AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons015_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944252457
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	icfA_pyrF	120	icfA: Carbonic anhydrase, pyrF: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
#1	cheY	293	response regulator
#2	hmcT	24	putative HEAVY-METAL CATION-TRANSPORTING P-TYPE ATPASE
#3	tig	112	TRIGGER FACTOR
#4	ribA	89	GTP CYCLOHYDROLASE II
#5	jhp0739	86	putative
#6	ribBA	97	GTP CYCLOHYDROLASE II/3,4-DIHYDROXY-2-BUTANONE 4- PHOSPHATE SYNTHASE
#7	jhp0741	48	putative lipopolysaccharide biosynthesis protein
#8	gltS	85	Sodium/Glutamate Symporter
#9	ribC	74	RIBOFLAVIN SYNTHASE ALPHA CHAIN

Motif 1
AACCCTTAAATCTCATTTTTTAAACTTGGTTTTC	0	91	0
AATCCTTGTCTTTCTTTTTTCAAACCATCCAATG	1	20	1
ATGCTATATTTCTTTTTTTTATAATCTAAATTAA	6	25	1
ACTATAAAACTTTAATTTTTTAACCATTAAGGAA	3	84	1
AGGGGTGTCTTATTATTTTTGAACTATTATGATA	1	77	1
      TTTTTTAAATTTTTGAAAACTAGAATTA	3	4	1
TTGAATGTGTTGTAATGTTTTTAAGGTATAATAA	5	26	1
TTTTTAAAAGACGCGTTTTTAAAACTAATTTTAG	4	57	1
ATCTTGCATTTCTTTTTGTTATAATGGCGTTATT	0	30	0
TTAATCAAATTTATCTTATTATAATATAATAGCC	8	48	0
          AAGGATTTTTATAAGGGAGAGAAA	2	0	1
TTTTGATAGAATACCTTTTTTTAAAAGACGCGTT	4	40	1
ATTTGGAATGATTTATTATTATAAGGCGTTTAGG	1	211	1
TTTGTTATAATGGCGTTATTTTACACTTTAAAGG	0	16	0
TTAGGACGCTTTGGCTGTTTAAAAAGAGCCTAAT	1	240	1
TCATTATAGCTTAATTTGTTTTAATTCCGGTTGA	3	51	0
AATAATAGCATGTTTTGATTAAAATTACCTTGAC	1	180	0
         TAATCGTTATTAAACATGCTATATT	6	1	1
TAAACTTGGTTTTCATTTTAAAACGCTTATCATA	0	71	0
GCAAACAAACTGAATTTTTACAAATGAGAACGCT	1	111	1
TGACTTAAAAAGAGTTTATTATACCTTAAAAACA	5	41	0
CAAAACTCTTTATAATTTTCTTAAATTTTAAATT	4	11	0
          * *  ***** ***
MAP Score: 20.6962

Motif 2
         GAAAGCCCTTTAAAGTGTAAAATAACGCC	0	1	1
AGTGTAAAATAACGCCATTATAACAAAAAGAAATGCAA	0	23	1
TAGCTATGATAAGCGTTTTAAAATGAAAACCAAGTTTA	0	67	1
AAGTTTAAAAAATGAGATTTAAGGGTTAAAGA      	0	98	1
ATTGTCGGTCAAGGTAATTTTAATCAAAACATGCTATT	1	173	1
AAAGCGTCCTAAACGCCTTATAATAATAAATCATTCCA	1	214	0
GCCTAATTTAAATGCAATCTTAAAAGGAGAAGTGCT  	1	267	1
          AAGGATTTTTATAAGGGAGAGAAA    	2	0	1
CGGTTGATAAAAAGCGGTTTTAATTCTAGTTTTCAAAA	3	20	0
GCTTTTTATCAACCGGAATTAAAACAAATTAAGCTATA	3	43	1
ATTAAGCTATAATGACTATAAAACTTTAATTTTTTAAC	3	70	1
TATTCTATCAAAACTCTTTATAATTTTCTTAAATTTTA	4	15	0
TTTGATAGAATACCTTTTTTTAAAAGACGCGTTTTTAA	4	41	1
CGCGTTTTTAAAACTAATTTTAGGAGTATCC       	4	68	1
AAGGTATAATAAACTCTTTTTAAGTCAAGCGATAAAGT	5	48	1
         TAATCGTTATTAAACATGCTATATTTCTT	6	1	1
TTTTTTTTATAATCTAAATTAAGTTTTAATTTGAATTA	6	37	1
TAATCAAATTTATCTTATTATAATATAATAGCCCCCTA	8	43	0
ATTCTAACATAAGGAAAATAATAATTAACT        	9	54	1
          ** *   ******    *
MAP Score: 20.522

Motif 3
  GAAAGCCCTTTAAAGTGTAAAATAACGCCATTAT	0	8	1
AATAACGCCATTATAACAAAAAGAAATGCAAGATTT	0	30	1
TGATAAGCGTTTTAAAATGAAAACCAAGTTTAAAAA	0	73	1
TTGGATGGTTTGAAAAAAGAAAGACAAGGATTTTAC	1	16	0
ATCATAATAGTTCAAAAATAATAAGACACCCCTAAC	1	74	0
GTCAAGGTAATTTTAATCAAAACATGCTATTATTTG	1	180	1
CCTAAACGCCTTATAATAATAAATCATTCCAAATAA	1	209	0
AAGAGCCTAATTTAAATGCAATCTTAAAAGGAGAAG	1	263	1
  AAGGATTTTTATAAGGGAGAGAAA          	2	8	1
TTTTAAATTTTTGAAAACTAGAATTAAAACCGCTTT	3	12	1
       GAATTTAAAATTTAAGAAAATTATAAAGA	4	3	1
AAGACGCGTTTTTAAAACTAATTTTAGGAGTATCC 	4	64	1
AAAGAGTTTATTATACCTTAAAAACATTACAACACA	5	31	0
TTAATTTAGATTATAAAAAAAAGAAATATAGCATGT	6	23	0
CCTAGTCTAATTCAAATTAAAACTTAATTTAGATTA	6	46	0
GCCTGTATCCTTATTAATCAAATTTATCTTATTATA	8	59	0
TACTTAAGCATTCTAACATAAGGAAAATAATAATTA	9	45	1
          ** ***   *** * *
MAP Score: 14.9476

Motif 4
AAATTAGTTTTAAAAACGCGTCTTTTAAAAAAAG	4	54	0
TTCCGGTTGATAAAAAGCGGTTTTAATTCTAGTT	3	27	0
CTAATTCAAATTAAAACTTAATTTAGATTATAAA	6	42	0
AACGCGTCTTTTAAAAAAAGGTATTCTATCAAAA	4	40	0
TTCTCATTTGTAAAAATTCAGTTTGTTTGCTATC	1	107	0
TTTAAGAAAATTATAAAGAGTTTTGATAGAATAC	4	20	1
CTTTGGCTGTTTAAAAAGAGCCTAATTTAAATGC	1	248	1
TTTAAATTTTTGAAAACTAGAATTAAAACCGCTT	3	13	1
ATCGCTTGACTTAAAAAGAGTTTATTATACCTTA	5	47	0
CGTTTTAAAATGAAAACCAAGTTTAAAAAATGAG	0	80	1
AGAGCCTAATTTAAATGCAATCTTAAAAGGAGAA	1	264	1
ATTTAGATTATAAAAAAAAGAAATATAGCATGTT	6	22	0
TCTTTAACCCTTAAATCTCATTTTTTAAACTTGG	0	96	0
CTTTAAAGTGTAAAATAACGCCATTATAACAAAA	0	17	1
TTGTAACATATTAAATAAAACCATAGGATAAAAG	9	11	0
CTTTTGAGCGTGATAAAGGGTCATTGGATGGTTT	1	41	0
GTAATTTTAATCAAAACATGCTATTATTTGGAAT	1	186	1
TATAATTTTCTTAAATTTTAAATTC         	4	1	0
TGATTTATTATTATAAGGCGTTTAGGACGCTTTG	1	219	1
TATTATATTATAATAAGATAAATTTGATTAATAA	8	51	1
TTATCATAGCTAAAAATCTTGCATTTCTTTTTGT	0	45	0
TCAACCGGAATTAAAACAAATTAAGCTATAATGA	3	51	1
TTTCTCTCCCTTATAAAAATCCTT          	2	0	0
          ******   * ***
MAP Score: 13.2368

Motif 5
AATGGCGTTATTTTACACTTTAAAGGGCTTTC  	0	8	0
ATAACGCCATTATAACAAAAAGAAATGCAAGATT	0	31	1
ATGATAAGCGTTTTAAAATGAAAACCAAGTTTAA	0	72	1
GAAAACCAAGTTTAAAAAATGAGATTTAAGGGTT	0	91	1
CATTGGATGGTTTGAAAAAAGAAAGACAAGGATT	1	20	0
CAAACTGAATTTTTACAAATGAGAACGCTCATTG	1	116	1
TTAAATGCAATCTTAAAAGGAGAAGTGCT     	1	274	1
    AAGGATTTTTATAAGGGAGAGAAA      	2	6	1
AAAACCGCTTTTTATCAACCGGAATTAAAACAAA	3	37	1
CTATAATGACTATAAAACTTTAATTTTTTAACCA	3	76	1
TTTATAATTTTCTTAAATTTTAAATTC       	4	3	0
TAATTTAGATTATAAAAAAAAGAAATATAGCATG	6	24	0
GCTATTATATTATAATAAGATAAATTTGATTAAT	8	49	1
GCTTAAGTATTGTAACATATTAAATAAAACCATA	9	20	0
ACTTAAGCATTCTAACATAAGGAAAATAATAATT	9	46	1
          * ******   ***
MAP Score: 8.81909

Motif 6
AATGGCGTTATTTTACACTTTAAAGGGCTTTC  	0	8	0
AATAACGCCATTATAACAAAAAGAAATGCAAGAT	0	30	1
AATGCAAGATTTTTAGCTATGATAAGCGTTTTAA	0	54	1
ATGATAAGCGTTTTAAAATGAAAACCAAGTTTAA	0	72	1
GAAAACCAAGTTTAAAAAATGAGATTTAAGGGTT	0	91	1
CAAACTGAATTTTTACAAATGAGAACGCTCATTG	1	116	1
GTCAAGGTAATTTTAATCAAAACATGCTATTATT	1	180	1
    AAGGATTTTTATAAGGGAGAGAAA      	2	6	1
AATTAAAGTTTTATAGTCATTATAGCTTAATTTG	3	67	0
AACTTTAATTTTTTAACCATTAAGGAAAGAA   	3	91	1
TTGTAATGTTTTTAAGGTATAATAAACTCTTTTT	5	35	1
ATAAACTCTTTTTAAGTCAAGCGATAAAGTTTGC	5	56	1
TTAATTTAGATTATAAAAAAAAGAAATATAGCAT	6	25	0
ATTAATCAAATTTATCTTATTATAATATAATAGC	8	49	0
TATCCTATGGTTTTATTTAATATGTTACAATACT	9	15	1
          *****  *** * *
MAP Score: 1.66856

Motif 7
  GAAAGCCCTTTAAAGTGTAAAATAACGCCATTA	0	8	1
AAATAACGCCATTATAACAAAAAGAAATGCAAGAT	0	29	1
AAAAATGAGATTTAAGGGTTAAAGA          	0	105	1
AAGAGCCTAATTTAAATGCAATCTTAAAAGGAGAA	1	263	1
ATTAAAACAAATTAAGCTATAATGACTATAAAACT	3	60	1
TATAATGACTATAAAACTTTAATTTTTTAACCATT	3	77	1
ACTTTAATTTTTTAACCATTAAGGAAAGAA     	3	92	1
       GAATTTAAAATTTAAGAAAATTATAAAG	4	3	1
TTGTAATGTTTTTAAGGTATAATAAACTCTTTTTA	5	35	1
ATTTCTTTTTTTTATAATCTAAATTAAGTTTTAAT	6	32	1
TTAGGGGGCTATTATATTATAATAAGATAAATTTG	8	42	1
          ******   ***  *
MAP Score: 0.619579