AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons019_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944252658 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 topA_1 165 DNA TOPOISOMERASE I #1 ilvC 248 KETOL-ACID REDUCTOISOMERASE #2 minD 24 cell division inhibitor #3 jhp0404 21 putative #4 htrA 44 PROTEASE DO #5 jhp0406 195 amino acid permease #6 pyrD 38 DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE #7 ppk 300 polyphosphate kinase #8 jhp0599 298 putative #9 jhp0600 82 putative Outer membrane protein #10 jhp0609 36 putative #11 jhp0612 77 putative #12 jhp0614 248 putative Outer membrane protein #13 aspB 159 ASPARTATE AMINOTRANSFERASE #14 jhp0616 166 putative #15 jhp0885 80 putative #16 virB4_2 211 DNA transfer protein #17 topA_2 36 topoisomerase I #18 jhp0927 204 putative #19 jhp0928 149 putative #20 jhp0930 113 putative #21 jhp0941 300 INTEGRASE/RECOMBINASE (XERCD FAMILY) #22 jhp0951 300 INTEGRASE/RECOMBINASE (XERCD FAMILY) Motif 1 ATGATGCGTTTTTTCTATTATAATTTAAGGC 1 7 0 ATTCTGCATGTTTTTAAACATTATCGCTCCCATT 1 180 1 TGTTTTAAAATAATTTTTAGCGTTCT 5 2 1 ATTCTTTCGTTTTTTTAAAATTTTATTTTCAATA 5 93 1 AAATGATTTTTTTTAATTGAATATTGAAAATAAA 5 114 0 AAAAAAATCATTTTATTTTATTTTTGTTATAATT 5 135 1 TAAAAACTCTTTTTTGTAAAACTTCATTTAACCC 7 60 0 AACAAACTGATTTTTAAACATGATGATTTAAAGG 7 269 1 TCTCATTTACTTTTTCATTATCATTTATGCTATA 8 47 0 TTTTTGTAAATTTTAAAAAATTTTCATACTCTCA 8 76 0 GCCAACCCCTTTTTTGTACATAATTCTCATTAAA 8 167 0 TTAAGAATGCTTTTTATATATTATATAAAAATAT 8 224 0 ATTTTTAGCGTTTTTAAGAATGATTAGTTATAAT 9 12 1 TTTAACCCCATTTTTCAACATCTTTTTATATAAT 11 18 1 AGATTACCCTTTTTTTTTAAAGTTTATCCCAAAA 12 61 1 TAGGGGTGTTTTTTTTAAGAAATTTAGGTTTTTT 12 167 1 AAATTTAGGTTTTTTATAGATTATTATGTTATTA 12 186 1 CACCGCTTTCTTTTGAAACATTTTTGAAAGTTTT 13 68 1 AATTAAAATCTTTTTGATCATGTTATGATAATCC 13 113 1 CTTATTAAATTTTTGGATTATCATAACATGATCA 13 127 0 GTTTTTCCTTAATTTTGCAGTTTTAT 15 2 1 CGTGTTTTCATTTTTTTGCATAATAGCTCCTTAA 18 128 1 TTTTTTATTTAAACTTAGCTAATCGT 20 97 0 TTATGCTACATTTTCAATGATTTTTTAATTGACT 21 45 1 **** ** ** ** MAP Score: 34.3236 Motif 2 TATAAAAAGCATTCTTAAATCTAAAAATGCTACAAT 8 240 1 AAACTAAAATTAAAAAAGAAAGCGAG 17 0 1 ACGATTAGCTAAGTTTAAATAAAAAA 20 97 1 TTTTATTTTCAATATTCAATTAAAAAAAATCATTTT 5 113 1 CTACGCCACTAAACTACAATACAAAATCCCAAAATA 14 58 0 TTTTTCTCAAAGAATGCAATAGAAAATAAAGAATTG 16 146 1 AAATGTGCTAAACTTCAAAATTAAAAAAAGA 4 5 0 ACACCTCCTTAGATTAAAAATAAAAATAGCTTGAAT 5 166 0 AGAATTTAGGAGAACAAAATGGAAAAGAGAGAACAA 19 37 1 TACAATGTTTATCTTTAAAACGAAAGGGCAATTTAA 8 270 1 TTTTGGGATAAACTTTAAAAAAAAAGGGTAATCTTT 12 59 0 GCTGCGCCATACTCCGCAATCAAAAAGGGGTATTGT 7 119 0 TTGAATATTGAAAATAAAATTTTAAAAAAACGAAAG 5 96 0 ACACCCCTAAAACTTAAAATTTTAAATTTTCTAGGG 12 140 0 ACAAAATCCCAAAATAAAATCCTAAACAAGATTAAG 14 38 0 ACTTTCAAAAATGTTTCAAAAGAAAGCGGTGGTCTA 13 63 0 ATCATTCAAATAAAAGGAATAAAT 2 0 1 TCTATGGAGAAAACTCTAATTGAAAAACTTCAATTA 13 31 0 GCCTTAAATTATAATAGAAAAAACGCATCAT 1 5 1 TATCGTTCAAATCATCAAATATTAAGGATTAAA 6 15 1 AGCATAAATGATAATGAAAAAGTAAATGAGAGTATG 8 50 1 CGCTACTAACAACACTCAAGCTAAAATCCATTAAGG 9 48 1 TAAAGAATAAAGAATAAAAGAATAAACCCCTAAACA 22 206 0 TTAAGAATAAAGAATAAAAGAATAAAGAATAAAGAA 22 228 0 CGAAATGTAGACTTTTAGAAGGAAAAATGTTGT 12 225 1 AAGTTTTTTGAAGATTAGAATTAAAATCTTTTTGAT 13 95 1 GAAAAAACGCATCATTTAAGTGAAAAATTAGCTTTT 1 26 1 CTCTTCTCTAAAGGCACAAGGAAAAGGGAGCTAAAG 22 14 0 AATCAGATAAAAAGCAAGATTGAAAAAACATTTCCC 22 149 0 TGTAGCATAAATTTTCTAAACAAAAGCTTAAAGAAT 21 19 0 AATCCTAATAAAACTGCAAAATTAAGGAAAAAC 15 7 0 GCGTGGTATAATGGTTTGATTTAAAAGTTTGAAAAG 14 93 1 TTGGATTATCATAACATGATCAAAAAGATTTTAATT 13 113 0 * * **** **** MAP Score: 34.1598 Motif 3 AAGATGTTGAAAAATGGGGTTAAAAAGGCTTT 11 6 0 AAACTAAAATTAAAAAAGAAAGCGAG 17 0 1 AAGAACGCTAAAAATTATTTTAAAACA 5 1 0 GCGTTCTTTAAAAAACACCTTAAAACTTTGCTCTCA 5 29 1 TTTCTTAAAAAAAACACCCCTAAAACTTAAAATTTT 12 153 0 TAGAATAAATCAACCCAAAAAACGCTGAAAAA 7 6 1 TAAGCCTTACAAAAGGGGTCAAAAAATTAAGATTGC 16 95 0 TGAATATTGAAAATAAAATTTTAAAAAAACGAAAGA 5 95 0 AAAAATTGGTATTTAAAAAAAGGGGGGA 14 2 1 TAAGTCAATTAAAAAATCATTGAAAATGTAGCATAA 21 45 0 AATCAGATAAAAAGCAAGATTGAAAAAACATTTCCC 22 149 0 TCTATGGAGAAAACTCTAATTGAAAAACTTCAATTA 13 31 0 GTTTATCCCAAAATCCTCCCAAAAACAGAAAAAATC 12 82 1 AGTTTTACAAAAAAGAGTTTTTAAACAACAACTAAG 7 71 1 CACACCAAACAAACTGATTTTTAAACATGATGATTT 7 262 1 TTTTTTGCATAATAGCTCCTTAAAAATATTGATGAG 18 139 1 TTTTATTTTCAATATTCAATTAAAAAAAATCATTTT 5 113 1 ATTTAACCCTAAAAGATCGCTTAAAATTTTTTCAGC 7 33 0 ATGGTAAAATAAATACTTGCTTAAACACGCTAGGAG 1 214 1 GCCTTAAATTATAATAGAAAAAACGCATCAT 1 5 1 CCAAACCGCCAAAACCCCCTAGAAAATTTAAAATTT 12 124 1 ATAATAACATAATAATCTATAAAAAACCTAAATTTC 12 185 0 TATTATAACTAATCATTCTTAAAAACGCTAAAAATT 9 11 0 CACGCCACTTAATGCCATTTAAAAACTAAAGAGTTT 20 24 0 AGGCACAAGGAAAAGGGAGCTAAAGATAA 22 3 0 ATTTAATGAGAATTATGTACAAAAAAGGGGTTGGCA 8 166 1 ATTATAGCATAAATGATAATGAAAAAGTAAATGAGA 8 45 1 AAAACTTTCAAAAATGTTTCAAAAGAAAGCGGTGGT 13 66 0 AGTCTCATAGAAAGGGACTTGAAAACTATGGCAAAG 21 140 1 TCTTTTTTGTAAAACTTCATTTAACCCTAAAAGATC 7 51 0 AATGAAATTATTCTTTAAGCTTTTGTTTAG 21 4 1 CTTTAAAACGAAAGGGCAATTTAACC 8 282 1 TTTTGCGATGAATTGAGCATAGAAACCCAACACGAA 18 62 0 CAAAAAAATGAAAACACGTTATAACAAGACGCATTC 18 110 0 AAAATCCCAAAATAAAATCCTAAACAAGATTAAGTC 14 36 0 AGAATAAAAGAATAAACCCCTAAACAAAAACAAGCA 22 196 0 TAGGGTTAAGAATAAAGAATAAAAGAATAAAGAATA 22 233 0 CTTATTTAAAATCTCAGCTAAAAGAGTCGCTTTAT 16 186 0 TGGATGCTAAAAATTACGCATAACAAGCGCTTGAA 12 9 1 *** ******* MAP Score: 33.538 Motif 4 ACCGCTTTCTTTTGAAACATTTTTGAAAGTTTTTTGAAGATTAG 13 69 1 TGTTTAGGGGTTTATTCTTTTATTCTTTATTCTTTATTCTTTTA 22 206 1 CTTAATCTTGTTTAGGATTTTATTTTGGGATTTTGTATTGTAGT 14 38 1 ATTGAACTTTCTCGCTTTCTTTTTTAATTTTAGTTT 17 5 0 AAAGCCTTTTTAACCCCATTTTTCAACATCTTTTTATATAAT 11 8 1 TGAACGCCTTTAATGGAATGTTTATACCTATTAATGAATGAT 0 133 0 TGTTTTAAAATAATTTTTAGCGTTCTTTAAAAAACAC 5 3 1 TTCTTTCTCATTTTTGTAAATTTTAAAAAATTTTCATACTCTCA 8 76 0 GGCTCTGCGATTTTTTCTGTTTTTGGGAGGATTTTGGGATAAAC 12 82 0 GAAATTATTCTTTAAGCTTTTGTTTAGAAAATTTATGCTACATT 21 13 1 CTTAAAATTTTTTCAGCGTTTTTTGGGTTGATTTATTCTA 7 6 0 TTGTTCTCTCTTTTCCATTTTGTTCTCCTAAATTCTGTTGCTCT 19 29 0 TATGCTACATTTTCAATGATTTTTTAATTGACTTAGATTGAAAC 21 46 1 AAATCTAAGCTTTATCAAGCTATTAGCTGGTGTTCTTTCTCATT 8 108 0 AAAAAAATCATTTTATTTTATTTTTGTTATAATTCAAGCTATTT 5 135 1 GTTTTTCCTTAATTTTGCAGTTTTATTAGGATTGTAT 15 3 1 TTTTATCTGATTTCATTATTGATTGCTTGTTTTTGTTTAGGGGT 22 173 1 TAATTTTTAGCGTTTTTAAGAATGATTAGTTATAATA 9 3 1 CTTTTTCAAATTTGAAATAATGCTCATGCGTGTTTTTAGCATAA 21 234 0 GAGCACACCATTTCTTAACATTCTGCATGTTTTTAAACATTATC 1 161 1 CTAAATTAGGTTTTAATATCTTTGCCATAGTTTTCAAGTCCCTT 21 151 0 GGTGTGTTTAAAAATCTCTGAGTAATTCTTTAGGAATTTA 16 6 1 TTGTATCCTTTTTAAGCTGATTGTATCCAATTTCGT 10 4 0 GTTTGCATCCTTTGCATAGATATTTGCTGTTAGTCAAGCAAAGG 0 10 1 AATTTAGGTTTTTTATAGATTATTATGTTATTATTATACGAAAT 12 187 1 TCTTTCGTTTTTTTAAAATTTTATTTTCAATATTCAATTAAAAA 5 95 1 ATCTTAATTTTTTGACCCCTTTTGTAAGGCTTATAACCTACTCC 16 98 1 *** ** ** * ** MAP Score: 32.5598 Motif 5 ATTAGCTGGTGTTCTTTCTCATTTTTGTAAATTTT 8 96 0 TAACTTTAGTATTCTTTCGTTTTTTTAAAATTTTA 5 83 1 TTTATTCTTTATTCTTTTATTCTTTATTCTTAACC 22 231 1 TCTCTGAGTAATTCTTTAGGAATTTAGGGGAGTTG 16 24 1 AATGAAATTATTCTTTAAGCTTTTGTTTAGAAAA 21 9 1 TTAGGGGTTTATTCTTTTATTCTTTATTCTTTATT 22 209 1 GTAATCTTTCTTTCTTTATCACTTTCAAGCGCTTG 12 33 0 ACTTTCTCGCTTTCTTTTTTAATTTTAGTTT 17 6 0 TGGCTCTGCGATTTTTTCTGTTTTTGGGAGGATTT 12 92 0 ATCGCTTAAAATTTTTTCAGCGTTTTTTGGGTTGA 7 19 0 CGATTTGTTCTCTCTTTTCCATTTTGTTCTCCTAA 19 42 0 AGATTACCCTTTTTTTTTAAAGTTTATCCCAAAAT 12 61 1 AGAAATTTAGGTTTTTTATAGATTATTATGTTATT 12 184 1 ATTTTTGAAAGTTTTTTGAAGATTAGAATTAAAAT 13 87 1 GGGTGTTCCAACTCTTTGATTTTTAGCGCCGCTAT 0 52 1 AGTCTAACAAACTCTTTAGTTTTTAAATGGCATTA 20 16 1 GAGTATGAAAATTTTTTAAAATTTACAAAAATGAG 8 79 1 ATTATTTATTCCTTTCTCAAAAATC 14 151 0 ATAGGGAAATGTTTTTTCAATCTTGCTTTTTATCT 22 146 1 TCTTTTTTTAATTTTGAAGTTTAGC 4 0 1 ATTTAAGAATGCTTTTTATATATTATATAAAAATA 8 225 0 CTTCTTCTCTTTGTGGGTTAGATTGAGCAA 18 5 1 TATAATTCAAGCTATTTTTATTTTTAATCTAAGGA 5 162 1 TAATTTTTAGCGTTTTTAAGAATGAT 9 1 1 TGTTTAGGATTTTATTTTGGGATTTTGTATTGTAG 14 46 1 AATTTTAAGCGATCTTTTAGGGTTAAATGAAGTTT 7 41 1 ACGCATGAGCATTATTTCAAATTTGAAAAAGATTT 21 247 1 CCTACAAGATGATTTTTATTGATTAAAAATAACTA 22 265 1 TTTAATCCTTAATATTTGATGATTTGAACGATAGC 6 13 0 AAAATAAAATGATTTTTTTTAATTGAATATTGAAA 5 119 0 AAAAAATCATTTTATTTTATTTTTGTTATAATTCA 5 136 1 ******* *** MAP Score: 31.5713 Motif 6 AGCGTTCTTTAAAAAACACCTTAAAACTTTGCTCTC 5 28 1 AATTTCTTAAAAAAAACACCCCTAAAACTTAAAATT 12 155 0 GGTGTGTTTAAAAATCTCTGAGTAATTCTTTAGGA 16 9 1 AAATCAACCCAAAAAACGCTGAAAAAATTTTAAGCG 7 16 1 TATTATATAAAAATATCCCCTTTTAACCCCCTAATT 8 204 0 CCAAACCGCCAAAACCCCCTAGAAAATTTAAAATTT 12 124 1 AGTTTATCCCAAAATCCTCCCAAAAACAGAAAAAAT 12 81 1 AATAAGGCGTAAATCACGCCACTTAATGCCATTTAA 20 38 0 TGACTTTTTAAAAAAGCTCCAATTACTATCATTTCA 7 217 1 TTTTTTTGCATAATAGCTCCTTAAAAATATTGATGA 18 138 1 TATAATAGAAAAAACGCATCATTTAAGTGAAAAATT 1 19 1 GAATTTTGACTAAACGCCCTATTGAACCATAAAAAC 0 88 0 AGAGATGAGTTAAACACACTTTATAAGGCAATCTTG 21 197 1 CAAAAATGAGAAAGAACACCAGCTAATAGCTTGATA 8 104 1 TATTGATGAGAAAAAGCTTTCCGTAAGTAAGGTAAA 18 165 1 TCTAATCTTCAAAAAACTTTCAAAAATGTTTCAAAA 13 78 0 TATAATATATAAAAAGCATTCTTAAATCTAAAAATG 8 233 1 TTTCATTATATAATCACACCAAACAAACTGATTTTT 7 248 1 CTTATTTAAAATCTCAGCTAAAAGAGTCGCTT 16 189 0 AACTACAATACAAAATCCCAAAATAAAATCCTAAAC 14 47 0 CACTCAAGCTAAAATCCATTAAGGAAATCAGT 9 60 1 GAATAAAAGAATAAACCCCTAAACAAAAACAAGCAA 22 195 0 CCCAACACGAAAATTACATCGCTCAAAGAGATTTTG 18 37 0 TGGATGCTAAAAATTACGCATAACAAGCGCTTGAAA 12 10 1 ***** * ** ** MAP Score: 23.1123 Motif 7 TTAGCGTTCTTTAAAAAACACCTTAAAACT 5 26 1 AATATTCAATTAAAAAAAATCATTTTATTT 5 123 1 CCTCCTTAGATTAAAAATAAAAATAGCTTG 5 169 0 AAATCAACCCAAAAAACGCTGAAAAAATTT 7 16 1 CATGACTTTTTAAAAAAGCTCCAATTACTA 7 215 1 ATCATCATGTTTAAAAATCAGTTTGTTTGG 7 266 0 AGATTTTATCATAAAAATCTATTTAATGAG 8 146 1 TATATATTATATAAAAATATCCCCTTTTAA 8 214 0 TATATAATATATAAAAAGCATTCTTAAATC 8 231 1 TTCTTAAATCTAAAAATGCTACAATGTTTA 8 251 1 ATGTTTATCTTTAAAACGAAAGGGCAATTT 8 274 1 TAATCATTCTTAAAAACGCTAAAAATTA 9 8 0 TACAATCAGCTTAAAAAGGATACAA 10 21 1 CCTACATTATATAAAAAGATGTTGAAAAAT 11 27 0 GGATAAACTTTAAAAAAAAAGGGTAATCTT 12 60 0 CCTAAATTTCTTAAAAAAAACACCCCTAAA 12 165 0 TTTAAAACGCTTGTTTTTCTC 13 1 1 CATAACATGATCAAAAAGATTTTAATTCTA 13 110 0 GGTGTGTTTAAAAATCTCTGAGTAATT 16 7 1 AAACTAAAATTAAAAAAGAAAGCGAGAAAG 17 10 1 TAATAGCTCCTTAAAAATATTGATGAGAAA 18 148 1 AATATTGATGAGAAAAAGCTTTCCGTAAGT 18 163 1 AAGGTAAATGAAAAAAGGCAC 18 193 1 TAATGCCATTTAAAAACTAAAGAGTTTGTT 20 21 0 CTAAGTCAATTAAAAAATCATTGAAAATGT 21 52 0 ATTTCAAATTTGAAAAAGATTTAGACTACA 21 260 1 ATGAAATCAGATAAAAAGCAAGATTGAAAA 22 159 0 TTTTTAATCAATAAAAATCATCTTGTAGGG 22 264 0 TTTTTATTGATTAAAAATAACTAAGGGAGA 22 277 1 ********** MAP Score: 9.9102 Motif 8 TCATCAAATATTGATAAACATTAACTTTAGTATTCTT 5 62 1 TTCTTTCGTTTTTTTAAAATTTTATTTTCAATATTCA 5 94 1 CAATATTCAATTAAAAAAAATCATTTTATTTTATTTT 5 122 1 AAACTCTTTTTTGTAAAACTTCATTTAACCCTAAAAG 7 54 0 CCATGACTTTTTAAAAAAGCTCCAATTACTATCATTT 7 214 1 TAAATCATCATGTTTAAAAATCAGTTTGTTTGGTGTG 7 262 0 TTTTGTAAATTTTAAAAAATTTTCATACTCTCATTTA 8 72 0 AGCTAATAGCTTGATAAAGCTTAGATTTTATCATAAA 8 124 1 CTTAGATTTTATCATAAAAATCTATTTAATGAGAATT 8 143 1 TTTAACCCCATTTTTCAACATCTTTTTATATAATGTA 11 18 1 CCCCTAGAAAATTTAAAATTTTAAGTTTTAGGGGTGT 12 139 1 ACATTTTTCCTTCTAAAAGTCTACATTTCGTATAATA 12 218 0 TTTAAAACGCTTGTTTTTCTCTAATTG 13 0 1 CGGTGGTCTATGGAGAAAACTCTAATTGAAAAACTTC 13 36 0 TCAAAAAACTTTCAAAAATGTTTCAAAAGAAAGCGGT 13 69 0 GCTTAATCCTTATTAAATTTTTGGATTATCATAACA 13 133 0 GTCCCCCCTTTTTTTAAATACCAATTTTT 14 2 0 AAAACTACACTTTTCAAACTTTTAAATCAAACCATTA 14 101 0 ATTTATTCCTTTCTCAAAAATCTCTTTTAGTTATGAA 14 136 0 GTGGGTTAGATTGAGCAAAATCTCTTTGAGCGATGTA 18 22 1 TTCCATTTTGTTCTCCTAAATTCTGTTGCTCTAATTC 19 24 0 TAAGCTTTTGTTTAGAAAATTTATGCTACATTTTCAA 21 25 1 GTCTAAATCTTTTTCAAATTTGAAATAATGCTCATGC 21 249 0 AGGGAAATGTTTTTTCAATCTTGCTTTTTATCTGATT 22 148 1 ** * *** ** ** MAP Score: 4.96877