AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HY/HY_operons024_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944252892 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 jhp0365 66 putative #1 panB 150 3-METHYL-2-OXOBUTANOATE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE #2 dnaJ_1 167 putative co-chaperone with DnaK #3 dnaX 66 DNA POLYMERASE III SUBUNITS GAMMA AND TAU #4 jhp0656 267 putative #5 ruvC 131 CROSSOVER JUNCTION ENDODEOXYRIBONUCLEASE #6 ruvA 26 HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE #7 jhp0816 170 putative #8 recR 168 RECOMBINATION PROTEIN Motif 1 TATTTTAGTATAATTGAAAGAAACTTTTAACAAACAATTC 1 26 0 TTTTACTCCATTTTTAACCGGTCATTTTAATTATTTTAGT 1 57 0 AAAGTCATGCTACAATGCCACTATATTTAACACTTAGGAT 1 114 1 AAGGAATTTTCATTAAAATACTAGGTTTAAATCCACGATG 2 18 0 AAATCTTTAGTGTTAGTCAATCAAGTTTATTGATAATGTT 2 99 0 TATGATAGTATTCTAATAAAACTATTTTAAAGGTGATCC 2 138 1 TTAGGAGTATTGTAATGCAAAATGACTTAAAACTAGCCCC 3 13 0 TGCATTACAATACTCCTAAATGAGTTTTAAGGATTAGGAT 3 34 1 AATTTTGGCATTCTACCATGTTAATTTTAATTTATTCTCA 4 54 1 TAATTTTAATTTATTCTCAAACGCCTTTAAGAGCGCTAAA 4 75 1 TTTAAGAGCGCTAAAAAATGGGGTTTTTAAATTTTGTGCA 4 100 1 ATTTAACTAATATTATAAAGGTCGTTTTAAACCCTAAAAT 4 157 1 AACCCTAAAATTTTAAAATACCATTTTGAATGATTGGTTT 4 186 1 GCTCCCTTATTTATACGCTAAATTTTTTAAAAATTCTTAA 5 15 1 GAAACATGGATATAATAATAGCATTTTTAAACCTTGCAAT 5 82 1 ACAACTAGTATGCTAAAAAAAATATTTTTAACCAACAGCT 7 57 0 TTTTTCAAATTCTTATATTATACCATTTAAGGATTAAAAA 7 140 1 TGAGATAGCGTATTATAACACTTTTATTAAACGCTTCATT 8 25 1 TTTAATTAAATAATATGAAAAAGCGCTTAATGAAGCGTTT 8 53 0 TATTTTATTGTTTTTTAAAAGGGGGTTTAATTAAATAATA 8 78 0 TCTGTTAGTATATCAAACTTAACTTGACTTGA 8 146 0 * ** * * ***** MAP Score: 24.995 Motif 2 ATAAAGGTCGTTTTAAACCCTAAAATTTTAAAATACCATT 4 171 1 TTGCACAAAATTTAAAAACCCCATTTTTTAGCGCTCTTAA 4 101 0 TTTTGGCTTATTTTGAGTGAAAGGATTTAAGCAAG 4 242 1 TGCTCCCTTATTTATACGCTAAATTTTTTAAAAATTCTTA 5 14 1 TTTTACTCCATTTTTAACCGGTCATTTTAATTATTTTAGT 1 57 0 ATATTTCTTTTTTCAAATTCTTATATTATACCATTTAAGG 7 132 1 ATAATAGCATTTTTAAACCTTGCAATTAAATAATAGGAAT 5 96 1 AAATTTTGGCATTCTACCATGTTAATTTTAATTTATTCTC 4 53 1 TTATGATAGTATTCTAATAAAACTATTTTAAAGGTGATCC 2 137 1 CTCATCGTGGATTTAAACCTAGTATTTTAATGAAAATTCC 2 16 1 TAAAATACCATTTTGAATGATTGGTTTGTATGGTGTTGGT 4 199 1 ATGATCTACTTTCACACCCTTTAAATTTTATCGTTATTGT 0 35 0 GAGATAGCGTATTATAACACTTTTATTAAACGCTTCATTA 8 26 1 CTTTTATTGTTTTTATTTTATTGTTTTTTAAAAGGGGGTT 8 91 0 TATTACCTAATTTTCAGTGTTTTTTTGTTAGCATATTTCT 7 100 1 ATTAAGCGCTTTTTCATATTATTTAATTAAACCCCCTTTT 8 62 1 TGGAGTAAAATTTTTACCCACCCCAATAAAGTCATGCTAC 1 87 1 *** * ****** MAP Score: 13.4797 Motif 3 TTGAATTGTTTGTTAAAAGTTTCTTTCAATTATACTAAA 1 24 1 TACTAAAATAATTAAAATGACCGGTTAAAAATGGAGTAA 1 56 1 TGAAAAATCCTAAGTGTTAAATATAGTGGCA 1 129 0 GGAATTTTCATTAAAATACTAGGTTTAAATCCACGATGA 2 17 0 CTCAATGACCACTAAACATTATCAATAAACTTGATTGAC 2 85 1 AAATAGTTTTATTAGAATACTATCATAAATCTTTAGTGT 2 126 0 TAAGAGCGCTAAAAAATGGGGTTTTTAAATTTTGTGCAA 4 102 1 GTGTATCATCATTTAACTAATATTATAAAGGTCGTTTTA 4 147 1 AATGGTATTTTAAAATTTTAGGGTTTAAAACGACCTTTA 4 172 0 AAGAATTTTTAAAAAATTTAGCGTATAAATAAGGGAGCA 5 14 0 AACATGGATATAATAATAGCATTTTTAAACCTTGCAATT 5 84 1 AGCAAGAAATAAAAAAAAGGGATAAA 6 7 1 GTAAAAAGCCAAAAATCCTAGAGCATAAAATCCCTAAGC 7 21 1 AAATGGTATAATATAAGAATTTGAAAAAAGAAATATGCT 7 129 0 AGATAGCGTATTATAACACTTTTATTAAACGCTTCATTA 8 27 1 TAATTAAATAATATGAAAAAGCGCTTAATGAAGCGTTTA 8 52 0 CATATTATTTAATTAAACCCCCTTTTAAAAAACAATAAA 8 76 1 TTAAAAAACAATAAAATAAAAACAATAAAAGCCCTTTTA 8 100 1 * **** ***** MAP Score: 10.4827 Motif 4 CCTTGAATTGTTTGTTAAAAGTTTCTTTCAATTATACTAA 1 22 1 TTTTACTCCATTTTTAACCGGTCATTTTAATTATTTTAGT 1 57 0 ATGGAGTAAAATTTTTACCCACCCCAATAAAGTCATGCTA 1 86 1 CTCATCGTGGATTTAAACCTAGTATTTTAATGAAAATTCC 2 16 1 TTATGATAGTATTCTAATAAAACTATTTTAAAGGTGATCC 2 137 1 GTCATTTTGCATTACAATACTCCTAAATGAGTTTTAAGGA 3 27 1 AAATTTTGGCATTCTACCATGTTAATTTTAATTTATTCTC 4 53 1 AAACCCTAAAATTTTAAAATACCATTTTGAATGATTGGTT 4 185 1 TAATAATAGCATTTTTAAACCTTGCAATTAAATAATAGGA 5 94 1 GCATATTTCTTTTTTCAAATTCTTATATTATACCATTTAA 7 130 1 ATTCCTTAAAATTGAGATAGCGTATTATAACACTTTTATT 8 13 1 TTATAACACTTTTATTAAACGCTTCATTAAGCGCTTTTTC 8 37 1 CATTAAGCGCTTTTTCATATTATTTAATTAAACCCCCTTT 8 61 1 TAAACCCCCTTTTAAAAAACAATAAAATAAAAACAATAAA 8 89 1 *** * * * *** * MAP Score: 10.1723 Motif 5 TATTTTAATGAAAATTCCTTTTAATTGCGCTGAAACGGGT 2 38 1 TTAATTGCGCTGAAACGGGTTTAAAATCTCAATGACCACT 2 58 1 GGATCACCTTTAAAATAGTTTTATTAGAATACTATCATAA 2 137 0 TCCTAATCCTTAAAACTCATTTAGGAGTATTGTAATGCAA 3 33 0 TAATTTATTCTCAAACGCCTTTAAGAGCGCTAAAAAATGG 4 81 1 AGAGCGCTAAAAAATGGGGTTTTTAAATTTTGTGCAAGCC 4 104 1 TTTAGGGTTTAAAACGACCTTTATAATATTAGTTAAATGA 4 155 0 CCAATCATTCAAAATGGTATTTTAAAATTTTAGGGTTTAA 4 183 0 CATGGATATAATAATAGCATTTTTAAACCTTGCAATTAAA 5 86 1 GCTGTTGGTTAAAAATATTTTTTTTAGCATACTAGTTGTA 7 58 1 ATTTCTTTTTTCAAATTCTTATATTATACCATTTAAGGAT 7 134 1 AAGCGTTTAATAAAAGTGTTATAATACGCTATCTCAATTT 8 21 0 ATTATTTAATTAAACCCCCTTTTAAAAAACAATAAAATAA 8 79 1 TGAAAGCCACTAAAAGGGCTTTTATTGTTTTTATTTTATT 8 109 0 * ** * **** * * MAP Score: 8.70203 Motif 6 AATCGCCAAATCCCTTGAATTGTTTGTTAAAAGTTTC 1 7 1 TAAAAACTCATCGTGGATTTAAACCTAGTATT 2 2 1 TCGTGGATTTAAACCTAGTATTTTAATGAAAATTCCTTTT 2 20 1 TTGAGATTTTAAACCCGTTTCAGCGCAATTAAAAGGAATT 2 50 0 CCTAATCCTTAAAACTCATTTAGGAGTATTGTAATGCAAA 3 32 0 TAGCGCTCTTAAAGGCGTTTGAGAATAAATTAAAATTAAC 4 73 0 CAAAATTTAAAAACCCCATTTTTTAGCGCTCTTAAAGGCG 4 96 0 TAAAATTTTAAAATACCATTTTGAATGATTGGTTTGTATG 4 191 1 AAATTTTTTAAAAATTCTTAATGTAATCTTGTATTTTTGC 5 34 1 CATTAAATCCCGTAAAAAGCCAAAAATCCTAGAG 7 4 1 GTAAAAAGCCAAAAATCCTAGAGCATAAAATCCCTAAGCT 7 21 1 ATAATATGAAAAAGCGCTTAATGAAGCGTTTAATAAAAGT 8 44 0 TTATTTAATTAAACCCCCTTTTAAAAAACAATAAAATAAA 8 80 1 AAAAACAATAAAAGCCCTTTTAGTGGCTTTCAAGTCAAGT 8 117 1 *** * * * ** * * MAP Score: 8.34856 Motif 7 CCCTTGAATTGTTTGTTAAAAGTTTCTTTCA 1 21 1 AATTAAAATGACCGGTTAAAAATGGAGTAAA 1 65 1 CTTTATTGGGGTGGGTAAAAATTTTACTCCA 1 87 0 AAAACTCATCGTGGATTTAAACCTAGTATTT 2 12 1 TTGCGCTGAAACGGGTTTAAAATCTCAATGA 2 62 1 TTCTAATAAAACTATTTTAAAGGTGATCC 2 148 1 AAAGGGGCTAGTTTTAAGTCATTTTGC 3 6 1 CTAAAAAATGGGGTTTTTAAATTTTGTGCAA 4 110 1 TATTATAAAGGTCGTTTTAAACCCTAAAATT 4 167 1 ATTCAAAATGGTATTTTAAAATTTTAGGGTT 4 186 0 TTATACGCTAAATTTTTTAAAAATTCTTAAT 5 25 1 TATAATAATAGCATTTTTAAACCTTGCAATT 5 92 1 TCCCTAAGCTGTTGGTTAAAAATATTTTTTT 7 51 1 TATACCATTTAAGGATTAAAAA 7 158 1 TTATTTTATTGTTTTTTAAAAGGGGGTTTAA 8 88 0 ** ******** MAP Score: 5.52179 Motif 8 CCCTTTAAATTTTATCGTTATTGTAGTGTAATTT 0 25 0 AATGATCTACTTTCACACCCTTTAAATTTTATCG 0 42 0 TAACCGGTCATTTTAATTATTTTAGTATAATTGA 1 49 0 GGTAAAAATTTTACTCCATTTTTAACCGGTCATT 1 71 0 TTCAGCGCAATTAAAAGGAATTTTCATTAAAATA 2 38 0 GGATCACCTTTAAAATAGTTTTATTAGAATACT 2 144 0 AAGGGGCTAGTTTTAAGTCATTTTGCATTACAAT 3 11 1 ATCCTAATCCTTAAAACTCATTTAGGAGTATTGT 3 40 0 TTCTACCATGTTAATTTTAATTTATTCTCAAACG 4 64 1 AAACCCCATTTTTTAGCGCTCTTAAAGGCGTTTG 4 92 0 AAAAATGGGGTTTTTAAATTTTGTGCAAGCCATT 4 113 1 TGTATCATCATTTAACTAATATTATAAAGGTCGT 4 148 1 TTCAAAATGGTATTTTAAAATTTTAGGGTTTAAA 4 182 0 GTGTTGGTAGTTTTTGGCTTATTTTGAGTGAAAG 4 231 1 CATTAAGAATTTTTAAAAAATTTAGCGTATAAAT 5 23 0 TTTATCCCTTTTTTTTATTTCTTGCT 6 3 0 ATTTTTGGCTTTTTACGGGATTTAATG 7 3 0 AAGCTGTTGGTTAAAAATATTTTTTTTAGCATAC 7 56 1 ATTACCTAATTTTCAGTGTTTTTTTGTTAGCATA 7 101 1 GCATATTTCTTTTTTCAAATTCTTATATTATACC 7 130 1 AGATAGCGTATTATAACACTTTTATTAAACGCTT 8 27 1 CATTAAGCGCTTTTTCATATTATTTAATTAAACC 8 61 1 TTGTTTTTATTTTATTGTTTTTTAAAAGGGGGTT 8 91 0 CTAAAAGGGCTTTTATTGTTTTTATTTTATTGTT 8 106 0 ATAAAAGCCCTTTTAGTGGCTTTCAAGTCAAGTT 8 124 1 ***** ***** MAP Score: 3.7681 Motif 9 TTTAATTGCGCTGAAACGGGTTTAAAATCTCAATG 2 57 1 CTAAAGATTTATGATAGTATTCTAATAAAACTATT 2 129 1 TAGTATTCTAATAAAACTATTTTAAAGGTGATCC 2 143 1 GATCCTAATCCTTAAAACTCATTTAGGAGTATTGT 3 40 0 TTTTAGCGCTCTTAAAGGCGTTTGAGAATAAATTA 4 81 0 ACAAGATTACATTAAGAATTTTTAAAAAATTTAGC 5 31 0 CATGGATATAATAATAGCATTTTTAAACCTTGCAA 5 86 1 TAGTATGCTAAAAAAAATATTTTTAACCAACAGCT 7 57 0 GAGATAGCGTATTATAACACTTTTATTAAACGCTT 8 26 1 AATAAAAACAATAAAAGCCCTTTTAGTGGCTTTCA 8 114 1 ** **** *** * MAP Score: 0.39394