AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons019_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944252638
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	topA_1	165	DNA TOPOISOMERASE I
#1	ilvC	248	KETOL-ACID REDUCTOISOMERASE
#2	minD	24	cell division inhibitor
#3	jhp0404	21	putative
#4	htrA	44	PROTEASE DO
#5	jhp0406	195	amino acid permease
#6	pyrD	38	DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE
#7	ppk	300	polyphosphate kinase
#8	jhp0616	166	putative
#9	jhp0885	80	putative
#10	virB4_2	211	DNA transfer protein
#11	topA_2	36	topoisomerase I
#12	jhp0930	113	putative
#13	jhp0941	300	INTEGRASE/RECOMBINASE (XERCD FAMILY)
#14	jhp0951	300	INTEGRASE/RECOMBINASE (XERCD FAMILY)

Motif 1
AAAAAGCAAGATTGAAAAAACATTTCCCTA	14	147	0
AAACTTCAAAATTAAAAAAAGA        	4	2	0
TCAATATTCAATTAAAAAAAATCATTTTAT	5	121	1
AAAAATTGGTATTTAAAAAAAGGGGGGACT	8	10	1
TTAATTGAATATTGAAAATAAAATTTTAAA	5	106	0
ACTTAATGCCATTTAAAAACTAAAGAGTTT	12	24	0
ACCTCCTTAGATTAAAAATAAAAATAGCTT	5	170	0
ATTTTTATTGATTAAAAATAACTAAGGGAG	14	276	1
       CTTATTTAAAATCTCAGCTAAAA	10	198	0
AAAATAAAATTTTAAAAAAACGAAAGAATA	5	92	0
GACCATGACTTTTTAAAAAAGCTCCAATTA	7	212	1
TTTAGCGTTCTTTAAAAAACACCTTAAAAC	5	25	1
  AAACTAAAATTAAAAAAGAAAGCGAGAA	11	8	1
        TGTTTTAAAATAATTTTTAGCG	5	2	1
AATCATCATGTTTAAAAATCAGTTTGTTTG	7	267	0
    GGTGTGTTTAAAAATCTCTGAGTAAT	10	6	1
TTAAAAAATCATTGAAAATGTAGCATAAAT	13	43	0
TTATTTCAAATTTGAAAAAGATTTAGACTA	13	258	1
CTTAGTTGTTGTTTAAAAACTCTTTTTTGT	7	77	0
GAGCGATAATGTTTAAAAACATGCAGAATG	1	179	0
TTAAATTATAATAGAAAAAACGCATCATTT	1	13	1
AAAGAATGCAATAGAAAATAAAGAATTGCA	10	154	1
TCTAAGTCAATTAAAAAATCATTGAAAATG	13	53	0
          **********
MAP Score: 25.3476

Motif 2
TAACTTTAGTATTCTTTCGTTTTTTTAAAATTTT	5	83	1
TTAGGGGTTTATTCTTTTATTCTTTATTCTTTAT	14	209	1
TTTATTCTTTATTCTTTATTCTTTTATTCTTTAT	14	224	1
ACTTTCTCGCTTTCTTTTTTAATTTTAGTTT   	11	7	0
 AATGAAATTATTCTTTAAGCTTTTGTTTAGAAA	13	9	1
TCTCTGAGTAATTCTTTAGGAATTTAGGGGAGTT	10	24	1
AGTCTAACAAACTCTTTAGTTTTTAAATGGCATT	12	16	1
GGGTGTTCCAACTCTTTGATTTTTAGCGCCGCTA	0	52	1
TGATGCGTTTTTTCTATTATAATTTAAGGC    	1	6	0
TTTTATCTGATTTCATTATTGATTGCTTGTTTTT	14	173	1
TTATTCTTTTATTCTTTATTCTTAACCCTACAAG	14	239	1
          ATTATTTATTCCTTTCTCAAAAAT	8	152	0
TTCAAGTCCCTTTCTATGAGACTTAGAGACAGAA	13	129	0
TTATCTTGCAATTCTTTATTTTCTATTGCATTCT	10	156	0
TTAGCTCCCTTTTCCTTGTGCCTTTAGAGAAGAG	14	16	1
AAAAAATCATTTTATTTTATTTTTGTTATAATTC	5	136	1
CTTATAACCTACTCCTTCCTTTTTCTCAAAGAAT	10	127	1
TGTTTAGGATTTTATTTTGGGATTTTGTATTGTA	8	46	1
TAGACTACAAACTCTTTAATCCTAGCATT     	13	281	1
TATGCTACATTTTCAATGATTTTTTAATTGACTT	13	46	1
GGAAATGTTTTTTCAATCTTGCTTTTTATCTGAT	14	150	1
          *******  *  **
MAP Score: 24.2407

Motif 3
          AAACTAAAATTAAAAAAGAAAGCGA	11	0	1
  CTTATTTAAAATCTCAGCTAAAAGAGTCGCTTT	10	188	0
AAGTCAATTAAAAAATCATTGAAAATGTAGCATAA	13	45	0
GAATTATAACAAAAATAAAATAAAATGATTTTTTT	5	135	0
ATAAAACTGCAAAATTAAGGAAAAAC         	9	1	0
AGCGTTCTTTAAAAAACACCTTAAAACTTTGCTCT	5	28	1
ATTGAAACTTAGAGAACACTTAAAACTTACATTAC	13	82	1
CAAAATCCCAAAATAAAATCCTAAACAAGATTAAG	8	38	0
TGAATATTGAAAATAAAATTTTAAAAAAACGAAAG	5	96	0
TAAATTTTCTAAACAAAAGCTTAAAGAATAATTTC	13	13	0
ACACCTCCTTAGATTAAAAATAAAAATAGCTTGAA	5	167	0
AAATCAACCCAAAAAACGCTGAAAAAATTTTAAGC	7	16	1
GGTGTTTTTTAAAGAACGCTAAAAATTATTTTAAA	5	13	0
CTCTTCTCTAAAGGCACAAGGAAAAGGGAGCTAAA	14	15	0
TTTAACCCTAAAAGATCGCTTAAAATTTTTTCAGC	7	33	0
CTACGCCACTAAACTACAATACAAAATCCCAAAAT	8	59	0
AAAAGAATAAAGAATAAAGAATAAAAGAATAAACC	14	214	0
TGTAGGGTTAAGAATAAAGAATAAAAGAATAAAGA	14	236	0
ACGATTAGCTAAGTTTAAATAAAAAA         	12	97	1
TTTTATTTTCAATATTCAATTAAAAAAAATCATTT	5	113	1
    GCCTTAAATTATAATAGAAAAAACGCATCAT	1	6	1
   ATCATTCAAATAAAAGGAATAAAT        	2	7	1
GCTAAACTTCAAAATTAAAAAAAGA          	4	0	0
TAATGAAATCAGATAAAAAGCAAGATTGAAAAAAC	14	156	0
CAAAGAATGCAATAGAAAATAAAGAATTGCAAGAT	10	153	1
          ***  ***   ****
MAP Score: 23.4981

Motif 4
TCATAACTAAAAGAGATTTTTGAGAAAGGAA	8	137	1
AAGAATTACTCAGAGATTTTTAAACACACC 	10	9	0
AAAATTTTTTCAGCGTTTTTTGGGTTGATTT	7	16	0
TTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACT	7	73	1
AAATAAAATAAAATGATTTTTTTTAATTGAA	5	127	0
ATGATGATTTAAAGGATTTTTA         	7	288	1
CAAAGTTTTAAGGTGTTTTTTAAAGAACGCT	5	28	0
AGGGATAGGGAAATGTTTTTTCAATCTTGCT	14	142	1
CACTTAAATGATGCGTTTTTTCTATTATAAT	1	17	0
TTAAAAACTAAAGAGTTTGTTAGACTGCTTT	12	11	0
GCTACATTTTCAATGATTTTTTAATTGACTT	13	49	1
AAAAAATTTTAAGCGATCTTTTAGGGTTAAA	7	37	1
ACACCAAACAAACTGATTTTTAAACATGATG	7	263	1
TAACCCTACAAGATGATTTTTATTGATTAAA	14	261	1
GCTAGGATTAAAGAGTTTGTAGTCTAAATCT	13	276	0
TTGCCTTATAAAGTGTGTTTAACTCATCTCT	13	197	0
GTTATAATTCAAGCTATTTTTATTTTTAATC	5	160	1
AATAATGCTCATGCGTGTTTTTAGCATAAGC	13	232	0
ACTCTTTTAGCTGAGATTTTAAATAAG    	10	194	1
ATTATTCTTTAAGCTTTTGTTTAGAAAATTT	13	16	1
          *** *******
MAP Score: 18.2675

Motif 5
   TGTTTTAAAATAATTTTTAGCGTTCTTTA	5	7	1
CTACATTTTCAATGATTTTTTAATTGACTTAG	13	50	1
GTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACT	7	72	1
CAAAGTTTTAAGGTGTTTTTTAAAGAACGCTA	5	27	0
TAACCCTACAAGATGATTTTTATTGATTAAAA	14	261	1
ACACCAAACAAACTGATTTTTAAACATGATGA	7	263	1
CTACTCCGACCATGACTTTTTAAAAAAGCTCC	7	205	1
ATGATGATTTAAAGGATTTTTA          	7	288	1
TCTCTATCTAAATTAGGTTTTAATATCTTTGC	13	170	0
TTTAGGGTTAAATGAAGTTTTACAAAAAAGAG	7	56	1
TTTAGCGCCGCTATAGTTTTTATGGTTCAATA	0	73	1
CTAACAAACTCTTTAGTTTTTAAATGGCATTA	12	19	1
AGAATACTAAAGTTAATGTTTATCAATATTTG	5	66	0
CATTCTAGTAATGTAAGTTTTAAGTGTTCTCT	13	92	0
TTTCTCCCTTAGTTATTTTTAATCAATAAAAA	14	277	0
AGAATTACTCAGAGATTTTTAAACACACC   	10	7	0
CATAACTAAAAGAGATTTTTGAGAAAGGAATA	8	138	1
TGTTCCAACTCTTTGATTTTTAGCGCCGCTAT	0	55	1
     AATGAAATTATTCTTTAAGCTTTTGTT	13	5	1
ATAATGGGAGCGATAATGTTTAAAAACATGCA	1	184	0
AACGCCTTTAATGGAATGTTTATACCTATTAA	0	141	0
TGATTGTTGCATAGAATTTTGACTAAACGCCC	0	105	0
TGAAACGATTAGCTAAGTTTAAATAAAAAA  	12	93	1
TTCTTTTATTCTTTATTCTTTATTCTTTTATT	14	220	1
TTGCCTTATAAAGTGTGTTTAACTCATCTCTA	13	196	0
          CGCTACTCTTAAGATAATTTGG	9	68	0
          ** ** ******
MAP Score: 17.3633

Motif 6
GTGTTCCAACTCTTTGATTTTTAGCGCCGC	0	54	1
  ATTTATTCCTTTTATTTGAATGAT    	2	6	0
      TCTTTTTTTAATTTTGAAGTTTAG	4	4	1
TTTTTTTAAAATTTTATTTTCAATATTCAA	5	102	1
AAAATGATTTTTTTTAATTGAATATTGAAA	5	119	0
AAAAAAAATCATTTTATTTTATTTTTGTTA	5	134	1
TTTTATTTTATTTTTGTTATAATTCAAGCT	5	145	1
ATTCAAGCTATTTTTATTTTTAATCTAAGG	5	166	1
CTTGTTTAGGATTTTATTTTGGGATTTTGT	8	44	1
ATCTTGCAATTCTTTATTTTCTATTGCATT	10	158	0
TTCTTTTTTAATTTTAGTTT          	11	0	0
TCTAACAAACTCTTTAGTTTTTAAATGGCA	12	18	1
         TTTTTTATTTAAACTTAGCTA	12	102	0
ATTCTTTAAGCTTTTGTTTAGAAAATTTAT	13	19	1
TTTCAATGATTTTTTAATTGACTTAGATTG	13	56	1
TGATTGCTTGTTTTTGTTTAGGGGTTTATT	14	192	1
GGGGTTTATTCTTTTATTCTTTATTCTTTA	14	212	1
TATTCTTTATTCTTTATTCTTTTATTCTTT	14	226	1
ATTCTTTTATTCTTTATTCTTAACCCTACA	14	241	1
TACAAGATGATTTTTATTGATTAAAAATAA	14	267	1
          **********
MAP Score: 9.38729

Motif 7
          TCTTTTTTTAATTTTGAAGTTTAGCACATT	4	0	1
TTAAAAAAAATCATTTTATTTTATTTTTGTTATAATTCAA	5	132	1
CGCTTAAAATTTTTTCAGCGTTTTTTGGGTTGATTTATTC	7	12	0
CGCTGAAAAAATTTTAAGCGATCTTTTAGGGTTAAATGAA	7	32	1
TTGTAGCGCGAGTTTGCTTAGTTGTTGTTTAAAAACTCTT	7	83	0
AAACAAACTGATTTTTAAACATGATGATTTAAAGGATTTT	7	268	1
GTTTAGGATTTTATTTTGGGATTTTGTATTGTAGTTTAGT	8	47	1
         GTTTTTCCTTAATTTTGCAGTTTTATTAGGA	9	1	1
GGCTTTCTCAATTTTGGTCAATGTTGGTGTGGTTAGCAAT	10	60	1
ATCTTGCAATTCTTTATTTTCTATTGCATTCTTTGAGAAA	10	148	0
     ATTGAACTTTCTCGCTTTCTTTTTTAATTTTAGTT	11	11	0
GATAGGGAAATGTTTTTTCAATCTTGCTTTTTATCTGATT	14	145	1
TTATCTGATTTCATTATTGATTGCTTGTTTTTGTTTAGGG	14	175	1
TGCTTGTTTTTGTTTAGGGGTTTATTCTTTTATTCTTTAT	14	196	1
CTTTTATTCTTTATTCTTTATTCTTTTATTCTTTATTCTT	14	222	1
          *****      *  **  **
MAP Score: 2.64158