AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons013_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944252353
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp0200	95	putative transporter
#1	jhp0206	167	putative AMINOTRANSFERASE
#2	jhp0207	21	putative
#3	jhp0237	300	putative Outer membrane protein
#4	purA	98	ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE
#5	pyrH	90	URIDYLATE KINASE
#6	jhp0715	130	putative
#7	jhp0977	81	HIT FAMILY PROTEIN
#8	jhp1142	39	putative
#9	dld	71	D-LACTATE DEHYDROGENASE
#10	secG	132	PROTEIN-EXPORT MEMBRANE PROTEIN
#11	dnaE	148	DNA POLYMERASE III, ALPHA CHAIN
#12	rpsB	248	30S RIBOSOMAL PROTEIN S2

Motif 1
ATTGACATCTTTTAAGCAAAATGTTATAATG	3	165	0
AAAACTAGGGTTTTAGAAAAATAAAATCAAA	0	22	0
TCTACTTTGTTTTAAGGATAATATTTT    	4	81	1
AAAGGGTGTTTTTAAGCAAGATTAGGTTACA	5	35	1
GCCTTTACCCTTTAAAGAAAGTCCTTAATTA	8	17	0
CAAAACAGAATTTTAGGATAGCTATC     	12	5	0
AAAACCCTAGTTTTAAAAAAGTTTTATTGTA	0	39	1
AAGTAAAAAATTTTAGAAAGGGTGTTTTTAA	5	19	1
CCAAAATAACTTTAAGGAGAATTCTC     	12	232	1
TATGTAAAATTTTAAGGAGAACACTCAC   	1	149	1
ATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGA	7	16	0
TCTTTTATGGATTAAGTAAAATCACTTACCT	3	258	1
TTCATCTTATTTTAAGTTAAAATTAAGAAAA	1	77	1
ATAACCACCATTTTAAAATAATTCACCACTA	11	57	1
AACTCTCTAATTTTAAGATAATCATTCTTAA	3	227	0
AACCCTACGATTATAGCAAAAGATTAAGGTT	12	77	0
AATCCCTAAAATTTAGAAAAAATTAGGCTTA	10	95	0
TACTTTAAAAATTAAGGATAAAC        	9	2	0
CTCTTTTTACTTTTAGTTAAGTTGTAAGAAA	6	74	1
TCTTAGCAAATTTTAGATAAGATTAAGCCTA	10	72	1
TCCTTAATTTTTAAAGTAAGGTTATGTTACA	9	15	1
GATTAAGGTTTTTTAGCTTAAGTAAAAAAGG	12	56	0
GGCTTTTAGGTTATAATAAAGACAAAACAGA	12	27	0
ATAATACAACTTTAATAAAAGAAAAACCTTA	7	42	1
CTAAAATAGTATTAAAAATAAGACAAAACTT	11	19	1
TTAATAGCAAATTAAGAATGATTATCTTAAA	3	216	1
AATAATGCTATTTAAAGAGGAGAAATG    	6	6	0
GGTTTGATCAATAAAGAAAAAGGATAAGCGT	3	32	1
ATATCTTGTATTTAATCATAATTTAGACCTA	1	107	1
CTATTAAGTGTTTCAAAAAAGCATCAAATTG	3	192	0
AAAATGGTGGTTATAATAAGAAAGTTTTGTC	11	40	0
TTATTAATGGATTAAGAAGGGATC       	5	76	1
          ****** ****
MAP Score: 31.3051

Motif 2
CATGCGATGCAAAAAAGGATTTTAA       	6	115	1
TAGCTTAAGTAAAAAAGGCTTTTAGGTTATAA	12	42	0
ACCCTAGTTTTAAAAAAGTTTTATTGTAGCAT	0	42	1
GTGGTTATAATAAGAAAGTTTTGTCTTATTTT	11	33	0
CTTAATCCATTAATAAAGCTTTTGATTGTAAC	5	60	0
AATTTAGAAAAAATTAGGCTTAATCTTATCTA	10	85	0
AATAGCAAATTAAGAATGATTATCTTAAAATT	3	218	1
ATTTGATAAATAAGAATGTTTAAGGAGTGTGC	9	49	1
TTTGGTATTCTAACAAGCTTTTAAACCATCCA	4	48	1
AGTTAAGTTGTAAGAAACTTTAGCTACCATGC	6	88	1
TTACTTAAGCTAAAAAACCTTAATCTTTTGCT	12	62	1
AACTTTTTTAAAACTAGGGTTTTAGAAAAATA	0	30	0
CTTAATTTTTAAAGTAAGGTTATGTTACAATG	9	17	1
TTCTCCTCTTTAAATAGCATTATTTGCTAATG	6	13	1
CGTTAAATCCAAATAGGGGTTAGACA      	11	132	1
GAACACCTAAATACAAGGATTAGCATGTGTGA	12	160	0
ATCTAGGTCTAAATTATGATTAAATACAAGAT	1	109	0
GAAGAGAACCAAAATAACTTTAAGGAGAATTC	12	224	1
AACTAAAAGTAAAAAGAGTTTTGTTATCATGG	6	60	0
ATTCGCCAAGTAAAAAATTTTAGAAAGGGTGT	5	12	1
ATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATACAACTTT	7	23	1
TAAGGTTATGTTACAATGATTTGATAAATAAG	9	31	1
ATGAACTCCTAAAATAGTATTAAAAATAAGAC	11	11	1
CTTACTTTAAAAATTAAGGATAAAC       	9	3	0
AGGGTGTTTTTAAGCAAGATTAGGTTACAATC	5	37	1
          *** **** ***
MAP Score: 22.658

Motif 3
TCTTATTTTAAGTTAAAATTAAGAAAATATCTT	1	81	1
TCTTGTATTTAATCATAATTTAGACCTAGATAA	1	110	1
CTAACACCCCAAATAAAATTAAGCGAGCATTAT	3	138	1
TAGAATACCAAAAAAAAGTAAAGAGCCTCTTTA	4	27	0
ATTCGCCAAGTAAAAAATTTTAGAAAGGGTGTT	5	12	1
AGTTAAGTTGTAAGAAACTTTAGCTACCATGCG	6	88	1
GCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGATCGTTA  	7	8	0
ATAACCTTACTTTAAAAATTAAGGATAAAC   	9	7	0
TGAAAATTAAAACTAAATTTTAGTGTATTCTTA	10	44	1
AGTGTATTCTTAGCAAATTTTAGATAAGATTAA	10	65	1
CCCTAAAATTTAGAAAAAATTAGGCTTAATCTT	10	90	0
CCTAAAATAGTATTAAAAATAAGACAAAACTTT	11	18	1
GTGGTTATAATAAGAAAGTTTTGTCTTATTTTT	11	32	0
ATAAAGACAAAACAGAATTTTAGGATAGCTATC	12	10	0
TAGGTGTTCTTAAGAAATTTAAGAATCAAATGA	12	183	1
AAGAGAACCAAAATAACTTTAAGGAGAATTCTC	12	225	1
          **  *** *****
MAP Score: 20.6111

Motif 4
ACCCTAGTTTTAAAAAAGTTTTATTGTAGCAT	0	42	1
GTGGTTATAATAAGAAAGTTTTGTCTTATTTT	11	33	0
ATTCGCCAAGTAAAAAATTTTAGAAAGGGTGT	5	12	1
         TTAAAATCCTTTTTTGCATCGCA	6	117	0
AACGATCCGATAAAGAGTTTTTTAAAGAGCGA	11	88	1
AGTTAAGTTGTAAGAAACTTTAGCTACCATGC	6	88	1
ATTTGATAAATAAGAATGTTTAAGGAGTGTGC	9	49	1
TTACTTAAGCTAAAAAACCTTAATCTTTTGCT	12	62	1
TTTGGTATTCTAACAAGCTTTTAAACCATCCA	4	48	1
ACCACCATTTTAAAATAATTCACCACTAAACG	11	60	1
GAATTCTCCTTAAAGTTATTTTGGTTCTCTTC	12	224	0
GGTGTATAATTAAGGACTTTCTTTAAAGGGTA	8	11	1
TTCGTGTTTCTCAAAATGTTTTCAAAAATTCA	1	49	1
TTAGGGCTTATAAAGAGGCTCTTTACTTTTTT	4	17	1
ATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATACAACTTT	7	23	1
ATGGATTAAGTAAAATCACTTACCTACCAAAG	3	264	1
TATTATAACCTAAAAGCCTTTTTTACTTAAGC	12	40	1
TAGGTTACAATCAAAAGCTTTATTAATGGATT	5	57	1
GATGAACTCCTAAAATAGTATTAAAAATAAGA	11	10	1
TACTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAG	7	51	0
TGCTCCATGATAACAAAACTCTTTTTACTTTT	6	56	1
GTGTTCTCCTTAAAATTTTACATAGATTTCTT	1	141	0
TAAAATTTGCTAAGAATACACTAAAATTTAGT	10	55	0
          TAACGATCCTTATATTTTATTT	7	0	1
          ******  ****
MAP Score: 16.813

Motif 5
AAAACTAGGGTTTTAGAAAAATAAAATCAA	0	23	0
AAAACCCTAGTTTTAAAAAAGTTTTATTGT	0	39	1
AGGTTAGTAATTTTAAAGGGTAAAACACC 	0	76	1
TATGTTGGTTTTTAATGGAGGTATTCGTGT	1	26	1
CTATGTAAAATTTTAAGGAGAACACTCAC 	1	148	1
AGAGAGTTTCTTTTATGGATTAAGTAAAAT	3	250	1
     GCTCTTTTTAGGGCTTATAAAGAGG	4	5	1
GATTGGATGGTTTAAAAGCTTGTTAGAATA	4	53	0
ATCTACTTTGTTTTAAGGATAATATTTT  	4	80	1
AAGTAAAAAATTTTAGAAAGGGTGTTTTTA	5	19	1
TATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAG	7	18	0
AAGGACTTTCTTTAAAGGGTAAAGGCA   	8	22	1
TATCCTTAATTTTTAAAGTAAGGTTATGTT	9	13	1
AAATAAGAATGTTTAAGGAGTGTGC     	9	56	1
TTTTTCTAAATTTTAGGGATTTAAGGAATC	10	105	1
TTTAATACTATTTTAGGAGTTCATC     	11	5	0
TGGTGAATTATTTTAAAATGGTGGTTATAA	11	55	0
ATAAAGAGTTTTTTAAAGAGCGATAGGTAT	11	97	1
TCTCTATGATTTATAGGGATCAAAGGCAAA	12	117	1
ACCAAAATAACTTTAAGGAGAATTCTC   	12	231	1
          **********
MAP Score: 10.7087

Motif 6
TTATTTTTCTAAAACCCTAGTTTTAAAAAA	0	29	1
CTTTAAAATTACTAACCTACATGCTACAAT	0	64	0
CAGGGGTTCGAACCCCCTACACTCCACCAT	3	71	0
AGGGGGTTCGAACCCCTGACCTCAACGCTG	3	83	1
CAACTGAGCTAACACCCCAAATAAAATTAA	3	130	1
GTGTTTCAAAAAAGCATCAAATTGACATCT	3	186	0
TGCTTTTTTGAAACACTTAATAGCAAATTA	3	200	1
AGCCTCTTTATAAGCCCTAAAAAGAGC   	4	7	0
ATTATTTGCTAATGCCCTAATCATTTGCTC	6	31	1
TAATAAAAGAAAAACCTTAAAAGGGAGTAA	7	54	1
      CACCACCGCCTTAACGCACTACAA	10	4	1
AACGCACTACAACGCACTACCTTGAAAATT	10	22	1
ATTTGCTAAGAATACACTAAAATTTAGTTT	10	53	0
TGATTCCTTAAATCCCTAAAATTTAGAAAA	10	106	0
CTTAAGCTAAAAAACCTTAATCTTTTGCTA	12	65	1
AGAAAATGACAAAACCCTACGATTATAGCA	12	90	0
ATTTCTTAAGAACACCTAAATACAAGGATT	12	171	0
          **********
MAP Score: 1.50557