AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons023_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944252829
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	dnaK	29	70kDa chaperone
#1	jhp0103	238	putative
#2	dnaJ_1	167	putative co-chaperone with DnaK
#3	hemN_2	95	OXYGEN-INDEPENDENT COPROPORPHYRINOGEN III OXIDASE
#4	dnaJ_2	124	co-chaperone with DnaK
#5	mreB	52	ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN
#6	fabZ	181	HYDROXYMYRISTOYL-ACYL CARRIER PROTEIN DEHYDRATASE

Motif 1
          AACATTTATTTTAAAAGAAAGGAT	0	0	1
GGGCAACTAATACCTTTTATTAAAAAAACTTGTT	1	13	0
GGATTTTTTATAGATTTGATTTAATTTAGATCTG	1	49	0
ATCTATAAAAAATCCTAATTTAATGCTAGTAAAT	1	68	1
AAAATTACCCAATTTTTCTTTAAAGTTTAGTCTG	1	115	0
GGTAATTTTTATCACTTGTTTAAAAAAGTGATAG	1	140	1
TTTTCATTAAAATACTAGGTTTAAATCCACGATG	2	18	0
TATTTTAATGAAAATTCCTTTTAATTGCGCTGAA	2	38	1
GTTTTATTAGAATACTATCATAAATCTTTAGTGT	2	126	0
GTATTCTAATAAAACTATTTTAAAGGTGATCC  	2	145	1
TTACAAGTTTAAGCTTTGCTTAAAAAATGAAATG	3	53	1
GGTGCATGCCAAAACTTAGATAAAATAATACGAT	4	36	0
TCAAAACGCTTATTTTATCTTAAAAGCGATGAGT	4	81	0
GTCTGTGTAAAGCGTTTCTTTAAACTTATGGCGC	6	33	1
          **  ***  *****
MAP Score: 12.6697

Motif 2
TTATCCTTTCTTTTAAAATAAATGTT     	0	5	0
GATAACAAGTTTTTTTAATAAAAGGTATTAG	1	10	1
TTAAATCAAATCTATAAAAAATCCTAATTTA	1	59	1
AGTAAATAAATTTAGTGATACAGACTAAACT	1	95	1
CAGACTAAACTTTAAAGAAAAATTGGGTAAT	1	115	1
ATCTATCACTTTTTTAAACAAGTGATAAAAA	1	145	0
AACCTAGTATTTTAATGAAAATTCCTTTTAA	2	31	1
GTCAATCAAGTTTATTGATAATGTTTAGTGG	2	93	0
TTTAAAATAGTTTTATTAGAATACTATCATA	2	138	0
TCATTTCATTTTTTAAGCAAAGCTTAAACTT	3	57	0
AACTCATCGCTTTTAAGATAAAATAAGCGTT	4	80	1
TTCAATTCAATTTAATAACAAAGGATCACAA	5	26	1
GCGCCATAAGTTTAAAGAAACGCTTTACACA	6	36	0
AGCGGTTATTTTTTAGGATAACCAACGCTAA	6	119	1
          ******** **
MAP Score: 12.2621

Motif 3
          AACATTTATTTTAAAAGAAAGGATAACG	0	0	1
       GATAACAAGTTTTTTTAATAAAAGGTATTAG	1	3	1
GATAAAAATTACCCAATTTTTCTTTAAAGTTTAGTCTG	1	115	0
GGTAATTTTTATCACTTGTTTAAAAAAGTGATAGATTA	1	140	1
ATGGTGATTGACGAGATGTTTTAAATAACG        	1	218	1
GTGGATTTAAACCTAGTATTTTAATGAAAATTCCTTTT	2	22	1
TCCCATTTTCATTTCATTTTTTAAGCAAAGCTTAAACT	3	58	0
CTATAGTTTCATCGTATTATTTTATCTAAGTTTTGGCA	4	26	1
ATGGCATCAAAACGCTTATTTTATCTTAAAAGCGATGA	4	83	0
GTCTGTGTAAAGCGTTTCTTTAAACTTATGGCGCAATG	6	33	1
AATGCAAGCGAGCGGTTTTCTTATGGTATAATAGCGGT	6	87	1
ATGGTATAATAGCGGTTATTTTTTAGGATAACCAACGC	6	109	1
          * *   * ******   *
MAP Score: 11.3339

Motif 4
TCATCGTGGATTTAAACCTAGTATTTTAATGAAAATT	2	17	1
TCGCTTTTAAGATAAAATAAGCGTTTTGATGCCATTT	4	86	1
TTTCTTATGGTATAATAGCGGTTATTTTTTAGGATAA	6	103	1
GATAACCAACGCTAAAAATGGCGCTTTAGTTGAATCC	6	135	1
TTTAGTTGAATCCAAAACAAGGAGTTTATTTT     	6	159	1
ATGATAGTATTCTAATAAAACTATTTTAAAGGTGATC	2	139	1
AACAAGTTTTTTTAATAAAAGGTATTAGTTGCCCAAC	1	13	1
ATTTACTAGCATTAAATTAGGATTTTTTATAGATTTG	1	65	0
CTTTTTGCGCTATAATGCGAGGGTTCTTTCATCAAAA	1	182	1
AAACTTTAAAGAAAAATTGGGTAATTTTTATCACTTG	1	121	1
AGCTTAAACTTGTAATTGTATCATTTTAGGATCATTT	3	31	0
GCGCCATAAGTTTAAAGAAACGCTTTACACAGACACC	6	30	0
TTATTTTATCTTAAAAGCGATGAGTTTGCGTGTTTTG	4	69	0
          * ****   **   ***
MAP Score: 5.42919

Motif 5
         GATAACAAGTTTTTTTAATAAAAGGTATT	1	1	1
TTACTAGCATTAAATTAGGATTTTTTATAGATTTGATT	1	62	0
AACTTTAAAGAAAAATTGGGTAATTTTTATCACTTGTT	1	122	1
CACTTGTTTAAAAAAGTGATAGATTATTAACTTTTTGC	1	152	1
TTTTTGCGCTATAATGCGAGGGTTCTTTCATCAAAATG	1	183	1
AATTTTCATTAAAATACTAGGTTTAAATCCACGATGAG	2	16	0
TTCAGCGCAATTAAAAGGAATTTTCATTAAAATACTAG	2	34	0
AAATGAAATGAAAATGGGAGAAATAAAT          	3	77	1
CTTTTAAGATAAAATAAGCGTTTTGATGCCATTTTTGG	4	89	1
AACCAACGCTAAAAATGGCGCTTTAGTTGAATCCAAAA	6	138	1
AGTTGAATCCAAAACAAGGAGTTTATTTT         	6	162	1
          ****   * *  **  **
MAP Score: 4.65254

Motif 6
TATCCTTTCTTTTAAAATAAATGTT      	0	4	0
ATAACAAGTTTTTTTAATAAAAGGTATTAGT	1	11	1
AAAAATCCTAATTTAATGCTAGTAAATAAAT	1	75	1
TAGTAAATAAATTTAGTGATACAGACTAAAC	1	94	1
ACAGACTAAACTTTAAAGAAAAATTGGGTAA	1	114	1
ATCTATCACTTTTTTAAACAAGTGATAAAAA	1	145	0
GATTATTAACTTTTTGCGCTATAATGCGAGG	1	173	1
TCAATCACCATTTTGATGAAAGAACCCTCGC	1	198	0
AAACCTAGTATTTTAATGAAAATTCCTTTTA	2	30	1
TTTAAACCCGTTTCAGCGCAATTAAAAGGAA	2	52	0
TTCATTTCATTTTTTAAGCAAAGCTTAAACT	3	58	0
AGTTTGCGTGTTTTGGTGCATGCCAAAACTT	4	53	0
ACTCATCGCTTTTAAGATAAAATAAGCGTTT	4	81	1
AAAATAAGCGTTTTGATGCCATTTTTGGAGC	4	99	1
TTGATGCCATTTTTGGAGCGATC        	4	111	1
TTCTTTAAACTTATGGCGCAATGCATCGGCG	6	48	1
TAGCGGTTATTTTTTAGGATAACCAACGCTA	6	118	1
          ****** ****
MAP Score: 4.21309