAAATAGCGAACTT	0	163	1
ATATAACCAAAAATTAAAAAAACTTTAATGCG	2	25	0
GCTTGTTTCTTACTTTTTAAACGCTATTGACC	0	88	1
GACTAATTGTTATATAATAAAAGCGAGACAAG	2	89	1
ATATATCTAATATTTTAATAAAGAGTTTTTT 	3	31	1
CGACCATTTTTAATTTGGAAACGGCTCAACAA	0	137	0
          ** *** *****
MAP Score: 14.5562

Motif 3
GAGATAATCAATTTTTAAAAAATGAAAGGTTA	0	51	1
ATAGCGTTTAAAAAGTAAGAAACAAGCAATAA	0	83	0
GTTCGCTATTTTATCAAATAAAGACGACCATT	0	161	0
TTGTTTTTAGAAATTTAAGCAATATTTTTGTT	0	237	1
ATATAACCAAAAATTAAAAAAACTTTAATGCG	2	25	0
AGACTAATTGTTATATAATAAAAGCGAGACAA	2	88	1
ATATATCTAATATTTTAATAAAGAGTTTTTT 	3	31	1
ATCTTTGGTTTTATAAAATAAAGCGGTGTCTT	5	77	0
AATTGAATTAAAATCAAACAAAGT        	6	2	0
AACGCGCCCAATAATAAAGAAATAGAGCTACC	6	172	1
ACATCACCAGTAATTTAAAAAAAGAGCTTAGA	6	209	1
AATTTAAATCATTTAAAATAAAAGGATAGAG 	7	30	1
TTTTTATGATAAAATAAACAAATTATACATTG	8	29	0
          **** *** ***
MAP Score: 11.7299

Motif 4
AAAAGCGATCATGAAAAACGCTCCCTTAAAAA	5	47	1
TAGCCTTTATACCAAAAGCGATCATGAAAAAC	5	34	1
TTTATTTTATCATAAAAACGATTAAGGATTGA	8	43	1
TTATTTTTCAATCAAAAACACTTCTTATCCTA	0	202	1
TGGTTTTATAAAATAAAGCGGTGTCTTTTTAA	5	72	0
ATTGTTATATAATAAAAGCGAGACAAGAATGT	2	94	1
AAATCATTTAAAATAAAAGGATAGAG      	7	35	1
AACACCCCTAAATTAAAAGGGTCAATAGCGTT	0	107	0
CCAGTAATTTAAAAAAAGAGCTTAGAGATTAC	6	215	1
AGAGTAGCAGATATAAAAGGTTAGTCAATC  	4	108	1
CCGTTTCCAAATTAAAAATGGTCGTCTTTATT	0	145	1
ATTAAGATAGCCTTAAAACGCTTGTGTTAAAA	4	71	1
TTTAACCCCACTCAAAAGCATTTC        	6	286	1
TGAAACTATTTTCAAAAAGGTTAAATTG    	0	282	1
TGCTTAAATTTCTAAAAACAATTTTAGGATAA	0	226	0
ATAACCAAAAATTAAAAAAACTTTAATGCGGA	2	23	0
CATGGATTGTAACAAAAATATTGCTTAAATTT	0	247	0
CGCCAGCCATTATAAAAAAGTTTTGTATTATA	1	35	0
CTTAGAGATTACCAAAAGCAAGCGATAGATAG	6	235	1
ATTCTATGATAATAGAAACAATATATCTAATA	3	11	1
AATTTTTAAAAAATGAAAGGTTATTATTGCTT	0	60	1
TCTAATATTTTAATAAAGAGTTTTTT      	3	36	1
GAAATCCCTTAAGTGAAAAGTTAAGGGAATTA	6	76	0
          ** ******* *
MAP Score: 11.0577

Motif 5
ATAATCAATTTTTAAAAAATGAAAGGTTATTATTGCTT	0	54	1
GCCGTTTCCAAATTAAAAATGGTCGTCTTTATTTGATA	0	144	1
CGTCTTTATTTGATAAAATAGCGAACTTTAACAACTTA	0	167	1
GTGAAACTATTTTCAAAAAGGTTAAATTG         	0	281	1
CGCCAGCCATTATAAAAAAGTTTTGTATTATAATTTGA	1	29	0
ATGGCTGGCGTTTGAAACAAGCTATAATA         	1	57	1
TTATATAGTTTTTAAAAGTTGGCACTATAGCGCTATAA	2	51	1
CTAATTGTTATATAATAAAAGCGAGACAAGAATGTTAA	2	91	1
     AATTCTATGATAATAGAAACAATATATCTAATA	3	5	1
AAAACGCTTGTGTTAAAATGGCCAGAGTAGCAGATATA	4	85	1
CAAAAGCGATCATGAAAAACGCTCCCTTAAAAAGACAC	5	46	1
TCACCAGTAATTTAAAAAAAGAGCTTAGAGATTACCAA	6	212	1
AGATAGTTATTTAGAAAAACGCCAATTTAACCCCACTC	6	261	1
          * * ***** *  *   *
MAP Score: 2.3827