AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons021_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944252758
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	napA	207	NEUTROPHIL-ACTIVATING PROTEIN A
#1	deaD	185	ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DEAD
#2	jhp0237	300	putative Outer membrane protein
#3	purA	98	ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE
#4	jhp0324	260	putative
#5	fliF	43	FLAGELLAR M-RING PROTEIN
#6	recR	168	RECOMBINATION PROTEIN
#7	folE_2	254	GTP CYCLOHYDROLASE I
#8	jhp0999	179	putative ZINC-METALLO PROTEASE
#9	ksgA	252	DIMETHYLADENOSINE TRANSFERASE
#10	jhp1323	50	putative

Motif 1
CAATTTGATGCTTTTTTGAAACACTTAATAGCAAATTAAG	2	192	1
AAATTGACATCTTTTAAGCAAAATGTTATAATGCTCGCTT	2	158	0
  CAAAAGTCCTTTTTTTAAAATTGTTTTAGGCTTTTATT	0	179	0
CTTTTTAACCCTTTTTAGACTACAATTTTAAGAAGTAAAA	4	31	0
GTTATTTAATCTTTTTAAAATTTTGTTTTATCGTAAAACT	0	38	0
ACTAAAAGGGCTTTTATTGTTTTTATTTTATTGTTTTTTA	6	101	0
TCATTAAGCGCTTTTTCATATTATTTAATTAAACCCCCTT	6	60	1
TTTTTGTCTTATTTTTGTCAAAAACTGATAAACCCTATTC	0	86	0
TTTATGGTAAATTTTTGAAAAATTGTTATAATTCCTACAC	8	110	1
AATTCCTACACTTTTATTGGTAAATTCATTTAAAAAAAGG	8	139	1
TATTATAACACTTTTATTAAACGCTTCATTAAGCGCTTTT	6	35	1
TTTGTCTTTCCTTTTTAATGCAACTTCTTTATTATAGCTT	9	177	0
AAGAATGAAAATTTTATCAAGGTTTTAATA          	5	23	1
TACGCTTATCCTTTTTCTTTATTGATCAAACCCGTTTTCT	2	24	0
AACAACACGGCTTTTTATGATTGGATTAAAAACGCTCAAA	8	38	1
TTACCCCATCATTTTAGCATAAGCCTTTTATAAAAACTTT	1	28	1
TAAATCAAAGATTTTAATTTTAGCCTTTTATCAGCTTAAA	1	118	1
TAGAGAGTTTCTTTTATGGATTAAGTAAAATCACTTACCT	2	249	1
TGTCTTAAAACTTTTAAGAGCAATTTTAAAGTTCGTTGGC	4	185	1
CGTAAAACTCATTTTTTAAGGGGGATAATTATCAAAA   	0	7	0
CTTTATTTCAATTTTTATCTTTCAATTTTTAAAAAGGCA 	10	9	0
AGACAAAAAAATTTTTTTCATTAACTCTTTTGGTGTAGGA	0	117	1
AATTGAGCGCATTTTTATGCTATACTCAAAAATCTTATAA	1	74	1
AACGAAAAAGATTTTAATACTAATTTTTAACACGAGTGCC	9	89	1
CCTCAATTTAATTTTAATTTGAAACTTTAAGCTGATAAAA	1	143	0
TCGGGTGCTATTTTTATCTATTTCTTTATAATCGTTGTTG	7	134	0
AACGCAACCCTTTTTTCTACCATACTTATTTAATTTTATG	8	76	1
GCGGCCTATCTTTTTAACGCTGAAATGTTTAGCACCCACC	7	177	1
CTGAAATTGTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAACCGCTTTAAT	4	89	0
ATTTAAAACCCTTTTAGTCAGTTCATTCAAAATGGATATT	4	229	0
AAACTCTCTAATTTTAAGATAATCATTCTTAATTTGCTAT	2	219	0
          ******         * ***
MAP Score: 46.4921

Motif 2
ATTGTAGTCTAAAAAGGGTTAAAAAGCTTTAAA	4	45	1
AAATAATATGAAAAAGCGCTTAATGAAGCGTTT	6	53	0
TAAGTGTTTCAAAAAAGCATCAAATTGACATCT	2	186	0
AACAAAATTTTAAAAAGATTAAATAACATTAAA	0	51	1
ACCCCCTTTTAAAAAACAATAAAATAAAAACAA	6	92	1
ATTCATTTAAAAAAAGGAGTTTAGAAT      	8	162	1
TGATTAAAATAAAAAGCTTTTATGCGTTTAAAC	4	147	1
CTTTGAATGAAAAAAGCTATAATAAAGAAGTTG	9	164	1
AACAATAAAATAAAAACAATAAAAGCCCTTTTA	6	106	1
ATGATTGGATTAAAAACGCTCAAACGCAACCCT	8	54	1
AAGCCTTTTATAAAAACTTTAAACTTAATTGAG	1	48	1
ATGAACTGACTAAAAGGGTTTTAAATA      	4	243	1
CTTTAAGCTGATAAAAGGCTAAAATTAAAATCT	1	126	0
TTTTATGAAAATAAAAGCCTAAAACAATTTTAA	0	170	1
ATTATTAACGAAAAAGATTTTAATACTAATTTT	9	83	1
AAAAATTGAAATAAAGGAATAATCGTT      	10	33	1
ACAATTTTAAAAAAAGGACTTTTG         	0	193	1
AAAATTGCTCTTAAAAGTTTTAAGACAATGAAG	4	179	0
 GCGAACGGCTTAAAAGAATGAAAATTTTATCA	5	9	1
ACATTTTGCTTAAAAGATGTCAATTTGATGCTT	2	172	1
TTAGAATACCAAAAAAAAGTAAAGAGCCTCTTT	3	28	0
TTTATTTTCATAAAAACCTTGATCGCTATCCTA	0	152	0
TAAATTTCAATTAAAGGAGTCATC         	9	1	0
ATCCAATCATAAAAAGCCGTGTTGTTCAACCCA	8	31	0
GAAGCGTTTAATAAAAGTGTTATAATACGCTAT	6	29	0
        TATTAAAACCTTGATAAAATTTTCA	5	28	0
TTGGTATTCTAACAAGCTTTTAAACCATCCAAT	3	49	1
          *******  * **
MAP Score: 38.2144

Motif 3
      GCTCTTTTTAGGGCTTATAAAGAGGCTCTT	3	4	1
TTTTGCCCTCTTTTAAAGCTTTTTAACCCTTTTTAG	4	53	0
CTCTTTACTTTTTTTTGGTATTCTAACAAGCTTTTA	3	35	1
ATTGTTTTTATTTTATTGTTTTTTAAAAGGGGGTTT	6	90	0
GTTCCTTTGATTTTTACTTCTTAAAATTGTAGTCTA	4	20	1
      TGCCTTTTTAAAAATTGAAAGATAAAAATT	10	4	1
AATTGTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAACCGCTTTAAT	4	89	0
CTTGATAAAATTTTCATTCTTTTAAGCCGTTCGC  	5	8	0
CTCAATTAAGTTTAAAGTTTTTATAAAAGGCTTATG	1	45	0
AATTTTAGCCTTTTATCAGCTTAAAGTTTCAAATTA	1	133	1
ATTAAGCGCTTTTTCATATTATTTAATTAAACCCCC	6	62	1
        TATTTAAAACCCTTTTAGTCAGTTCATT	4	242	0
AAGTCCTTTTTTTAAAATTGTTTTAGGCTTTTATTT	0	178	0
TAAAACAAAATTTTAAAAAGATTAAATAACATTAAA	0	48	1
CTTTTTAAAATTTTGTTTTATCGTAAAACTCATTTT	0	32	0
CGATCAAGGTTTTTATGAAAATAAAAGCCTAAAACA	0	160	1
CATAAAAGCTTTTTATTTTAATCAAACCTAACTAAT	4	135	0
CTCTTAAAAGTTTTAAGACAATGAAGTTTAAACGCA	4	169	0
TATGGTAAATTTTTGAAAAATTGTTATAATTCCTAC	8	112	1
TAAAAGCCCTTTTAGTGGCTTTCAAGTCAAGTTAAG	6	125	1
 GATGACTCCTTTAATTGAAATTTAATTCTAGCTCA	9	9	1
AAAAAAATTTTTTTGTCTTATTTTTGTCAAAAACTG	0	99	0
TTTGAGCGTTTTTAATCCAATCATAAAAAGCCGTGT	8	42	0
GAATGAAAATTTTATCAAGGTTTTAATA        	5	25	1
CATGGGCTTATTGTCATGCATTAAAAACGCCGCCCC	7	63	0
CGATTATTCCTTTATTTCAATTTTTATCTTTCAATT	10	22	0
TATCTATTTCTTTATAATCGTTGTTGGTGTAATCGT	7	124	0
ACAAATCCCCTTTTTAAGGTATAATATGAGGAATTT	9	212	1
          **** *    ** ***
MAP Score: 25.4993

Motif 4
CTTTTTAAAATTTTGTTTTATCGTAAAACTCATTTTTT	0	30	0
CCTAAAACAATTTTAAAAAAAGGACTTTTG        	0	187	1
AGCATAAGCCTTTTATAAAAACTTTAAACTTAATTGAG	1	43	1
TTGAGCGCATTTTTATGCTATACTCAAAAATCTTATAA	1	76	1
AATTAAAATCTTTGATTTAAAGTTTATAAGATTTTTGA	1	99	0
AATCAAAGATTTTAATTTTAGCCTTTTATCAGCTTAAA	1	120	1
CAGCTTAAAGTTTCAAATTAAAATTAAATTGAGGTATG	1	149	1
AAGATGTCAATTTGATGCTTTTTTGAAACACTTAATAG	2	185	1
ATTGCGTTCCTTTGATTTTTACTTCTTAAAATTGTAGT	4	15	1
ATTAAAGCGGTTTCAAAAAAAAAAAAAAAAACAATTTC	4	89	1
ATTATAACACTTTTATTAAACGCTTCATTAAGCGCTTT	6	36	1
TTAAGCGCTTTTTCATATTATTTAATTAAACCCCCTTT	6	63	1
ATTGTTTTTATTTTATTGTTTTTTAAAAGGGGGTTTAA	6	88	0
GGGCGGCGTTTTTAATGCATGACAATAAGCCCATGATC	7	64	1
TTTGAGCGTTTTTAATCCAATCATAAAAAGCCGTGTTG	8	40	0
ACCATACTTATTTAATTTTATGGTAAATTTTTGAAAAA	8	94	1
 GATGACTCCTTTAATTGAAATTTAATTCTAGCTCACT	9	9	1
CTGGCTAGGATTTCATTCTATAATGCAAAATCTAACCA	9	45	1
CGAAAAAGATTTTAATACTAATTTTTAACACGAGTGCC	9	91	1
TTATTTCAATTTTTATCTTTCAATTTTTAAAAAGGCA 	10	9	0
          *** **  **   *  **
MAP Score: 15.3783

Motif 5
TTTAAAATTGTTTTAGGCTTTTATTTTCATAA	0	172	0
          TCAAACCCTTTCATTTATTTAC	1	0	1
ATCATTTTAGCATAAGCCTTTTATAAAAACTT	1	35	1
TTAATTTTAATTTGAAACTTTAAGCTGATAAA	1	144	0
TCTTTATTGATCAAACCCGTTTTCTTGCTAGT	2	17	0
CACCATTATTTATTACGCTTATCCTTTTTCTT	2	45	0
TAAGCGAGCATTATAACATTTTGCTTAAAAGA	2	157	1
AAGATGTCAATTTGATGCTTTTTTGAAACACT	2	185	1
GATGCTTTTTTGAAACACTTAATAGCAAATTA	2	198	1
TTTGGTATTCTAACAAGCTTTTAAACCATCCA	3	48	1
TTTAAAGCTTTTTAACCCTTTTTAGACTACAA	4	46	0
TTGATTAAAATAAAAAGCTTTTATGCGTTTAA	4	146	1
ACTTCATTGTCTTAAAACTTTTAAGAGCAATT	4	178	1
      TATTTAAAACCCTTTTAGTCAGTTCA	4	244	0
GATAGCGTATTATAACACTTTTATTAAACGCT	6	28	1
ATAAAAACAATAAAAGCCCTTTTAGTGGCTTT	6	115	1
ACAAAAGATTTCTAACGATTACACCAACAACG	7	110	1
     TTAGATCACACGCTTTCTTAAGGATTG	7	237	0
AACGCTCAAACGCAACCCTTTTTTCTACCATA	8	68	1
GTGTAGGAATTATAACAATTTTTCAAAAATTT	8	118	0
TTGTTATAATTCCTACACTTTTATTGGTAAAT	8	132	1
AATTATTAACGAAAAAGATTTTAATACTAATT	9	82	1
          * * ********
MAP Score: 0.698022