AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons022_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944252808
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	oorD	184	SUBUNIT OF 2-OXOGLUTARATE OXIDOREDUCTASE
#1	porG	282	Pyruvate ferrodoxin oxidoreductase

Motif 1
AACCACTAATATTTATTTTAAACTTTGTTATT	1	79	0
TTTTATGGCTATTTATTCTAAAAAGATAGGCG	1	122	0
TATTTTCTCATTTTAATTTTAAGTTCTTACTA	0	62	1
TATAAAATAAATTTAGCCTAAATTATACAAGA	1	237	0
GCATTTTAGATTTTATTAAAAAAGGCTTGCTA	0	99	1
AATTTTAAGTTCTTACTATTAAAGCATTTTAG	0	76	1
ATGAGGCGTTTTTTCTTTTAAATTGAGTAAAA	0	21	1
TATGCCCCCATTTTCCTATAAAAATTCCTAAA	1	173	1
TTAGGGCGTGATTTAATTTTAGTTTGTATAGG	1	46	0
AAAATACAGCTTTTAGCACAAAGGAGAATGA 	0	163	1
AGATAGGCGTTCTTAATAAAAACCACTAATAT	1	99	0
AAAACGCCTCATTTACCTTAATT         	0	1	0
CATTAATAGTTTTTCTTGTATAATTTAGGCTA	1	224	1
TGTCTCCCCAATATCGTATAAAATAAATTTAG	1	253	0
          ***** * ****
MAP Score: 15.4908

Motif 2
 TCATTCTCCTTTGTGCTAAAAGCTGTATTTT	0	163	0
TTTATGGCTATTTATTCTAAAAAGATAGGCGT	1	121	0
AGCATTTTAGATTTTATTAAAAAAGGCTTGCT	0	98	1
ATTAATAGTTTTTCTTGTATAATTTAGGCTAA	1	225	1
GTATGCCCCCATTTTCCTATAAAAATTCCTAA	1	172	1
ATATTAGTGGTTTTTATTAAGAACGCCTATCT	1	99	1
ACCACTAATATTTATTTTAAACTTTGTTATTA	1	78	0
TTAGGCTAAATTTATTTTATACGATATTGGGG	1	248	1
AATGAGGCGTTTTTTCTTTTAAATTGAGTAAA	0	20	1
TCCTAAAAAGATATTGTTATAAGACACATTAA	1	198	1
AGCAATCAAAATTTGCCTAAAATTGTAGCAAG	0	124	0
CTAAAATGCTTTAATAGTAAGAACTTAAAATT	0	76	0
TAGTAAGAACTTAAAATTAAAATGAGAAAATA	0	62	0
          *** * ******
MAP Score: 11.6203

Motif 3
TACTAAACACTTTTTACTCAATTTAAAAGAAAAAA	0	29	0
AAGTGTTTAGTATTTTCTCATTTTAATTTTAAGTT	0	52	1
AAGTTCTTACTATTAAAGCATTTTAGATTTTATTA	0	82	1
CTTGCTACAATTTTAGGCAAATTTTGATTGCTAGG	0	124	1
TAGGGCGTGATTTAATTTTAGTTTGTATAGGGCAA	1	42	0
CACGCCCTAATAATAACAAAGTTTAAAATAAATAT	1	68	1
TTAAAATAAATATTAGTGGTTTTTATTAAGAACGC	1	90	1
ATTATGGCTATTTTATGGCTATTTATTCTAAAAAG	1	129	0
AACAATATCTTTTTAGGAATTTTTATAGGAAAATG	1	181	0
AAAGATATTGTTATAAGACACATTAATAGTTTTTC	1	204	1
TTAATAGTTTTTCTTGTATAATTTAGGCTAAATTT	1	226	1
CCCAATATCGTATAAAATAAATTTAGCCTAAATTA	1	244	0
          *****    * ****
MAP Score: 11.2378

Motif 4
        AATTAAGGTAAATGAGGCGTTTTTTC	0	2	1
TTGCTACAATTTTAGGCAAATTTTGATTGCTAGG	0	125	1
TTTTAGTTTGTATAGGGCAAGTGTGGGGTAGGAT	1	28	0
CGCCTATCTTTTTAGAATAAATAGCCATAAAATA	1	122	1
TAGGAATTTTTATAGGAAAATGGGGGCATACCCA	1	169	0
TCTTGTATAATTTAGGCTAAATTTATTTTATACG	1	237	1
          ******  ** * *
MAP Score: 4.38508

Motif 5
      AATTAAGGTAAATGAGGCGTTTTT	0	4	1
GCTACAATTTTAGGCAAATTTTGATTGCTA	0	127	1
TTTTAGCACAAAGGAGAATGA         	0	173	1
AGGATAACAAAAGGAATTGGGTT       	1	3	0
GCATACCCACAAGGATTATGGCTATTTTAT	1	148	0
GGAATTTTTATAGGAAAATGGGGGCATACC	1	171	0
AATATCTTTTTAGGAATTTTTATAGGAAAA	1	183	0
AAATTCCTAAAAAGATATTGTTATAAGACA	1	194	1
ATTTATTTTATACGATATTGGGGAGACATA	1	257	1
          **********
MAP Score: 4.26726

Motif 6
CTCAATTTAAAAGAAAAAACGCCTCATTTA	0	18	0
AAAATGAGAAAATACTAAACACTTTTTACT	0	46	0
TTTTTAATAAAATCTAAAATGCTTTAATAG	0	91	0
AAGCCCTAGCAATCAAAATTTGCCTAAAAT	0	133	0
ACACTTGCCCTATACAAACTAAAATTAAAT	1	38	1
AGGCGTTCTTAATAAAAACCACTAATATTT	1	97	0
CCTATCTTTTTAGAATAAATAGCCATAAAA	1	124	1
CCCATTTTCCTATAAAAATTCCTAAAAAGA	1	179	1
ATATTGTTATAAGACACATTAATAGTTTTT	1	208	1
TAAATTATACAAGAAAAACTATTAATGTGT	1	221	0
AAAATAAATTTAGCCTAAATTATACAAGAA	1	236	0
          **********
MAP Score: 2.24624