AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons024_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944252869 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 jhp0365 66 putative #1 panB 150 3-METHYL-2-OXOBUTANOATE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE #2 dnaJ_1 167 putative co-chaperone with DnaK #3 dnaX 66 DNA POLYMERASE III SUBUNITS GAMMA AND TAU #4 jhp0656 267 putative #5 ruvC 131 CROSSOVER JUNCTION ENDODEOXYRIBONUCLEASE #6 ruvA 26 HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE #7 jhp0816 170 putative #8 recR 168 RECOMBINATION PROTEIN Motif 1 CCCTAAAATTTTAAAATACCATTTTGAATGATTG 4 188 1 ATCCTAATCCTTAAAACTCATTTAGGAGTATTGT 3 40 0 GTCATTGAGATTTTAAACCCGTTTCAGCGCAATT 2 60 0 AAGGGGCTAGTTTTAAGTCATTTTGCATTACAAT 3 11 1 AGATAGCGTATTATAACACTTTTATTAAACGCTT 8 27 1 AGTATTTTAATGAAAATTCCTTTTAATTGCGCTG 2 36 1 GCACAAAATTTAAAAACCCCATTTTTTAGCGCTC 4 105 0 ATTTTAGGGTTTAAAACGACCTTTATAATATTAG 4 163 0 AAGCTGTTGGTTAAAAATATTTTTTTTAGCATAC 7 56 1 GATAGTATTCTAATAAAACTATTTTAAAGGTGAT 2 141 1 AATAAAAACAATAAAAGCCCTTTTAGTGGCTTTC 8 114 1 TTAAATAATATGAAAAAGCGCTTAATGAAGCGTT 8 54 0 TTGCAAGGTTTAAAAATGCTATTATTATATCCAT 5 87 0 TATTATTTAATTAAACCCCCTTTTAAAAAACAAT 8 78 1 GAATTGTTTGTTAAAAGTTTCTTTCAATTATACT 1 26 1 TGGGTAAAAATTTTACTCCATTTTTAACCGGTCA 1 73 0 TAACCGGTCATTTTAATTATTTTAGTATAATTGA 1 49 0 CATTAAGAATTTTTAAAAAATTTAGCGTATAAAT 5 23 0 TGTATCATCATTTAACTAATATTATAAAGGTCGT 4 148 1 ****** * *** MAP Score: 21.7285 Motif 2 TCTTGTTTAGAAAGAAAATTACACTACAATAACGAT 0 6 1 ATTTTAGGGTTTAAAACGACCTTTATAATATTAGTTAAAT 4 157 0 GAATTGTTTGTTAAAAGTTTCTTTCAATTATACTAAAATA 1 26 1 AATGAAGCGTTTAATAAAAGTGTTATAATACGCTATCTCA 8 25 0 TTTATTGTTTTTTAAAAGGGGGTTTAATTAAATAATATGA 8 75 0 AAGGGGCTAGTTTTAAGTCATTTTGCATTACAATACTCCT 3 11 1 CCCTAAAATTTTAAAATACCATTTTGAATGATTGGTTTGT 4 188 1 GCATATTTCTTTTTTCAAATTCTTATATTATACCATTTAA 7 130 1 ACACTAAAGATTTATGATAGTATTCTAATAAAACTATTTT 2 126 1 CTAGTTGTATTTATTACCTAATTTTCAGTGTTTTTTTGTT 7 89 1 CATCGTGGATTTAAACCTAGTATTTTAATGAAAATTCCTT 2 18 1 AAAAGGGCTTTTATTGTTTTTATTTTATTGTTTTTTAAAA 8 98 0 GTGTTGGTAGTTTTTGGCTTATTTTGAGTGAAAGGATTTA 4 231 1 ATTGCAAGGTTTAAAAATGCTATTATTATATCCATGTTTC 5 82 0 ACGCTAAATTTTTTAAAAATTCTTAATGTAATCTTGTATT 5 29 1 ATCCTAATCCTTAAAACTCATTTAGGAGTATTGTAATGCA 3 34 0 TTACTCCATTTTTAACCGGTCATTTTAATTATTTTAGTAT 1 55 0 CTTAAAGGCGTTTGAGAATAAATTAAAATTAACATGGTAG 4 66 0 TTTATCCCTTTTTTTTATTTCTTGCT 6 6 0 AAAAATATTTTTTTTAGCATACTAGTTGTATTTATTACCT 7 68 1 *** ** ** * ** MAP Score: 20.5146 Motif 3 TTGCACAAAATTTAAAAACCCCATTTTTTAGCGCTC 4 105 0 ACCCTAAAATTTTAAAATACCATTTTGAATGATTGG 4 187 1 AATTTTAGGGTTTAAAACGACCTTTATAATATTAGT 4 162 0 CTGAAACGGGTTTAAAATCTCAATGACCACTAAACA 2 67 1 AATTGCAAGGTTTAAAAATGCTATTATTATATCCAT 5 87 0 TTAAACCCCCTTTTAAAAAACAATAAAATAAAAACA 8 88 1 GGATCACCTTTAAAATAGTTTTATTAGAATACTA 2 143 0 AAGCTGTTGGTTAAAAATATTTTTTTTAGCATACTA 7 56 1 GAATTGTTTGTTAAAAGTTTCTTTCAATTATACTAA 1 26 1 ACGCTAAATTTTTTAAAAATTCTTAATGTAATCTTG 5 29 1 AAATACTAGGTTTAAATCCACGATGAGTTTTTA 2 7 0 ACTAAAATAATTAAAATGACCGGTTAAAAATGGAGT 1 57 1 TTCAGCGCAATTAAAAGGAATTTTCATTAAAATACT 2 36 0 AATAAAAGTGTTATAATACGCTATCTCAATTTTAAG 8 17 0 ACCATGTTAATTTTAATTTATTCTCAAACGCCTTTA 4 68 1 ATATTTCTTTTTTCAAATTCTTATATTATACCATTT 7 132 1 AAGGGGCTAGTTTTAAGTCATTTTGCATTACAATAC 3 11 1 ******* * * * MAP Score: 16.8227 Motif 4 TAGAAAGAAAATTACACTACAATAACGATAAAATT 0 17 1 GTTTCTTTCAATTATACTAAAATAATTAAAATGAC 1 42 1 AATTTTCATTAAAATACTAGGTTTAAATCCACGAT 2 19 0 AAACATTATCAATAAACTTGATTGACTAACACTAA 2 98 1 TAGTTTTATTAGAATACTATCATAAATCTTTAGTG 2 127 0 TAGTATTCTAATAAAACTATTTTAAAGGTGATCC 2 143 1 GGCGTTTGAGAATAAATTAAAATTAACATGGTAGA 4 65 0 GTGTATCATCATTTAACTAATATTATAAAGGTCGT 4 147 1 CTAAAATTTTAAAATACCATTTTGAATGATTGGTT 4 190 1 GTGCAAAAATACAAGATTACATTAAGAATTTTTAA 5 41 0 AAACATGGATATAATAATAGCATTTTTAAACCTTG 5 83 1 TAGTATGCTAAAAAAAATATTTTTAACCAACAGCT 7 57 0 ATAGCGTATTATAACACTTTTATTAAACGCTTCAT 8 29 1 AAGGGGGTTTAATTAAATAATATGAAAAAGCGCTT 8 65 0 CCCCTTTTAAAAAACAATAAAATAAAAACAATAAA 8 94 1 * ** **** ** * MAP Score: 16.1594 Motif 5 CACTACAATAACGATAAAATTTAAAGGGTGTGAAA 0 31 1 AGAAACTTTTAACAAACAATTCAAGGGATTTGGCG 1 13 0 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1 AAGATTTATGATAGTATTCTAATAAAACTATTTTAAAGGTGAT 2 132 1 GAGCGCTAAAAAATGGGGTTTTTAAATTTTGTGCAAGCCATTG 4 105 1 TATCATCATTTAACTAATATTATAAAGGTCGTTTTAAACCCTA 4 150 1 TATTGCTCCCTTATTTATACGCTAAATTTTTTAAAAATTCTTA 5 11 1 GTGCAAAAATACAAGATTACATTAAGAATTTTTAAAAAATTTA 5 33 0 ATGGATATAATAATAGCATTTTTAAACCTTGCAATTAAATAAT 5 87 1 ATAAAATCCCTAAGCTGTTGGTTAAAAATATTTTTTTTAGCAT 7 45 1 AAAAACACTGAAAATTAGGTAATAAATACAACTAGTATGCTAA 7 81 0 TTTTGTTAGCATATTTCTTTTTTCAAATTCTTATATTATACCA 7 122 1 AAGCGCTTAATGAAGCGTTTAATAAAAGTGTTATAATACGCTA 8 30 0 GCGCTTTTTCATATTATTTAATTAAACCCCCTTTTAAAAAACA 8 67 1 CCCCTTTTAAAAAACAATAAAATAAAAACAATAAAAGCCCTTT 8 94 1 * * * **** * ** MAP Score: 12.128 Motif 7 AAAATTACACTACAATAACGATAAAATTTAAAGG 0 24 1 AAAAGTTTCTTTCAATTATACTAAAATAATTAAA 1 38 1 AAAGTCATGCTACAATGCCACTATATTTAACACT 1 114 1 AAATACTAGGTTTAAATCCACGATGAGTTTTTA 2 9 0 ATAGTTTTATTAGAATACTATCATAAATCTTTAG 2 129 0 CATTTTGCATTACAATACTCCTAAATGAGTTTTA 3 29 1 ATTAACATGGTAGAATGCCAAAATTTGCTGTCGT 4 45 0 ATAAAGGTCGTTTTAAACCCTAAAATTTTAAAAT 4 171 1 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TAAATACAACTAGTATGCTAAAAAAAATATTTTT 7 68 0 TTGAAAAAAGAAATATGCTAACAAAAAAACACTG 7 114 0 AAAAGTGTTATAATACGCTATCTCAATTTTAAGG 8 16 0 CCCCCTTTTAAAAAACAATAAAATAAAAACAATA 8 93 1 TTAACTTGACTTGAAAGCCACTAAAAGGGCTTTT 8 126 0 ** ** **** ** MAP Score: 6.50634 Motif 9 TTTAGTATAATTGAAAGAAACTTTTAACAAACAATTCA 1 25 0 TTACTCCATTTTTAACCGGTCATTTTAATTATTTTAGT 1 57 0 CCACTATATTTAACACTTAGGATTTTTCA 1 131 1 CATCGTGGATTTAAACCTAGTATTTTAATGAAAATTCC 2 18 1 GATAGTATTCTAATAAAACTATTTTAAAGGTGATCC 2 141 1 GCACAAAATTTAAAAACCCCATTTTTTAGCGCTCTTAA 4 101 0 TTAACTAATATTATAAAGGTCGTTTTAAACCCTAAAAT 4 159 1 ACCCTAAAATTTTAAAATACCATTTTGAATGATTGGTT 4 187 1 AAATACAAGATTACATTAAGAATTTTTAAAAAATTTAG 5 32 0 ATTGCAAGGTTTAAAAATGCTATTATTATATCCATGTT 5 84 0 AAGCTGTTGGTTAAAAATATTTTTTTTAGCATACTAGT 7 56 1 AGATAGCGTATTATAACACTTTTATTAAACGCTTCATT 8 27 1 TTTTATTGTTTTTTAAAAGGGGGTTTAATTAAATAATA 8 78 0 *** ** **** * MAP Score: 2.48519 Motif 10 AATTGTTTGTTAAAAGTTTCTTTCAATTATACTAAA 1 27 1 GGGTAAAAATTTTACTCCATTTTTAACCGGTCATTT 1 70 0 ATCGTGGATTTAAACCTAGTATTTTAATGAAAATTC 2 19 1 TCAGCGCAATTAAAAGGAATTTTCATTAAAATACTA 2 35 0 CACTAAAGATTTATGATAGTATTCTAATAAAACTAT 2 127 1 TAGTATTCTAATAAAACTATTTTAAAGGTGATCC 2 143 1 AGGGGCTAGTTTTAAGTCATTTTGCATTACAATACT 3 12 1 CCATGTTAATTTTAATTTATTCTCAAACGCCTTTAA 4 69 1 AAACCCCATTTTTTAGCGCTCTTAAAGGCGTTTGAG 4 90 0 TGTATCATCATTTAACTAATATTATAAAGGTCGTTT 4 148 1 CTAAAATTTTAAAATACCATTTTGAATGATTGGTTT 4 190 1 ACGCTAAATTTTTTAAAAATTCTTAATGTAATCTTG 5 29 1 CATGGATATAATAATAGCATTTTTAAACCTTGCAAT 5 86 1 TTTATCCCTTTTTTTTATTTCTTGCT 6 9 0 TAGTATGCTAAAAAAAATATTTTTAACCAACAGCTT 7 56 0 TATTACCTAATTTTCAGTGTTTTTTTGTTAGCATAT 7 100 1 TTTTGTTAGCATATTTCTTTTTTCAAATTCTTATAT 7 122 1 TCAAATTCTTATATTATACCATTTAAGGATTAAAAA 7 144 1 AGATAGCGTATTATAACACTTTTATTAAACGCTTCA 8 27 1 AAACGCTTCATTAAGCGCTTTTTCATATTATTTAAT 8 53 1 TATTATTTAATTAAACCCCCTTTTAAAAAACAATAA 8 78 1 ATAAAAGCCCTTTTAGTGGCTTTCAAGTCAAGTTAA 8 124 1 **** **** ** MAP Score: 0.30327