AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons017_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944252572 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 icfA 120 Carbonic anhydrase #1 jhp0026 111 putative #2 recA 98 RECA PROTEIN. #3 jhp0267 56 putative #4 dppD 300 DIPEPTIDE TRANSPORT SYSTEM DIPEPTIDE TRANSPORT SYSTEM ATP-BINDING PROTEIN #5 jhp0289 195 putative #6 jhp0290 265 putative #7 bioF 22 8-amino-7-oxononanoate synthase #8 jhp0546 71 methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) #9 jhp0547 166 putative secretion/efflux abc transporter, ATP-binding protein #10 jhp0599 298 putative #11 jhp0600 82 putative Outer membrane protein #12 bioA 129 ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE #13 pheS 81 PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE ALPHA CHAIN #14 trpS 71 TRYPTOPHANYL-TRNA SYNTHETASE #15 jhp1175 132 putative #16 bioB 300 BIOTIN SYNTHETASE Motif 1 GAAAGCCCTTTAAAGTGTAAAATAACGCCA 0 2 1 AGTGTAAAATAACGCCATTATAACAAAAAGAAATGCAA 0 23 1 TAGCTATGATAAGCGTTTTAAAATGAAAACCAAGTTTA 0 67 1 AAGCGCTACAATCTCGCTTAAAGCAAAAGGACACGATA 1 83 1 TCCTAGCCTAAAATCTATTATAATAAAAGGACTTACCC 2 30 0 AAAAAATGATTACGCCATTATATCCAAGATTAAGGCTT 3 15 0 ATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAATTGTA 6 119 1 ATTTGAATCTTTTGAGATTATACCCAAAATTACCAAAC 8 24 0 GCCCCTAATTTTATTTTTTAAAAATAAAGCCCTTTAAA 9 88 0 AGGGGCATGAAAATGGGTTATAATAAAGAAAATTTTAT 9 120 1 TCTCATTAAATAGATTTTTATGATAAAATCTAAGCTTT 10 139 0 AATCTATTTAATGAGAATTATGTACAAAAAAGGGGTTG 10 161 1 AGAATGCTTTTTATATATTATATAAAAATATCCCCTTT 10 217 0 ATATATAAAAAGCATTCTTAAATCTAAAAATGCTACAA 10 237 1 TAAATTGCCCTTTCGTTTTAAAGATAAACATTGTAGCA 10 267 0 TTCAGGTTTAAACAACCTTATAGTAAAATCAAATAACC 12 49 1 AAAATCAAATAACCTTATTTTAACCAAAGGTTATTAAA 12 73 1 GCTATAATACAACTTTAATAAAAGAAAAACCTTAAAAG 13 24 0 AGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGAT 13 48 1 AAACCAAGATAAATTAAAATATTAAAATT 14 1 1 ACGCACTACCTTGAAAATTAAAACTAAATTTTAGTGTA 15 81 0 ATCTTGCATGAAATCCCTTAAGTGAAAAGTTAAGGGAA 16 95 1 GTGAAAAGTTAAGGGAATTATAGCGTAAAGTTTTGAGA 16 116 1 GTAAGCGAACAATTGAATTAAAATCAAACAAAGTTTTA 16 168 1 CTTTATTCCATTAAATATTAAAACTAAAACTTTGTTTG 16 192 0 TTAATGGAATAAAGCCCTTAAAATCAAAAGCGCTTCTT 16 216 1 TGGTTTTTTTAGGTTGATTATAGCAAAGAAAAAGAAGC 16 247 0 TAAAAAAACCAACTTTTTTAAAACAAAGGAATGATT 16 274 1 ** ***** *** MAP Score: 32.0383 Motif 2 CAAAACTTCATTTAAGGTTGGTTCTT 1 1 0 GTCCTTTTGCTTTAAGCGAGATTGTAGCGCTTTAT 1 80 0 CATTTTTAGATTTAAGAATGCTTTTTATATATTAT 10 234 0 AAGTTGGTTTTTTTAGGTTGATTATAGCAAAGAAA 16 254 0 AATCTCATTTTTTAAACTTGGTTTTCATTTTAAAA 0 82 0 TTGGTTTTCATTTTAAAACGCTTATCATAGCTAAA 0 65 0 TTTTAGCGTTTTTAAGAATGATTAGTTATAATATC 11 14 1 CGTAATCATTTTTTAGGAAGTTTGGAA 3 39 1 ATTATCCTTATTATAGAGAGTTTTTAAC 12 111 1 TTTTTGATTTTTTAAAAGGGATTAGAGTTCTT 12 7 0 TAACCTTTGGTTAAAATAAGGTTATTTGATTTTAC 12 71 0 CCTTAATGGATTTTAGCTTGAGTGTTGTTAGTAGC 11 49 0 AGCGTAAAGTTTTGAGATTGGTTTTAGAGGTGTAA 16 137 1 GCATTCCTTATTTAAATTTGAATCTTTTGAGATTA 8 42 0 TATAAGGTTGTTTAAACCTGAATTTCACATTTTTG 12 36 0 AGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTATTTTTAAAAAA 9 78 1 TTTTACTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAG 13 15 1 ATTCCTTTGTTTTAAAAAAGTTGGTTTTTTTAGGT 16 271 0 TCATTTTAGTTGTAAGCATGCTTATTTACACTAAA 6 199 1 TTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAA 13 34 1 ATTGCGTTTATTTTAAACTCTTTTTGTAAATAATG 6 118 0 GCGCTTTTGATTTTAAGGGCTTTATTCCATTAAAT 16 214 0 CGTTTAAGCCTTAATCTTGGATATAAT 3 2 1 GGGGTGGGGATTATAGAGGGTGTTTCATAAGATGC 5 73 1 CAATTGTATCTTTAAGTCGTATTTAGAGTGCAAAT 6 149 1 TCAAACAAAGTTTTAGTTTTAATATTTAATGGAAT 16 191 1 TTCTCGTTGGTTTTAGTTAGTGTTATTGTAACCAC 14 41 0 AATTAAAATATTAAAATTAGGTGGTTACAATAACA 14 21 1 TTTTGTAAATTTTAAAAAATTTTCATACTCTCATT 10 74 0 ATAAGGATAATTTTAATAACCTTTGGTTAAAATAA 12 87 0 TTTCTTTTTGTTATAATGGCGTTATTTTACACTTT 0 21 0 ****** * ** * MAP Score: 28.0659 Motif 3 ATATCCAAGATTAAGGCTTAAACG 3 1 0 AAAAGCATTCTTAAATCTAAAAATGCTACAATG 10 244 1 TCTTTAACCCTTAAATCTCATTTTTT 0 104 0 TTTAAAGGGCTTTATTTTTAAAAAATAAAATTA 9 88 1 TGCTACAATGTTTATCTTTAAAACGAAAGGGCA 10 267 1 ATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATA 13 53 0 ATGGCGTTATTTTACACTTTAAAGGGCTTTC 0 8 0 CCATTAAATATTAAAACTAAAACTTTGTTTGAT 16 190 0 AGCATGCTTATTTACACTAAAATAATAGGCGTT 6 213 1 AAATGTGAAATTCAGGTTTAAACAACCTTATAG 12 39 1 CCTTTAAAATTTCAAACTTTAACCGATAATAGT 9 63 0 TCTCAAAAGATTCAAATTTAAATAAGGAATGCC 8 45 1 TTTCACATTTTTGATTTTTTAAAAGGGATTAGA 12 16 0 AAACTTGGTTTTCATTTTAAAACGCTTATCATA 0 71 0 TTCATTATCATTTATGCTATAATTATGGGACAA 10 35 0 ATCTCAAAACTTTACGCTATAATTCCCTTAACT 16 122 0 CCACCTAATTTTAATATTTTAATTTATCTTGGT 14 12 0 TGAAAATTTTTTAAAATTTACAAAAATGAGAAA 10 84 1 ACGCACTACCTTGAAAATTAAAACTAAATTTTA 15 86 0 ATTATAACTAATCATTCTTAAAAACGCTAAAAA 11 13 0 ATTTGATTTGTTTATTCTATCAAATCCTAGCCT 2 59 0 AAGCTTAGATTTTATCATAAAAATCTATTTAAT 10 140 1 CTTTGCTATAATCAACCTAAAAAAACCAACTTT 16 257 1 CATACTCTCATTTACTTTTTCATTATCATTTAT 10 53 0 TCATTATCCTTTAATGTGGTCTTAT 6 250 0 ** * ******* MAP Score: 24.9812 Motif 4 ATCTTGCATGAAATCCCTTAAGTGAAAAGTT 16 95 1 TTAATGGAATAAAGCCCTTAAAATCAAAAGC 16 216 1 ATCCCCTTTTAACCCCCTAATTGATGCCAAC 10 195 0 GAAAGCCCTTTAAAGTGTAAAA 0 1 1 TTTTAAAAATAAAGCCCTTTAAAATTTCAAA 9 80 0 CTGATTCCTTAAATCCCTAAAATTTAGAAAA 15 15 1 GCTCTTTTTACTCCCTTTTAAGGTTTTTC 13 8 1 TTTACGCTATAATTCCCTTAACTTTTCACTT 16 114 0 AAGAACTCTAATCCCTTTTAAAAAATCAA 12 8 1 TTCAGGTTTAAACAACCTTATAGTAAAATCA 12 49 1 TTATACCAAATAAACCCTAATGACCCGCTGA 1 39 1 AGTGTAAAATAACGCCATTATAACAAAAAGA 0 23 1 TTTTCATTTTAAAACGCTTATCATAGCTAAA 0 65 0 TAATTGATGCCAACCCCTTTTTTGTACATAA 10 178 0 AGTAAAATCCTTTTGTGATAGGGT 2 3 1 ACTCAAGCTAAAATCCATTAAGGAAATCAGT 11 61 1 GTGTTATTGTAACCACCTAATTTTAATATTT 14 26 0 TATATAAAAATATCCCCTTTTAACCCCCTAA 10 206 0 CATCTTATGAAACACCCTCTATAATCCCCAC 5 76 0 CTTGGGGCGCAACCTCCTAAACCCGAATGGG 4 119 1 TTCCAAACTTCCTAAAAAATGATTAC 3 40 0 AAAAAATGATTACGCCATTATATCCAAGATT 3 22 0 AGTAAAATCAAATAACCTTATTTTAACCAAA 12 70 1 TAAATCACCTTATTGAATTTGAT 2 85 0 ATCATTCTTAAAAACGCTAAAAATTA 11 5 0 GCGTTGCCCTAAAACGCTATTTTTTAATCAA 5 156 1 TGTGATAGGGTAAGTCCTTTTATTATAATAG 2 23 1 ACAGAAATTTCACGCCATTATACTATGCGTG 5 117 0 TTCTTTATTATAACCCATTTTCATGCCCCTA 9 119 0 *** ******* MAP Score: 23.7595 Motif 5 ATTTTAAACTCTTTTTGTAAATAATGCTGAC 6 113 0 GTTCTTTCTCATTTTTGTAAATTTTAAAAAA 10 90 0 TAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTAT 13 28 1 TGGGGTGATGATTTTTTTAACGGTCATGAGT 4 211 1 AAAAAACCAACTTTTTTAAAACAAAGGAATG 16 276 1 TGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAA 13 51 1 CCCTAATTTTATTTTTTAAAAATAAAGCCCT 9 93 0 GAGTATGAAAATTTTTTAAAATTTACAAAAA 10 79 1 CACATTTTTGATTTTTTAAAAGGGATTAGAG 12 15 0 AATAAGGATAATTTTAATAACCTTTGGTTAA 12 92 0 CTTAAATCTCATTTTTTAAACTTGGTTTTCA 0 90 0 TTTAAGAATGCTTTTTATATATTATATAAAA 10 228 0 AAAAGGGGATATTTTTATATAATATATAAAA 10 216 1 TAGGGCAACGCTTTTAACAACAGAAATTTCA 5 136 0 TTTAAACAACCTTATAGTAAAATCAAATAAC 12 55 1 AGGGTAAGTCCTTTTATTATAATAGATTTTA 2 29 1 ATCAAATAACCTTATTTTAACCAAAGGTTAT 12 76 1 TTAAGCCTAATTTTTTCTAAATTTTAGGGAT 15 27 0 AAATAACGCCATTATAACAAAAAGAAATGCA 0 29 1 TTTTAGGTTGATTATAGCAAAGAAAAAGAAG 16 248 0 TAAAGCTTAGATTTTATCATAAAAATCTATT 10 138 1 AAGTTTTGATATTATACCAAATAAACCCTAA 1 28 1 CTAAAACGCTATTTTTTAATCAATTCAAGCA 5 164 1 TGCCTTTGGGTTTTTTATAACAAGGAGTTAC 9 14 0 AGAAAATTTTATTATTGAATACGAACACCA 9 146 1 TACAATTGCGTTTATTTTAAACTCTTTTTGT 6 126 0 TTGTCCCATAATTATAGCATAAATGATAATG 10 35 1 TAAAATTTTCTTTATTATAACCCATTTTCAT 9 126 0 ****** **** MAP Score: 21.8511 Motif 6 TCTTTTTGTTATAATGGCGTTATTTTACAC 0 24 0 AATCTTGGATATAATGGCGTAATCATTTTT 3 22 1 ACTCCACTAAATTATAGCGTGTGGGGTGGG 5 51 1 CACGCATAGTATAATGGCGTGAAATTTCTG 5 117 1 AATTGATTAAAAAATAGCGTTTTAGGGCAA 5 159 0 TGTATTCAAGATCATAGCGTAGAGGTTGTT 6 18 1 AACGCCTATTATTTTAGTGTAAATAAGCAT 6 216 0 TTGTCCCATAATTATAGCATAAATGATAAT 10 35 1 TAATTTTTAGCGTTTTTAAGAAT 11 3 1 TCCTTAATGGATTTTAGCTTGAGTGTTGTT 11 55 0 TTAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATA 13 44 1 TTAAAACTAAATTTTAGTGTATTCTTAGCA 15 72 0 AGTTAAGGGAATTATAGCGTAAAGTTTTGA 16 122 1 ********** MAP Score: 17.0043 Motif 7 TTTAGATCCTAAACGCGCCTCTTAAAAGGAGCTTGC 4 274 1 TAATGGCGTGAAATTTCTGTTGTTAAAAGCGTTGCCCTAAAAC 5 128 1 TTTAAAATGAAAACCAAGTTTAAAAAATGAGATTTAAGGGTTA 0 83 1 GGGTTGGCATCAATTAGGGGGTTAAAAGGGGATATTTTTATAT 10 193 1 ATTATCGGTTAAAGTTTGAAATTTTAAAGGGCTTTATTTTTAA 9 66 1 AACTTTAATAAAAGAAAAACCTTAAAAGGGAGTAAAAAGAGC 13 9 0 TAATGGAATAAAGCCCTTAAAATCAAAAGCGCTTCTTTTTCTT 16 217 1 TTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAATTGTATCTTTA 6 120 1 TCCTAGCCTAAAATCTATTATAATAAAAGGACTTACCCTATCA 2 25 0 AAACCAAGATAAATTAAAATATTAAAATTAGGTGGTTACAATA 14 10 1 TTAAAAAATAAAATTAGGGGCATGAAAATGGGTTATAATAAAG 9 105 1 CTATTTAATGAGAATTATGTACAAAAAAGGGGTTGGCATCAAT 10 164 1 ATAGAATAAACAAATCAAATTCAATAAGGTGATTTA 2 72 1 AACAACACTCAAGCTAAAATCCATTAAGGAAATCAGT 11 55 1 *** * *** * * * MAP Score: 8.76237 Motif 8 GAAAGCCCTTTAAAGTGTAAAAT 0 2 1 TTTTTGTTATAATGGCGTTATTTTACACTTT 0 21 0 TTTAGCTATGATAAGCGTTTTAAAATGAAAA 0 65 1 AGTTTAAAAAATGAGATTTAAGGGTTAAAGA 0 99 1 TATCGTGTCCTTTTGCTTTAAGCGAGATTGT 1 90 0 CCCTATCACAAAAGGATTTTACT 2 2 0 CTTTTATTATAATAGATTTTAGGCTAGGATT 2 39 1 TTGATTAAAAAATAGCGTTTTAGGGCAACGC 5 156 0 ATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGC 6 119 1 TTAAAGATACAATTGCGTTTATTTTAAACTC 6 133 0 TGAAATTTTAAAGGGCTTTATTTTTAAAAAA 9 82 1 ATTCTCATTAAATAGATTTTTATGATAAAAT 10 148 0 TTGTAGCATTTTTAGATTTAAGAATGCTTTT 10 244 0 TGATTTCCTTAATGGATTTTAGCTTGAGTGT 11 59 0 TTTAAAAGGGATTAGAGTTCTT 12 1 0 AATTTCACATTTTTGATTTTTTAAAAGGGAT 12 20 0 AAATAAGGTTATTTGATTTTACTATAAGGTT 12 62 0 ATCCTTATTATAGAGAGTTTTTAAC 12 114 1 AAAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAA 13 46 1 TTCTAAATTTTAGGGATTTAAGGAATCAGTG 15 13 0 TAGTGCGTTGTAGTGCGTTAAGGCGGTGGTG 15 111 1 CTTTTCACTTAAGGGATTTCATGCAAGATTC 16 93 0 TTTTGATTTTAAGGGCTTTATTCCATTAAAT 16 214 0 AAAGAAAAAGAAGCGCTTTTGATTTTAAGGG 16 230 0 *** ******* MAP Score: 4.03861 Motif 9 TTTAAAATGAAAACCAAGTTTAAAAAATGAGATTTAAGGGTT 0 83 1 GTGATAGGGTAAGTCCTTTTATTATAATAGATTTTAGGCTAG 2 24 1 TAGAATAAACAAATCAAATTCAATAAGGTGATTTA 2 73 1 GTTGTATTTGAAAATAGTTTAATCAAGCCAGATACACTCCAC 5 16 1 AATGGCGTGAAATTTCTGTTGTTAAAAGCGTTGCCCTAAAAC 5 129 1 CGTTGCCCTAAAACGCTATTTTTTAATCAATTCAAGCAAAGG 5 157 1 GCACTCCAATAAAAATATTTTTTTTACTGATTGAGAATGTTT 6 65 1 ATTATTTACAAAAAGAGTTTAAAATAAACGCAATTGTATCTT 6 119 1 TCTTATCAATAACGCCTATTATTTTAGTGTAAATAAGCATGC 6 214 0 TCATGCCCCTAATTTTATTTTTTAAAAATAAAGCCCTTTAAA 9 88 0 TAGGGGCATGAAAATGGGTTATAATAAAGAAAATTTTATTAT 9 119 1 TATAATATATAAAAAGCATTCTTAAATCTAAAAATGCTACAA 10 233 1 TATTATAACTAATCATTCTTAAAAACGCTAAAAATTA 11 5 0 AAGAACTCTAATCCCTTTTAAAAAATCAAAAATGTGAAATT 12 9 1 ATTCAGGTTTAAACAACCTTATAGTAAAATCAAATAACCTTA 12 48 1 AGGTTATTAAAATTATCCTTATTATAGAGAGTTTTTAAC 12 100 1 AAAAAGCTATAATACAACTTTAATAAAAGAAAAACCTTAAAA 13 25 0 AAACCAAGATAAATTAAAATATTAAAATTAGGTGGTT 14 5 1 TTGTTTTAAAAAAGTTGGTTTTTTTAGGTTGATTATAGCAAA 16 258 0 ** ** ** ** * * MAP Score: 3.85443