AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons013_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944252380 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 jhp0200 95 putative transporter #1 jhp0205 119 putative #2 jhp0206 167 putative AMINOTRANSFERASE #3 jhp0207 21 putative #4 jhp0237 300 putative Outer membrane protein #5 purA 98 ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE #6 pyrH 90 URIDYLATE KINASE #7 jhp0715 130 putative #8 jhp0977 81 HIT FAMILY PROTEIN #9 jhp1142 39 putative #10 dld 71 D-LACTATE DEHYDROGENASE #11 secG 132 PROTEIN-EXPORT MEMBRANE PROTEIN #12 dnaE 148 DNA POLYMERASE III, ALPHA CHAIN #13 rpsB 248 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2 Motif 1 CATTATAACATTTTGCTTAAAAGATGTCAAT 4 165 1 TGTAACCTAATCTTGCTTAAAAACACCCTTT 6 35 0 AAAATATTATCCTTAAAACAAAGTAGA 5 81 0 TTTGATTTTATTTTTCTAAAACCCTAGTTTT 0 22 1 GTGAGTGTTCTCCTTAAAATTTTACATA 2 149 0 GAGAATTCTCCTTAAAGTTATTTTGG 13 232 0 AGGTAAGTGATTTTACTTAATCCATAAAAGA 4 258 0 GTTTATCCTTAATTTTTAAAGTA 10 2 1 TAAGCCTAATTTTTTCTAAATTTTAGGGATT 11 95 1 TCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAAT 8 16 1 TAATTAAGGACTTTCTTTAAAGGGTAAAGGC 9 17 1 TAAAAGCCTTTTTTACTTAAGCTAAAAAACC 13 50 1 AACCTTAATCTTTTGCTATAATCGTAGGGTT 13 77 1 TTAAAAACACCCTTTCTAAAATTTTTTACTT 6 19 0 GATAGCTATCCTAAAATTCTGTTTTG 13 5 1 TTTAAGATAATCATTCTTAATTTGCTATTAA 4 216 0 TAGTGGTGAATTATTTTAAAATGGTGGTTAT 12 57 0 TTAAGAATGATTATCTTAAAATTAGAGAGTT 4 227 1 TTTGAAATCATTTTCCTTTATTGTAGCATGA 1 25 1 ACGCTTATCCTTTTTCTTTATTGATCAAACC 4 32 0 TACAATAAAACTTTTTTAAAACTAGGGTTTT 0 39 0 TGTAACATAACCTTACTTTAAAAATTAAGGA 10 15 0 CATTTCTCCTCTTTAAATAGCATTATT 7 6 1 ATTAGAATAATTATTTTTAATGATTGTATAG 1 88 1 AAGTTTTGTCTTATTTTTAATACTATTTTAG 12 19 0 CAAAAATTCATCTTATTTTAAGTTAAAATTA 2 71 1 CATGCTCATTTGATTCTTAAATTTCTTAAGA 13 190 0 GATCCCTTCTTAATCCATTAATAA 6 76 0 CTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTA 8 46 0 GACAAAACTTTCTTATTATAACCACCATTTT 12 40 1 TCTGTTTTGTCTTTATTATAACCTAAAAGCC 13 27 1 **** ****** MAP Score: 33.8447 Motif 2 TCCTGTTTTGATTTTATTTTTCTAAAACCC 0 16 1 TTTAAGCCCTTTTTCTTTGAAATCATTTT 1 9 1 CTTTGAAATCATTTTCCTTTATTGTAGCAT 1 24 1 ATAAAAACACATCTTACTTTGGAACATGAT 1 58 1 TCAAAAATTCATCTTATTTTAAGTTAAAAT 2 70 1 ACAAGATATTTTCTTAATTTTAACTTAAAA 2 86 0 ACGCTTATCCTTTTTCTTTATTGATCAAAC 4 33 0 TGCTCGCTTAATTTTATTTGGGGTGTTAGC 4 137 0 GCATTATAACATTTTGCTTAAAAGATGTCA 4 164 1 AAGATAATCATTCTTAATTTGCTATTAAGT 4 214 0 TAGGTAAGTGATTTTACTTAATCCATAAAA 4 260 0 AAGTATCCTTTTTGCTTTGGTAGGTAAG 4 282 0 ATAAAGAGGCTCTTTACTTTTTTTTGGTAT 5 26 1 CATCCAATCTACTTTGTTTTAAGGATAATA 5 74 1 TTTCTAAAATTTTTTACTTGGCGAATGA 6 8 0 TTGTAACCTAATCTTGCTTAAAAACACCCT 6 37 0 AACAAAACTCTTTTTACTTTTAGTTAAGTT 7 67 1 CGATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTA 8 13 1 CCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTG 8 48 0 TTAAAGAAAGTCCTTAATTATACACCA 9 7 0 GTTTATCCTTAATTTTTAAAGTAAG 10 5 1 TTGTAACATAACCTTACTTTAAAAATTAAG 10 17 0 TCCTTAAACATTCTTATTTATCAAATCATT 10 45 0 CTAAAATTTAGTTTTAATTTTCAAGGTAGT 11 37 0 AGAAAGTTTTGTCTTATTTTTAATACTATT 12 23 0 CTAAAAGCCTTTTTTACTTAAGCTAAAAAA 13 49 1 ********** MAP Score: 24.5847 Motif 3 CATGCGATGCAAAAAAGGATTTTAA 7 115 1 TAGCTTAAGTAAAAAAGGCTTTTAGGTTATAA 13 42 0 AATTTAGAAAAAATTAGGCTTAATCTTATCTA 11 85 0 ACCCTAGTTTTAAAAAAGTTTTATTGTAGCAT 0 42 1 GTGGTTATAATAAGAAAGTTTTGTCTTATTTT 12 33 0 CTTAATCCATTAATAAAGCTTTTGATTGTAAC 6 60 0 CTTAATTTTTAAAGTAAGGTTATGTTACAATG 10 17 1 AACTTTTTTAAAACTAGGGTTTTAGAAAAATA 0 30 0 CGTTAAATCCAAATAGGGGTTAGACA 12 132 1 GATTTCAAAGAAAAAGGGCTTAAA 1 2 0 ATTTGATAAATAAGAATGTTTAAGGAGTGTGC 10 49 1 AATAGCAAATTAAGAATGATTATCTTAAAATT 4 218 1 AGTTAAGTTGTAAGAAACTTTAGCTACCATGC 7 88 1 TTACTTAAGCTAAAAAACCTTAATCTTTTGCT 13 62 1 TTTGGTATTCTAACAAGCTTTTAAACCATCCA 5 48 1 TTCTCCTCTTTAAATAGCATTATTTGCTAATG 7 13 1 AACTAAAAGTAAAAAGAGTTTTGTTATCATGG 7 60 0 ATCTAGGTCTAAATTATGATTAAATACAAGAT 2 109 0 GAAGAGAACCAAAATAACTTTAAGGAGAATTC 13 224 1 AGGGTGTTTTTAAGCAAGATTAGGTTACAATC 6 37 1 GAACACCTAAATACAAGGATTAGCATGTGTGA 13 160 0 ATTCGCCAAGTAAAAAATTTTAGAAAGGGTGT 6 12 1 ATGAACTCCTAAAATAGTATTAAAAATAAGAC 12 11 1 *** **** *** MAP Score: 24.5688 Motif 4 GTTTATCCTTAATTTTTAAAGTAAGG 10 6 1 CAAGATATTTTCTTAATTTTAACTTAAAAT 2 85 0 CTCATTTGATTCTTAAATTTCTTAAGAACA 13 187 0 CCTAATTTTTTCTAAATTTTAGGGATTTAA 11 99 1 GAAAGTTTTGTCTTATTTTTAATACTATTT 12 22 0 TAAAGAAAGTCCTTAATTATACACCA 9 6 0 AGCTAAAAAACCTTAATCTTTTGCTATAAT 13 69 1 CTTAATCTTATCTAAAATTTGCTAAGAATA 11 69 0 AAACACCCTTTCTAAAATTTTTTACTTGGC 6 16 0 TAACGATCCTTATATTTTATTTTTAAA 8 7 1 TATAATGCTCGCTTAATTTTATTTGGGGTG 4 142 0 TAAGATTAAGCCTAATTTTTTCTAAATTTT 11 89 1 TGAGTGTTCTCCTTAAAATTTTACATAGAT 2 146 0 CTTATCTAGGTCTAAATTATGATTAAATAC 2 114 0 AGATAATCATTCTTAATTTGCTATTAAGTG 4 213 0 AGAATGATTATCTTAAAATTAGAGAGTTTC 4 230 1 GAGAATTCTCCTTAAAGTTATTTTGGTTC 13 229 0 CCTTAAACATTCTTATTTATCAAATCATTG 10 44 0 GAAAATTAAAACTAAATTTTAGTGTATTCT 11 45 1 GCACACTCCTTAAACATTCTTATTTAT 10 54 0 ********** MAP Score: 23.8353 Motif 5 ATAAAGAGTTTTTTAAAGAGCGATAGGTAT 12 97 1 ACCAAAATAACTTTAAGGAGAATTCTC 13 231 1 CTATGTAAAATTTTAAGGAGAACACTCAC 2 148 1 AAATAAGAATGTTTAAGGAGTGTGC 10 56 1 TAAGGACTTTCTTTAAAGGGTAAAGGCA 9 21 1 AGGTTAGTAATTTTAAAGGGTAAAACACC 0 76 1 TTTTTAGGGCTTATAAAGAGGCTCTTTACT 5 14 1 AAAGAAAAACCTTAAAAGGGAGTAAAAAGA 8 59 1 TTTATAAGCCCTAAAAAGAGC 5 1 0 AAATAATGCTATTTAAAGAGGAGAAATG 7 8 0 ATCTACTTTGTTTTAAGGATAATATTTT 5 80 1 TATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATACA 8 20 1 TAACATTTTGCTTAAAAGATGTCAATTTGA 4 170 1 TTAACTAAAAGTAAAAAGAGTTTTGTTATC 7 64 0 TTAAAAGGGAGTAAAAAGAGC 8 70 1 AAACCCTAGTTTTAAAAAAGTTTTATTGTA 0 40 1 TATGTTGGTTTTTAATGGAGGTATTCGTGT 2 26 1 CATAACCTTACTTTAAAAATTAAGGATAAA 10 11 0 ********** MAP Score: 21.8584 Motif 6 AGCATCAAATTGACATCTTTTAAGCAAAATGTTATAATGCTCG 4 161 0 CCATCCAATCTACTTTGTTTTAAGGATAATATTTT 5 73 1 GCTCTTTTTAGGGCTTATAAAGAGGCTCTTTACTTTTTTT 5 7 1 AAGACAAAACTTTCTTATTATAACCACCATTTTAAAATAATTC 12 38 1 TTTACTTTTTTTTGGTATTCTAACAAGCTTTTAAACCATCCAA 5 38 1 GATATTAGAATAATTATTTTTAATGATTGTATAGCTATTTATT 1 85 1 AGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGATCGTTA 8 10 0 ACGCACTACCTTGAAAATTAAAACTAAATTTTAGTGTATTCTT 11 33 1 ATTCGCCAAGTAAAAAATTTTAGAAAGGGTGTTTTTAAGCAAG 6 12 1 TGCCTTTACCCTTTAAAGAAAGTCCTTAATTATACAC 9 12 0 ATAATGGCTATGTTGGTTTTTAATGGAGGTATTCGTGTTTCTC 2 18 1 AACAAAACTCTTTTTACTTTTAGTTAAGTTGTAAGAAACTTTA 7 67 1 GCTCTTTTTACTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGT 8 50 0 AAGAAAGTTTTGTCTTATTTTTAATACTATTTTAGGAGTTCAT 12 11 0 CATTTCTCCTCTTTAAATAGCATTATTTGCTAATGCC 7 4 1 TTTAAGCCCTTTTTCTTTGAAATCATTTTCCTTTATTGTAGC 1 9 1 AAGAAATCTATGTAAAATTTTAAGGAGAACACTCAC 2 141 1 GCTACAATAAAACTTTTTTAAAACTAGGGTTTTAGAAAAATAA 0 29 0 TAAAAGAAACTCTCTAATTTTAAGATAATCATTCTTAATTTGC 4 222 0 CATTATACCTATCGCTCTTTAAAAAACTCTTTATCGGATCGTT 12 88 0 AATTTGCTATTAAGTGTTTCAAAAAAGCATCAAATTGACATCT 4 186 0 TAAAAAAGGCTTTTAGGTTATAATAAAGACAAAACAGAATTTT 13 22 0 AGTGTATTCTTAGCAAATTTTAGATAAGATTAAGCCTAATTTT 11 65 1 * ** *** * * ** MAP Score: 21.3026 Motif 7 AAAACCCTAGTTTTAAAAAAGTTTTATTGTAGCATGTAGGTTAGTAA 0 39 1 CCCTTTTTCTTTGAAATCATTTTCCTTTATTGTAGCATGATCATAAA 1 16 1 TATACAATCATTAAAAATAATTATTCTAATATCATGTTCCAAAGTAA 1 71 0 CTCAAAATGTTTTCAAAAATTCATCTTATTTTAAGTTAAAATTAAGA 2 58 1 TAAATTATGATTAAATACAAGATATTTTCTTAATTTTAACTTAAAAT 2 85 0 CCTTAAAATTTTACATAGATTTCTTATCTAGGTCTAAATTATGATTA 2 119 0 AACATTTTGCTTAAAAGATGTCAATTTGATGCTTTTTTGAAACACTT 4 171 1 AATGATTATCTTAAAATTAGAGAGTTTCTTTTATGGATTAAGTAAAA 4 232 1 TTTTTAGGGCTTATAAAGAGGCTCTTTACTTTTTTTTGGTATTCTAA 5 14 1 CTAACAAGCTTTTAAACCATCCAATCTACTTTGTTTTAAGGATAATA 5 57 1 CTAATCTTGCTTAAAAACACCCTTTCTAAAATTTTTTACTTGGCGAA 6 13 0 CAAGATTAGGTTACAATCAAAAGCTTTATTAATGGATTAAGAAGGGA 6 51 1 TATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGATCGTTA 8 1 0 TTTTACTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTATAGC 8 39 0 TATCCTTAATTTTTAAAGTAAGGTTATGTTACAATGATTTGATAAAT 10 13 1 ACCTTGAAAATTAAAACTAAATTTTAGTGTATTCTTAGCAAATTTTA 11 40 1 AAAATGGTGGTTATAATAAGAAAGTTTTGTCTTATTTTTAATACTAT 12 24 0 CCTATCGCTCTTTAAAAAACTCTTTATCGGATCGTTTAGTGGTGAAT 12 77 0 TTTGTCTTTATTATAACCTAAAAGCCTTTTTTACTTAAGCTAAAAAA 13 32 1 ATGCTAATCCTTGTATTTAGGTGTTCTTAAGAAATTTAAGAATCAAA 13 166 1 ** ** * * * * * * MAP Score: 21.2196 Motif 8 TATTTTTAAAAAGCTATAATACAACTTTAATAAAAGAAAAAC 8 27 1 ACTAACCTACATGCTACAATAAAACTTTTTTAAAACTAGGGT 0 42 0 CAAGTAAAAAATTTTAGAAAGGGTGTTTTTAAGCAAGATTAG 6 18 1 TTGGAACATGATATTAGAATAATTATTTTTAATGATTGTATA 1 76 1 ATCATGTTCCAAAGTAAGATGTGTTTTTATGATCATGCTACA 1 46 0 ATTTTAACTTAAAATAAGATGAATTTTTGAAAACATTTTGAG 2 58 0 AATAGTATTAAAAATAAGACAAAACTTTCTTATTATAACCAC 12 23 1 ATACCAAAAAAAAGTAAAGAGCCTCTTTATAAGCCCTAAAAA 5 14 0 AGAATACACTAAAATTTAGTTTTAATTTTCAAGGTAGTGCGT 11 33 0 TCTTTATTATAACCTAAAAGCCTTTTTTACTTAAGCTAAAAA 13 36 1 CAACTTAACTAAAAGTAAAAAGAGTTTTGTTATCATGGAGCA 7 56 0 CCACTAAACGATCCGATAAAGAGTTTTTTAAAGAGCGATAGG 12 82 1 GATAGCTATCCTAAAATTCTGTTTTGTCTTTATTATAAC 13 7 1 TGTTCTCCTTAAAATTTTACATAGATTTCTTATCTAGGTCTA 2 130 0 TAACGATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAAT 8 5 1 TCAAATTGACATCTTTTAAGCAAAATGTTATAATGCTCGCTT 4 158 0 AATTTTAGATAAGATTAAGCCTAATTTTTTCTAAATTTTAGG 11 80 1 TCTTTTTCCTGTTTTGATTTTATTTTTCTAAAACCCTAGT 0 8 1 ** ** ** *** * MAP Score: 8.30364 Motif 9 GGGTTTTAGAAAAATAAAATCAAAACAGGAAAAAGA 0 5 0 TTTTTCTAAAACCCTAGTTTTAAAAAAGTTTTATTGTAGCA 0 32 1 AAAGGAAAATGATTTCAAAGAAAAAGGGCTTAAA 1 3 0 ATGATCATGCTACAATAAAGGAAAATGATTTCAAAGAAAAA 1 19 0 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CAACTGAGCTAACACCCCAAATAAAATTAAG 4 130 1 CCATAAAAGAAACTCTCTAATTTTAAGATAA 4 237 0 AGCCTCTTTATAAGCCCTAAAAAGAGC 5 6 0 ATCCCTTCTTAATCCATTAATAAAGCTTTTG 6 68 0 ATTATTTGCTAATGCCCTAATCATTTGCTCC 7 31 1 TAATAAAAGAAAAACCTTAAAAGGGAGTAAA 8 54 1 CCACCGCCTTAACGCACTACAACGCACTACC 11 12 1 CTGATTCCTTAAATCCCTAAAATTTAGAAAA 11 106 0 CTTAAGCTAAAAAACCTTAATCTTTTGCTAT 13 65 1 *** ******* MAP Score: 3.86727