AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons016_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944252520 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 rplU 242 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21 #1 dppD 300 DIPEPTIDE TRANSPORT SYSTEM DIPEPTIDE TRANSPORT SYSTEM ATP-BINDING PROTEIN #2 nadE 248 NH(3)-DEPENDENT NAD+ SYNTHETASE #3 pepA 47 AMINOPEPTIDASE #4 apt 60 ADENINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE #5 jhp0520 50 putative #6 folD 85 METHYLENETETRAHYDROFOLATE DEHYDROGENASE/METHENYLTETRAHYDROFOLATE CYCLOHYDROLASE #7 fliN 81 putative FLAGELLAR MOTOR SWITCH PROTEIN #8 jhp1257 300 putative #9 jhp1385 140 putative #10 rplY 54 putative ribosomal protein L25 Motif 1 TTTTTAAGTAAAAAAATTCGTTTAATATGAATTT 0 131 1 AGTATTTGCTAAAATTTAACTTTAAATTTAGATT 0 165 0 AAATTTTAGCAAATACTCACTATAATAAGCGTTT 0 182 1 TCACTATAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGAGCGT 0 198 1 AGCTCCTTTTAAGAGGCGCGTTTAGGATCTAAAG 1 273 0 GTGTTTAAGCAAGTATTTATTTTACCATAATGGG 2 26 1 TAAAGAAGTGAAACGATGATTATAGCAAGAAAAG 2 177 1 TTATAGCAAGAAAAGCTAATTTTTCACTTAAATG 2 196 1 TTTTTCACTTAAATGATGCGTTTTTTCTATTATA 2 215 1 AAAGTCTCCTTTTTTAATTTCATA 3 33 0 TCTATTAAAATATCCTTTTAGCGAAACGAT 5 30 0 AATGGAATTAAAAAATTCCCTTTAGCTTG 6 5 0 ATTGTAGCAAAAATCATGCGTTTAATGGAATTAA 6 28 0 TTTATCCATTAAAATCCTATTATTGTAGCAAAAA 6 49 0 TTTGATTATAAAATCTTAATTTTACTATAAATTT 7 27 0 AAAACTCTACTCTTTCAAGAATGAT 7 66 0 TCTGTATTATAATTGTTCATTTTAAATTAATTCA 8 221 1 ATCGTCATCAAAACCTTATTCTAATAGTGGCTC 9 9 1 CATTTTTATCAAACAACGCTTTTTAAGAGTGGCT 9 65 0 GATACCATATAATGAGCCATTTTTATCAAACAAC 9 82 0 CCTTATTTTTAAAATTTTACTTTAAGATACCATA 9 107 0 TTTTAAAAACCTTATTTTTAAAATTTTAC 9 121 0 TGGATAGAATAAGCCCTTATTTTATTTTAAAGGA 10 25 1 *** * ****** MAP Score: 26.7207 Motif 2 TTTTAGCTTGTTTGTTAAAAAAACCAATAA 0 20 0 AACGAATTTTTTTACTTAAAAACACCCCAT 0 123 0 ATAGTGAGTATTTGCTAAAATTTAACTTTA 0 175 0 TTAGCAAATACTCACTATAATAAGCGTTTA 0 187 1 ATAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGAGCGTT 0 203 1 AAAATAAATACTTGCTTAAACACGCTAGGA 2 19 0 ATTAGCTTTTCTTGCTATAATCATCGTTTC 2 186 0 AAGCTAATTTTTCACTTAAATGATGCGTTT 2 208 1 ATTGCATCGTTTCGCTAAAAGGATATTTTA 5 25 1 ACGCATGATTTTTGCTACAATAATAGGATT 6 41 1 TGGCTTTATTTGTTATAAAATTTATAGT 7 8 1 AAATCTTAATTTTACTATAAATTTTATAAC 7 21 0 TGTATCGCATGTTGCTTTAATCTTAAGGGA 8 16 0 ATTATAATTGTTCATTTTAAATTAATTCAA 8 226 1 TTGGCATGAGTTTGTTAAAAGCCGCTCATG 8 265 0 AAAAGCGTTGTTTGATAAAAATGGCTCATT 9 76 1 TTTTTAAAATTTTACTTTAAGATACCATAT 9 106 0 AAGCCCTTATTTTATTTTAAAGGATTGAC 10 35 1 ********** MAP Score: 20.7553 Motif 3 AAAATCTTAATTTTACTATAAATTTTATAACAAATAAAGCCA 7 9 0 CATGAGCGGCTTTTAACAAACTCATGCCAAAAAGGATTTTCTC 8 265 1 ATTTTTAAAATTTTACTTTAAGATACCATATAATGAGCCATTT 9 94 0 AATGAGCCATTTTTATCAAACAACGCTTTTTAAGAGTGGCTCA 9 63 0 AGTCTCCTTTTTTAATTTCATATCTTTCAAGAATTGTATTGAA 3 12 0 TGGCCAACCATTTAAATCCAATCTGTATTATAATTGTTCATTT 8 200 1 ATGGGGTGTTTTTAAGTAAAAAAATTCGTTTAATATGAATTTA 0 123 1 TTAATATGAATTTAATCTAAATTTAAAGTTAAATTTTAGCAAA 0 152 1 CTACGAGCACTTTTAAAGAAGTGAAACGATGATTATAGCAAGA 2 164 1 TAAAATATCCTTTTAGCGAAACGATGCAATTATACTATATTAG 5 12 0 TAAAGTTAAATTTTAGCAAATACTCACTATAATAAGCGTTTAT 0 175 1 CAAGTATTTATTTTACCATAATGGGAGCGATAATGTTTAAAAA 2 35 1 AAGGGAATTTTTTAATTCCATTAAACGCATGATTTTTGCTACA 6 17 1 ATTATATTGTTTTAATAATAACAAGTCAATGATGATTAAGCTA 8 128 1 AGCGATAATGTTTAAAAACATGCAGAATGTTAAGAAATGGTGT 2 60 1 AATAATAGGATTTTAATGGATAAAGGACAAATAAGC 6 59 1 TTATTGGTTTTTTTAACAAACAAGCTAAAAGTATTCCAAAACA 0 20 1 AATTGTTCATTTTAAATTAATTCAATCATACTAGCATGAGCGG 8 231 1 TAAAGTAAAATTTTAAAAATAAGGTTTTTAAAA 9 117 1 TTTTTAAGGGTTTTTTGGATAGAATAAGCCCTTA 10 1 1 AAGCGTTTATTTTAAAAAGAGCGTTCAATTTTTAAGGAATAGA 0 208 1 GTGATGATTTTTTTAACGGTCATGAGTTTTAATCTGGTAGGCG 1 215 1 ***** * ** ** MAP Score: 19.4334 Motif 4 ATTCCAAAACAAGTTAATAATAATCATGAATGGTTTGAGTGGG 0 52 1 ATTCATATTAAACGAATTTTTTTACTTAAAAACACCCCATTTA 0 120 0 GCTAAAATTTAACTTTAAATTTAGATTAAATTCATATTAAACG 0 149 0 TTAAAAATTGAACGCTCTTTTTAAAATAAACGCTTATTATAGT 0 200 0 GTGTTTAAGCAAGTATTTATTTTACCATAATGGGAGCGATAAT 2 26 1 TATAGCAAGAAAAGCTAATTTTTCACTTAAATGATGCGTTTTT 2 197 1 AAACGCTATAATAAACCAAAATTCTACAACTAAT 4 1 1 AATATAGTATAATTGCATCGTTTCGCTAAAAGGATATTTTAAT 5 14 1 AGCTAAAGGGAATTTTTTAATTCCATTAAACGCATGATTTTTG 6 12 1 TTGCTACAATAATAGGATTTTAATGGATAAAGGACAAATAAGC 6 52 1 TTTATAGTAAAATTAAGATTTTATAATCAAAGTCAAATCATTC 7 30 1 AACAATTCCCTTAAGATTAAAGCAACATGCGAT 8 0 1 TGCTCTTTAAGAAGCATTCGTTCGCATAAACGCTCCAAAATGA 8 64 1 AATGATGATTAAGCTAATAATTACAATCAAATTCAAACGCTTT 8 155 1 TCTGTATTATAATTGTTCATTTTAAATTAATTCAATCATACTA 8 221 1 GCCACTCTTAAAAAGCGTTGTTTGATAAAAATGGCTCATTATA 9 66 1 TGGTATCTTAAAGTAAAATTTTAAAAATAAGGTTTTTAAAA 9 109 1 TGGATAGAATAAGCCCTTATTTTATTTTAAAGGATTGAC 10 25 1 ** * ** * ** ** MAP Score: 15.722 Motif 5 GTTAAAAAAACCAATAAGGATTTGATC 0 4 0 AATACTCACTATAATAAGCGTTTATTTTAAAAA 0 193 1 CGTTTATTTTAAAAAGAGCGTTCAATTTTTAAG 0 211 1 CGTGCAAGTTACAATGGGGTTTGCTTCCACGGT 1 55 1 CGCGCCTCTTAAAAGGAGCTTGC 1 287 1 ATTTAAGTGAAAAATTAGCTTTTCTTGCTATAA 2 196 0 ATGAAATTAAAAAAGGAGACTTT 3 34 1 CAAGCTAAAGGGAATTTTTTAATTCCA 6 4 1 TTTTGCTACAATAATAGGATTTTAATGGATAAA 6 50 1 TACAGCCACACTAAAGAGCATGTGCTCTTTAAG 8 42 1 CATGTGCTCTTTAAGAAGCATTCGTTCGCATAA 8 60 1 AATGGTTGGCCATAAAAGCGTTTGAATTTGATT 8 179 0 CAAACTCATGCCAAAAAGGATTTTCTCAA 8 281 1 AGCCACTATTAGAATAAGGTTTTGATGACGAT 9 9 0 TCTATTCTATCCAATTAGCCCTTGAGCCACTCT 9 41 1 TGAGCCACTCTTAAAAAGCGTTGTTTGATAAAA 9 63 1 TAAAATTTTAAAAATAAGGTTTTTAAAA 9 122 1 TTTTTTGGATAGAATAAGCCCTTATTTTATTTT 10 20 1 * ** **** *** MAP Score: 12.1807 Motif 6 ATCAAATCCTTATTGGTTTTTTTAACAAACAAGCT 0 11 1 GGCGGGTTAAATGGGGTGTTTTTAAGTAAAAAAAT 0 113 1 TCACTATAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGAGCGTT 0 198 1 TTTAGATCCTAAACGCGCCTCTTAAAAGGAGCTTG 1 274 1 TCGTTTCGCTAAAAGGATATTTTAATAGA 5 31 1 CAAGCTAAAGGGAATTTTTTAATTCCATTAAA 6 7 1 TTTTGCTACAATAATAGGATTTTAATGGATAAAGG 6 50 1 TGGTTTGTTGATTATATTGTTTTAATAATAACAAG 8 118 1 TCTGTATTATAATTGTTCATTTTAAATTAATTCAA 8 221 1 TCATACTAGCATGAGCGGCTTTTAACAAACTCATG 8 256 1 CAATTAGCCCTTGAGCCACTCTTAAAAAGCGTTGT 9 52 1 ATGGTATCTTAAAGTAAAATTTTAAAAATAAGGTT 9 108 1 *** * ****** MAP Score: 10.0479 Motif 7 ATGGCGGGTTAAATGGGGTGTTTTTAAGTAAAA 0 111 1 AAATTCATATTAAACGAATTTTTTTACTTAAAA 0 132 0 AATCTAAATTTAAAGTTAAATTTTAGCAAATAC 0 165 1 CTCACTATAATAAGCGTTTATTTTAAAAAGAGC 0 197 1 TTATAGCAAGAAAAGCTAATTTTTCACTTAAAT 2 196 1 ATGAAATTAAAAAAGGAGACTTT 3 34 1 AACGCTATAATAAACCAAAATTCTACAACTAAT 4 11 1 TCGTTTCGCTAAAAGGATATTTTAATAGA 5 31 1 CAAGCTAAAGGGAATTTTTTAATTCCAT 6 5 1 TCCAAAATGATAAAGGAATGTTGGTTTGTTGAT 8 97 1 ACTCATGCCAAAAAGGATTTTCTCAA 8 284 1 ATCGTCATCAAAACCTTATTCTAATAGTGGCT 9 9 1 GCCACTCTTAAAAAGCGTTGTTTGATAAAAATG 9 66 1 TTTTAAAAACCTTATTTTTAAAATTTTA 9 122 0 TTTTTAAGGGTTTTTTGGATAGAATA 10 3 1 TTGGATAGAATAAGCCCTTATTTTATTTTAAAG 10 24 1 ****** * *** MAP Score: 8.37712 Motif 8 CTTGTTTGTTAAAAAAACCAATAAGGATTTGATC 0 6 0 AAACAAGTTAATAATAATCATGAATGGTTTGAGTGGGG 0 58 1 TTTTTAAGTAAAAAAATTCGTTTAATATGAATTTAATC 0 131 1 GTATTTGCTAAAATTTAACTTTAAATTTAGATTAAATT 0 160 0 CGCTCTTTTTAAAATAAACGCTTATTATAGTGAGTATT 0 193 0 CGTTTATTTTAAAAAGAGCGTTCAATTTTTAAGGAATA 0 211 1 CATGTTTTTAAACATTATCGCTCCCATTATGGTAAAAT 2 44 0 GATAATGTTTAAAAACATGCAGAATGTTAAGAAATGGT 2 63 1 GAAAGATATGAAATTAAAAAAGGAGACTTT 3 27 1 GATTAGTTGTAGAATTTTGGTTTATTATAGCGTTT 4 7 0 TCTATTAAAATATCCTTTTAGCGAAACGATGCAA 5 26 0 AATGGAATTAAAAAATTCCCTTTAGCTTG 6 1 0 TATTTGTTATAAAATTTATAGTAAAATTAAGATTTTAT 7 16 1 AACAATTCCCTTAAGATTAAAGCAACAT 8 0 1 TAAACGCTCCAAAATGATAAAGGAATGTTGGTTTGTTG 8 90 1 TGATTAAGCTAATAATTACAATCAAATTCAAACGCTTT 8 160 1 GAATTAATTTAAAATGAACAATTATAATACAGATTGGA 8 216 0 CCTTATTTTTAAAATTTTACTTTAAGATACCATATAAT 9 103 0 CCTTTAAAATAAAATAAGGGCTTATTCTATCCAAAAAA 10 20 0 ***** * * * * * MAP Score: 4.78452