AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HY/HY_operons023_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944252845
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	dnaK	29	70kDa chaperone
#1	jhp0103	238	putative
#2	dnaJ_1	167	putative co-chaperone with DnaK
#3	hemN_2	95	OXYGEN-INDEPENDENT COPROPORPHYRINOGEN III OXIDASE
#4	dnaJ_2	124	co-chaperone with DnaK
#5	mreB	52	ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN
#6	fabZ	181	HYDROXYMYRISTOYL-ACYL CARRIER PROTEIN DEHYDRATASE
#7	jhp1291	300	putative

Motif 1
TTATCCTTTCTTTTAAAATAAATGTT     	0	5	0
AACTAATACCTTTTATTAAAAAAACTTGTTA	1	12	0
CAGACTAAACTTTAAAGAAAAATTGGGTAAT	1	115	1
ATCTATCACTTTTTTAAACAAGTGATAAAAA	1	145	0
AACCTAGTATTTTAATGAAAATTCCTTTTAA	2	31	1
GTCAATCAAGTTTATTGATAATGTTTAGTGG	2	93	0
TTTAAAATAGTTTTATTAGAATACTATCATA	2	138	0
AATTGTATCATTTTAGGATCATTTTGATAAG	3	24	0
TCATTTCATTTTTTAAGCAAAGCTTAAACTT	3	57	0
AACTCATCGCTTTTAAGATAAAATAAGCGTT	4	80	1
TTCAATTCAATTTAATAACAAAGGATCACAA	5	26	1
GCGCCATAAGTTTAAAGAAACGCTTTACACA	6	36	0
AGCGGTTATTTTTTAGGATAACCAACGCTAA	6	119	1
TCTTTTATTCTTTAAGGAGAAGATCTTGTGC	7	254	1
CTTGTGCTTTTTTAAAGGGAATGCAATCGCC	7	278	1
          ******** **
MAP Score: 15.6158

Motif 2
          AACATTTATTTTAAAAGAAAGGAT	0	0	1
GGCAACTAATACCTTTTATTAAAAAAACTTGTTA	1	12	0
GATTTTTTATAGATTTGATTTAATTTAGATCTGT	1	48	0
ATCTATAAAAAATCCTAATTTAATGCTAGTAAAT	1	68	1
AAAATTACCCAATTTTTCTTTAAAGTTTAGTCTG	1	115	0
GGTAATTTTTATCACTTGTTTAAAAAAGTGATAG	1	140	1
TTTTCATTAAAATACTAGGTTTAAATCCACGATG	2	18	0
TATTTTAATGAAAATTCCTTTTAATTGCGCTGAA	2	38	1
GTATTCTAATAAAACTATTTTAAAGGTGATCC  	2	145	1
TACAAGTTTAAGCTTTGCTTAAAAAATGAAATGA	3	54	1
ATGGCATCAAAACGCTTATTTTATCTTAAAAGCG	4	87	0
GTCTGTGTAAAGCGTTTCTTTAAACTTATGGCGC	6	33	1
ACATTTTATAATTATTCAGTTAAACTTTCATCGT	7	109	1
AATTTTTGCTAGTTTTGGGTATAATTCAATGACT	7	148	0
TATAATACAGATTTTTAGTTTAGAAATCATTGAG	7	203	1
GAAATCATTGAGCGCTGGTTTTAAGGCGGTCTTT	7	225	1
GAGAAGATCTTGTGCTTTTTTAAAGGGAATGCAA	7	270	1
          * * **  ******
MAP Score: 14.2332

Motif 3
AAGAAAAATTGGGTAATTTTTATCACTTGTT	1	129	1
AGTTAATAATCTATCACTTTTTTAAACAAGT	1	153	0
GGATTTAAACCTAGTATTTTAATGAAAATTC	2	24	1
          GGATCACCTTTAAAATAGTTT	2	156	0
TATCATTTTAGGATCATTTTGATAAGTAAGG	3	19	0
ACTTGTAATTGTATCATTTTAGGATCATTTT	3	30	0
TCCCATTTTCATTTCATTTTTTAAGCAAAGC	3	65	0
         GGGGTTATCTTTATTACTATAG	4	1	1
TAGTTTCATCGTATTATTTTATCTAAGTTTT	4	29	1
GGCATCAAAACGCTTATTTTATCTTAAAAGC	4	88	0
GGTATAATAGCGGTTATTTTTTAGGATAACC	6	111	1
AGTAACGGGTGGCGCATTTTTGGCGCGGT  	7	8	0
ATCCTAATAAGTCTAATTTTAGTAACGGGTG	7	28	0
AGACTTATTAGGATTATTTTTCTTGATTTGT	7	45	1
TTGATTTGTGGTTTTATTTTACTCATCTCTC	7	67	1
TCACTCCTTAGTTACATTTTATAATTATTCA	7	96	1
          ** ********
MAP Score: 14.0837

Motif 4
CTGTTGGGCAACTAATACCTTTTATTAAAAAAACTTGT	1	14	0
ACAGATCTAAATTAAATCAAATCTATAAAAAATCCTAA	1	48	1
AAAATCCTAATTTAATGCTAGTAAATAAATTTAGTGAT	1	76	1
ACCCTCGCATTATAGCGCAAAAAGTTAATAATCTATCA	1	168	0
     CGTTATTTAAAACATCTCGTCAATCACCATTTT	1	215	0
TCATCGTGGATTTAAACCTAGTATTTTAATGAAAATTC	2	17	1
AACTTGATTGACTAACACTAAAGATTTATGATAGTATT	2	112	1
ATGATAGTATTCTAATAAAACTATTTTAAAGGTGATCC	2	139	1
AGCTTAAACTTGTAATTGTATCATTTTAGGATCATTTT	3	30	0
ACTTAGATAAAATAATACGATGAAACTATAGTAATAAA	4	19	0
CAAAAATGGCATCAAAACGCTTATTTTATCTTAAAAGC	4	88	0
CGCTTATCAATTCAATTCAATTTAATAACAAAGGATCA	5	16	1
GTGGTGTCTGTGTAAAGCGTTTCTTTAAACTTATGGCG	6	28	1
TTTGGATTCAACTAAAGCGCCATTTTTAGCGTTGGTTA	6	137	0
TTTAGTTGAATCCAAAACAAGGAGTTTATTTT      	6	159	1
AGATGAGTAAAATAAAACCACAAATCAAGAAAAATAAT	7	57	0
TAGTTTTGGGTATAATTCAATGACTGAATAACGATGAA	7	135	0
AAAAGACCGCCTTAAAACCAGCGCTCAATGATTTCTAA	7	222	0
          * ***  * *    ****
MAP Score: 8.63153

Motif 5
          AACATTTATTTTAAAAGAAAGGATA	0	0	1
      GATAACAAGTTTTTTTAATAAAAGGTATT	1	4	1
ATCTAAATTAAATCAAATCTATAAAAAATCCTAAT	1	52	1
TTAGTGATACAGACTAAACTTTAAAGAAAAATTGG	1	106	1
GGTAATTTTTATCACTTGTTTAAAAAAGTGATAGA	1	140	1
ATGGTGATTGACGAGATGTTTTAAATAACG     	1	218	1
TTTCATTAAAATACTAGGTTTAAATCCACGATGAG	2	16	0
TATTTTAATGAAAATTCCTTTTAATTGCGCTGAAA	2	38	1
TTACAAGTTTAAGCTTTGCTTAAAAAATGAAATGA	3	53	1
AAACACGCAAACTCATCGCTTTTAAGATAAAATAA	4	71	1
GCCCTTTGTGATCCTTTGTTATTAAATTGAATTGA	5	27	0
TGTCTGTGTAAAGCGTTTCTTTAAACTTATGGCGC	6	32	1
TTTTTAGGATAACCAACGCTAAAAATGGCGCTTTA	6	128	1
AAAATGCGCCACCCGTTACTAAAATTAGACTTATT	7	19	1
TAAAGAATAAAAGACCGCCTTAAAACCAGCGCTCA	7	233	0
   AGGCGATTGCATTCCCTTTAAAAAAGCACAAG	7	278	0
          *  * *  *******
MAP Score: 5.64414

Motif 6
         AACATTTATTTTAAAAGAAAGGATA	0	1	1
AAATTAAATCAAATCTATAAAAAATCCTAATTTA	1	56	1
ATACAGACTAAACTTTAAAGAAAAATTGGGTAAT	1	112	1
TATTTTAATGAAAATTCCTTTTAATTGCGCTGAA	2	38	1
ATGACCACTAAACATTATCAATAAACTTGATTGA	2	89	1
GTTTTATTAGAATACTATCATAAATCTTTAGTGT	2	126	0
GTATTCTAATAAAACTATTTTAAAGGTGATCC  	2	145	1
CTTACTTATCAAAATGATCCTAAAATGATACAAT	3	20	1
CTTTGCTTAAAAAATGAAATGAAAATGGGAGAAA	3	66	1
GGTGCATGCCAAAACTTAGATAAAATAATACGAT	4	36	0
AATTATACCCAAAACTAGCAAAAATTGATTTTAC	7	156	1
ATTATATCAAACAATTTTGGTAAAATCAATTTTT	7	175	0
          *******    ***
MAP Score: 1.4809