AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons016_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944252495
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	rplU	242	50S RIBOSOMAL PROTEIN L21
#1	dppD	300	DIPEPTIDE TRANSPORT SYSTEM DIPEPTIDE TRANSPORT SYSTEM ATP-BINDING PROTEIN
#2	nadE	248	NH(3)-DEPENDENT NAD+ SYNTHETASE
#3	pepA	47	AMINOPEPTIDASE
#4	apt	60	ADENINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
#5	jhp0520	50	putative
#6	folD	85	METHYLENETETRAHYDROFOLATE DEHYDROGENASE/METHENYLTETRAHYDROFOLATE CYCLOHYDROLASE
#7	fliN	81	putative  FLAGELLAR MOTOR SWITCH PROTEIN
#8	jhp1257	300	putative
#9	jhp1385	140	putative
#10	rplY	54	putative ribosomal protein L25

Motif 1
TTTGATTATAAAATCTTAATTTTACTATAAATTT	7	27	0
    TCTATTAAAATATCCTTTTAGCGAAACGAT	5	30	0
AGTATTTGCTAAAATTTAACTTTAAATTTAGATT	0	165	0
CCTTATTTTTAAAATTTTACTTTAAGATACCATA	9	107	0
TTATAGCAAGAAAAGCTAATTTTTCACTTAAATG	2	196	1
     TTTTAAAAACCTTATTTTTAAAATTTTAC	9	121	0
AATGGAATTAAAAAATTCCCTTTAGCTTG     	6	5	0
ATTGTAGCAAAAATCATGCGTTTAATGGAATTAA	6	28	0
TTTTTAAGTAAAAAAATTCGTTTAATATGAATTT	0	131	1
          AAAGTCTCCTTTTTTAATTTCATA	3	33	0
TCACTATAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGAGCGT	0	198	1
TGGATAGAATAAGCCCTTATTTTATTTTAAAGGA	10	25	1
GTGTTTAAGCAAGTATTTATTTTACCATAATGGG	2	26	1
TTTTTCACTTAAATGATGCGTTTTTTCTATTATA	2	215	1
TAAAGAAGTGAAACGATGATTATAGCAAGAAAAG	2	177	1
CATTTTTATCAAACAACGCTTTTTAAGAGTGGCT	9	65	0
TCTGTATTATAATTGTTCATTTTAAATTAATTCA	8	221	1
 ATCGTCATCAAAACCTTATTCTAATAGTGGCTC	9	9	1
AAATTTTAGCAAATACTCACTATAATAAGCGTTT	0	182	1
AGCTCCTTTTAAGAGGCGCGTTTAGGATCTAAAG	1	273	0
TTTATCCATTAAAATCCTATTATTGTAGCAAAAA	6	49	0
GTTTGATAAAAATGGCTCATTATATGGTATCTTA	9	85	1
          ***   * ******
MAP Score: 27.6231

Motif 2
TTATTGGTTTTTTTAACAAACAAGCTAAAA	0	20	1
ATGGGGTGTTTTTAAGTAAAAAAATTCGTT	0	123	1
TAAAGTTAAATTTTAGCAAATACTCACTAT	0	175	1
TAAACGCTTATTATAGTGAGTATTTGCTAA	0	187	0
AACGCTCTTTTTAAAATAAACGCTTATTAT	0	203	0
TCCTAGCGTGTTTAAGCAAGTATTTATTTT	2	19	1
GAAACGATGATTATAGCAAGAAAAGCTAAT	2	186	1
AAACGCATCATTTAAGTGAAAAATTAGCTT	2	208	0
TAAAATATCCTTTTAGCGAAACGATGCAAT	5	25	0
AATCCTATTATTGTAGCAAAAATCATGCGT	6	41	0
ACTATAAATTTTATAACAAATAAAGCCA  	7	8	0
GTTATAAAATTTATAGTAAAATTAAGATTT	7	21	1
TCCCTTAAGATTAAAGCAACATGCGATACA	8	16	1
TTGAATTAATTTAAAATGAACAATTATAAT	8	226	0
CATGAGCGGCTTTTAACAAACTCATGCCAA	8	265	1
AATGAGCCATTTTTATCAAACAACGCTTTT	9	76	0
ATATGGTATCTTAAAGTAAAATTTTAAAAA	9	106	1
 GTCAATCCTTTAAAATAAAATAAGGGCTT	10	35	0
          **********
MAP Score: 20.7553

Motif 3
TAAAAAAACCAATAAGGATTTGATC      	0	4	0
AAATTTTAAAAATAAGGTTTTTAAAA     	9	124	1
CCACTATTAGAATAAGGTTTTGATGACGAT 	9	9	0
AACTCATGCCAAAAAGGATTTTCTCAA    	8	283	1
TACTCACTATAATAAGCGTTTATTTTAAAAA	0	195	1
TTTAAAATAAAATAAGGGCTTATTCTATCCA	10	25	0
TTAAGTGAAAAATTAGCTTTTCTTGCTATAA	2	196	0
TGGTTGGCCATAAAAGCGTTTGAATTTGATT	8	179	0
        TTTTTAAGGGTTTTTTGGATAGA	10	2	1
TTTGCTACAATAATAGGATTTTAATGGATAA	6	51	1
TATTCTATCCAATTAGCCCTTGAGCCACTCT	9	43	1
AGCCACTCTTAAAAAGCGTTGTTTGATAAAA	9	65	1
TTTTGGTTTATTATAGCGTTT          	4	0	0
GCGCTGAGCTTTTTAGGTCTTGGGGCGCAAC	1	101	1
TTATTTTATTTTAAAGGATTGAC        	10	41	1
ATCGTTTCGCTAAAAGGATATTTTAATAGA 	5	30	1
          ******* ***
MAP Score: 17.3368

Motif 4
AGCAAAAATCATGCGTTTAATGGAATTAAAA	6	26	0
TCACTATAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGAG	0	198	1
CCTTTTTGGCATGAGTTTGTTAAAAGCCGCT	8	269	0
CACTTAAATGATGCGTTTTTTCTATTATAAT	2	220	1
TTCGTTTAATATGAATTTAATCTAAATTTAA	0	147	1
AAGTAAAAAAATTCGTTTAATATGAATTTAA	0	136	1
     TTTTTAAGGGTTTTTTGGATAGAATA	10	5	1
CTATTAGAATAAGGTTTTGATGACGAT    	9	6	0
TTTAACGGTCATGAGTTTTAATCTGGTAGGC	1	226	1
AACATTCTGCATGTTTTTAAACATTATCGCT	2	60	0
TTGGCCATAAAAGCGTTTGAATTTGATTGTA	8	176	0
CCCTGGGGTGATGATTTTTTTAACGGTCATG	1	208	1
TGTTGATTATATTGTTTTAATAATAACAAGT	8	123	1
GTGTTTAAGCAAGTATTTATTTTACCATAAT	2	26	1
AAAAACCAATAAGGATTTGATC         	0	1	0
AGCTAAAGGGAATTTTTTAATTCCATTAAAC	6	12	1
TAGTAAAATTAAGATTTTATAATCAAAGTCA	7	34	1
CTACAATAATAGGATTTTAATGGATAAAGGA	6	55	1
TTTTAAAAATAAGGTTTTTAAAA        	9	127	1
TCAAATCCTTATTGGTTTTTTTAACAAACAA	0	12	1
AAAATAAAATAAGGGCTTATTCTATCCAAAA	10	22	0
GTATGATTGAATTAATTTAAAATGAACAATT	8	231	0
GATTGTAATTATTAGCTTAATCATCATTGAC	8	152	0
          *** *******
MAP Score: 16.0913

Motif 5
     AACAATTCCCTTAAGATTAAAGCAACA	8	5	1
TATGATTGAATTAATTTAAAATGAACAATTAT	8	229	0
GTTATAAAATTTATAGTAAAATTAAGATTTTA	7	21	1
ATCGCTCCCATTATGGTAAAATAAATACTTGC	2	34	0
TTTTAAAATTTTACTTTAAGATACCATATAAT	9	103	0
     TTCTATTCCTTAAAAATTGAACGCTCT	0	225	0
AGTAAAAAAATTCGTTTAATATGAATTTAATC	0	137	1
TTGCTAAAATTTAACTTTAAATTTAGATTAAA	0	162	0
TTTGTCCTTTATCCATTAAAATCCTATTATTG	6	58	0
      GTCAATCCTTTAAAATAAAATAAGGG	10	38	0
GATGCGTTTTTTCTATTATAATTTAAGGC   	2	229	1
TTCAATACAATTCTTGAAAGATATGAAATTAA	3	12	1
AACTTTAAATTTAGATTAAATTCATATTAAAC	0	150	0
TAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGAGCGTTCAA	0	204	1
   TTTAAATATCCTGTAATATATTACGGATT	4	41	0
          ***  *******
MAP Score: 9.25109

Motif 6
GATCAAATCCTTATTGGTTTTTTTAACAAACAAGCT	0	10	1
GTTAATAATAATCATGAATGGTTTGAGTGGGGCAAT	0	64	1
ATGTGGAGGAATAATGGCGGGTTAAATGGGGTGTTT	0	98	1
AAATTCATATTAAACGAATTTTTTTACTTAAAAACA	0	129	0
ACTCACTATAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGAGCGT	0	196	1
TTTAAAGAAGTGAAACGATGATTATAGCAAGAAAAG	2	175	1
TATAATAGAAAAAACGCATCATTTAAGTGAAAAATT	2	213	0
CCGTAATATATTACAGGATATTTAAA          	4	44	1
ATCGTTTCGCTAAAAGGATATTTTAATAGA      	5	30	1
     CAAGCTAAAGGGAATTTTTTAATTCCATTAA	6	5	1
TTAATTCCATTAAACGCATGATTTTTGCTACAATAA	6	28	1
ATAATCAAAGTCAAATCATTCTTGAAAGAGTAGAGT	7	52	1
AATCTGTATTATAATTGTTCATTTTAAATTAATTCA	8	219	1
AACTCATGCCAAAAAGGATTTTCTCAA         	8	283	1
TAAGAGTGGCTCAAGGGCTAATTGGATAGAATAGAG	9	40	0
AGCCACTCTTAAAAAGCGTTGTTTGATAAAAATGGC	9	65	1
TTGTTTGATAAAAATGGCTCATTATATGGTATCTTA	9	83	1
ATATGGTATCTTAAAGTAAAATTTTAAAAATAAGGT	9	106	1
       TTTTTAAGGGTTTTTTGGATAGAATAAGC	10	3	1
TTAAAATAAAATAAGGGCTTATTCTATCCAAAAAAC	10	19	0
          * ** ****  **  *
MAP Score: 8.07171

Motif 7
TGTTAAAAAAACCAATAAGGATTTGATC         	0	1	0
ACAAGTTAATAATAATCATGAATGGTTTGAGTGGGGC	0	60	1
AAACACCCCATTTAACCCGCCATTATTCCTCCACATT	0	97	0
AAAAAATTCGTTTAATATGAATTTAATCTAAATTTAA	0	141	1
AAATACTCACTATAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGAG	0	192	1
TCGTGCAAGTTACAATGGGGTTTGCTTCCACGGTTTT	1	54	1
CATTTAAGTGAAAAATTAGCTTTTCTTGCTATAATCA	2	193	0
AATTTTTCACTTAAATGATGCGTTTTTTCTATTATAA	2	213	1
GGATTAGTTGTAGAATTTTGGTTTATTATAGCGTTT 	4	9	0
TTTTTGCTACAATAATAGGATTTTAATGGATAAAGGA	6	49	1
ACTTTGATTATAAAATCTTAATTTTACTATAAATTTT	7	26	0
CGCATGTTGCTTTAATCTTAAGGGAATTGTT      	8	4	0
AAAATGATAAAGGAATGTTGGTTTGTTGATTATATTG	8	100	1
AATGAACAATTATAATACAGATTGGATTTAAATGGTT	8	205	0
GAGCCACTATTAGAATAAGGTTTTGATGACGAT    	9	6	0
CTCTATTCTATCCAATTAGCCCTTGAGCCACTCTTAA	9	40	1
TAAGATACCATATAATGAGCCATTTTTATCAAACAAC	9	82	0
GTTTTTTGGATAGAATAAGCCCTTATTTTATTTTAAA	10	19	1
          *  ***  **  ** **
MAP Score: 7.72549

Motif 8
TCCTTATTGGTTTTTTTAACAAACAAGCTAAAAGT	0	17	1
TTAAATGGGGTGTTTTTAAGTAAAAAAATTCGTTT	0	119	1
AGTAAAAAAATTCGTTTAATATGAATTTAATCTAA	0	137	1
TAATATGAATTTAATCTAAATTTAAAGTTAAATTT	0	153	1
TAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGAGCGTTCAATTT	0	204	1
GGGGTGATGATTTTTTTAACGGTCATGAGTTTTAA	1	212	1
TAAGCAAGTATTTATTTTACCATAATGGGAGCGAT	2	31	1
GAAAAAACGCATCATTTAAGTGAAAAATTAGCTTT	2	207	0
AAATGATGCGTTTTTTCTATTATAATTTAAGGC  	2	225	1
      TGGCTTTATTTGTTATAAAATTTATAGTA	7	4	1
TTATAAAATCTTAATTTTACTATAAATTTTATAAC	7	21	0
AAGAATGATTTGACTTTGATTATAAAATCTTAATT	7	40	0
GTATCGCATGTTGCTTTAATCTTAAGGGAATTGTT	8	10	0
GTTGATTATATTGTTTTAATAATAACAAGTCAATG	8	124	1
TAAAAGCGTTTGAATTTGATTGTAATTATTAGCTT	8	165	0
ATTATAATTGTTCATTTTAAATTAATTCAATCATA	8	226	1
AAGCCCTTATTTTATTTTAAAGGATTGAC      	10	35	1
          **  *** *  ****
MAP Score: 5.73078