AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons017_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944252541 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 icfA 120 Carbonic anhydrase #1 jhp0026 111 putative #2 recA 98 RECA PROTEIN. #3 jhp0267 56 putative #4 jhp0290 265 putative #5 bioF 22 8-amino-7-oxononanoate synthase #6 jhp0546 71 methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) #7 jhp0547 166 putative secretion/efflux abc transporter, ATP-binding protein #8 jhp0599 298 putative #9 jhp0600 82 putative Outer membrane protein #10 bioA 129 ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE #11 pheS 81 PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE ALPHA CHAIN #12 trpS 71 TRYPTOPHANYL-TRNA SYNTHETASE #13 jhp1175 132 putative #14 bioB 300 BIOTIN SYNTHETASE Motif 1 GAAATGCAAGATTTTTAGCTATGATAAGCGTTTTA 0 52 1 ACCTTAAATGAAGTTTTGATATTATACCAAATAAA 1 18 1 AATGTTTGGTAATTTTGGGTATAATCTCAAAAGAT 6 21 1 GAATACACTAAAATTTAGTTTTAATTTTCAAGGTA 13 78 1 AATCAAACAAAGTTTTAGTTTTAATATTTAATGGA 14 189 1 TAGCTTGATAAAGCTTAGATTTTATCATAAAAATC 8 130 1 CTCATTTTTTAAACTTGGTTTTCATTTTAAAACGC 0 79 0 TTTAAGCCTTAATCTTGGATATAATGGCGTAATCA 3 12 1 TCAATAATAAAATTTTCTTTATTATAACCCATTTT 7 129 0 TTAAAAGGGGATATTTTTATATAATATATAAAAAG 8 214 1 CTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTA 11 20 1 ACATTGTAGCATTTTTAGATTTAAGAATGCTTTTT 8 243 0 ATCTTGCATTTCTTTTTGTTATAATGGCGTTATTT 0 29 0 CAATCTCAAAACTTTACGCTATAATTCCCTTAACT 14 122 0 TAACGATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAG 11 61 0 AGCGCTTCTTTTTCTTTGCTATAATCAACCTAAAA 14 244 1 TAGCTCTATTTCTTTATTATTGGGCGCGTT 14 5 1 AATAGATTTTAGGCTAGGATTTGATAGAATAAACA 2 49 1 TTTTCATTATCATTTATGCTATAATTATGGGACAA 8 35 0 GGTTAAATTGCCCTTTCGTTTTAAAGATAAACATT 8 273 0 GAAAAAGAAGCGCTTTTGATTTTAAGGGCTTTATT 14 223 0 ATTCTTAGCAAATTTTAGATAAGATTAAGCCTAAT 13 47 0 AATTTTAATAACCTTTGGTTAAAATAAGGTTATTT 10 79 0 AAGAGAACAACCTCTACGCTATGATCTTGAATACA 4 18 0 GTTTTTAAGAATGATTAGTTATAATATCGCTACTA 9 21 1 TATCGTGTCCTTTTGCTTTAAGCGAGATTGTA 1 89 0 TCATGCCCCTAATTTTATTTTTTAAAAATAAAGCC 7 95 0 GAGATTGTAGCGCTTTATCTTTGAGCCTTCAGCGG 1 63 0 TTCATACTCTCATTTACTTTTTCATTATCATTTAT 8 53 0 AATCATTCCTTTGTTTTAAAAAAGTTGGTT 14 280 0 TAACCACCTAATTTTAATATTTTAATTTATCTTGG 12 13 0 * *** * *** ** MAP Score: 41.0201 Motif 2 CAAAACTTCATTTAAGGTTGGTTCTT 1 1 0 GTCCTTTTGCTTTAAGCGAGATTGTAGCGCTTTAT 1 80 0 CATTTTTAGATTTAAGAATGCTTTTTATATATTAT 8 234 0 AAGTTGGTTTTTTTAGGTTGATTATAGCAAAGAAA 14 254 0 AATCTCATTTTTTAAACTTGGTTTTCATTTTAAAA 0 82 0 TTGGTTTTCATTTTAAAACGCTTATCATAGCTAAA 0 65 0 TTTTAGCGTTTTTAAGAATGATTAGTTATAATATC 9 14 1 CGTAATCATTTTTTAGGAAGTTTGGAA 3 39 1 TTTTTGATTTTTTAAAAGGGATTAGAGTTCTT 10 7 0 AGCGTAAAGTTTTGAGATTGGTTTTAGAGGTGTAA 14 137 1 AGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTATTTTTAAAAAA 7 78 1 GAAATTCAGGTTTAAACAACCTTATAGTAAAATCA 10 45 1 CCTTAATGGATTTTAGCTTGAGTGTTGTTAGTAGC 9 49 0 ATTATCCTTATTATAGAGAGTTTTTAAC 10 111 1 ATTGCGTTTATTTTAAACTCTTTTTGTAAATAATG 4 118 0 GCGCTTTTGATTTTAAGGGCTTTATTCCATTAAAT 14 214 0 TTTTACTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAG 11 15 1 GCATTCCTTATTTAAATTTGAATCTTTTGAGATTA 6 42 0 TCATTTTAGTTGTAAGCATGCTTATTTACACTAAA 4 199 1 TAACCTTTGGTTAAAATAAGGTTATTTGATTTTAC 10 71 0 CAATTGTATCTTTAAGTCGTATTTAGAGTGCAAAT 4 149 1 ATTCCTTTGTTTTAAAAAAGTTGGTTTTTTTAGGT 14 271 0 ATAAGGATAATTTTAATAACCTTTGGTTAAAATAA 10 87 0 CGTTTAAGCCTTAATCTTGGATATAAT 3 2 1 TTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAA 11 34 1 TTCTCGTTGGTTTTAGTTAGTGTTATTGTAACCAC 12 41 0 TCAAACAAAGTTTTAGTTTTAATATTTAATGGAAT 14 191 1 TTTTGTAAATTTTAAAAAATTTTCATACTCTCATT 8 74 0 TTTCTTTTTGTTATAATGGCGTTATTTTACACTTT 0 21 0 AATTAAAATATTAAAATTAGGTGGTTACAATAACA 12 21 1 ****** * ** * MAP Score: 34.6968 Motif 3 AACTTTTCACTTAAGGGATTTCATGCAAGAT 14 95 0 GCTTTTGATTTTAAGGGCTTTATTCCATTAA 14 216 0 TTTTACACTTTAAAGGGCTTTC 0 1 0 TTTGAAATTTTAAAGGGCTTTATTTTTAAAA 7 80 1 GTTGGCATCAATTAGGGGGTTAAAAGGGGAT 8 195 1 TTGATTTTTTAAAAGGGATTAGAGTTCTT 10 8 0 GAAAAACCTTAAAAGGGAGTAAAAAGAGC 11 8 0 TTTTCTAAATTTTAGGGATTTAAGGAATCAG 13 15 0 AAGTGAAAAGTTAAGGGAATTATAGCGTAAA 14 114 1 TCTTTTTGTTATAATGGCGTTATTTTACACT 0 23 0 TGATTTTACTATAAGGTTGTTTAAACCTGAA 10 49 0 TCAGCGGGTCATTAGGGTTTATTTGGTATAA 1 39 0 ACTGATTTCCTTAATGGATTTTAGCTTGAGT 9 61 0 ACCCTATCACAAAAGGATTTTACT 2 3 0 TTTAGCTATGATAAGCGTTTTAAAATGAAAA 0 65 1 TTAGGGGGTTAAAAGGGGATATTTTTATATA 8 206 1 TTATGTACAAAAAAGGGGTTGGCATCAATTA 8 178 1 AATCTTGGATATAATGGCGTAATCATTTTTT 3 22 1 TTTGGTTAAAATAAGGTTATTTGATTTTACT 10 70 0 ATCAAATTCAATAAGGTGATTTA 2 85 1 AAATATTAAAATTAGGTGGTTACAATAACAC 12 26 1 TAGGGGCATGAAAATGGGTTATAATAAAGAA 7 119 1 CTATTATAATAAAAGGACTTACCCTATCACA 2 23 0 GTAATCATTTTTTAGGAAGTTTGGAA 3 40 1 TAATTTTTAGCGTTTTTAAGAATGAT 9 5 1 ******* *** MAP Score: 27.6238 Motif 4 AGTCATGCACTCCAATAAAAATATTTTTTTTACTGAT 4 59 1 GGTGTTCGTATTCAATAATAAAATTTTCTTTATTATA 7 138 0 CATTCCTTATTTAAATTTGAATCTTTTGAGATTATAC 6 39 0 AATTAGGGGGTTAAAAGGGGATATTTTTATATAATAT 8 204 1 TTCTTTTTGTTATAATGGCGTTATTTTACACTTTAAA 0 18 0 TATAGTAAAATCAAATAACCTTATTTTAACCAAAGGT 10 67 1 ATAATCAACCTAAAAAAACCAACTTTTTTAAAACAAA 14 264 1 CAAATGATTATCAAAATGAATCATTTTAGTTGTAAGC 4 179 1 TAAAGCCCTTTAAAATTTCAAACTTTAACCGATAATA 7 65 0 CTAAAAATGCTACAATGTTTATCTTTAAAACGAAAGG 8 260 1 AAAACCAAGTTTAAAAAATGAGATTTAAGGGTTAAAG 0 92 1 GCCCTTAAAATCAAAAGCGCTTCTTTTTCTTTGCTAT 14 229 1 ACAAATCAAATTCAATAAGGTGATTTA 2 81 1 ACCACCTAATTTTAATATTTTAATTTATCTTGGTTT 12 9 0 AAAAACTCTCTATAATAAGGATAATTTTAATAACCTT 10 99 0 CACTGATTCCTTAAATCCCTAAAATTTAGAAAAAATT 13 13 1 TTTACTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTG 11 16 1 GGGCTTTATTTTTAAAAAATAAAATTAGGGGCATGAA 7 94 1 TTATAACAAAAAGAAATGCAAGATTTTTAGCTATGAT 0 40 1 GATTTTTATGATAAAATCTAAGCTTTATCAAGCTATT 8 128 0 CCATTAAATATTAAAACTAAAACTTTGTTTGATTTTA 14 186 0 * *** * ***** MAP Score: 20.0343 Motif 5 AATAACGCCATTATAACAAAAAGAAATGCAAGAT 0 30 1 AGTTTTGATATTATACCAAATAAACCCTAATGAC 1 29 1 ACAATCTCGCTTAAAGCAAAAGGACACGATA 1 90 1 CTAAAATCTATTATAATAAAAGGACTTACCCTAT 2 27 0 GATTTGTTTATTCTATCAAATCCTAGCCTAAAAT 2 54 0 TTTTAAACTCTTTTTGTAAATAATGCTGACTGAA 4 109 0 CAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAATTGTATCTT 4 127 1 GCATGCTTATTTACACTAAAATAATAGGCGTTAT 4 214 1 GTGGCATTCCTTATTTAAATTTGAATCTTTTGAG 6 46 0 TAACTCCTTGTTATAAAAAACCCAAAGGCATCCT 7 15 1 CTAATTTTATTTTTTAAAAATAAAGCCCTTTAAA 7 88 0 TGAAAATGGGTTATAATAAAGAAAATTTTATTAT 7 127 1 ATGGGACAACTTAAACCAACACAAAGGAGATACT 8 10 0 AGTATGAAAATTTTTTAAAATTTACAAAAATGAG 8 80 1 TTTTTATATATTATATAAAAATATCCCCTTTTAA 8 214 0 ACATTTTTGATTTTTTAAAAGGGATTAGAGTTCT 10 11 0 TTAAACAACCTTATAGTAAAATCAAATAACCTTA 10 56 1 ATAACCTTATTTTAACCAAAGGTTATTAAAATTA 10 81 1 ATAATACAACTTTAATAAAAGAAAAACCTTAAAA 11 25 0 TTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATACAACT 11 48 0 TAAGCCTAATTTTTTCTAAATTTTAGGGATTTAA 13 23 0 TTTAGGTTGATTATAGCAAAGAAAAAGAAGCGCT 14 244 0 AAAAACCAACTTTTTTAAAACAAAGGAATGATT 14 277 1 ***** **** * MAP Score: 16.0918 Motif 6 GAAAGCCCTTTAAAGTGTAAAATAACGCCA 0 8 1 CTTGCATTTCTTTTTGTTATAATGGCGTTATT 0 30 0 AATGCAAGATTTTTAGCTATGATAAGCGTTTT 0 54 1 ATGATAAGCGTTTTAAAATGAAAACCAAGTTT 0 72 1 GAAAACCAAGTTTAAAAAATGAGATTTAAGGG 0 91 1 AAAAATGAGATTTAAGGGTTAAAGA 0 105 1 TATAATAGATTTTAGGCTAGGATTTGATAGAA 2 46 1 CGTTTAAGCCTTAATCTTGGATAT 3 2 1 TAAATACGACTTAAAGATACAATTGCGTTTAT 4 142 0 TTAAGTCGTATTTAGAGTGCAAATGATTATCA 4 160 1 AAATGAATCATTTTAGTTGTAAGCATGCTTAT 4 192 1 ACGCCTATTATTTTAGTGTAAATAAGCATGCT 4 213 0 ATAATAGGCGTTATTGATAAGACCACATTAAA 4 234 1 TGTTTGGTAATTTTGGGTATAATCTCAAAAGA 6 23 1 GCATTCCTTATTTAAATTTGAATCTTTTGAGA 6 45 0 GCCTTTGGGTTTTTTATAACAAGGAGTTACAA 7 12 0 GCATCCTTGCTTTTGGTTGGAACTATTATCGG 7 42 1 CTATTATCGGTTAAAGTTTGAAATTTTAAAGG 7 64 1 AATTTTATTTTTTAAAAATAAAGCCCTTTAAA 7 88 0 TTCATTATCATTTATGCTATAATTATGGGACA 8 36 0 ATTGTAGCATTTTTAGATTTAAGAATGCTTTT 8 244 0 GCCCTTTCGTTTTAAAGATAAACATTGTAGCA 8 267 0 TTTTTAGCGTTTTTAAGAATGATTAGTTATAA 9 13 1 ATTTTTGATTTTTTAAAAGGGATTAGAGTTCT 10 11 0 TAATACAACTTTAATAAAAGAAAAACCTTAAA 11 26 0 TATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGA 11 53 1 CCAAGATAAATTAAAATATTAAAATTAGGTGG 12 13 1 ATTTTAGGGATTTAAGGAATCAGTGTTT 13 6 0 TCTTAGCAAATTTTAGATAAGATTAAGCCTAA 13 48 0 GTTAAGGGAATTATAGCGTAAAGTTTTGAGAT 14 123 1 CCATTAAATATTAAAACTAAAACTTTGTTTGA 14 191 0 AATAAAGCCCTTAAAATCAAAAGCGCTTCTTT 14 223 1 TTTAGGTTGATTATAGCAAAGAAAAAGAAGCG 14 246 0 AAAACCAACTTTTTTAAAACAAAGGAATGATT 14 278 1 ****** ** ** MAP Score: 8.40329 Motif 7 GGTAAGTCCTTTTATTATAATAGATTTTAGGCTAGGAT 2 31 1 TAGGCTAGGATTTGATAGAATAAACAAATCAAATTCAA 2 58 1 AGCCTTAATCTTGGATATAATGGCGTAATCATTTTTTA 3 16 1 GTAAGCATGCTTATTTACACTAAAATAATAGGCGTTAT 4 210 1 TTTGGTAATTTTGGGTATAATCTCAAAAGATTCAAATT 6 25 1 AGGGCTTTATTTTTAAAAAATAAAATTAGGGGCATGAA 7 93 1 GGCATGAAAATGGGTTATAATAAAGAAAATTTTATTAT 7 123 1 AGTATGAAAATTTTTTAAAATTTACAAAAATGAGAAAG 8 80 1 AGAATGCTTTTTATATATTATATAAAAATATCCCCTTT 8 217 0 TTAAGAATGATTAGTTATAATATCGCTACTAACAACAC 9 25 1 CTCTAATCCCTTTTAAAAAATCAAAAATGTGAAATTCA 10 15 1 TAAACAACCTTATAGTAAAATCAAATAACCTTATTTTA 10 57 1 TTAAAATTAGGTGGTTACAATAACACTAACTAAAACCA 12 31 1 TCCCTAAAATTTAGAAAAAATTAGGCTTAATCTTATCT 13 28 1 AGGCTTAATCTTATCTAAAATTTGCTAAGAATACACTA 13 50 1 AGCGAACAATTGAATTAAAATCAAACAAAGTTTTAGTT 14 171 1 GTTTTAGTTTTAATATTTAATGGAATAAAGCCCTTAAA 14 200 1 CTTCTTTTTCTTTGCTATAATCAACCTAAAAAAACCAA 14 248 1 AAAAACCAACTTTTTTAAAACAAAGGAATGATT 14 277 1 ** ** *** * ** MAP Score: 6.38652 Motif 8 GAAAGCCCTTTAAAGTGTAAAATAA 0 1 1 AAGTGTAAAATAACGCCATTATAACAAAAAGAAA 0 22 1 TTTAGCTATGATAAGCGTTTTAAAATGAAAACCA 0 65 1 CAAGTTTAAAAAATGAGATTTAAGGGTTAAAGA 0 97 1 ATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAAT 4 119 1 TTTAGAGTGCAAATGATTATCAAAATGAATCATT 4 170 1 TTTTAAAAATAAAGCCCTTTAAAATTTCAAACTT 7 77 0 AAAAATAAAATTAGGGGCATGAAAATGGGTTATA 7 108 1 ATTATAGCATAAATGATAATGAAAAAGTAAATGA 8 45 1 GAAAAAGTAAATGAGAGTATGAAAATTTTTTAAA 8 65 1 TGATAAAATCTAAGCTTTATCAAGCTATTAGCTG 8 123 0 TTGGCATCAATTAGGGGGTTAAAAGGGGATATTT 8 196 1 CTTTAAAACGAAAGGGCAATTTAACC 8 282 1 TAATTTTTAGCGTTTTTAAGAATGATTAGT 9 6 1 TTGATTTTTTAAAAGGGATTAGAGTTCTT 10 5 0 GATTTTACTATAAGGTTGTTTAAACCTGAATTTC 10 45 0 TATTTTAACCAAAGGTTATTAAAATTATCCTTAT 10 88 1 GAAAAACCTTAAAAGGGAGTAAAAAGAGC 11 5 0 AAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATA 11 47 1 TTTAATGGAATAAAGCCCTTAAAATCAAAAGCGC 14 215 1 *** * * ** *** MAP Score: 4.37967