AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons012_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944252322 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 jhp0046 300 putative TYPE II restriction enzyme #1 jhp0245_jhp0246 76 jhp0245: putative, jhp0246: putative #2 jhp0628 120 putative #3 jhp0629 52 putative TYPE II DNA MODIFICATION ENZYME (METHYLTRANSFERASE) #4 jhp1271 128 TYPE II DNA MODIFICATION ENZYME (METHYLTRANSFERASE) #5 putative 110 putative #6 ubiA 28 4-HYDROXYBENZOATE OCTAPRENYLTRANSFERASE #7 comEC 80 DNA transfer protein #8 jhp1282 133 putative histidine kinase sensor protein #9 putative_jhp1284 108 putative: putative TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, jhp1284: TYPE II DNA MODIFICATION ENZYME (METHYLTRANSFERASE) #10 res_1 300 putative TYPE III RESTRICTION ENZYME #11 mod_2 51 TYPE III DNA MODIFICATION ENZYME (METHYLTRANSFERASE) #12 recG 76 ATP-DEPENDENT DNA HELICASE Motif 1 TTTTAAAAAATGAAAGGTTATTATTGCTTGTT 0 63 1 TTCTTACTTTTTAAACGCTATTGACCCTTTTA 0 94 1 TTTTTCAATCAAAAACACTTCTTATCCTAAAA 0 205 1 TTAAATTTCTAAAAACAATTTTAGGATAAGAA 0 223 0 ATCCATGCAGTGAAACTATTTTCAAAAAGGTT 0 272 1 AACTATTTTCAAAAAGGTTAAATTG 0 285 1 AGCCATTATAAAAAAGTTTTGTATTATAATTT 1 31 0 CAAAAATTAAAAAAACTTTAATGCGGAGCATT 2 18 0 GCCAACTTTTAAAAACTATATAACCAAAAATT 2 42 0 CTATGATAATAGAAACAATATATCTAATATTT 3 14 1 AAAAAACTCTTTATTAAAATATT 3 39 0 AAGATAGCCTTAAAACGCTTGTGTTAAAATGG 4 74 1 GTAGCAGATATAAAAGGTTAGTCAATC 4 111 1 AAAATGGCTTAAAAACTTTAAAAAGGGGTTAT 5 84 1 AAACGCCCCCTGAAAGGTTTTATCTT 7 4 0 AGTTAAACGCTAAAACGCTAATCACTAGCATT 8 64 0 TAACTATGAAAAAAACGAAAAAATCAAAATGA 8 91 1 CGCTTTTGGTATAAAGGCTATAGAATTAGCGC 9 74 1 AGTTATTTAGAAAAACGCCAATTTAACCCCAC 10 265 1 TCATTTAAAATAAAAGGATAGAG 11 38 1 ATTTTATCATAAAAACGATTAAGGATTGACTA 12 46 1 ******* ** * MAP Score: 17.7013 Motif 2 TAATTGTTATATAATAAAAGCGAGACAAGAATG 2 92 1 TGTTTATTTTATCATAAAAACGATTAAGGATTG 12 41 1 GCGTTTAACTATGAAAAAAACGAAAAAATCAAA 8 86 1 ATCACTAGCATTAACACAAACGAAGAGCCTAAA 8 43 0 AATTCTATGATAATAGAAACAATATATCTAAT 3 9 1 TATAGCCTTTATACCAAAAGCGATCATGAAAAA 9 63 0 AATGCATCAAATGATAGAAGCTATCTATCCCCA 4 11 0 TGGCTGGCGTTTGAAACAAGCTATAATA 1 58 1 AGCTTAGAGATTACCAAAAGCAAGCGATAGATA 10 233 1 ATTGCTTAAATTTCTAAAAACAATTTTAGGATA 0 227 0 TCTGGCCATTTTAACACAAGCGTTTTAAGGCTA 4 78 0 ACCGCTTTATTTTATAAAACCAAAGATCTCTAT 9 13 0 AGGATCTATAATGAGATAATCAATTTTTAAAAA 0 39 1 TAGATAGTTATTTAGAAAAACGCCAATTTAACC 10 260 1 TTTAAAAAGTAAGAAACAAGCAATAATAACCTT 0 76 0 ATAACCAAAAATTAAAAAAACTTTAATGCGGAG 2 22 0 CTCATTATAGATCCTATAATCGCCATTCAAATT 0 21 0 ** * * ****** MAP Score: 17.365 Motif 3 TAAAAATTGATTATCTCATTATAGATCCTATAATCGCCATT 0 27 0 GTTCGCTATTTTATCAAATAAAGACGACCATTTTTAATTTG 0 152 0 TTGCTTAAATTTCTAAAAACAATTTTAGGATAAGAAGTGTT 0 218 0 TAAGCAATATTTTTGTTACAATCCATGCAGTGAAACTATTT 0 252 1 TGCAGTGAAACTATTTTCAAAAAGGTTAAATTG 0 277 1 TAAAAAAGTTTTGTATTATAATTTGATGGATTTCTATGGAT 1 14 0 TAATACAAAACTTTTTTATAATGGCTGGCGTTTGAAACAAG 1 37 1 GCATTAAAGTTTTTTTAATTTTTGGTTATATAGTTTTTAAA 2 26 1 CTCGCTTTTATTATATAACAATTAGTCTTATAGCGCTATAG 2 75 0 AATTCTATGATAATAGAAACAATATATCTAATA 3 2 1 AAAAAACTCTTTATTAAAATATTAGATATATTGTTTCTA 3 23 0 TTTAGCTTTGTTCTCATCAAATGCATCAAATGATAGAAGCT 4 22 0 CTTAAAACGCTTGTGTTAAAATGGCCAGAGTAGCAGATATA 4 82 1 TAATAACCCCTTTTTAAAGTTTTTAAGCCATTTTCATGTGC 5 77 0 TAGCGTTTAACTATGAAAAAAACGAAAAAATCAAAATGATA 8 84 1 AGACACCGCTTTATTTTATAAAACCAAAGATCTCTATTAT 9 9 0 ATTCTATAGCCTTTATACCAAAAGCGATCATGAAAAACGCT 9 59 0 CTCTAAGCTCTTTTTTTAAATTACTGGTGATGTGGGTGGGT 10 201 0 CTCTATCCTTTTATTTTAAATGATTTAAATT 11 30 0 TATAATTTGTTTATTTTATCATAAAAACGATTAAGGATTGA 12 34 1 ** * * * *** ** MAP Score: 15.6895 Motif 4 AAAACGCTTGTGTTAAAATGGCCAGAGTAGCAGATATAA 4 85 1 ATTTAACCTTTTTGAAAATAGTTTCACTGCATGGATTGT 0 269 0 TTGACATGCACATGAAAATGGCTTAAAAACTTTAAAAAG 5 70 1 GGCTTAAAAACTTTAAAAAGGGGTTATTAGC 5 89 1 TGCTTAAATTTCTAAAAACAATTTTAGGATAAGAAGTGT 0 219 0 AGTGCCAACTTTTAAAAACTATATAACCAAAAATTAAAA 2 38 0 AGCGTTTAACTATGAAAAAAACGAAAAAATCAAAATGAT 8 85 1 GTCAATAGCGTTTAAAAAGTAAGAAACAAGCAATAATAA 0 80 0 GTTTATTTTATCATAAAAACGATTAAGGATTGACTAAGA 12 42 1 ATGGCTGGCGTTTGAAACAAGCTATAATA 1 57 1 AATTGTTATATAATAAAAGCGAGACAAGAATGTTAAA 2 93 1 TAAATAAGTCCCTAAAAAGAGTTTGAGGGATTTTTTT 8 8 0 ATAATCAATTTTTAAAAAATGAAAGGTTATTATTGCTTG 0 54 1 CGCTTACACCTCTAAAACCAATCTCAAAACTTTACGCTA 10 37 1 AATTCTATGATAATAGAAACAATATATCTAATAT 3 5 1 CACCAGTAATTTAAAAAAAGAGCTTAGAGATTACCAAAA 10 213 1 AAAGATTAAACATTAAGATAGCCTTAAAACGCTTGTGTT 4 60 1 * * **** * * * * MAP Score: 14.2842 Motif 5 ATAATGAGATAATCAATTTTTAAAAAATGAAAGGTT 0 46 1 AAATTTCTAAAAACAATTTTAGGATAAGAAGTGTTT 0 217 0 CCATGCAGTGAAACTATTTTCAAAAAGGTTAAATTG 0 274 1 AATCCATAGAAATCCATCAAATTATAATACAAAACT 1 13 1 TTATAATACAAAACTTTTTTATAATGGCTGGCGTTT 1 34 1 CAACTTTTAAAAACTATATAACCAAAAATTAAAAAA 2 36 0 AAAAAACTCTTTATTAAAATATTAGATAT 3 33 0 ATTTTAACACAAGCGTTTTAAGGCTATCTTAATGTT 4 68 0 TTTATACCAAAAGCGATCATGAAAAACGCTCCCTTA 9 53 0 TCTTGCATGAAATCCCTTAAGTGAAAAGTTAAGGGA 10 80 0 GGTAATCTCTAAGCTCTTTTTTTAAATTACTGGTGA 10 212 0 GGGTAATTTAAATCATTTAAAATAAAAGGATAGAG 11 26 1 GTCAATCCTTAATCGTTTTTATGATAAAATAAACAA 12 40 0 ** * **** *** MAP Score: 13.3791 Motif 6 GCAGTGAAACTATTTTCAAAAAGGTTAAATTG 0 278 1 GATAGATAGTTATTTAGAAAAACGCCAATTTA 10 258 1 CATCACCAGTAATTTAAAAAAAGAGCTTAGAG 10 210 1 TGAGATAATCAATTTTTAAAAAATGAAAGGTT 0 50 1 ATATTGCTTAAATTTCTAAAAACAATTTTAGG 0 230 0 TGGTCGTCTTTATTTGATAAAATAGCGAACTT 0 163 1 GACACCGCTTTATTTTATAAAACCAAAGATCT 9 17 0 ATATAACCAAAAATTAAAAAAACTTTAATGCG 2 25 0 CTATAGTGCCAACTTTTAAAAACTATATAACC 2 49 0 ATATATCTAATATTTTAATAAAGAGTTTTTT 3 31 1 GACTAATTGTTATATAATAAAAGCGAGACAAG 2 89 1 AATGGCTTAAAAACTTTAAAAAGGGGTTATTA 5 86 1 ***** ***** MAP Score: 12.8479 Motif 7 GACCCTTTTAATTTAGGGGTGTTGTTGAGCCG 0 116 1 AAACTTTAAGCGGCGTGGATGCCATT 5 4 1 CTTAAAAACTTTAAAAAGGGGTTATTAGC 5 91 1 GATAAAACCTTTCAGGGGGCGTTTGAACTTCT 7 12 1 ATGAGTATTCTTTGGGGGTCGTAAGAAGTTCA 7 35 0 AAGAATACTCATGGTGTGGGGTTGTTTTAAGC 7 55 1 GTTTTATAAAATAAAGCGGTGTCTTTTTAAGG 9 26 1 CGGTGTCTTTTTAAGGGAGCGTTTTTCATGAT 9 42 1 TTGAGATTGGTTTTAGAGGTGTAAGCGAACAA 10 32 0 TATCGCTGATTGGGGGGGGGGTAACAGATGCG 10 122 0 GAAATGCTTTTGAGTGGGGTTAAATTGGCG 10 280 0 ** *** ***** MAP Score: 8.33423 Motif 8 ACGGCTCAACAACACCCCTAAATTAAAAGGGT 0 117 0 AGAAGTTCAAACGCCCCCTGAAAGGTTTTATC 7 12 0 TGAACTTCTTACGACCCCCAAAGAATACTCAT 7 35 1 GGCTTAAAACAACCCCACACCATGAGTATTCT 7 56 0 ATCATGAAAAACGCTCCCTTAAAAAGACACCG 9 42 0 CGCATCTGTTACCCCCCCCCCAATCAGCGATA 10 122 1 ACGCCAAATAACGCGCCCAATAATAAAGAAAT 10 163 1 AAATAGAGCTACCCACCCACATCACCAGTAAT 10 191 1 ACGCCAATTTAACCCCACTCAAAAGCATTTC 10 279 1 ******** ** MAP Score: 7.17323 Motif 9 AAAGTTTTTTTAATTTTTGGTTATATAGTTTTTAAAAG 2 31 1 ATATAGTTTTTAAAAGTTGGCACTATAGCGCTATAAGA 2 53 1 GTGGATGCCATTAGCGTAGGGGCTTTAATCCATCAAGC 5 24 1 ATTTGAATGGCGATTATAGGATCTATAATGAGATAATC 0 22 1 AAATTAAGGCGGAATTGGGTAATTTAAATCATTTAAA 11 9 1 TTTTATTATATAACAATTAGTCTTATAGCGCTATAGTG 2 73 0 GTGTTAATGCTAGTGATTAGCGTTTTAGCGTTTAACTA 8 59 1 AATTATACATTGACTTAAGGAAATTTAATTG 12 3 0 GCGTAAAGTTTTGAGATTGGTTTTAGAGGTGTAAGCGA 10 36 0 TATCCTAAAATTGTTTTTAGAAATTTAAGCAATATTTT 0 227 1 ATAATAGAGATCTTTGGTTTTATAAAATAAAGCGG 9 7 1 TCTGGCCATTTTAACACAAGCGTTTTAAGGCTATCTTA 4 73 0 AACTTTTTTATAATGGCTGGCGTTTGAAACAAGCTATA 1 45 1 CTTAAGTGAAAAGTTAAGGGAATTATAGCGTAAAGTTT 10 63 0 CAAAAGCAAGCGATAGATAGTTATTTAGAAAAACGCCA 10 247 1 CTACCCACCCACATCACCAGTAATTTAAAAAAAGAGCT 10 199 1 * * * ** ***** MAP Score: 5.43481 Motif 10 AAATTTGAATGGCGATTATAGGATCTATAATGA 0 20 1 AAGGGTCAATAGCGTTTAAAAAGTAAGAAACAA 0 90 0 TATAATGGCTGGCGTTTGAAACAAGCTATAATA 1 53 1 TGGGTTTGAATGCTCCGCATTAA 2 0 1 TTAGTCTTATAGCGCTATAGTGCCAACTTTTAA 2 62 0 GTGGGGATAGATAGCTTCTATCATT 4 2 1 TTTTAACACAAGCGTTTTAAGGCTATCTTAATG 4 70 0 CATTAGCGTAGGGGCTTTAATCCATCAAGCCAC 5 32 1 GCACATGAAAATGGCTTAAAAACTTTAAAAAGG 5 77 1 AACTTTAAAAAGGGGTTATTAGC 5 97 1 GCTAGTGATTAGCGTTTTAGCGTTTAACTATGA 8 67 1 CTATAGAATTAGCGCTACAATACCCCC 9 91 1 TGAAAAGTTAAGGGAATTATAGCGTAAAGTTTT 10 62 0 TTTTCACTTAAGGGATTTCATGCAAGATTCATT 10 89 1 CCCCCCAATCAGCGATAAAAGATCGCACGCCAA 10 137 1 ACCAAAAGCAAGCGATAGATAGTTATTTAGAAA 10 245 1 GCTTTTGAGTGGGGTTAAATTGGCGTTTTTCTA 10 272 0 **** ** ** ** MAP Score: 4.06552