AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons021_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944252780 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 napA 207 NEUTROPHIL-ACTIVATING PROTEIN A #1 flgI_deaD 185 flgI: FLAGELLAR P-RING PROTEIN, deaD: ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DEAD #2 jhp0237 300 putative Outer membrane protein #3 purA 98 ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE #4 jhp0324 260 putative #5 fliF 43 FLAGELLAR M-RING PROTEIN #6 recR 168 RECOMBINATION PROTEIN #7 folE_2 254 GTP CYCLOHYDROLASE I #8 jhp0999 179 putative ZINC-METALLO PROTEASE #9 ksgA 252 DIMETHYLADENOSINE TRANSFERASE #10 jhp1323 50 putative Motif 1 TAAGTGTTTCAAAAAAGCATCAAATTGACATCT 2 186 0 AACAAAATTTTAAAAAGATTAAATAACATTAAA 0 51 1 AATTGTAGTCTAAAAAGGGTTAAAAAGCTTTAA 4 44 1 ACCCCCTTTTAAAAAACAATAAAATAAAAACAA 6 92 1 AACAATAAAATAAAAACAATAAAAGCCCTTTTA 6 106 1 ATGATTGGATTAAAAACGCTCAAACGCAACCCT 8 54 1 AAGCCTTTTATAAAAACTTTAAACTTAATTGAG 1 124 0 TTTTATGAAAATAAAAGCCTAAAACAATTTTAA 0 170 1 CTTTAAGCTGATAAAAGGCTAAAATTAAAATCT 1 46 1 AAATAATATGAAAAAGCGCTTAATGAAGCGTTT 6 53 0 AAAATTGCTCTTAAAAGTTTTAAGACAATGAAG 4 179 0 GCGAACGGCTTAAAAGAATGAAAATTTTATCA 5 9 1 TTGATTAAAATAAAAAGCTTTTATGCGTTTAAA 4 146 1 ATTCATTTAAAAAAAGGAGTTTAGAAT 8 162 1 TTTATTTTCATAAAAACCTTGATCGCTATCCTA 0 152 0 ATGAACTGACTAAAAGGGTTTTAAATA 4 243 1 GAAGCGTTTAATAAAAGTGTTATAATACGCTAT 6 29 0 TTAGAATACCAAAAAAAAGTAAAGAGCCTCTTT 3 28 0 CTTTGAATGAAAAAAGCTATAATAAAGAAGTTG 9 164 1 AAAAATTGAAATAAAGGAATAATCGTT 10 33 1 ATTATTAACGAAAAAGATTTTAATACTAATTTT 9 83 1 TAAATTTCAATTAAAGGAGTCATC 9 1 0 ACATTTTGCTTAAAAGATGTCAATTTGATGCTT 2 172 1 ACAATTTTAAAAAAAGGACTTTTG 0 193 1 TATTAAAACCTTGATAAAATTTTCA 5 28 0 ATCCAATCATAAAAAGCCGTGTTGTTCAACCCA 8 31 0 ATTGGATGGTTTAAAAGCTTGTTAGAATACCAA 3 49 0 AAAATAAGACAAAAAAATTTTTTTCATTAACTC 0 111 1 ******* * ** MAP Score: 38.8549 Motif 2 GATAGCGATCAAGGTTTTTATGAAAATAAAAGCCTA 0 155 1 ATTTTAGCATAAGCCTTTTATAAAAACTTTAAACTT 1 131 0 ACTCGTGTTAAAAATTAGTATTAAAATCTTTTTCGT 9 90 0 AAGCTGATAAAAGGCTAAAATTAAAATCTTTGATTT 1 50 1 CCTTTTAAAAAACAATAAAATAAAAACAATAAAAGC 6 96 1 CGAGCATTATAACATTTTGCTTAAAAGATGTCAATT 2 161 1 GCAAATTAAGAATGATTATCTTAAAATTAGAGAGTT 2 222 1 AAAATATTATCCTTAAAACAAAGTAGAT 3 80 0 TACTTCTTAAAATTGTAGTCTAAAAAGGGTTAAAAA 4 34 1 AAAATCTTATAAACTTTAAATCAAAGATTTTAATTT 1 67 0 GCGCTTAATGAAGCGTTTAATAAAAGTGTTATAATA 6 35 0 AAAAGCCTAAAACAATTTTAAAAAAAGGACTTTTG 0 182 1 GGGTAATACTAGCAAGAAAACGGGTTTGAT 2 4 1 AAACTACCAACATCTTTGAATGAAAAAAGCTATAAT 9 151 1 GTTTAGCACCCACCCTAGTATTAAAAATCGTATCCA 7 203 1 CCTTTTTAAAAATTGAAAGATAAAAATTGAAATAAA 10 12 1 AACGATTATAAAGAAATAGATAAAAATAGCACCCGA 7 138 1 GAGCGTTTTTAATCCAATCATAAAAAGCCGTGTTGT 8 39 0 AATTTTTCAAAAATTTACCATAAAATTAAATAAGTA 8 98 0 GCTATAATAAAGAAGTTGCATTAAAAAGGAAAGACA 9 179 1 ATTTGCTATTAAGTGTTTCAAAAAAGCATCAAATTG 2 192 0 TCCTACACCAAAAGAGTTAATGAAAAAAATTTTTTT 0 121 0 TTTATTGGTAAATTCATTTAAAAAAAGGAGTTTAGA 8 151 1 AAGCGGTTTCAAAAAAAAAAAAAAAAACAATTTCAG 4 93 1 AGCGCATTTTTATGCTATACTCAAAAATCTTATAAA 1 90 0 GAGCTAGAATTAAATTTCAATTAAAGGAGTCATC 9 8 0 AAAAGCTTGTTAGAATACCAAAAAAAAGTAAAGAGC 3 34 0 TTAGATTTTGCATTATAGAATGAAATCCTAGCCAGT 9 44 0 CTTAAAGTTTCAAATTAAAATTAAATTGAGGTATGA 1 17 0 GTTTTTGACAAAAATAAGACAAAAAAATTTTTTTCA 0 101 1 ** ** ** **** MAP Score: 38.6828 Motif 3 TACGCTATCTCAATTTTAAGGAATAAC 6 6 0 AGACAAATCCCCTTTTTAAGGTATAATATGA 9 210 1 AATTTTTGCCCTCTTTTAAAGCTTTTTAACC 4 61 0 GCTCTTTTTAGGGCTTATAAAG 3 1 1 TTTTAGACTACAATTTTAAGAAGTAAAAATC 4 28 0 TAATTAAACCCCCTTTTAAAAAACAATAAAA 6 85 1 TCAAATTGACATCTTTTAAGCAAAATGTTAT 2 169 0 AGCTTTTTAACCCTTTTTAGACTACAATTTT 4 42 0 AAAATTTTCATTCTTTTAAGCCGTTCGC 5 7 0 ATTTGTCTTTCCTTTTTAATGCAACTTCTTT 9 187 0 CTTTTAAGAGCAATTTTAAAGTTCGTTGGCG 4 195 1 AGCGGGGCGGCGTTTTTAATGCATGACAATA 7 60 1 ATAATTCCTACACTTTTATTGGTAAATTCAT 8 137 1 TGCGTTTGAGCGTTTTTAATCCAATCATAAA 8 51 0 ATTGTCTTAAAACTTTTAAGAGCAATTTTAA 4 183 1 TAATTGAGCGCATTTTTATGCTATACTCAAA 1 101 0 AAGCCTAAAACAATTTTAAAAAAAGGACTTT 0 184 1 CGTAAAACTCATTTTTTAAGGGGGATAATTA 0 16 0 CGTATTATAACACTTTTATTAAACGCTTCAT 6 33 1 TGCCTTTTTAAAAATTGAAAGAT 10 2 1 TATTCTAACAAGCTTTTAAACCATCCAATCT 3 53 1 ATTAGAGAGTTTCTTTTATGGATTAAGTAAA 2 247 1 TAAAATAAAAAGCTTTTATGCGTTTAAACTT 4 151 1 ACAATAAAAGCCCTTTTAGTGGCTTTCAAGT 6 121 1 TATTTAAAACCCTTTTAGTCAGTTCATTCA 4 240 0 TCCTTTATTTCAATTTTTATCTTTCAATTTT 10 20 0 TGATCGGGTGCTATTTTTATCTATTTCTTTA 7 146 0 AGAAACTCTCTAATTTTAAGATAATCATTCT 2 230 0 AGGCTCTTTACTTTTTTTTGGTATTCTAACA 3 32 1 TAAAAGCTTTTTATTTTAATCAAACCTAACT 4 138 0 CATACTTATTTAATTTTATGGTAAATTTTTG 8 96 1 TTCTAAACTCCTTTTTTTAAATGAATTTACC 8 157 0 TCAGCGGCCTATCTTTTTAACGCTGAAATGT 7 174 1 TTAACGAAAAAGATTTTAATACTAATTTTTA 9 87 1 CGATAAAACAAAATTTTAAAAAGATTAAATA 0 45 1 GTCAATTTGATGCTTTTTTGAAACACTTAAT 2 190 1 TTTATTGTTTTTATTTTATTGTTTTTTAAAA 6 98 0 ATTTTAATACTAATTTTTAACACGAGTGCCA 9 99 1 * ********* MAP Score: 34.2191 Motif 4 TATCCCCCTTAAAAAATGAGTTTTACGATAAAAC 0 20 1 ACAAAAATAAGACAAAAAAATTTTTTTCATTAAC 0 108 1 AAACAATTTTAAAAAAAGGACTTTTG 0 191 1 GGGGTAAATAAATGAAAGGGTTTGA 1 170 1 TAATACTAGCAAGAAAACGGGTTTGATCAATAAA 2 13 1 GTCTAAAAAGGGTTAAAAAGCTTTAAAAGAGGGC 4 51 1 AGAGGGCAAAAATTAAAGCGGTTTCAAAAAAAAA 4 78 1 GGTTTGATTAAAATAAAAAGCTTTTATGCGTTTA 4 143 1 TGAATGAACTGACTAAAAGGGTTTTAAATA 4 240 1 AAATAAAAACAATAAAAGCCCTTTTAGTGGCTTT 6 113 1 TAGTGGGTTGAACAACACGGCTTTTTATGATTGG 8 28 1 AAATTCATTTAAAAAAAGGAGTTTAGAAT 8 160 1 ACCAATTATTAACGAAAAAGATTTTAATACTAAT 9 79 1 AAAAAGGAAAGACAAATCCCCTTTTTAAGGTATA 9 201 1 ** *** ** *** MAP Score: 8.53551 Motif 5 ACGATAAAACAAAATTTTAAAAAGATTAAAT 0 44 1 GTTAATGAAAAAAATTTTTTTGTCTTATTTT 0 111 0 TATTTTCATAAAAACCTTGATCGCTATCCTA 0 152 0 AAAGCCTAAAACAATTTTAAAAAAAGGACTT 0 183 1 CTTTAAATCAAAGATTTTAATTTTAGCCTTT 1 59 0 GCTATACTCAAAAATCTTATAAACTTTAAAT 1 82 0 GCCTTTTATAAAAACTTTAAACTTAATTGAG 1 124 0 ATTTTAGCATAAGCCTTTTATAAAAACTTTA 1 136 0 TCAAACCCTTTCATTTATTTACC 1 172 0 ATTTGCTATTAAGTGTTTCAAAAAAGCATCA 2 197 0 TGGATGGTTTAAAAGCTTGTTAGAATACCAA 3 49 0 TAAAGCTTTTTAACCCTTTTTAGACTACAAT 4 45 0 AAAAGGGTTAAAAAGCTTTAAAAGAGGGCAA 4 56 1 TTTTTTTTGAAACCGCTTTAATTTTTGCCCT 4 80 0 AAACGCATAAAAGCTTTTTATTTTAATCAAA 4 145 0 AAAAGCTTTTATGCGTTTAAACTTCATTGTC 4 158 1 AATTGCTCTTAAAAGTTTTAAGACAATGAAG 4 179 0 TATTTAAAACCCTTTTAGTCAGTTCAT 4 243 0 AAACCTTGATAAAATTTTCATTCTTTTAAGC 5 17 0 TATTAAAACCTTGATAAAATTTTCA 5 28 0 AGCGTTTAATAAAAGTGTTATAATACGCTAT 6 29 0 GCGCTTAATGAAGCGTTTAATAAAAGTGTTA 6 40 0 TAATATGAAAAAGCGCTTAATGAAGCGTTTA 6 52 0 AAAACAATAAAAGCCCTTTTAGTGGCTTTCA 6 118 1 ATCCTTAAGAAAGCGTGTGATCTAA 7 239 1 ATTTTATGGTAAATTTTTGAAAAATTGTTAT 8 108 1 AATTAGTATTAAAATCTTTTTCGTTAATAAT 9 83 0 TTGACAATAGGAGCGCTTGAATTGGCACTCG 9 121 0 TTTTTAATGCAACTTCTTTATTATAGCTTTT 9 175 0 AAGAAGCGCTTCTAAAATTCCTCA 9 238 0 ******** ** MAP Score: 5.66294 Motif 6 CTTTTTAAAATTTTGTTTTATCGTAAAACTC 0 37 0 AGCGATCAAGGTTTTTATGAAAATAAAAGCC 0 158 1 CAAAAGTCCTTTTTTTAAAATTGTTTTAG 0 188 0 AAATCAAAGATTTTAATTTTAGCCTTTTATC 1 55 0 AAATTAAAATCTTTGATTTAAAGTTTATAAG 1 67 1 TAAGTTTAAAGTTTTTATAAAAGGCTTATGC 1 130 1 TCAAACCCTTTCATTTATTTACCCCATC 1 167 0 TTATCCTTTTTCTTTATTGATCAAACCCGTT 2 28 0 CATTATAACATTTTGCTTAAAAGATGTCAAT 2 165 1 TATTGCGTTCCTTTGATTTTTACTTCTTAAA 4 14 1 GTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAACCGCTTTAA 4 90 0 TATTAGTTAGGTTTGATTAAAATAAAAAGCT 4 134 1 ATAATATCCATTTTGAATGAACTGACTAAAA 4 227 1 GTTATTCCTTAAAATTGAGATAG 6 2 1 TATTATAACACTTTTATTAAACGCTTCATTA 6 35 1 TTAAAAGGGGGTTTAATTAAATAATATGAAA 6 73 0 GCTTTTATTGTTTTTATTTTATTGTTTTTTA 6 101 0 AACAACACGGCTTTTTATGATTGGATTAAAA 8 38 1 AAACTCCTTTTTTTAAATGAATTTACCAATA 8 153 0 GATGACTCCTTTAATTGAAATTTAATTCT 9 8 1 CTACCAACATCTTTGAATGAAAAAAGCTATA 9 154 1 **** ****** MAP Score: 2.15615