AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons014_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944252434
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	jhp0042	58	putative
#1	jhp0044	300	putative TYPE II DNA MODIFICATION ENZYME (METHYLTRANSFERASE)
#2	ureG	28	UREASE ACCESSORY PROTEIN
#3	ureF	23	UREASE ACCESSORY PROTEIN
#4	ureI	223	urea transporter
#5	ureA	300	UREASE ALPHA SUBUNIT
#6	hypB	112	Hydrogenase expression/formation protein
#7	pta	180	PHOSPHOTRANSACETYLASE

Motif 1
       GATTTTTTCTAGGATTTTTAATTTTTTA	4	3	1
ATTAAACGACTTCTTTTATCTTTTTGGCTCATCTT	6	30	0
GCTTGTTCCTTTCTTTTAAAATTTTCGTATTGTAG	6	87	0
TCATTAGTTTTTGTTTAAAGGTTTTTAGAATGCTA	1	234	0
CATTCTCCTATTCTTAAAGTGTTTTTTCCTTGAAG	5	273	0
ACCCTATGATGTGTTATAAGATTTAAATGACACTC	1	14	1
TTAGGAGCGCGTTTAATACCCTTTAAAATCATTTG	5	108	0
GTTGGAGTAATTGTAGCAATCTTTTGATTTACTAA	5	222	0
GCTTATTTTTTTGTTTTATTTTTTGTCAATTTACT	4	113	1
CTAGTTCTCATTTTTATAGGTTTTGATTTTTATCA	5	75	1
ATGAGCGTTATTTTATAATCCTTTAAAAAAAATGA	1	265	1
TAAAATGAATTAGTATTATAGTTTTAAAGTGCTAT	5	153	0
TTTTATTTAATTGTAGCAAATTTTAATTAAACCTA	7	132	0
GTAAAAAGGCTTTTAGCATTTTTTAGATTTGATCA	7	80	0
   TCTGTTATTTTTCTATTTCTTTT         	3	1	0
AAAATTAATGGTATTGAACTTTTTAAAATAGTTAC	1	93	0
CACAATCTCATTCAAATAGCGTTTTTAAAAG    	0	6	0
ACAAGGCATGGTTTAAAAAGCTTTAATCCAAGCTC	1	196	0
TAAGGTGCGTTTGTTGTAAAAATTTTGTTTTGGAA	4	188	1
TAAGCTCTCTGACTTTTATTATTTATTAAAAGTTG	4	75	1
AGGATTTTTAATTTTTTAGGATTTTAAGGAGCGTT	4	20	1
          TAAAAATATCCTTTTAAGCAACTAT	0	43	0
          ** ** **   ****
MAP Score: 20.7731

Motif 2
CAAGCTCTCATCAAAGAGCTTTAAGTTAAAAGAC	1	169	0
AATAACGCTTTGATAGCACTTTAAAACTATAATA	5	141	1
AAGGCATGGTTTAAAAAGCTTTAATCCAAGCTCT	1	195	0
GAGCGTTATTTTATAATCCTTTAAAAAAAATGAA	1	267	1
CATAGTTTTGTAAAAAGGCTTTTAGCATTTTTTA	7	90	0
AGTCGTTTAATGATAGTCGTTTAATTAAGCACGC	6	54	1
ATAATAAAAGTCAGAGAGCTTAAAGACTAAGATT	4	63	0
GTCTTCAAGGAAAAAACACTTTAAGAATAGGAGA	5	271	1
CACGCTACAATACGAAAATTTTAAAAGAAAGGAA	6	83	1
CTATGATGTGTTATAAGATTTAAATGACACTCTC	1	17	1
AGTAGCATTCTAAAAACCTTTAAACAAAAACTAA	1	232	1
TTATTCAATATCGTAAGTCTTTTAACTTAAAGCT	1	153	1
CTATCCTTTAAAACAACTCTTTTATTTTACATGG	7	12	1
TTGATTTTTATCAAATGATTTTAAAGGGTATTAA	5	97	1
ATTTTTAATTTTTTAGGATTTTAAGGAGCGTTCC	4	23	1
    GATTTTTTCTAGGATTTTTAATTTTTTAGG	4	6	1
AATCTCATTCAAATAGCGTTTTTAAAAG      	0	4	0
TATCCTTCCAAAACAAAATTTTTACAACAAACGC	4	194	0
AAAAAGATAAAAGAAGTCGTTTAATGATAGTCGT	6	40	1
       TAAAAATATCCTTTTAAGCAACTATAA	0	41	0
AATTAATGGTATTGAACTTTTTAAAATAGTTACA	1	92	0
          * * **  ******
MAP Score: 20.5909

Motif 3
AAAGAGCTTTAAGTTAAAAGACTTACGATATTG	1	158	0
TAAAATCCTAAAAAATTAAAAATCCTAGAAAAA	4	13	0
CAGAGAGCTTAAAGACTAAGATTTAAGGAGGAA	4	53	0
AACTTTTAATAAATAATAAAAGTCAGAGAGCTT	4	76	0
GACAAAAAATAAAACAAAAAAATAAGCCCCCAA	4	107	0
AGCTAATCATAAAGAAAAATAGTAAATTGACAA	4	135	0
TAAAAATCAAAACCTATAAAAATGAGAACTAGA	5	74	0
TAGCACTTTAAAACTATAATACTAATTCATTTT	5	154	1
TAATCTTAGTAAATCAAAAGATTGCTACAATTA	5	217	1
GTTATGTCTTCAAGGAAAAAACACTTTAAGAAT	5	266	1
AGATGAGCCAAAAAGATAAAAGAAGTCGTTTAA	6	31	1
TACAATACGAAAATTTTAAAAGAAAGGAACAAG	6	88	1
CCCACCATGTAAAATAAAAGAGTTGTTTTAAAG	7	17	0
GGTGGGAGTCAAGCAAAAAGAGTTCCTTAAGAT	7	44	1
ATGAATGATCAAATCTAAAAAATGCTAAAAGCC	7	75	1
          ***  ****** *
MAP Score: 12.7449

Motif 4
CATTCAAATAGCGTTTTTAAAAG         	0	1	0
  TAAAAATATCCTTTTAAGCAACTATAACAC	0	38	0
GCTAGCTCAAGCATTGTAACTATTTTAAAAAG	1	78	1
TTGGATTAAAGCTTTTTAAACCATGCCTTGTT	1	200	1
TTTAAACCATGCCTTGTTAGTAGCATTCTAAA	1	214	1
CTTGTTAGTAGCATTCTAAAAACCTTTAAACA	1	226	1
ACCTTTCATTTTTTTTAAAGGATTATAAAATA	1	273	0
AAATTAAAAATCCTAGAAAAAATC        	4	2	0
TAAGGTGCGTTTGTTGTAAAAATTTTGTTTTG	4	188	1
TCCTAATAACGCTTTGATAGCACTTTAAAACT	5	137	1
TAATACTAATTCATTTTAAATAATAATTAGTT	5	170	1
CTTCTGTTAATCTTAGTAAATCAAAAGATTGC	5	210	1
     GACTATCCTTTAAAACAACTCTTTTAT	7	5	1
AATGCTAAAAGCCTTTTTACAAAACTATGGTT	7	95	1
          ** ******* *
MAP Score: 3.45522