AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons020_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944252709
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	recA	98	RECA PROTEIN.
#1	jhp0246	76	putative
#2	clpB	72	HEAT SHOCK PROTEIN
#3	ccdA	56	putative CYTOCHROME C-TYPE BIOGENESIS PROTEIN
#4	jhp0253	246	putative
#5	jhp0255	33	putative
#6	jhp0260	36	putative
#7	jhp0267	56	putative
#8	jhp0599	298	putative
#9	jhp0600	82	putative Outer membrane protein
#10	jhp0609	36	putative
#11	jhp0673_pgpA	146	jhp0673: putative aminotransferase, pgpA: PHOSPHATIDYLGLYCEROPHOSPHATASE A
#12	ddl	76	D-ALANINE--D-ALANINE LIGASE
#13	jhp0698	163	putative
#14	jhp0977	81	HIT FAMILY PROTEIN

Motif 1
TAACTAATCATTCTTAAAAACGCTAAAAATTA   	9	7	0
AAAGACAGAATGCGTTAAAATGAAAGCCTTTAAAC	4	203	1
GCATTTTATTTGCATTAAAAAGCGATTTTCTTAAA	11	47	1
GGATACAATCAGCTTAAAAAGGATACAA       	10	18	1
  GATCAAACTCCCTAAAAACGATTGCAATCAAGT	12	53	0
TACAATGTTTATCTTTAAAACGAAAGGGCAATTTA	8	270	1
AGCATTCTTAAATCTAAAAATGCTACAATGTTTAT	8	247	1
CTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATACAACT	14	18	1
AAGGATTATAACCATTAAAACGATTTTTAGAGATT	13	85	1
AACGCCAGCCATTATAAAAAAGTTTTGTATTATAA	1	27	1
AAAAACGATTATTTTAAAAAAGGATTGGATG    	3	35	1
AAAATAAAGTTCTAAAAAAATGTTAAAGCTGAATA	4	121	1
 TTCCAAACTTCCTAAAAAATGATTACGCCATTAT	7	32	0
TTCTAAAAAATATAAAAAAACGATTATTTTAAAAA	3	20	1
TTTTTTAAAATTTACAAAAATGAGAAAGAACACCA	8	90	1
CATCCTTAAGAATAATAAAATGGTAACTAATAACC	13	18	1
TATCTATTTTACCTAAAAAAAGGCTTTTGAATTTT	12	17	0
TAAAATCTATTATAATAAAAGGACTTACCCTATCA	0	25	0
ATGCAAATAAAATGCTAAAATGCCATGATTTAGAA	11	27	0
AAAATTTTAAAACCCAAAAAGGATTGATA      	2	53	1
ATAAAAGAAAAACCTTAAAAGGGAGTAAAAAGAGC	14	56	1
TTTTATATAATATATAAAAAGCATTCTTAAATCTA	8	228	1
CTTAGATTTTATCATAAAAATCTATTTAATGAGAA	8	143	1
TTTAGAACTTTATTTTAAAATCATTCTCTTAAGAG	4	102	0
ATGAGAATTATGTACAAAAAAGGGGTTGGCATCAA	8	171	1
CCCCTAAGAGTGCTTTAAAATAACAAAGCCACCAA	4	19	0
TCAAGCGTTCTTTACAAAAATCTCTAAAAATCGTT	13	103	0
          * * ****** *  *
MAP Score: 38.6434

Motif 2
AAATAAAGTTCTAAAAAAATGTTAAAGCTGAATAAG	4	122	1
AGTTATCATACTAAAACGCGCTTAAAATTAAGCCTT	11	86	0
ACTAATCATTCTTAAAAACGCTAAAAATTA      	9	4	0
ATCAAACTCCCTAAAAACGATTGCAATCAAGTCTAT	12	49	0
AAGAAAAACCTTAAAAGGGAGTAAAAAGAGC     	14	60	1
CCTTTGAGGGTTAAAATAGTGTAAAATAGTAAAAAT	2	22	1
AAATCCTAGCCTAAAATCTATTATAATAAAAGGACT	0	35	0
ACAAAAATCTCTAAAAATCGTTTTAATGGTTATAAT	13	89	0
ATACAATCAGCTTAAAAAGGATACAA          	10	20	1
AATGAAAGCCTTTAAACTGAATTAAAGGGAATGGA 	4	221	1
TATGATAACTTTTAAATTCTCTCAAAAATTAAAGGT	11	112	1
TATTTTAACCCTCAAAGGTTTTTAAAACGC      	2	4	0
TATTTTATTTTTAAAAAGCTATAATACAACTTTAAT	14	22	1
TTTGTAAATTTTAAAAAATTTTCATACTCTCATTTA	8	72	0
   TCATTGCCTTAAATTCTTTCTAAATCATGGCAT	11	7	1
TAATCTTTGATTAAAATAGAATCTAATTTATTTTAA	4	169	1
AACTAACCCCCTAAGAGTGCTTTAAAATAACAAAGC	4	25	0
TTTTGTTATTCTAAAAAATATAAAAAAACGATTATT	3	12	1
TAAACACATCCTTAAGAATAATAAAATGGTAACTAA	13	12	1
ATTTTAAAACCCAAAAAGGATTGATA          	2	56	1
CTTTTTGGGTTTTAAAATTTTTACTATTTTACACTA	2	38	0
TATGGGACAACTTAAACCAACACAAAGGAGATACT 	8	9	0
CTTGATAAAGCTTAGATTTTATCATAAAAATCTATT	8	133	1
AGATTAATAACTAAAACCTTATTCAGCTTTAACATT	4	139	0
CATTCTTAAATCTAAAAATGCTACAATGTTTATCTT	8	249	1
         TTCCAAACTTCCTAAAAAATGATTACG	7	39	0
          ******     * ***
MAP Score: 35.8843

Motif 3
TGGCGTTTGAAACAAGCTATAATA         	1	1	0
TTAACCCTCAAAGGTTTTTAAAACGC       	2	3	0
TGAGGGTTAAAATAGTGTAAAATAGTAAAAATT	2	26	1
GTAAAATAGTAAAAATTTTAAAACCCAAAAAGG	2	42	1
    GGTTTTGTTATTCTAAAAAATATAAAAAA	3	6	1
ATAAAAAAACGATTATTTTAAAAAAGGATTGGA	3	31	1
AACCCCCTAAGAGTGCTTTAAAATAACAAAGCC	4	24	0
CTCTTAAGAGAATGATTTTAAAATAAAGTTCTA	4	102	1
ATTTTAAAATAAAGTTCTAAAAAAATGTTAAAG	4	116	1
TTTAAAGACAGAATGCGTTAAAATGAAAGCCTT	4	200	1
GCGTTAAAATGAAAGCCTTTAAACTGAATTAAA	4	214	1
ACCCCATAAAGAGCAGGTTTAAAGGCAAGAA  	5	12	1
     TTCCAAACTTCCTAAAAAATGATTACGC	7	38	0
TGAGAGTATGAAAATTTTTTAAAATTTACAAAA	8	76	1
ATGCTACAATGTTTATCTTTAAAACGAAAGGGC	8	266	1
ATCATTCTTAAAAACGCTAAAAATTA       	9	3	0
TTTTAAGAATGATTAGTTATAATATCGCTACTA	9	23	1
AATTGGATACAATCAGCTTAAAAAGGATACAA 	10	14	1
TAATGCAAATAAAATGCTAAAATGCCATGATTT	11	31	0
GTTTAAGAAAATCGCTTTTTAATGCAAATAAAA	11	50	0
ATCATACTAAAACGCGCTTAAAATTAAGCCTTA	11	85	0
GTTTTAGTATGATAACTTTTAAATTCTCTCAAA	11	105	1
     GATCAAACTCCCTAAAAACGATTGCAAT	12	58	0
AATGGTAACTAATAACCTAAAATTATACTATAA	13	36	1
ATACTATAATGTAAGTCTAAAATTTAAGGATTA	13	60	1
TTCTTTACAAAAATCTCTAAAAATCGTTTTAAT	13	98	0
AAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATAT	14	21	0
TTAATAAAAGAAAAACCTTAAAAGGGAGTAAAA	14	53	1
          **   ********
MAP Score: 26.375

Motif 4
CCCTATCACAAAAGGATTTTACT        	0	2	0
GTGATAGGGTAAGTCCTTTTATTATAATAGA	0	24	1
TTAACCCTCAAAGGTTTTTAAAACGC     	2	5	0
      TATCAATCCTTTTTGGGTTTTAAAA	2	57	0
TTTTTAAAATAATCGTTTTTTTATATTTTTT	3	24	0
     CATCCAATCCTTTTTTAAAATAATCG	3	40	0
TTAAAGCTGAATAAGGTTTTAGTTATTAATC	4	143	1
TTAAAGACAGAATGCGTTAAAATGAAAGCCT	4	201	1
CGTTAAAATGAAAGCCTTTAAACTGAATTAA	4	215	1
       TCCATTCCCTTTAATTCAGTTTAA	4	232	0
TTTATCATAAAAATCTATTTAATGAGAATTA	8	150	1
ATTGATGCCAACCCCTTTTTTGTACATAATT	8	176	0
ATATAAAAATATCCCCTTTTAACCCCCTAAT	8	205	0
TAGATTTAAGAATGCTTTTTATATATTATAT	8	232	0
TGATTTCCTTAATGGATTTTAGCTTGAGTGT	9	59	0
TTTCTAAATCATGGCATTTTAGCATTTTATT	11	26	1
GTTTAAGAAAATCGCTTTTTAATGCAAATAA	11	52	0
CTTAATTTTAAGCGCGTTTTAGTATGATAAC	11	90	1
TTACCTAAAAAAAGGCTTTTGAATTTTCTCA	12	13	0
ACTTGATTGCAATCGTTTTTAGGGAGTTTGA	12	53	1
AATCTCTAAAAATCGTTTTAATGGTTATAAT	13	89	0
AAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAAT	14	23	0
 GCTCTTTTTACTCCCTTTTAAGGTTTTTCT	14	61	0
          ** ********
MAP Score: 8.4905

Motif 5
GGGTAAGTCCTTTTATTATAATAGATTTTAGG	0	30	1
TAATACAAAACTTTTTTATAATGGCTGGCGTT	1	27	0
TAAAAAAGTTTTGTATTATAATTTGATGGATT	1	41	1
       GCGTTTTAAAAACCTTTGAGGGTTA	2	3	1
GTTTTAAAATTTTTACTATTTTACACTATTTT	2	34	0
TTTTTATATTTTTTAGAATAACAAAACC    	3	6	0
TCCAATCCTTTTTTAAAATAATCGTTTTTTTA	3	32	0
CCTAAGAGTGCTTTAAAATAACAAAGCCACCA	4	20	0
ATAGGGGGCATTTTGAAATCATTCCCCATTAC	4	69	0
TAGAACTTTATTTTAAAATCATTCTCTTAAGA	4	103	0
TAAAATAAAGTTCTAAAAAAATGTTAAAGCTG	4	120	1
GTTATTAATCTTTGATTAAAATAGAATCTAAT	4	164	1
CGCATTCTGTCTTTAAAATAAATTAGATTCTA	4	185	0
AAGCCTTAATCTTGGATATAATGGCGTAATCA	7	15	1
TGTCCCATAATTATAGCATAAATGATAATGAA	8	36	1
TTTTTGTAAATTTTAAAAAATTTTCATACTCT	8	78	0
AAAGCTTAGATTTTATCATAAAAATCTATTTA	8	139	1
TAAAAATCTATTTAATGAGAATTATGTACAAA	8	157	1
TTTTTATATATTATATAAAAATATCCCCTTTT	8	216	0
CATTTTTAGATTTAAGAATGCTTTTTATATAT	8	237	0
TTTTAGCGTTTTTAAGAATGATTAGTTATAAT	9	14	1
TTTAAGCGCGTTTTAGTATGATAACTTTTAAA	11	96	1
AAAGCCTTTTTTTAGGTAAAATAGATAGACTT	12	25	1
TAAACACATCCTTAAGAATAATAAAATGGTAA	13	12	1
TAGACTTACATTATAGTATAATTTTAGGTTAT	13	47	0
AAGTCTAAAATTTAAGGATTATAACCATTAAA	13	72	1
TTCAAGCGTTCTTTACAAAAATCTCTAAAAAT	13	107	0
ATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATAAGGAT	14	15	0
AAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTATAG	14	40	0
          *****  *****
MAP Score: 8.00934

Motif 6
ATTATAATAGATTTTAGGCTAGGATTTGAT	0	44	1
         TATTATAGCTTGTTTCAAACG	1	1	1
GCTTTGTTATTTTAAAGCACTCTTAGGGGG	4	25	1
TTGTCCCATAATTATAGCATAAATGATAAT	8	35	1
TTATGATAAAATCTAAGCTTTATCAAGCTA	8	130	0
GCATTTTTAGATTTAAGAATGCTTTTTATA	8	240	0
AAAGATAAACATTGTAGCATTTTTAGATTT	8	256	0
TCCTTAATGGATTTTAGCTTGAGTGTTGTT	9	55	0
AAATCATGGCATTTTAGCATTTTATTTGCA	11	31	1
CGCGCTTAAAATTAAGCCTTATTGTTTAAG	11	76	0
TCTCTCAAAAATTAAAGGTTAATTTTA   	11	129	1
AAGTCTATCTATTTTACCTAAAAAAAGGCT	12	27	0
TTATAGTATAATTTTAGGTTATTAGTTACC	13	39	0
TTAGACTTACATTATAGTATAATTTTAGGT	13	50	0
TAAGTCTAAAATTTAAGGATTATAACCATT	13	71	1
CGATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTA	14	13	1
TTAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATA	14	27	0
          **********
MAP Score: 4.66681