AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons022_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944252818
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	oorD	184	SUBUNIT OF 2-OXOGLUTARATE OXIDOREDUCTASE
#1	porG	282	Pyruvate ferrodoxin oxidoreductase

Motif 1
AAATGAGGCGTTTTTTCTTTTAAATTGAGTAAA	0	19	1
GTATTTTCTCATTTTAATTTTAAGTTCTTACTA	0	61	1
TAATTTTAAGTTCTTACTATTAAAGCATTTTAG	0	75	1
AGCATTTTAGATTTTATTAAAAAAGGCTTGCTA	0	98	1
GCGTGATTTAATTTTAGTTTGTATAGGGCAAGT	1	40	0
AAACCACTAATATTTATTTTAAACTTTGTTATT	1	79	0
ATATTAGTGGTTTTTATTAAGAACGCCTATCTT	1	99	1
ATTTTATGGCTATTTATTCTAAAAAGATAGGCG	1	122	0
GTATGCCCCCATTTTCCTATAAAAATTCCTAAA	1	172	1
ACATTAATAGTTTTTCTTGTATAATTTAGGCTA	1	223	1
ATTTAGGCTAAATTTATTTTATACGATATTGGG	1	246	1
          ****** * * **
MAP Score: 15.096

Motif 2
TGAGGCGTTTTTTCTTTTAAATTGAGTAAAA	0	22	1
TTTTCTCATTTTAATTTTAAGTTCTTACTAT	0	64	1
TTTTAAGTTCTTACTATTAAAGCATTTTAGA	0	78	1
AGCATTTTAGATTTTATTAAAAAAGGCTTGC	0	98	1
AAGGCTTGCTACAATTTTAGGCAAATTTTGA	0	120	1
TGCTAAAAGCTGTATTTTAAGCCCTAGCAAT	0	150	0
AGGGCGTGATTTAATTTTAGTTTGTATAGGG	1	45	0
TTAAACTTTGTTATTATTAGGGCGTGATTTA	1	63	0
ACCACTAATATTTATTTTAAACTTTGTTATT	1	79	0
ATATTAGTGGTTTTTATTAAGAACGCCTATC	1	99	1
AAGAACGCCTATCTTTTTAGAATAAATAGCC	1	117	1
TGCCCCCATTTTCCTATAAAAATTCCTAAAA	1	175	1
TTATAACAATATCTTTTTAGGAATTTTTATA	1	189	0
TAAAAAGATATTGTTATAAGACACATTAATA	1	201	1
TTAGGCTAAATTTATTTTATACGATATTGGG	1	248	1
          ** ********
MAP Score: 14.3982