AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons020_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944252730
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	recA	98	RECA PROTEIN.
#1	jhp0246	76	putative
#2	clpB	72	HEAT SHOCK PROTEIN
#3	ccdA	56	putative CYTOCHROME C-TYPE BIOGENESIS PROTEIN
#4	jhp0253	246	putative
#5	jhp0255	33	putative
#6	jhp0260	36	putative
#7	jhp0267	56	putative
#8	jhp0599	298	putative
#9	jhp0600	82	putative Outer membrane protein
#10	jhp0609	36	putative
#11	jhp0673_pgpA	146	jhp0673: putative aminotransferase, pgpA: PHOSPHATIDYLGLYCEROPHOSPHATASE A
#12	ddl	76	D-ALANINE--D-ALANINE LIGASE
#13	jhp0698	163	putative
#14	jhp0977	81	HIT FAMILY PROTEIN

Motif 1
TTATAATACAAAACTTTTTTATAATGGCTGGCG	1	29	0
ACTTGATTGCAATCGTTTTTAGGGAGTTTGATC	12	53	1
ATAAACATTGTAGCATTTTTAGATTTAAGAATG	8	249	0
TTTTTAAAATAATCGTTTTTTTATATTTTTTAG	3	22	0
GAAAATTCAAAAGCCTTTTTTTAGGTAAAATAG	12	16	1
     CATCCAATCCTTTTTTAAAATAATCGTT	3	38	0
   TAATTTTTAGCGTTTTTAAGAATGATTAGT	9	7	1
       TTGTATCCTTTTTAAGCTGATTGTAT	10	20	0
ATAATGGCGTAATCATTTTTTAGGAAGTTTGGA	7	32	1
TATTCAGCTTTAACATTTTTTTAGAACTTTATT	4	123	0
AATCTCTAAAAATCGTTTTAATGGTTATAATCC	13	87	0
AGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAAATATA	14	20	0
      TATCAATCCTTTTTGGGTTTTAAAATT	2	55	0
GGTTATTAGTTACCATTTTATTATTCTTAAGGA	13	20	0
TTTAACCCTCAAAGGTTTTTAAAACGC      	2	4	0
TAGATTTAAGAATGCTTTTTATATATTATATAA	8	230	0
TGAGAGTATGAAAATTTTTTAAAATTTACAAAA	8	76	1
TGTTTAAGAAAATCGCTTTTTAATGCAAATAAA	11	51	0
AATTGATGCCAACCCCTTTTTTGTACATAATTC	8	175	0
     AGTAAAATCCTTTTGTGATAGGGTAAGT	0	5	1
GTTTAAAGGCTTTCATTTTAACGCATTCTGTCT	4	205	0
TAAATTGCCCTTTCGTTTTAAAGATAAACATTG	8	272	0
CTCTTAAGAGAATGATTTTAAAATAAAGTTCTA	4	102	1
GTAAAATAGTAAAAATTTTAAAACCCAAAAAGG	2	42	1
  TATTTGATTTCCTTTTTTGTATCACTATAGT	6	15	0
TTCTCATTAAATAGATTTTTATGATAAAATCTA	8	145	0
          ** * ****** *
MAP Score: 38.7411

Motif 2
ATTTTTACTATTTTACACTATTTTAACCCTCAAAGG	2	22	0
TTTTTGTAAATTTTAAAAAATTTTCATACTCTCATT	8	74	0
     GCTCTTTTTACTCCCTTTTAAGGTTTTTCTT	14	60	0
       GCGTTTTAAAAACCTTTGAGGGTTAAAAT	2	3	1
TAAGGCTTAATTTTAAGCGCGTTTTAGTATGATAAC	11	85	1
TAGACTTACATTATAGTATAATTTTAGGTTATTAGT	13	43	0
 TAACGATCCTTATATTTTATTTTTAAAAAGCTATA	14	9	1
ATTGCAATCGTTTTTAGGGAGTTTGATC        	12	58	1
ACGCCAGCCATTATAAAAAAGTTTTGTATTATAATT	1	28	1
AGTCCTTTTATTATAATAGATTTTAGGCTAGGATTT	0	35	1
CATTTTAGCATTTTATTTGCATTAAAAAGCGATTTT	11	40	1
AACCTTTAATTTTTGAGAGAATTTAAAAGTTATCAT	11	113	0
GCATTCTGTCTTTAAAATAAATTAGATTCTATTTTA	4	180	0
AATGAAAGCCTTTAAACTGAATTAAAGGGAATGGA 	4	221	1
ATTAAAACGATTTTTAGAGATTTTTGTAAAGAACGC	13	98	1
GCGTAATCATTTTTTAGGAAGTTTGGAA        	7	38	1
ATAATCGTTTTTTTATATTTTTTAGAATAACAAAAC	3	11	0
CTCTCAAAAATTAAAGGTTAATTTTA          	11	130	1
TAAAAATCTATTTAATGAGAATTATGTACAAAAAAG	8	157	1
TTAGTTACCATTTTATTATTCTTAAGGATGTGTTTA	13	12	0
      TAATTTTTAGCGTTTTTAAGAATGATTAGT	9	4	1
GGCTTTGTTATTTTAAAGCACTCTTAGGGGGTTAGT	4	24	1
AAAAGCCTTTTTTTAGGTAAAATAGATAGACTTGAT	12	24	1
AAGGGGATATTTTTATATAATATATAAAAAGCATTC	8	218	1
CTTATTCAGCTTTAACATTTTTTTAGAACTTTATTT	4	122	0
AATGCCATGATTTAGAAAGAATTTAAGGCAATGA  	11	8	0
GATTACGCCATTATATCCAAGATTAAGGCTTAAACG	7	10	0
TAGATTCTATTTTAATCAAAGATTAATAACTAAAAC	4	158	0
CCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTAAAGTTGTATTAT	14	42	0
        GGTTAAATTGCCCTTTCGTTTTAAAGAT	8	280	0
TCATTATCATTTATGCTATAATTATGGGACAACTTA	8	31	0
          *****    * *** *
MAP Score: 35.329

Motif 3
TTATAGTATAATTTTAGGTTATTAGTTACCAT	13	37	0
GCGTAATCATTTTTTAGGAAGTTTGGAA    	7	38	1
ATTGCAATCGTTTTTAGGGAGTTTGATC    	12	58	1
       TAATTTTTAGCGTTTTTAAGAATGA	9	3	1
TTTTACTCCCTTTTAAGGTTTTTCTTTTATTA	14	54	0
CAAAAGCCTTTTTTTAGGTAAAATAGATAGAC	12	23	1
AAATCATGGCATTTTAGCATTTTATTTGCATT	11	31	1
TTTTTTATATTTTTTAGAATAACAAAACC   	3	7	0
CATTGTAGCATTTTTAGATTTAAGAATGCTTT	8	245	0
ATTAAAACGATTTTTAGAGATTTTTGTAAAGA	13	98	1
TCCTTAATGGATTTTAGCTTGAGTGTTGTTAG	9	53	0
TAAGTCTAAAATTTAAGGATTATAACCATTAA	13	71	1
TTTAGAAAGAATTTAAGGCAATGA        	11	2	0
  TTGTATCCTTTTTAAGCTGATTGTATCCAA	10	16	0
TTTAATTCAGTTTAAAGGCTTTCATTTTAACG	4	215	0
GTATGAAAATTTTTTAAAATTTACAAAAATGA	8	81	1
TTAAAGTTGTATTATAGCTTTTTAAAAATAAA	14	25	0
         TATTATAGCTTGTTTCAAACGCC	1	1	1
TGCCCTTTCGTTTTAAAGATAAACATTGTAGC	8	268	0
GGCTTTGTTATTTTAAAGCACTCTTAGGGGGT	4	24	1
ATCCAATCCTTTTTTAAAATAATCGTTTTTTT	3	33	0
CCTTTTTGGGTTTTAAAATTTTTACTATTTTA	2	43	0
TTGTCCCATAATTATAGCATAAATGATAATGA	8	35	1
TCTCTCAAAAATTAAAGGTTAATTTTA     	11	129	1
TTTAAACTGAATTAAAGGGAATGGA       	4	231	1
CTTTAACATTTTTTTAGAACTTTATTTTAAAA	4	117	0
TTAGAACTTTATTTTAAAATCATTCTCTTAAG	4	104	0
TTTGAGAGAATTTAAAAGTTATCATACTAAAA	11	106	0
TAAGGCTTAATTTTAAGCGCGTTTTAGTATGA	11	85	1
AATCTAATTTATTTTAAAGACAGAATGCGTTA	4	188	1
TAGTAGCGATATTATAACTAATCATTCTTAAA	9	24	0
AAAGGCTTTCATTTTAACGCATTCTGTCTTTA	4	202	0
       GCGTTTTAAAAACCTTTGAGGGTTA	2	3	1
          ******** * *
MAP Score: 32.992