AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons014_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944252415
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp0042	58	putative
#1	jhp0044	300	putative TYPE II DNA MODIFICATION ENZYME (METHYLTRANSFERASE)
#2	ureG	28	UREASE ACCESSORY PROTEIN
#3	ureF	23	UREASE ACCESSORY PROTEIN
#4	ureI	223	urea transporter
#5	ureA	300	UREASE ALPHA SUBUNIT
#6	hypB	112	Hydrogenase expression/formation protein

Motif 1
AATCTCATTCAAATAGCGTTTTTAAAAG    	0	6	0
TATAGTTGCTTAAAAGGATATTTTTA      	0	42	1
GTCTTTTAACTTAAAGCTCTTTGATGAGAGCT	1	169	1
AGAGCTTGGATTAAAGCTTTTTAAACCATGCC	1	195	1
TAGTTTTTGTTTAAAGGTTTTTAGAATGCTAC	1	233	0
TTCATTTTTTTTAAAGGATTATAAAATAACGC	1	269	0
TTAAAAAAAATGAAAGGTTATTG         	1	287	1
AATCTCAAATTGAAAGGAATTTT         	2	15	1
    GATTTTTTCTAGGATTTTTAATTTTTTA	4	6	1
ATTTTTAATTTTTTAGGATTTTAAGGAGCGTT	4	23	1
AGCTCAAGCAACAAAGGTTATTCGTAAGGTGC	4	164	1
GTTCTCATTTTTATAGGTTTTGATTTTTATCA	5	78	1
TCAAATGATTTTAAAGGGTATTAAACGCGCTC	5	107	1
TAAAGTGCTATCAAAGCGTTATTAGGAGCGCG	5	132	0
TCTCCTATTCTTAAAGTGTTTTTTCCTTGAAG	5	273	0
          * ***** ****
MAP Score: 22.9952

Motif 2
CTCATTCAAATAGCGTTTTTAAAAG      	0	4	0
    TAAAAATATCCTTTTAAGCAACTATAA	0	41	0
AGTGTCATTTAAATCTTATAACACATCATAG	1	17	0
CCGCTAGCTCAAGCATTGTAACTATTTTAAA	1	76	1
TCAATATCGTAAGTCTTTTAACTTAAAGCTC	1	157	1
GCTCTCATCAAAGAGCTTTAAGTTAAAAGAC	1	169	0
GCATGGTTTAAAAAGCTTTAATCCAAGCTCT	1	195	0
TAGCATTCTAAAAACCTTTAAACAAAAACTA	1	234	1
ATTTTTTTTAAAGGATTATAAAATAACGCTC	1	267	0
 GATTTTTTCTAGGATTTTTAATTTTTTAGG	4	9	1
TTTAATTTTTTAGGATTTTAAGGAGCGTTCC	4	26	1
GATAAAAATCAAAACCTATAAAAATGAGAAC	5	78	0
ATTTTTATCAAATGATTTTAAAGGGTATTAA	5	100	1
AACGCTTTGATAGCACTTTAAAACTATAATA	5	144	1
TTCAAGGAAAAAACACTTTAAGAATAGGAGA	5	274	1
AAGATAAAAGAAGTCGTTTAATGATAGTCGT	6	43	1
CGTTTAATGATAGTCGTTTAATTAAGCACGC	6	57	1
          *** *******
MAP Score: 16.9883

Motif 3
       CTTTTAAAAACGCTATTTGAATGA	0	3	1
GACACTCTCATTAAAATAGCTAAGCCAATAC	1	42	1
GCTAAGCCAATACAGCCCGCTAGCTCAAGCA	1	60	1
ATTGAACTTTTTAAAATAGTTACAATGCTTG	1	85	0
TCTTTTAACTTAAAGCTCTTTGATGAGAGCT	1	170	1
AGGCATGGTTTAAAAAGCTTTAATCCAAGCT	1	197	0
AGTAGCATTCTAAAAACCTTTAAACAAAAAC	1	232	1
AAACAAAAACTAATGAGCGTTATTTTATAAT	1	253	1
TTTAGGATTTTAAGGAGCGTTCCTCCTTAAA	4	34	1
ATCTTAGTCTTTAAGCTCTCTGACTTTTATT	4	64	1
TTAATACCCTTTAAAATCATTTGATAAAAAT	5	100	0
TTAAAGGGTATTAAACGCGCTCCTAATAACG	5	117	1
TTAAAGTGCTATCAAAGCGTTATTAGGAGCG	5	134	0
AATAATTAGTTAATAAACGCTTCTGTTAATC	5	191	1
TCTTCAAGGAAAAAACACTTTAAGAATAGGA	5	272	1
TTTTTAGATCAAAAACGCGCTT         	6	1	0
AGTCGTTTAATTAAGCACGCTACAATACGAA	6	68	1
          ****** ****
MAP Score: 14.4003

Motif 4
  TAAAAATATCCTTTTAAGCAACTATAACACAATCTCA	0	31	0
TTAATGAGAGTGTCATTTAAATCTTATAACACATCATAG	1	17	0
CAAAAATTAATGGTATTGAACTTTTTAAAATAGTTACAA	1	91	0
CGTAAGTCTTTTAACTTAAAGCTCTTTGATGAGAGCTTG	1	164	1
TGATGAGAGCTTGGATTAAAGCTTTTTAAACCATGCCTT	1	190	1
GCTCATTAGTTTTTGTTTAAAGGTTTTTAGAATGCTACT	1	232	0
TAATGAGCGTTATTTTATAATCCTTTAAAAAAAATGAAA	1	263	1
        GATTTTTTCTAGGATTTTTAATTTTTTAGGA	4	2	1
CCTTAAATCTTAGTCTTTAAGCTCTCTGACTTTTATTAT	4	58	1
GGCTTATTTTTTTGTTTTATTTTTTGTCAATTTACTATT	4	112	1
AAGGTGCGTTTGTTGTAAAAATTTTGTTTTGGAAGGATA	4	189	1
ATTCTAGTTCTCATTTTTATAGGTTTTGATTTTTATCAA	5	72	1
AGGTTTTGATTTTTATCAAATGATTTTAAAGGGTATTAA	5	92	1
AGTTTTAAAGTGCTATCAAAGCGTTATTAGGAGCGCGTT	5	130	0
TAATACTAATTCATTTTAAATAATAATTAGTTAATAAAC	5	170	1
CTCATTCTCCTATTCTTAAAGTGTTTTTTCCTTGAAGAC	5	271	0
GCTTGTTCCTTTCTTTTAAAATTTTCGTATTGTAGCGTG	6	83	0
          *  * ** **   ** * *
MAP Score: 14.0747