AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons015_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944252471
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	icfA_pyrF	120	icfA: Carbonic anhydrase, pyrF: OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
#1	cheY	293	response regulator
#2	hmcT	24	putative HEAVY-METAL CATION-TRANSPORTING P-TYPE ATPASE
#3	tig	112	TRIGGER FACTOR
#4	jhp0732	21	putative Outer membrane protein
#5	hpaA	118	NEURAMINYLLACTOSE-BINDING HEMAGGLUTININ PRECURSOR
#6	moaD	48	putative MOLYBDOPTERIN CONVERTING FACTOR, SUBUNIT 1
#7	ribA	89	GTP CYCLOHYDROLASE II
#8	jhp0739	86	putative
#9	ribBA	97	GTP CYCLOHYDROLASE II/3,4-DIHYDROXY-2-BUTANONE 4- PHOSPHATE SYNTHASE
#10	jhp0741	48	putative lipopolysaccharide biosynthesis protein
#11	gltS	85	Sodium/Glutamate Symporter
#12	ribC	74	RIBOFLAVIN SYNTHASE ALPHA CHAIN

Motif 1
TAAAATAACGCCATTATAACAAAAAGAAATGCAAGA	0	27	1
AGCTATGATAAGCGTTTTAAAATGAAAACCAAGTTT	0	68	1
AAATGAAAACCAAGTTTAAAAAATGAGATTTAAGGG	0	87	1
AAGAAAGACAAGGATTTTACAAGCAA          	1	0	0
GGGTCATTGGATGGTTTGAAAAAAGAAAGACAAGGA	1	22	0
TTGCTATCATAATAGTTCAAAAATAATAAGACACCC	1	79	0
CAAACAAACTGAATTTTTACAAATGAGAACGCTCAT	1	112	1
CGTCCTAAACGCCTTATAATAATAAATCATTCCAAA	1	212	0
AGGACGCTTTGGCTGTTTAAAAAGAGCCTAATTTAA	1	242	1
TAATTTAAATGCAATCTTAAAAGGAGAAGTGCT   	1	270	1
        AAGGATTTTTATAAGGGAGAGAAA    	2	2	1
   TTTTTTAAATTTTTGAAAACTAGAATTAAAACC	3	7	1
TTTTAATTCCGGTTGATAAAAAGCGGTTTTAATTCT	3	31	0
GGGTAAAATAACATTTTGACAACAAAAGCGTGTTGG	5	37	1
ATATTTCAGACTTCTATAACAACAAACCCGAAGCAA	5	73	0
ATAGAAGTCTGAAATATTACAATCAAGGATAGAACG	5	92	1
        AAACTCTTTTAAAATAAGCTTTAAAAGG	6	2	1
TTAAAAACGCGTCTTTTAAAAAAAGGTATTCTATCA	7	43	0
TTTAAAAGACGCGTTTTTAAAACTAATTTTAGGAGT	7	59	1
AACTTAATTTAGATTATAAAAAAAAGAAATATAGCA	9	26	0
TTAGGGGGCTATTATATTATAATAAGATAAATTTGA	11	42	1
          *   *** ****  **
MAP Score: 25.5796

Motif 2
TTAAATTAGGCTCTTTTTAAACAGCCAAAG	1	248	0
GTATAATAAACTCTTTTTAAGTCAAGCGAT	8	51	1
GATAGAATACCTTTTTTTAAAAGACGCGTT	7	44	1
TCTATCAAAACTCTTTATAATTTTCTTAAA	7	20	0
   AGCACTTCTCCTTTTAAGATTGCATTT	1	276	0
       AAACTCTTTTAAAATAAGCTTTA	6	3	1
CTCTATATTGCGCCTTTTAAAGCTTATTTT	6	20	0
TTAAAAGACGCGTTTTTAAAACTAATTTTA	7	60	1
CCTTGTCTTTCTTTTTTCAAACCATCCAAT	1	23	1
GCGTCCTAAACGCCTTATAATAATAAATCA	1	219	0
CTATGATAAGCGTTTTAAAATGAAAACCAA	0	70	1
TGCTATATTTCTTTTTTTTATAATCTAAAT	9	26	1
      AAGGATTTTTATAAGGGAGAGAAA	2	4	1
ATTAAAACCGCTTTTTATCAACCGGAATTA	3	34	1
CTTAAATCTCATTTTTTAAACTTGGTTTTC	0	91	0
ATGTGTTGTAATGTTTTTAAGGTATAATAA	8	30	1
AACAAACTGAATTTTTACAAATGAGAACGC	1	114	1
TCAAATTTATCTTATTATAATATAATAGCC	11	48	0
          **********
MAP Score: 21.9804

Motif 3
CTTTAAAGTGTAAAATAACGCCATTATAACAAAAAGA	0	17	1
AATCTCATTTTTTAAACTTGGTTTTCATTTTAAAACG	0	80	0
   TTGCTTGTAAAATCCTTGTCTTTCTTTTTTCAAA	1	7	1
GTAATTTTAATCAAAACATGCTATTATTTGGAATGAT	1	186	1
GCTTTGGCTGTTTAAAAAGAGCCTAATTTAAATGCAA	1	247	1
AAGAGCCTAATTTAAATGCAATCTTAAAAGGAGAAGT	1	263	1
AAAACTAGAATTAAAACCGCTTTTTATCAACCGGAAT	3	25	1
TTAATGGTTAAAAAATTAAAGTTTTATAGTCATTATA	3	77	0
GCTTTTGTTGTCAAAATGTTATTTTACCCTAACATCT	5	29	0
   AAACTCTTTTAAAATAAGCTTTAAAAGGCGCAAT	6	7	1
AGGTATTCTATCAAAACTCTTTATAATTTTCTTAAAT	7	19	0
AATACCTTTTTTTAAAAGACGCGTTTTTAAAACTAAT	7	49	1
TCGCTTGACTTAAAAAGAGTTTATTATACCTTAAAAA	8	43	0
TTTTTTATAATCTAAATTAAGTTTTAATTTGAATTAG	9	39	1
          * ****     * ****
MAP Score: 2.8786